Year 2010: Is this the year that we create synthetic life?

[Biologist]

Synthetic Biology la mot trong nhung linh vuc moi mat cua Sinh hoc o My. Hien nay dang co nhieu tranh luan rat soi noi chung quanh viec cac nha khoa hoc dang tim cach thay the "thuong de" trong viec tao ra cac loai sinh vat moi, bang cach ket hop cac ky thuat cua sinh hoc phan tu va cong nghe di truyen.

Annual Meeting of The American Association for the Advancement of Science (Feb 2010)
http://aaas.confex.com/aaas/2010/webprogram/Paper2435.html

For background information, please follow the links below
http://www.newscientist.com/article...iew-is-this-the-year-that-we-create-life.html
http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n1/full/nmeth.f.290.html
http://richarddawkins.net/articles/4813

David-

 

[Dương Văn Cường]

Đây cũng là lĩnh vực em quan tâm. Em có lẽ sẽ quay lại với metabolic engineering khi trở về VN. Hiện thời thì đành phải chấp nhận làm phd về epigenetics.

Hi vọng 1 ngày nào đó sẽ được hợp tác với anh về biosynthesis!

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Úi! Metabolic engineering nghe hoành tráng, đến giờ mới thực hiện tốt ở con E.coli. Mấy cái khác còn xa, còn xa, còn xa...

 

[sinhvienhanoi]

Synthetic biology là một lĩnh vực đang lên của hóa sinh va sinh học phấn tử, nhưng thành công trong hướng này chưa nhiều,
Dây la một paper có thể coi là milestone của lĩnh vực này,
(tao ra được sacharomyces cerevisiae express Dicer protein nhờ đó thực hiện được RNAi pathway)
Mọi người có thể xem tại đây: http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/326/5952/544

 

[Biologist]

Trong message dau tien, co le toi viet qua van tat nen gay hieu lam. Co le cac ban nghi la toi dang noi den viec "cloning" va "transfer" mot vai genes tu organism nay sang organism khac. Nhung viec thong thuong nhu vay thi hau nhu tat ca cac phong thi nghiem sinh hoc phan tu tren the gioi deu dang lam hang ngay (ban than toi da bat dau lam nhung thi nghiem "cloning" don gian nhu vay cach day hon 20 nam).

O day, toi su dung the term "synthetic biology" voi y nghia la xay dung mot genome hoan toan moi. Tat ca cac nucleotides cua artificial genome deu duoc tong hop in-vitro (chemically)

Hai bai bao noi tieng nhat (va gay nhieu tranh luan nhat) trong linh vuc nay la.
1) Complete chemical synthesis, assembly, and cloning of a Mycoplasma genitalium genome. Gibson DG et al., Science. 2008 Feb 29;319(5867):1215-20.
2) Creating bacterial strains from genomes that have been cloned and engineered in yeast. Lartigue C. et al., Science. 2009 Sep 25;325(5948):1693-6.

Mot trong nhung co-authors cua hai bai bao nay la Prof. Hamilton Smith, nguoi da duoc giai Nobel ve restriction enzymes.

Đây cũng là lĩnh vực em quan tâm. Em có lẽ sẽ quay lại với metabolic engineering khi trở về VN. Hiện thời thì đành phải chấp nhận làm phd về epigenetics.

Hi vọng 1 ngày nào đó sẽ được hợp tác với anh về biosynthesis!

Em Cuong, Epigenetics cung la mot linh vuc rat la "hot" hien nay. Sau khi trinh luan an PhD, Em co the tim duoc viec lam hoac postdoc kha de dang. Neu Em đoc ky bai bao Lartigue et al. o tren, Em se thay cac nha nghien cuu nay da nghi mot phuong phap rat thong minh de doi pho voi hien tuong "species-specific DNA methylation."

Chuc Em thanh cong,


David

 

[sinhvienhanoi]

này bạn David Dang, synthetic biology được đinh nghĩa là khoa học nghiên cứu quá trình tạo ra tế bào hay sinh vật từ các cấu phần riêng rẽ nên chả ai noi là "cloning" va "transfer" mot vai genes tu organism nay sang organism khac, " là syntthetic biolgy đâu, ban đã đọc kỹ bài ma tôi cite chưa, tôi cho rằng nó là một môc quan trong qua syntethic biolgy đây.
hai bài mà bạn cite noi về việc tạo ra yeast from bacterial genome nhung không thay đổi genome đó, nhiên nhiên 2 bài bạn cite đã được commented nhưng không biết đó có phải là ý kiên nguyên thuỷ của ban ko, bài tôi đề cập đến cũng create một yeast mới và nó thực hiên đựoc RNAi pathway vôn không tồn tại trong loài sinh vật này

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Nói đến synthetic biology có lẽ phải bắt đầu từ việc tạo virus nhân tạo, hoàn toàn không có trong tự nhiên. Từ nhiều năm trước bằng gene-synthetic PCR, một kỹ thuật không hề khó, người ta đã làm được việc này. Chính vì vậy có giả thiết rằng những virus gây đại dịch lớn gần đây như HIV, SARS... là do rò rỉ từ các phòng thí nghiệm nghiên cứu vũ khí sinh học mà ra.

