Hỏi về các phương pháp marker phân tử

[Lâm Vỹ Nguyên]

Các bác có thể cho tôi hỏi là về các phương pháp marker phân tử.

RFLP có ưu điểm là marker đồng trội cho phép phân biệt được cá thể đồng hợp và dị hợp.
AFLP là một marker trội, điều này làm hạn chế phân biệt cá thể đồng hợp và dị hợp.
RAPD là một marker trội do đó những gen điều khiển tính trạng lặn sẽ khó tìm thấy sự đa hình trong điện di.

Marker trội, marker lặn là gì? Làm sao có thể biết được marker nào là trội và marker nào là lặn? Có thể tìm tài lệu về vấn đề này ở đâu.
Tôi đã đọc một số sách nhưng chỉ thấy là viết ra như vậy chứ ko thấy giải thích tại sao, cũng có dịp hỏi cô Nguyễn Thị Lang nhưng vẫn ko hiểu (chắc là ?do dốt quá) ?
Xin cám ơn nhiều nhiều nhiều!!!

 

[Bạch Thu Thủy]

Chào bạn,

Để khẳng định một cá thể là đồng hợp hay dị hợp, bạn cần so sánh nó với các cá thể khác trong quần thể hay với hai cá thể bố mẹ.

Trong trường hợp RFLP, sự đa hình polymorphism giữa các cá thể được phân biệt bởi độ dài của các đoạn băng trên gel điện di. Các cá thể mang các gene khác nhau => trình tự các gene sẽ khác nhau một chút => các site RE (các vị trí cắt của emzyme giới hạn) sẽ khác nhau => độ dài các đoạn ADN bị cắt sẽ khác nhau.

Ví dụ đơn giản :

P1 ? ? ? P2 ? ? ? ? ?F1 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?Cá thể ? ? ? 1 ? ? ? ? 2 ? ? ? ? ? ? ?3 ? ? ? ? ? ? ?4 ? ? ? ? ? ? ? 5 ? ? ? ? ? ? ? 6
__ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?__ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? __ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?__ ? ? ? ? ? ?__ ? ? ? ? ? ? ?__
? ? ? ? ? __ ? ? ? ? ?__ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? __ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? __ ? ? ? ? ? ? __
__ ? ? ?__ ? ? ? ? ?__ ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
__ ? ? ?__ ? ? ? ? ?__


Trong hai ví dụ trên cá thể F1 và cá thể 5 là dị hợp, bọn còn lại đồng hợp về gene đang xét. Trên thực tế khi người ta sẽ làm trên ADN của cả genom, vì thế sẽ có rất nhiều băng khác nhau trên gel điện di, khái niệm đồng hợp, dị hợp là tương đối, tùy theo gene quan tâm và tùy theo người nghiên cứu đang xét cá thể nào nữa.

RFLP là marker đồng trội vì trên gel điện di bạn thấy tất cả các đoạn ADN mang các gene khác nhau, có điều độ dài các đoạn ADN này khác nhau .


RAPD : absence/presence marker.

Với một locus đã cho :

allele a : hai primer trong phản ứng PCR bắt cặp -> tổng hợp allele 1
allele b : khác allele 1 (polymorphism) => một trong hai primer không thể bắt cặp được => không có PCR

Trên gel điện di, ?cá thể 1 mang allele aa, bạn thấy có một đoạn ADN được nhân lên
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cá thể 2 mang allele bb : không có đoạn băng nào cả
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cá thể 3 dị hợp ab: bạn sẽ thấy có một đoạn ADN tương ứng với vị trí đoạn băng của cá thể 1

Trong trường hợp này bạn không phân biệt được 1 và 3 cá thể nào đồng hợp, cá thể nào dị hợp. RAPD là marker trội vì bạn chỉ thấy một trường hợp chứ không phải cả hai trường hợp như với RFLP



AFLP : phức tạp hơn, gồm hai giai đoạn: đầu tiên là digestion of DNA với RE, sau đó PCR, nhưng về cơ bản vẫn là có/không có đoạn băng ADN trên gel điện di. Vì thế bạn không thể phân biệt đồng hợp, dị hợp với gene mà đoạn ADN mang nó được tổng hợp trong phản ứng PCR.


Không có marker lặn bạn thân mến ạ ? Hi vọng mình trình bày rõ ràng và dễ hiểu. Có vấn để thắc mắc chúng ta sẽ trao đổi tiếp.


==========
Định dạng bởi THD

 

[Lâm Vỹ Nguyên]

Việc so sánh các band qua các thế hệ để biết cá thể nào là đồng hợp, dị hợp thì em hiểu. Em chỉ ko hiểu tại sao lại là trội và đồng trội thôi (thì ra là ko có marker lặn ? ). Bây giờ thì em đã hiểu rồi. Cám ơn chị nhiều!

 

[dongianqn]

Vậy RAPD nếu trong trường hợp mồi có thể bắt được ở cả allen a và allen b nếu như vậy thì có thể phân biệt được dị hợp và đồng hợp rồi mà Bạch Thu Thủy