Lâm Vỹ Nguyên
Senior Member
Tách DNA từ lá đước (rừng ngập mặn Cần Giờ
Các bác ơi! Em cần tách được DNA từ cây đước để chạy RAPD nhằm đánh giá sự đa dạng di truyền của quần thể đước trong khu rừng ngập mặn Cần Giờ. Em ly trích hoài nhưng ko thấy cái DNA tổng số đâu cả. Đây là protocol em tiến hành. Mong các bác góp ý cho
- B1: Nghiền 0.15g lá + 1,2mililite EB.
- B2: Vortex kỹ và ủ 65[sup:ebb241b1ac]o[/sup:ebb241b1ac]C trong 45ph.
- B3: Thêm 500 microlite (ml) Chloroform : isoamyl alcohol (24:1), vỏtex, ly tâm 14000vòng, 5ph, 10oC.
- B4: Lấy dịch trong, lập lại bước 3.
- B5: Lấy dịch trong, thêm 2ml RNase, ủ 37oC trong 1h (bước này hiện tại em chưa làm vì chưa có hóa chất).
- B6: Thêm 250ml isopropanol lạnh, để tủa ở -20oC trong 30ph.
- B7: Ly tâm 14000vòng, 5ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B8: Cho vào 300ml TE 1X, ủ 37oC trong 1h.
- B9: Thêm 20ml Sodium acetate 3M + 640ml ethanol 100%, trộn đều, để ở -20oC trong 30ph.
- B10: Ly tâm 14000vòng, 10ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B11: Rửa cặn với 400ml ethanol 70% bằng cách ly tâm 14000vòng, 2ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B12: Lập lại bước 11.
- B13: Để khô cặn, hòa tan cặn trong 70ml TE 1X, ủ 37oC trong 30ph.
- B14: Bảo quản mẫu ở -20oC.
Một số câu hỏi :
- Tại sao em làm theo quy trình này thì hiệu quả rất thấp trong khi cây xoài và cây điều thì cho ra kết quả rất tốt?
- Khi nghiền mẫu đước em thấy lá đước có độ nhớt rất cao (hơn cả lá điều). Đây có phải là lý do làm cho DNA khó kết tủa và dễ bị trôi ra trong quá trình rửa?
- Hiện tại ở Việt Nam đã có ai nghiên cứu về cây đước ở mức độ phân tử chưa?
Xin cám ơn các bác trước.
Các bác ơi! Em cần tách được DNA từ cây đước để chạy RAPD nhằm đánh giá sự đa dạng di truyền của quần thể đước trong khu rừng ngập mặn Cần Giờ. Em ly trích hoài nhưng ko thấy cái DNA tổng số đâu cả. Đây là protocol em tiến hành. Mong các bác góp ý cho
- B1: Nghiền 0.15g lá + 1,2mililite EB.
- B2: Vortex kỹ và ủ 65[sup:ebb241b1ac]o[/sup:ebb241b1ac]C trong 45ph.
- B3: Thêm 500 microlite (ml) Chloroform : isoamyl alcohol (24:1), vỏtex, ly tâm 14000vòng, 5ph, 10oC.
- B4: Lấy dịch trong, lập lại bước 3.
- B5: Lấy dịch trong, thêm 2ml RNase, ủ 37oC trong 1h (bước này hiện tại em chưa làm vì chưa có hóa chất).
- B6: Thêm 250ml isopropanol lạnh, để tủa ở -20oC trong 30ph.
- B7: Ly tâm 14000vòng, 5ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B8: Cho vào 300ml TE 1X, ủ 37oC trong 1h.
- B9: Thêm 20ml Sodium acetate 3M + 640ml ethanol 100%, trộn đều, để ở -20oC trong 30ph.
- B10: Ly tâm 14000vòng, 10ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B11: Rửa cặn với 400ml ethanol 70% bằng cách ly tâm 14000vòng, 2ph, 10oC. Đổ bỏ dịch trong.
- B12: Lập lại bước 11.
- B13: Để khô cặn, hòa tan cặn trong 70ml TE 1X, ủ 37oC trong 30ph.
- B14: Bảo quản mẫu ở -20oC.
Một số câu hỏi :
- Tại sao em làm theo quy trình này thì hiệu quả rất thấp trong khi cây xoài và cây điều thì cho ra kết quả rất tốt?
- Khi nghiền mẫu đước em thấy lá đước có độ nhớt rất cao (hơn cả lá điều). Đây có phải là lý do làm cho DNA khó kết tủa và dễ bị trôi ra trong quá trình rửa?
- Hiện tại ở Việt Nam đã có ai nghiên cứu về cây đước ở mức độ phân tử chưa?
Xin cám ơn các bác trước.