Kết quả PCR?

[Ginno]

Tôi chẳng hiểu nhiều về PCR chỉ biết người ta bảo bọn primer nó cứ chạy lung tung trên cái mạch khuôn, khi đến chỗ phù hợp thì nó gắn vào, không phù hợp thì nó lại chạy đi.

Còn muốn hiểu cơ chế của Tag thì phải biết cấu trúc của nó, nếu bạn biết cấu trúc rồi thì nói chuyện tiếp

À, mình cũng muốn hỏi là " chổ phù hợp" mà bạn nói ở trên cụ thể về cơ chế thì như thế nào? Mình cũng đang gút mắc ở chổ này!

Cấu trúc của Tag thì mình cũng đã đọc qua, bây giờ muốn hiểu về cơ chế hoặt động và chức năng của nó, bạn casper ơi ! Nếu casper biết thì giải thích cho mình với, cám ơn bác trước nhé!

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Chỗ phù hợp ở đây là sự bắt cặp bổ sung. Đặc biệt quan trọng là đầu 3' của mồi. Đố biết khi mồi gắn vào khuôn thì nó gắn ở giữa trước rồi mở rộng sự gắn sang hai bên hay nó gắn từ đầu này sang đầu kia?

Còn về cơ chế của DNA polymerase thì thế này

Tưởng tượng cấu trúc DNA polymerase như một bàn tay với ba phần quan trọng là ngón cái, các ngón còn lại và lòng bàn tay. Miền lòng chứa trung tâm hoạt động. Đặc biệt, vùng này gắn với các ion kim loại hóa trị hai (Mg hay Zn).

Miền lòng bàn tay gắn với phức hệ mồi và khuôn như kiểu ta cầm một đoạn dây thừng mới bện. Ngoài vai trò xúc tác, miền lòng bàn tay cũng quản lý độ bắt cặp chính xác của các dNTP tới gắn. Chỉ các nucleotide bắt cặp chính xác với khuôn mới được thêm vào.
Miền các ngón khác cũng quan trọng trong hoạt tính xúc tác. Một số gốc nằm trong các ngón tay gắn với dNTP đang đến. Quan trọng hơn, khi sự bắt cặp chính xác được tạo thành giữa dNTP mới đến và khuôn, miền ngón tay dịch chuyển để bao quanh dNTP. Dạng đóng này tăng cường tính xúc tác bằng cách đẩy nucleotide tiếp xúc gần với các ion kim loại. Miền ngón tay cũng kết hợp với vùng khuôn làm khung phosphodiester của khuôn quay gần 90°.

Miền ngón cái có hai nhiệm vụ chính. Thứ nhất, nó giữ vị trí chính xác của mồi và trung tâm hoạt động. Thứ hai, nó duy trì sự kết hợp mạnh mẽ của DNA polymerase và cơ chất.

Về chức năng. Ở prokaryote (E.coli) DNA polymerase có 5 loại với chức năng tách mồi RNA, sửa chữa DNA, tái bản nhiễm sắc thể.

Ở eukaryote có 13 loại với các chức năng: tổng hợp mồi khi tái bản DNA, tái bản và sửa chữa DNA genome, DNA ty thể.

Đại khái thế, bạn có thể vào đây xem thêm.
http://chem-faculty.ucsd.edu/kraut/bpol.html

 

[Ginno]

Cám ơn Casper nhiều nhé, bài của bạn giúp mình hiểu biết thêm về cơ chế hoặt động của PCR nhé.

Đố biết khi mồi gắn vào khuôn thì nó gắn ở giữa trước rồi mở rộng sự gắn sang hai bên hay nó gắn từ đầu này sang đầu kia?

Về khỏan này thì theo mình suy đóan thế này: primer sẽ gắn vào mạch khuôn mẩu tại điểm phù hợp, điểm này ở đâu trên đọan khuôn mẩu thì tùy thuộc vào chuổi Nucleotid của primer được thiết kế. người ta sẽ thiết kế primer sao cho nó sẽ găn vào ở vị trí càng gần đầu chuổi khuôn mẩu càng tốt! Cái này có đúng không các bác? Xin cho biết thêm thông tin nhé!

Thanks to all

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Về khỏan này thì theo mình suy đóan thế này: primer sẽ gắn vào mạch khuôn mẩu tại điểm phù hợp, điểm này ở đâu trên đọan khuôn mẩu thì tùy thuộc vào chuổi Nucleotid của primer được thiết kế. người ta sẽ thiết kế primer sao cho nó sẽ găn vào ở vị trí càng gần đầu chuổi khuôn mẩu càng tốt! Cái này có đúng không các bác? Xin cho biết thêm thông tin nhé!

Ý tớ muốn hỏi là nếu cậu có một template dài 20nu và một đoạn primer cũng dài 20 nu hoàn toàn match với template. Vậy khi primer gắn vào template thì nó sẽ gắn từ đầu này sang đầu kia hay là gắn vào template ở đoạn giữa rồi mở rộng sang hai bên?

