Các nguyên tắc chung để phân lập môt gene!

[Phí Quyết Tiến]

Chào các bạn,

Mình từ trước đến giờ vẫn làm về vi sinh vật học thôi, ko có nhiều kinh nghiệm lắm về công nghệ gene. Vì vậy mình đưa lên đây một số câu hỏi, mong các bạn thảo luận giúp mình và cũng để các bạn khác cũng amateur như mình cùng học với:

1. Khi cần cloning một gene của một vi khuẩn vào E. coli mà mình lại chưa có nhiều thông tin nhiều về gene đó lắm (cụ thể là một enzyme). Làm genome library cũng không thuận tiện lắm vì hiện tại vẫn chưa có phương pháp hóa học để screening cái gene đó, từ các bài báo khác thì họ dùng HPLC và TLC để screening, mà như thế tốn nhiều thời gian và công sức quá.

2. Giả sử mình đã có trình tự của vi khuẩn đó, làm sao có thể xác định được liệu có gene mình cần quan tâm nằm trên genome của vi khuẩn đó không?

3. Khi giải trình tự genome của một Vi khuẩn mới, làm sao có thể xác định được tên các gene được định vị trên các locus khác nhau.

4. Mình cũng định hỏi về nguyên tắc chung và các phần mềm hỗ trợ để thiết kế primers, không ?biết hỏi luôn trong đây có ổn không nhỉ?


Tạm sơ sơ thế đã, mình sẽ hỏi thêm các bạn sau. Cám ơn các bạn nhiều!

 

[Cao Xuân Hiếu]

1. Khi cần cloning một gene của một vi khuẩn vào E. coli mà mình lại chưa có nhiều thông tin nhiều về gene đó lắm (cụ thể là một enzyme). Làm genome library cũng không thuận tiện lắm vì hiện tại vẫn chưa có phương pháp hóa học để screening cái gene đó, từ các bài báo khác thì họ dùng HPLC và TLC để screening, mà như thế tốn nhiều thời gian và công sức quá.

Thế bạn có biết enzyme đấy xúc tác quá trình nào ko? có những domain nào đặc trưng ko?

2. Giả sử mình đã có trình tự của vi khuẩn đó, làm sao có thể xác định được liệu có gene mình cần quan tâm nằm trên genome của vi khuẩn đó không?

bạn dùng Blast

3. Khi giải trình tự genome của một Vi khuẩn mới, làm sao có thể xác định được tên các gene được định vị trên các locus khác nhau.

cái này là genome annotation. Bạn có thể hỏi anh lonxon về chi tiết

4. Mình cũng định hỏi về nguyên tắc chung và các phần mềm hỗ trợ để thiết kế primers, không ?biết hỏi luôn trong đây có ổn không nhỉ?

tốt nhất là bạn xem các topic đã có ở phần tin sinh học về thiết kế pimer sau đó thì post câu hỏi của bạn vào.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Câu hỏi của bạn còn quá mơ hồ

1. Khi cần cloning một gene của một vi khuẩn vào E. coli mà mình lại chưa có nhiều thông tin nhiều về gene đó lắm (cụ thể là một enzyme). Làm genome library cũng không thuận tiện lắm vì hiện tại vẫn chưa có phương pháp hóa học để screening cái gene đó, từ các bài báo khác thì họ dùng HPLC và TLC để screening, mà như thế tốn nhiều thời gian và công sức quá

Kô thể "đi tắt đón đầu" được đâu bạn, phải kiên nhẫn và tốn tiền mới ra kết quả được người ta chấp nhận.

Riêng câu này, thật sự tui chẳng hiểu ý bạn là gì?

2. Giả sử mình đã có trình tự của vi khuẩn đó, làm sao có thể xác định được liệu có gene mình cần quan tâm nằm trên genome của vi khuẩn đó không?

Làm theo hướng Bioinformatics thì dùng BLAST còn theo hướng thực nghiệm SHPT thì dùng PCR hay Southern Blot.

3. Khi giải trình tự genome của một Vi khuẩn mới, làm sao có thể xác định được tên các gene được định vị trên các locus khác nhau.

