Pha buffer

[Nguyễn Ngọc Lương]

Mình muốn hỏi các bạn làm SHPT về truyền thống pha buffer trong lab của các bạn. Như ta biết pH của buffer phụ thuộc vào nhiệt độ. Thông thường trong shpt thì ta thường làm việc ở nhiệt độ 4oC. Tuy nhiên khi pha các đệm để sử dụng (ví dụ phosphate buffer, Tris buffer) thì ta lại pha ở 25oC. Khi làm lạnh xuống 4oC nó sẽ tăng pH lên khoảng 0.5 đơn vị. Vậy liệu cách pha đệm này là đúng hay sai?

 

[cfareast]

Mình muốn hỏi các bạn làm SHPT về truyền thống pha buffer trong lab của các bạn. Như ta biết pH của buffer phụ thuộc vào nhiệt độ. Thông thường trong shpt thì ta thường làm việc ở nhiệt độ 4oC. Tuy nhiên khi pha các đệm để sử dụng (ví dụ phosphate buffer, Tris buffer) thì ta lại pha ở 25oC. Khi làm lạnh xuống 4oC nó sẽ tăng pH lên khoảng 0.5 đơn vị. Vậy liệu cách pha đệm này là đúng hay sai?

BẠN LÀM PHẢN ỨNG GÌ Ở 4oC VẬY BẠN? CHƯA NGHE BAO GIỜ

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Mình muốn hỏi các bạn làm SHPT về truyền thống pha buffer trong lab của các bạn. Như ta biết pH của buffer phụ thuộc vào nhiệt độ. Thông thường trong shpt thì ta thường làm việc ở nhiệt độ 4oC. Tuy nhiên khi pha các đệm để sử dụng (ví dụ phosphate buffer, Tris buffer) thì ta lại pha ở 25oC. Khi làm lạnh xuống 4oC nó sẽ tăng pH lên khoảng 0.5 đơn vị. Vậy liệu cách pha đệm này là đúng hay sai?

Em không để ý cái này. Tuy nhiên nếu muốn biết đúng sai thì bác kiếm các loại buffer của hãng pha sẵn rồi đo pH để xem là biết.

 

[Đinh Văn Khương]

Em không để ý cái này. Tuy nhiên nếu muốn biết đúng sai thì bác kiếm các loại buffer của hãng pha sẵn rồi đo pH để xem là biết.

cái này thì đúng rồi Hưng ạ, có điều trước giờ mình cũng chưa bao giờ đặt câu hỏi như anh Lương nêu trên.

http://www.neb.com/nebecomm/tech_reference/general_data/tris_buffer.asp#.UFmOr6A5gyN

 

[Đinh Văn Khương]

một lỗi sai phổ biến nữa về pH là tính giá trị trung bình của pH.

ví dụ: chúng ta có 3 dung dịch có pH lần lượt là 6, 7 và 8, khi đó giá trị trung bình pH của 3 phép đo này sẽ là 6.431798 chứ không phải là 7.0

 

[Biologist]

Vậy liệu cách pha đệm này là đúng hay sai?

Bạn Lương: Tùy theo loại buffer mà Bạn muốn sử dụng, pH của buffer sẽ thay đổi phụ thuộc vào nhiệt độ không ít thì nhiều. Đặc biệt đối với Tris buffers thì thay sự thay đổi pH phụ thuộc vào nhiệt độ này càng rõ rệt hơn. Ngược lại, pH của một số buffers khác (ví dụ nhu HEPES, citrate, succinate, etc.) thì tương đối ổn định hơn khi nhiệt độ thay đổi.

Khi làm thí nghiệm sinh học phân tử, nếu cần phải dùng các buffers "highly susceptible to changes in temperature" như Tris thì Bạn nên cố gắng pha và điều chỉnh pH của buffers ở nhiệt độ mà Bạn sẽ sử dụng (i.e. at working temperature). Ví dụ như Bạn cần pha buffers dùng cho việc "extract" và "purify" enzymes ở 4oC thì Bạn nên điều chỉnh pH của buffers ở trong "cold room" ở 4oC. Ngoài ra, pH electrode của pH meter cũng phải được "calibrated at the working temperature". Hơn thế nữa, trong một số phòng thí nghiệm SHPT mà Tôi đã từng làm việc, buffers sau khi pha xong thì tiếp tục được stored ở "working temperature" (i.e. trong trường hợp của Bạn thì nên store buffers ở trong "cold room" hoặc trong tủ lạnh ở 4oC).

Chúc thành công !

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Cám ơn bạn. Như vậy nói chung là vẫn còn ti tỉ thứ cần phải chấn chỉnh trong khi làm thí nghiệm.
Ở lab mình thì Tris thường được pha ở RT và store ở RT luôn. Cái này khi đổ SDS-PAGE gel, Western thì không sao. Nhưng khi mình tách protein dùng Tris buffer thì vẫn hay dùng luôn Tris buffer RT. Mà theo công thức thì nếu pH8 ở 25 độ sẽ trở thành 8.5 ở 4 độ.

 

[cfareast]

Cám ơn bạn. Như vậy nói chung là vẫn còn ti tỉ thứ cần phải chấn chỉnh trong khi làm thí nghiệm.
Ở lab mình thì Tris thường được pha ở RT và store ở RT luôn. Cái này khi đổ SDS-PAGE gel, Western thì không sao. Nhưng khi mình tách protein dùng Tris buffer thì vẫn hay dùng luôn Tris buffer RT. Mà theo công thức thì nếu pH8 ở 25 độ sẽ trở thành 8.5 ở 4 độ.