 

[Ginno]

Trả lời bác thế này: Nếu như trong giả thiết của bác đặt ra ấy, primer sẽ gắn đầu 5' của nó vào đầu 3' của chuổi template trước rồi tiếp tục gắn cho các Nu tiếp theo cho đến hết. Có đúng không các cao thủ?

 

[Cao Xuân Hiếu]

Ý tớ muốn hỏi là nếu cậu có một template dài 20nu và một đoạn primer cũng dài 20 nu hoàn toàn match với template. Vậy khi primer gắn vào template thì nó sẽ gắn từ đầu này sang đầu kia hay là gắn vào template ở đoạn giữa rồi mở rộng sang hai bên?

ý của casper chỉ muốn hỏi về nhiệt động học của DNA hybridization. Nói đơn giản là 1 đoạn oligo mạch kép (20 nu) được đun sôi kỹ và cho hạ nhiệt từ từ thì nó hình thành các liên kết hydro có trật tự ưu tiên như thế nào. Ginno thử xem lại đặc tính vật lý của DNA, sách lý sinh hoặc về DNA hybridization (như là Southern bolt) rồi bình tĩnh trả lời xem thế nào. Good luck!

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Trả lời bác thế này: Nếu như trong giả thiết của bác đặt ra ấy, primer sẽ gắn đầu 5' của nó vào đầu 3' của chuổi template trước rồi tiếp tục gắn cho các Nu tiếp theo cho đến hết.

Cái này không phải rồi. Vậy phương án còn lại là đúng. Thế nên trong các kỹ thuật lai người khi cần người ta ưu tiên thiết kế mismatch ở giữa để làm đối chứng đó.

 

[kevinrtime]

ôi , nghe mọi người thảo luận kinh nghiệm của mình về chạy PCR sướng thật , mình chỉ mới tìm hiểu về nó trên sách vở ,chứ chưa bao giờ thấy nó ....." ngoài đời" bao giờ , nhưng đọc trên forum thì cũng tưởng tượng nó ra sao rồi ( rắc rối dễ sợ !!) , thôi chắc phải đọc tiếp để hiểu mọi người nói cái gì , mọi người đã góp ý cho đề tài này nha!

 

[anino]

Tui đọc cái topic này sao thấy nhiều người ngu ngu mà tỏ ra nguy hiểm quá ... hỏi và trả lời toàn mấy câu ngô nghê ngớ ngẩn .. sách viết đầy không đọc rồi tranh luận lùm bùm toàn hù thiên hạ ...
PCR củng chỉ là một phương pháp thôi. Quan trọng là làm cái gì, tùy đối tượng mà có cái khó khăng riêng và sẻ có cách giải quyết riêng hảy đặc những câu hỏi cụ thể và trả lời cụ thể đi...!
Không phủ nhận là có nhiều câu hỏi và trả lời rất hay đều là kinh nghiệm sương máu mà chỉ có cấm đầu vô lab, có làm mới rút ra được cái đó mời đáng hỏi và trả lời...!!!
đề nghị ai tỏ ra nguy hiểm quá thì rút kinh nghiệm đừng làm quá ... làm kiểu đó chỉ hù được sinh viên chưa tiếp xúc thực tế và mấy người không biết gì thôi.... đối với người đả làm qua họ đọc được họ khinh cho. nguy hiểm quá

 

[Nguyễn Quang Hưng]

bạn anino này có vẻ coi thường mọi người quá nhỉ. Những câu hỏi ngô nghê ngớ ngẩn sẽ có tác dụng với những người mới bước vào nghề, kinh nghiệm non trẻ. bạn đã là một cao thủ rồi phải không, tôi hỏi bạn trước đây bạn có trải qua giai đoạn khi gặp những vấn đề bây giờ bạn thấy đơn giản mà khi đó không biết giải thích thế nào không. theo bạn cần lập riêng một diễn đàn cho các cao thủ như bạn phải không ! xin lỗi nhé nếu tôi nói quá lời.

 

[cham_c7]

bạn anino này có vẻ coi thường mọi người quá nhỉ. Những câu hỏi ngô nghê ngớ ngẩn sẽ có tác dụng với những người mới bước vào nghề, kinh nghiệm non trẻ. bạn đã là một cao thủ rồi phải không, tôi hỏi bạn trước đây bạn có trải qua giai đoạn khi gặp những vấn đề bây giờ bạn thấy đơn giản mà khi đó không biết giải thích thế nào không. theo bạn cần lập riêng một diễn đàn cho các cao thủ như bạn phải không ! xin lỗi nhé nếu tôi nói quá lời.

Em thấy a Hưng nói đúng đấy.Vì e cũng là người mới thậm chí còn trai ngành nhưng yêu thích sinh học thôi