Trước khi giải trình tự một genome người ta phải chuẩn bị nhiều thứ, trong đó có các phần mềm chuyên dụng. Ghi chú genome cần một khối kiến thức không nhỏ. Khó mà nói cho hết.

4. Mình cũng định hỏi về nguyên tắc chung và các phần mềm hỗ trợ để thiết kế primers, không ?biết hỏi luôn trong đây có ổn không nhỉ?

bạn cứ chậm rãi hỏi từng phần, càng cụ thể càng tốt cho nguyên đề tài của bạn (để bảo mật bạn có thể thay đổi vài dữ liệu như tên đối tượng ...) ... để mọi người biết mà giúp.

 

[Phí Quyết Tiến]

1. Khi cần cloning một gene của một vi khuẩn vào E. coli mà mình lại chưa có nhiều thông tin nhiều về gene đó lắm (cụ thể là một enzyme). Làm genome library cũng không thuận tiện lắm vì hiện tại vẫn chưa có phương pháp hóa học để screening cái gene đó, từ các bài báo khác thì họ dùng HPLC và TLC để screening, mà như thế tốn nhiều thời gian và công sức quá.

Cảm ơn Vietbio va Lonxon đã trả lời câu hỏi của mình rất nhanh. Theo như ý kiên của Lonxon mình cũng sẽ hỏi từng câu hỏi một nhé.

Về câu hỏi đầu tiên như trên: Mình muốn isolate một gene xúc tác quá trình chuyển hóa một hợp chất thuộc nhóm indolic compound (cũng có thể hiểu là một derivative của auxin). Vấn đề ở chỗ là để định tính và định lượng hoạt tính của enzyme này thì hiện nay chưa có phương pháp hóa học thuận tiện mà vẫn phải sử dụng HPLC để định lượng, và thô sơ hơn thì dùng TLC để định tính. Vì vậy các bạn có kinh nghiệm gì hoặc với kiến thức hiện tại có thể mách bảo giúp mình thêm.

Enzyme trên đã được xác định từ một số loài vi khuẩn và nấm khác. Tuy nhiên kích thước của gene thì tương đối khác nhau (từ 400 bp đến 1.5 kb ). Vì vậy để thiết kế primers mình cũng đang mơ hồ, vì thực ra đây là lần đầu tiên mình phải thiết kế primers mà, những lần trước cần làm việc khác cứ lấy nguyên ?từ các bài báo và dùng được.

Tạm thời thế nhé, cám ơn các bác trước. Mình sẽ nói rõ các câu hỏi tiếp theo sau nhé.

 

[Dương Văn Cường]

Mình nghĩ thế này:

Enzyme trên đã được xác định từ một số loài vi khuẩn và nấm khác. Tuy nhiên kích thước của gene thì tương đối khác nhau (từ 400 bp đến 1.5 kb ).

Đầu tiên bạn phải xác định được đối tượng vi khuẩn mà bạn sẽ dùng làm nguồn để tách DNA khuôn. Ví dụ đối tượng vi khuẩn đó là A chẳng hạn. Tiếp theo bạn search xem có bài báo nào họ cũng PCR lấy cái gene quan tâm từ đôi tượng này, biết đâu kiếm được cặp primer.

Nếu không có bài báo nào thì bạn dùng BLAST để xác định vùng trình tự chứa gene đó. Copy vùng trình tự đó cộng thêm mỗi đầu khoảng 200 - 500 nucleotides, paste vào một chương trình thiết kế primer và chạy chương trình đó để lấy kết quả. Tiếp theo là bước chọn lọc các cặp primer mà chương trình phần mềm đưa ra cho bạn. Theo tôi nghĩ đến bước chọn lọc này thì không thể nói suông được, tức là bạn post mọi thứ lên đây và anh vietbio, lonxon hay sv_ngheo sẽ cùng phân tích xem cặp primer nào là tốt nhất.

Về các phần mềm hỗ trợ thiết kế primer thì nhiều lắm. Hiện giờ mình có Vector NTI 9.0, nếu bạn cần mình có thể gửi cho bạn file crack của nó.