Các bác cứ lăn tăn chuyện pH ở nhiệt độ này nọ nhỉ???

Cái quan trọng là working pH, chứ store ở 4oC hay -20, -80oC thì sao nào?

pH nó rất ổn định trong khoảng biên độ rộng... thay đổi chẳng đáng kể.

Không việc gì chấn chỉnh cái pH... Nhiều cái cần chấn chỉnh trong lab hơn!!!, Vì thí nghiệm lỗi, ko bao giờ do cái thay đổi pH ở nhiệt độ nào đó!!!

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Các bác cứ lăn tăn chuyện pH ở nhiệt độ này nọ nhỉ???

Cái quan trọng là working pH, chứ store ở 4oC hay -20, -80oC thì sao nào?

pH nó rất ổn định trong khoảng biên độ rộng... thay đổi chẳng đáng kể.

Không việc gì chấn chỉnh cái pH... Nhiều cái cần chấn chỉnh trong lab hơn!!!, Vì thí nghiệm lỗi, ko bao giờ do cái thay đổi pH ở nhiệt độ nào đó!!!

Bạn cfareast đọc lại cái post đầu tiên. Nếu bạn tra bảng và pha Tris buffer RT thì pH = 8 tại đó sẽ trở thành pH = 8.5 khi bạn dùng buffer đó để, ví dụ, tách protein, thẩm tích vì các thí nghiệm này đều được thực hiện ở đk 4 độ.
Điều quan trọng đối với việc chi li khi làm thí nghiệm không phải vì thí nghiệm làm có ra kết quả hay không mà có nhiều "good reasons" vì sao ta phải cẩn thận và chi li trong quá trình học tập. Ví dụ nó luyện cho ta đọc kỹ những gì người khác viết trước khi viết reply.

 

[Biologist]

Cám ơn bạn. Như vậy nói chung là vẫn còn ti tỉ thứ cần phải chấn chỉnh trong khi làm thí nghiệm.

Chính vì vậy mà câu viết của Lương: "Molecular biology is deceptively simple; Method is everything but the devil is in the detail" rất chính xác. Tôi chắc chắn là các bạn đã chứng kiến trường hợp mà nhiều scientists cùng làm trong một phòng thí nghiệm, sử dụng cùng hóa chất và protocols giống nhau nhưng có những scientists rất thành công và lại có những scientists thì lại làm hoài một thí nghiệm vẫn không ra kết quả (hoặc là ra kết quả nhưng kết quả lại irreproducible). "Hiện tượng" này rất phổ biến trong các phòng thí nghiệm sinh học phân tử.

Nhân tiện đây, tôi "upload" lên một bản tóm tắt những điều cơ bản trong việc sử dụng các "biological buffers" cho các bạn tham khảo. Hy vong mỗi người sẽ tìm được những điều bổ ích cho riêng mình.

Chúc thành công,

 

[cfareast]

Mình muốn hỏi các bạn làm SHPT về truyền thống pha buffer trong lab của các bạn. Như ta biết pH của buffer phụ thuộc vào nhiệt độ. Thông thường trong shpt thì ta thường làm việc ở nhiệt độ 4oC. Tuy nhiên khi pha các đệm để sử dụng (ví dụ phosphate buffer, Tris buffer) thì ta lại pha ở 25oC. Khi làm lạnh xuống 4oC nó sẽ tăng pH lên khoảng 0.5 đơn vị. Vậy liệu cách pha đệm này là đúng hay sai?

Cách pha đệm ko sai, ai cũng giá trị pH mặc định ở RT là chuẩn.

Bạn hỏi vậy, thì chứng tỏ bạn không đọc nhiều!

Biết thêm lý thuyết thì cũng tốt, nhưng theo tôi có nhiều yếu tố ảnh hưởng (kỹ thuật, thao tác và các tiểu tiết thí nghiệm) đến kết quả, ko thể liệt kê hết.... Nên chỉ tập chung các yếu tố chính... chứ pH ở 20oC hay 4oC thì 100% chẳng ảnh hưởng gì đến cấu trúc cho dù pH có thay đổi khoảng 0.5 như bạn viết. Quan trọng là điều kiện cho nó hoạt động ở pH optimum. Khi lôi ra khỏi tủ lạnh 4oC, thì nó vẫn 100% full activity khi ở nhiệt độ hay pH optimum.

 

[Đinh Văn Khương]

Cách pha đệm ko sai, ai cũng giá trị pH mặc định ở RT là chuẩn.

Bạn hỏi vậy, thì chứng tỏ bạn không đọc nhiều!

Vậy bạn đọc ở đâu mà người ta mặc định giá trị pH ở RT là chuẩn?

Biết thêm lý thuyết thì cũng tốt, nhưng theo tôi có nhiều yếu tố ảnh hưởng (kỹ thuật, thao tác và các tiểu tiết thí nghiệm) đến kết quả, ko thể liệt kê hết.... Nên chỉ tập chung các yếu tố chính... chứ pH ở 20oC hay 4oC thì 100% chẳng ảnh hưởng gì đến cấu trúc cho dù pH có thay đổi khoảng 0.5 như bạn viết. Quan trọng là điều kiện cho nó hoạt động ở pH optimum. Khi lôi ra khỏi tủ lạnh 4oC, thì nó vẫn 100% full activity khi ở nhiệt độ hay pH optimum.

Thế theo bạn yếu tố nào là chính khi chọn buffer?