Tới nay việc tạo ra virus mới đã trở nên dễ dàng, Việt Nam cũng hoàn toàn có thể làm được. Tuy nhiên không dừng lại ở virus, với genome rất đơn giản, các nhà khoa học đã tiến tới tổng hợp genome của vi khuẩn mà trong bài anh David Dang đã đưa thì kích thước genome này lên đến 580kb. Tiếp đó bằng kỹ thuật genome transplant họ đã tạo ra được vi khuẩn có genome nhân tạo hoàn toàn.

Đây có thể nói là một bước tiến thần kỳ. Tuy nhiên có lẽ sẽ phải mất nhiều năm nữa để "synthetic biology" có thể tạo thành công sythetic eukaryote. Lý do vì sao mọi người có thể thảo luận tiếp sau.

Thành công của Craig có lẽ cũng sẽ làm metabolic engineering mà ku Cường đang theo đuổi rẽ sang một hướng khác. Không chỉ thay đổi pathways có sẵn trong vi khuẩn để tạo ra sản phẩm mong muốn, mà tiến tới tổng hợp nhân tạo hoàn toàn 1 genome với designed pathways, ko những thế còn loại bỏ hết những yếu tố không cần thiết khác để có thể tối ưu hiệu suất tổng hợp sản phẩm cuối cùng.

Xa hơn, phải chăng synthetic biology thàhh công đã 1 lần nữa phủ nhận vai trò sáng tạo sự sống của các Đấng Sáng tạo?

 

[sinhvienhanoi]

Originally published in Science Express on 20 August 2009
Science 25 September 2009:
Vol. 325. no. 5948, pp. 1693 - 1696
DOI: 10.1126/science.1173759
Research Articles
RNAi in Budding Yeast
Ines A. Drinnenberg,1,2,* David E. Weinberg,1,2,3,* Kathleen T. Xie,1,2,3,* Jeffrey P. Mower,4, Kenneth H. Wolfe,4 Gerald R. Fink,1,3 David P. Bartel1,2,3,

RNA interference (RNAi), a gene-silencing pathway triggered by double-stranded RNA, is conserved in diverse eukaryotic species but has been lost in the model budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Here, we show that RNAi is present in other budding yeast species, including Saccharomyces castellii and Candida albicans. These species use noncanonical Dicer proteins to generate small interfering RNAs, which mostly correspond to transposable elements and Y' subtelomeric repeats. In S. castellii, RNAi mutants are viable but have excess Y' messenger RNA levels. In S. cerevisiae, introducing Dicer and Argonaute of S. castellii restores RNAi, and the reconstituted pathway silences endogenous retrotransposons. These results identify a previously unknown class of Dicer proteins, bring the tool of RNAi to the study of budding yeasts, and bring the tools of budding yeast to the study of RNAi.

 

[lamanhnt123]

Mấy anh cho em hỏi học cái này ở đâu a? Ở VN có cơ sở đào tạo không hay có thể học liên thông qua trường nào không?

 

[Biologist]

Tới nay việc tạo ra virus mới đã trở nên dễ dàng, Việt Nam cũng hoàn toàn có thể làm được. Tuy nhiên không dừng lại ở virus, với genome rất đơn giản, các nhà khoa học đã tiến tới tổng hợp genome của vi khuẩn mà trong bài anh David Dang đã đưa thì kích thước genome này lên đến 580kb. Tiếp đó bằng kỹ thuật genome transplant họ đã tạo ra được vi khuẩn có genome nhân tạo hoàn toàn.

Đây có thể nói là một bước tiến thần kỳ. Tuy nhiên có lẽ sẽ phải mất nhiều năm nữa để "synthetic biology" có thể tạo thành công sythetic eukaryote. Lý do vì sao mọi người có thể thảo luận tiếp sau.