----------------------------------------

Nhân tiện xin góp ý về câu chữ:

Mình muốn isolate một gene xúc tác quá trình chuyển hóa một hợp chất thuộc nhóm indolic compound (cũng có thể hiểu là một derivative của auxin).

Gene thì làm sao xúc tác được nhỉ? Phải viết là gene mã hóa cho một enzyme chứ.

 

[Phí Quyết Tiến]

Cám ơn dontcry đã trả lời câu hỏi của mình. Về chuyên môn thì mình tự nhận thấy là còn yếu và thiếu rất nhiều vì đây cũng không phải là ngành học của mình thời học đại học. Mặc dù vậy mình cũng xin hỏi thêm từ một số gợi ý của dontcry:

Đầu tiên bạn phải xác định được đối tượng vi khuẩn mà bạn sẽ dùng làm nguồn để tách DNA khuôn. Ví dụ đối tượng vi khuẩn đó là A chẳng hạn. Tiếp theo bạn search xem có bài báo nào họ cũng PCR lấy cái gene quan tâm từ đôi tượng này, biết đâu kiếm được cặp primer.

Phần này thì mình đã search các bài báo, hiện tại thì vi khuẩn mình muốn tách gene này chưa được giải trình tự của genome, và cũng chưa có bài báo nào làm về gene trên từ vi khuẩn mình đang nghiên cứu. Đã có một số bài báo chưa đưa ra full sequence của gene trên từ loài vi khuẩn khác, một số bài thì chỉ đưa ra partial của gene đó thôi. Nếu để thiết kế primers để amplify một đoạn ngắn từ gene ?trên (dùng clustalX) dùng cho Southern blot thì mình đã có thể làm được rồi. Mình hiểu các bạn có kinh nghiệm và chuyên môn cao hơn nên muốn tham khảo thêm cách nào hợp lý hơn cách dùng Southern blot để tìm ra proper clone (nếu dùng phương pháp tạo genome library để tách dòng gene đó). Phương pháp dùng Hybridization đối với các clone của Genome library thì mất nhiều công sức và có vẻ chưa tối ưu. Điểm đáng nói là nếu enzyme trên có thể xác định hoạt tính bằng phương pháp hóa học hoặc xác định trên đĩa petri thì vấn đề đã đơn giản hơn rất nhiều.

Nếu không có bài báo nào thì bạn dùng BLAST để xác định vùng trình tự chứa gene đó. Copy vùng trình tự đó cộng thêm mỗi đầu khoảng 200 - 500 nucleotides, paste vào một chương trình thiết kế primer và chạy chương trình đó để lấy kết quả.

Phần này thì mình cũng chưa biết làm. Tuy nhiên nếu dùng BLAST để tạo primers và sử dụng chương trình Vector NTI như bạn nói thì có thể áp dụng tạo primers khi copy vùng gene trên cộng thêm 200-500 nucleotides từ vi khuẩn khác (gần nhất về mặt di truyền) được không, vì vi khuẩn mình làm hiện nay chưa được giải trình tự genome mà.

Về các phần mềm hỗ trợ thiết kế primer thì nhiều lắm. Hiện giờ mình có Vector NTI 9.0, nếu bạn cần mình có thể gửi cho bạn file crack của nó

Nếu có thể thì dontcry gửi cho mình file đấy theo địa chỉ email: goahead06@yahoo.com nhé. Cảm ơn bạn.


Nhân tiện xin góp ý về câu chữ:

Mình muốn isolate một gene xúc tác quá trình chuyển hóa một hợp chất thuộc nhóm indolic compound (cũng có thể hiểu là một derivative của auxin).

Gene thì làm sao xúc tác được nhỉ? Phải viết là gene mã hóa cho một enzyme chứ

Câu này bạn nhắc mình thì hoàn toàn đúng. Chẳng biết mình trình bày ở trên mọi người có hiểu không, có vẻ lủng củng quá nhỉ

 

[Dương Văn Cường]

Phần này thì mình đã search các bài báo, hiện tại thì vi khuẩn mình muốn tách gene này chưa được giải trình tự của genome, và cũng chưa có bài báo nào làm về gene trên từ vi khuẩn mình đang nghiên cứu. Đã có một số bài báo chưa đưa ra full sequence của gene trên từ loài vi khuẩn khác, một số bài thì chỉ đưa ra partial của gene đó thôi. Nếu để thiết kế primers để amplify một đoạn ngắn từ gene ?trên (dùng clustalX) dùng cho Southern blot thì mình đã có thể làm được rồi. Mình hiểu các bạn có kinh nghiệm và chuyên môn cao hơn nên muốn tham khảo thêm cách nào hợp lý hơn cách dùng Southern blot để tìm ra proper clone (nếu dùng phương pháp tạo genome library để tách dòng gene đó). Phương pháp dùng Hybridization đối với các clone của Genome library thì mất nhiều công sức và có vẻ chưa tối ưu. Điểm đáng nói là nếu enzyme trên có thể xác định hoạt tính bằng phương pháp hóa học hoặc xác định trên đĩa petri thì vấn đề đã đơn giản hơn rất nhiều.

Vậy là tay không bắt giặc rùi. Mình cũng như bạn, toàn ăn sẵn của bọn nước ngoài nên giờ làm từ đầu cũng chịu chết. Anh lonxon và vietbio sẽ giúp bạn.

Sáng mai mình sẽ gửi file crack Vector NTI cho cậu, cậu vào website của Invitrogen để down bản trial nhé.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Phần này thì mình đã search các bài báo, hiện tại thì vi khuẩn mình muốn tách gene này chưa được giải trình tự của genome, và cũng chưa có bài báo nào làm về gene trên từ vi khuẩn mình đang nghiên cứu. Đã có một số bài báo chưa đưa ra full sequence của gene trên từ loài vi khuẩn khác, một số bài thì chỉ đưa ra partial của gene đó thôi.

Ok, tóm lại bạn nhân 1 gene mã hóa protein (enzyme) từ 1 con vi khuẩn. Việc tìm full sequence của protein ấy chắc chắn ko khó gì. Bạn Blast đoạn gene vào ngân hàng genome của E.coli / B.subtilis hay bất cứ con vk nào đã giải mã toàn bộ -> chắc chắn kiếm được toàn bộ CDS (may mắn thay bạn làm trên vk)

Nếu để thiết kế primers để amplify một đoạn ngắn từ gene  trên (dùng clustalX) dùng cho Southern blot thì mình đã có thể làm được rồi. Mình hiểu các bạn có kinh nghiệm và chuyên môn cao hơn nên muốn tham khảo thêm cách nào hợp lý hơn cách dùng Southern blot để tìm ra proper clone (nếu dùng phương pháp tạo genome library để tách dòng gene đó). Phương pháp dùng Hybridization đối với các clone của Genome library thì mất nhiều công sức và có vẻ chưa tối ưu. Điểm đáng nói là nếu enzyme trên có thể xác định hoạt tính bằng phương pháp hóa học hoặc xác định trên đĩa petri thì vấn đề đã đơn giản hơn rất nhiều.

1. Bạn đã có trong tay genome library của con vk đấy trong tay chưa?
2. Con vi khuẩn bạn quan tâm gần gũi như thế nào với con vk đã có trình tự GOI công bố (về mặt phân loại, phạm vi phân bố ..)

 

[Phí Quyết Tiến]

Vậy là tay không bắt giặc rùi. Mình cũng như bạn, toàn ăn sẵn của bọn nước ngoài nên giờ làm từ đầu cũng chịu chết. Anh lonxon và vietbio sẽ giúp bạn.

Sáng mai mình sẽ gửi file crack Vector NTI cho cậu, cậu vào website của Invitrogen để down bản trial nhé.