Thành công của Craig có lẽ cũng sẽ làm metabolic engineering mà ku Cường đang theo đuổi rẽ sang một hướng khác. Không chỉ thay đổi pathways có sẵn trong vi khuẩn để tạo ra sản phẩm mong muốn, mà tiến tới tổng hợp nhân tạo hoàn toàn 1 genome với designed pathways, ko những thế còn loại bỏ hết những yếu tố không cần thiết khác để có thể tối ưu hiệu suất tổng hợp sản phẩm cuối cùng.

Xa hơn, phải chăng synthetic biology thàhh công đã 1 lần nữa phủ nhận vai trò sáng tạo sự sống của các Đấng Sáng tạo?

Nhan xet cua ban Hung rat dung. Dieu can duoc nhan manh o day la "the ENTIRE genome is exogenous", and "chemically synthesized". Do vay, "ethical issues" cua cong trinh nghien cuu cua nhom khoa hoc lanh dao boi Craig Venter dang duoc tranh luan soi noi tai My. Cac nhom ton giao phan doi kick liet su phat trien trong linh vuc nay. Ho cho rang Craig dang tim cach thay the "thuong de" trong viec tao ra nhung su song hoan toan moi (the entire genome la nhan tao hoan toan). Ngoai ra, cac nha nghien cuu trong linh vuc quoc phong cung rat dang lo ngai. Ly do la tu nay tro di, cac vu khi sinh hoc co the duoc "designed, synthesized, and activated at will".

http://www.bio.org/ind/syntheticbiology/whatis.pdf

Cach day hai thang, Craig Venter vua moi duoc President Obama trao tang National Medal of Science for having made outstanding contributions to science and engineering.
http://www.news-medical.net/news/20090918/National-Medal-of-Science-awarded-to-J-Craig-Venter.aspx


David


PS:
1) SVHN: Cam on ban da post len bai bao cua nhom nghien cuu David Batel. Do cung la mot thanh tuu dang kinh ne. Tuy nhien, khong thay bai bao nay mention "synthetic biology".
2) lamanhnt123: Nhom khoa hoc dang lam cong trinh nghien cuu nay den tu nhieu dat nuoc khac nhau, va co nhung "educational background" khac nhau: microbiology, genetics, molecular biology, biochemistry, etc... Do vay, toi nghi la Em hoc bat cu chuyen nganh nao cung co the dong gop cho nhung cong trinh tuong tu nhu tren.

 

[Biologist]

Thanh tuu moi nhat trong linh vuc Sinh Hoc Nhan Tao

Toi xin gui cac ban trong dien dan tin tuc ve thanh tuu moi nhat trong linh vuc Sinh Hoc Nhan Tao, vua moi duoc cong bo ngay hom nay va duoc ban luan soi noi khap noi: US, Canada, Europe, etc...

It's Alive! Scientists Make Cell From Synthetic DNA
http://biofuelsdigest.com/bdigest/2...omics-creates-first-synthetic-bacterial-cell/
http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/328/5981/958
http://www.nature.com/news/2010/100519/full/news.2010.253.html
http://www.npr.org/templates/story/story.php?storyId=127010591
http://www.streetinsider.com/entities/Crude+Oil
http://www.guardian.co.uk/science/2010/may/20/craig-venter-synthetic-life-form
http://rabble.ca/news/2010/05/ameri...elf-replicating-synthetic-life-shares-it-comm
http://www.guardian.co.uk/science/2010/may/20/craig-venter-synthetic-life-form
http://rabble.ca/news/2010/05/ameri...elf-replicating-synthetic-life-shares-it-comm

Disclaimer: Toi la mot nhan vien cua cong ty Synthetic Genomics Inc. nhung Toi khong co y dinh quang cao cho cong ty cua minh. Toi chi muon cac ban co duoc thong tin moi nhat trong linh vuc nay.

Hy vong moi nguoi deu tim duoc thong tin bo ich cho rieng minh.

David-

 

[lieohlife]

Em chào mọi người em là thành viên mới của diễn đàn.

Thanks bác Dang. Thành quả này đúng là một landmark của Craig Venter và khoa học . Theo em nhớ thì hình như nhóm ông ý bị chậm so với kế hoạch một vài năm thì phải? và bị một số trục trặc như bị methyl hóa DNA...? Thật là thú vị khi bác Dang là một người trong cuộc. Nếu có thể bác có thể một số câu chuyện không ạ? Em cũng tò mò về first author Daniel Gibson, chắc phải là người rất giỏi.

 

[Dương Văn Cường]

The synthetic genome created by Venter's team is almost identical to that of a natural bacterium. It was achieved at great expense, an estimated $40 million, and effort, 20 people working for more than a decade.