Hì hì, mình từ trước giờ làm những công việc đơn giản, cứ ăn sẵn luôn nên chẳng lo nghĩ gì mấy. Bây giờ phải tự tìm cách mà bơi mới thấy hơn vấn đề một chút ? ? ?Cám ơn dontcry nhiều. Qua đây các bạn cũng giúp mình hiểu thêm nhiều

Ok, tóm lại bạn nhân 1 gene mã hóa protein (enzyme) từ 1 con vi khuẩn. Việc tìm full sequence của protein ấy chắc chắn ko khó gì. Bạn Blast đoạn gene vào ngân hàng genome của E.coli / B.subtilis hay bất cứ con vk nào đã giải mã toàn bộ -> chắc chắn kiếm được toàn bộ CDS (may mắn thay bạn làm trên vk)

Phần này thì mình tìm được rồi. Tuy nhiên trên các loại vi khuẩn hay nấm khác nhau thì kích thước của protein này cũng rất khác nhau. Nếu xét về CDS thì nó có thể từ 400bp-1.6kb gì đó, mình chưa cộng trừ chính xác

1. Bạn đã có trong tay genome library của con vk đấy trong tay chưa?
2. Con vi khuẩn bạn quan tâm gần gũi như thế nào với con vk đã có trình tự GOI công bố (về mặt phân loại, phạm vi phân bố ..)

Mình chưa có genome libraty trong tay. Hiện tại mình đang chọn phương án tối ưu để phân lập gene này thôi, nếu chưa có phương án nào khả thi hơn thì có lẽ cũng phải tạo genome library dùng cosmid vector, sau đó thì dùng southern blot để tìm ra clone chứa gene mong muốn. Hihi, đây là cách cuối cùng mình mong muốn nếu chưa có cách nào khả dĩ hơn.

Tuy nhiên theo gợi ý của Vietbio thì mình cũng đã tìm được chủng có GOI có quan hệ gần gũi với chủng của mình về mặt phân loại, tuy nhiên gene này được xác định theo genome annotation (hình như là theo lonxon nói (khái niệm này mình cũng chưa tìm hiểu thêm): identified by match to protein family HMM PF00...; ?match to protein family HMM PF02....; match to protein family HMM PF02...), chứ chủng này không được nghiên cứu về gene này trong thực nghiệm. Tuy nhiên từ đây mình suy nghĩ là có thể thiết kế primers dùng phần mềm Vector NTI như dontcry nói không?

 

[Cao Xuân Hiếu]

1. bây giờ bạn cần kiểm tra có bao nhiêu protein / gene trong họ protein đấy ở genome của từng loài, đơn cử E.coli và B.subtilis.

2. Protein đó có những domain nào là đặc trưng, trình tự consensus của nó

3. Protein mà bạn quan tâm có những đặc điểm gì có thể phân biệt với các thành viên khác trong họ protein

4. thiết kế primer nhân và xác định đoạn khoảng 400bp của đoạn trình tự đặc trưng nhất đây

5. bây giờ bạn đã thả được mỏ neo xuống đáy biển rồi, công việc tìm kim sẽ dễ hơn. Tuy nhiên kiểm tra xem trình tự đoạn của bạn có đạt được yêu cầu ko? nếu có thể thì làm cái Northern blot để xem con vk của bạn có biểu hiện mRNA đó ko?

6. Bạn digest DNA genome của vk, gắn các đầu linker vào sản phẩm cắt, dùng 1 primer đặc hiệu của đoạn mỏ neo và 1 primer ngắn tương ứng với linker, từ từ tiến sang 2 bên.

7. CDS của nó sẽ ko vượt quá 2kb nên bạn chỉ cần xác định trình từ đoạn khoảng 800bp ở mỗi phía thì có thể dịch mã bằng 6 khung đọc để xem kết quả có thành công ko?

8. Chúc bạn may mắn vì ý tưởng tốt mà kém may mắn thì cũng khó thành công.

 

[Phí Quyết Tiến]

1. bây giờ bạn cần kiểm tra có bao nhiêu protein / gene trong họ protein đấy ở genome của từng loài, đơn cử E.coli và B.subtilis.

2. Protein đó có những domain nào là đặc trưng, trình tự consensus của nó

3. Protein mà bạn quan tâm có những đặc điểm gì có thể phân biệt với các thành viên khác trong họ protein

4. thiết kế primer nhân và xác định đoạn khoảng 400bp của đoạn trình tự đặc trưng nhất đây

5. bây giờ bạn đã thả được mỏ neo xuống đáy biển rồi, công việc tìm kim sẽ dễ hơn. Tuy nhiên kiểm tra xem trình tự đoạn của bạn có đạt được yêu cầu ko? nếu có thể thì làm cái Northern blot để xem con vk của bạn có biểu hiện mRNA đó ko?

6. Bạn digest DNA genome của vk, gắn các đầu linker vào sản phẩm cắt, dùng 1 primer đặc hiệu của đoạn mỏ neo và 1 primer ngắn tương ứng với linker, từ từ tiến sang 2 bên.

7. CDS của nó sẽ ko vượt quá 2kb nên bạn chỉ cần xác định trình từ đoạn khoảng 800bp ở mỗi phía thì có thể dịch mã bằng 6 khung đọc để xem kết quả có thành công ko?

8. Chúc bạn may mắn vì ý tưởng tốt mà kém may mắn thì cũng khó thành công.

Thank Vietbio. Mình sẽ trả lời từng câu hỏi của Vietbio, sau đó mình đưa ra hướng giải quyết của mình dựa theo hướng của cậu, có thể nó đơn giản hơn chút ít chăng?

1. May mắn là mỗi vi khuẩn chỉ có một gene mã hóa protein trên.

2, 3, 4. ?Mình có thể tìm được primers thích hợp dựa trên các đoạn concensus để amplify một đoạn ngắn bên trong gene đó.

5. Mình chưa hiểu lắm về kiểm tra Northern blot để kiểm tra biểu hiện bằng mRNA của vi khuẩn mình cần làm, nhưng trước khi mình làm thì bằng metabolic intermediates, mình có thể confirm là có enzyme mình cần tìm từ vi khuẩn đang làm.

6. OK, cắt genome và dùng linkers. Mình hiểu đoạn này nhưng về kỹ thuật cụ thể thì vẫn chưa biết gì. Có phải dùng linker là các loại oligo T chẳng hạn để gắn vào các đầu ends không? Vietbio nói thêm một chút về phần này cho mình nhé.

7.

Có thể dịch mã bằng 6 khung đọc để xem kết quả có thành công không .

Mình chưa hiểu lắm câu này. Nhân đây hỏi thêm các bạn là các bạn thường dùng chương trình phần mềm nào để phân tích trình tự DNA, mình mới vào làm chút ít về sinh học phân tử nên chưa biết nhiều lắm.

8. Hi`hi`, đúng là may mắn rất quan trọng, đôi khi một vấn đề đơn giản mà ko may mắn thì cũng chẳng làm ra.


Dựa trên ý tưởng Vietbio mình nghĩ có thể giải quyết theo cách sau:

1. Cắt genome của vi khuẩn thành các đoạn ngắn.

2. Autoligate bằng Ligase

3. Dùng inverse PCR để amplify the flanking regions của đoạn consensus trên ---> Sequencing.

Như vậy phương pháp này ko cần dùng linkers, lại có thể amplify cả hai đầu dùng a single PCR reaction. Vấn đề của mình tiếp theo sẽ là phân tích thế nào để tìm ra đúng gene từ trình tự nhận được vì hiện tại mình chưa có một chút kinh nghiệm nào về phân tích trình tự DNA. Mặc dù đây mới chỉ là kế hoạch trên giấy, chưa biết thế nào.

Không biết như thế có khả quan hơn không, nhưng theo mình nghĩ thì có thể đơn giản hơn, nhưng tỷ lệ thành công thì còn tùy vào may mắn và may mắn.

 

[Trần Hoàng Dũng]

cái gì mà phức tạp vậy, công việc đâu đến mức kinh khủng thể


01. Có phải bạn muốn phân lập 1 gene ?của 1 con vi khuẩn mà bạn kô có genome? đúng không?

02- Dễ nhất là dùng universal primers mà tìm.

- bạn gọi con VK bạn làm việc là A
- tìm trên Genbank coi có bà con của A, có con nào được đọc trình tự gene hòan chỉnh chưa (whole genome)
- lôi cái genome này xuống và đọc bài báo tương ứng về cái kết quả này, để lấy các bản đồ gene của nó.
- coi trong bản đồ gene coi cái gen A của bạn nằm ở đâu. Thường nó kẹp giữa hai gene B và C nào đó. Gỉa sử ta có trình tự BAC.
- thiết kế 1 Forward universal primer chạy tử đầu B và 1 R universal primer chạy ?từ đầu C. Lưu ý sản phẩm PCR dự đóan nên chừng 3-4 ngàn; nếu đọan BAC mà dài quá thì cắt làm nhiếu phần.
- cân chỉnh PCR programme để thu được kết quả tốt nhất.
- tách sản phẩm PCR ra đọc trình tự.
- đưa trình tự lên BLAST để biết gene A nằm chính xác chổ nào lúc này thiết kế lại 2 primer mới sao cho thu được gene A có kích thước ưng ý nhất.

= PP dò tìm gene bằng mRNA hay từ protein quả là tốt kém và mất nhiều công sức; nên dựa vào thông tin genome sẵn có mà tìm cho lẹ.

 

[Phí Quyết Tiến]

01. Có phải bạn muốn phân lập 1 gene  của 1 con vi khuẩn mà bạn kô có genome? đúng không?

02- Dễ nhất là dùng universal primers mà tìm.

- bạn gọi con VK bạn làm việc là A
- tìm trên Genbank coi có bà con của A, có con nào được đọc trình tự gene hòan chỉnh chưa (whole genome)
- lôi cái genome này xuống và đọc bài báo tương ứng về cái kết quả này, để lấy các bản đồ gene của nó.
- coi trong bản đồ gene coi cái gen A của bạn nằm ở đâu. Thường nó kẹp giữa hai gene B và C nào đó. Gỉa sử ta có trình tự BAC.
- thiết kế 1 Forward universal primer chạy tử đầu B và 1 R universal primer chạy  từ đầu C. Lưu ý sản phẩm PCR dự đóan nên chừng 3-4 ngàn; nếu đọan BAC mà dài quá thì cắt làm nhiếu phần.
- cân chỉnh PCR programme để thu được kết quả tốt nhất.
- tách sản phẩm PCR ra đọc trình tự.
- đưa trình tự lên BLAST để biết gene A nằm chính xác chổ nào lúc này thiết kế lại 2 primer mới sao cho thu được gene A có kích thước ưng ý nhất.

= PP dò tìm gene bằng mRNA hay từ protein quả là tốt kém và mất nhiều công sức; nên dựa vào thông tin genome sẵn có mà tìm cho lẹ.

Bác dùng cái nick lonxon mà viết rất mạch lạc, rõ ràng nên em hiểu được kha khá , có gì không hiểu thì em sẽ hỏi thêm bác nhé. Em cũng bắt đầu hình dung ra vấn đề rồi, không còn tối như mấy hôm trước nữa.

Cám ơn các bác rất nhiều, hy vọng em cũng có thể tham gia diễn đàn trao đổi cùng các bác cũng như giúp các thành viên khác như các bác đã giúp em.

 

[Phí Quyết Tiến]

có thể dịch mã bằng 6 khung đọc để xem kết quả có thành công ko?

Mình đã hiểu câu này sau khi tra sách, hihi, trình độ ngắn nên khổ thế đấy!

 

[Cao Xuân Hiếu]

cái gì mà phức tạp vậy, công việc đâu đến mức kinh khủng thể

02- Dễ nhất là dùng universal primers mà tìm.

- bạn gọi con VK bạn làm việc là A
- tìm trên Genbank coi có bà con của A, có con nào được đọc trình tự gene hòan chỉnh chưa (whole genome)
- lôi cái genome này xuống và đọc bài báo tương ứng về cái kết quả này, để lấy các bản đồ gene của nó.
- coi trong bản đồ gene coi cái gen A của bạn nằm ở đâu. Thường nó kẹp giữa hai gene B và C nào đó. Gỉa sử ta có trình tự BAC.
- thiết kế 1 Forward universal primer chạy tử đầu B và 1 R universal primer chạy ?từ đầu C. Lưu ý sản phẩm PCR dự đóan nên chừng 3-4 ngàn; nếu đọan BAC mà dài quá thì cắt làm nhiếu phần.
- cân chỉnh PCR programme để thu được kết quả tốt nhất.
- tách sản phẩm PCR ra đọc trình tự.
- đưa trình tự lên BLAST để biết gene A nằm chính xác chổ nào lúc này thiết kế lại 2 primer mới sao cho thu được gene A có kích thước ưng ý nhất.

= PP dò tìm gene bằng mRNA hay từ protein quả là tốt kém và mất nhiều công sức; nên dựa vào thông tin genome sẵn có mà tìm cho lẹ.

xin hỏi hướng tiếp cận này có khả thi nếu chúng ta không có ngân hàng BAC của loài A trong tay?

 

[Trần Hoàng Dũng]

cái công việc này làm dựa trên cái ta không có ngân hàng của loài A trong tay.

 

[Phí Quyết Tiến]

cái gì mà phức tạp vậy, công việc đâu đến mức kinh khủng thể

02- Dễ nhất là dùng universal primers mà tìm.

- bạn gọi con VK bạn làm việc là A
- tìm trên Genbank coi có bà con của A, có con nào được đọc trình tự gene hòan chỉnh chưa (whole genome)
- lôi cái genome này xuống và đọc bài báo tương ứng về cái kết quả này, để lấy các bản đồ gene của nó.
- coi trong bản đồ gene coi cái gen A của bạn nằm ở đâu. Thường nó kẹp giữa hai gene B và C nào đó. Gỉa sử ta có trình tự BAC.
- thiết kế 1 Forward universal primer chạy tử đầu B và 1 R universal primer chạy  từ đầu C. Lưu ý sản phẩm PCR dự đóan nên chừng 3-4 ngàn; nếu đọan BAC mà dài quá thì cắt làm nhiếu phần.
- cân chỉnh PCR programme để thu được kết quả tốt nhất.
- tách sản phẩm PCR ra đọc trình tự.
- đưa trình tự lên BLAST để biết gene A nằm chính xác chổ nào lúc này thiết kế lại 2 primer mới sao cho thu được gene A có kích thước ưng ý nhất.

= PP dò tìm gene bằng mRNA hay từ protein quả là tốt kém và mất nhiều công sức; nên dựa vào thông tin genome sẵn có mà tìm cho lẹ.

xin hỏi hướng tiếp cận này có khả thi nếu chúng ta không có ngân hàng BAC của loài A trong tay?

Theo như bác lonxon viết thì chúng ta đâu cần ngân hàng BAC của loài A đâu. Vấn đề cơ bản là thiết kế cặp universal primers thôi, sau đó có thể PCR trực tiếp mà. Chẳng biết như thế có sai không, hihi

 

[Trần Hoàng Dũng]

đúng rồi đấy, cái chính là dò tìm cho ra bước này

- tìm trên Genbank coi có bà con của A, có con nào được đọc trình tự gene hòan chỉnh chưa (whole genome)
- lôi cái genome này xuống và đọc bài báo tương ứng về cái kết quả này, để lấy các bản đồ gene của nó.
- coi trong bản đồ gene coi cái gen A của bạn nằm ở đâu. Thường nó kẹp giữa hai gene B và C nào đó.

 

[Phí Quyết Tiến]

Em làm theo cách của em trinh bày ở trên sau khi có gợi ý của Vietbio, chỉ cần 2 cặp primer là xong. Nhưng đúng là cần may mắn nữa, ko thì cũng pótay.com luôn với những việc rất đơn giản mà kém may mắn. Cách của bác lonxon cũng hay, đơn giản và có vẻ khả thi nhưng em chưa nghiên cứu vì trót làm ra mất rồi ?

 

[Cao Xuân Hiếu]

xin được thảo luận giải pháp của anh lonxon có bắt buộc loài A phải có quan hệ gần gũi đến như thế nào đối với loài A' (đã được giải mã toàn bộ genome) ?