 

[Lê Đức Dũng]

Tạo thành công tế bào sống nhân tạo

(Dân trí) - Các nhà khoa học Mỹ vừa tuyên bố phát triển thành công tế bào sống nhân tạo đầu tiên và đây là bước đi quan trọng tiến tới việc tạo ra sự sống nhân tạo.

​

Các tế bào nhân tạo.​

Tiến sĩ Craig Venter và nhóm của ông tại Học viện J. Craig Venter (JCVI), một tổ chức nghiên cứu gen phi lợi nhuận tại Mỹ, đã cố gắng tạo ra một sự sống nhân tạo mới, hoàn chỉnh từ các hoá chất.
Các nhà khoa học đã tạo ra nhiễm sắc thể mới từ ADN nhân tạo trong ống nghiệm, sau đó cấy nó vào trong một tế bào rỗng và theo dõi sự phát triển của nó. “Sinh vật” đơn bào nhân tạo, phiên bản khác của một trong những vi khuẩn đơn giản nhất trên Trái đất, cho thấy kỹ thuật này đã hoạt động hiệu quả.
Ông Venter so sánh quá trình mà đội ngũ của ông thực hiện với việc chế tạo một chiếc máy tính. Tạo ra ADN nhân tạo giống như tạo ra phần mềm cho hệ điều hành. Việc cấy ADN vào tế bào giống như đưa phần mềm vào ổn cứng và chạy chương trình.
“Đây là lần đầu tiên một chế bào nhân tạo được tạo ra và chúng tôi gọi nó là nhân tạo vì tế bào hoàn toàn bắt nguồn từ một nhiếm sắc thể nhân tạo, được tạo nên từ 4 chai hoá chất”, ông Venter nói.

Tiến sĩ Craig Venter.​

Giờ đây, ông Venter tin rằng tế bào nhân tạo, tên gọi Synthia, sẽ mở đường cho việc tạo ra các tế bào phức tạp hơn có thể biến rác thải môi trường thành nhiên liệu sạch, giúp sản xuất vắc-xin chống lại bệnh tật và thậm chí hấp thụ khí thải nhà kính.

“Tôi nghĩ chúng sẽ tạo ra một cuộc cách mạng công nghiệp mới. Nếu chúng ta có thể sở hữu các tế bào để làm điều chúng ta muốn, chúng sẽ giúp con người giảm dần sự phụ thuộc vào dầu mỏ và đảo nghịch một số ảnh hưởng tới môi trường bằng việc hấp thu khí CO2”.
Ông Venter và các đồng nghiệp hiện đang phối hợp với các công ty dược và nhiên liệu để thiết kế và phát triển các nhiễm sắc thể vi khuẩn giúp sản xuất các loại nhiên liệu có ích và các vắc-xin mới.

An Bình
Theo BBC, AP​

 

[Lê Đức Dũng]

Thứ Bảy, 22/05/2010, 10:25 (GMT+7) “Sự sống nhân tạo” đầu tiên
TT - Các nhà khoa học Mỹ vừa phát triển thành công dạng sống nhân tạo đầu tiên trên thế giới: một tế bào vi khuẩn từ một bộ di truyền nhân tạo. “Đây là tế bào nhân tạo đầu tiên, là sinh vật có khả năng tự nhân bản đầu tiên trên thế giới có cha mẹ là máy vi tính” - nhà nghiên cứu Craig Venter, lãnh đạo Viện J. Craig Venter (Mỹ), tuyên bố hôm 21-5.

Một nhà nghiên cứu thực hiện thí nghiệm gen tại Viện J. Craig Venter ở Maryland, Mỹ - Ảnh: Reuters
“Chúng tôi gọi tế bào này là nhân tạo bởi nó được chiết xuất hoàn toàn từ một nhiễm sắc thể nhân tạo, được làm từ hóa chất tổng hợp, bắt đầu từ một máy vi tính” - Venter cho biết.
Trong báo cáo đăng trên tạp chí khoa học Science, nhóm nghiên cứu của Venter cho biết đã đầu tư 15 năm và 40 triệu USD để tạo ra tế bào nhân tạo này. Các nhà nghiên cứu cho biết kỹ thuật này có thể được sử dụng để chế tạo các loại vi khuẩn đặc biệt giúp sản xuất nhiên liệu sinh học, hấp thu khí nhà kính gây biến đổi khí hậu, sản xuất văcxin, các nguyên liệu thực phẩm và thành phần hóa học mới.
Các tổ chức bảo thủ đã chỉ trích nhóm nghiên cứu Viện J. Craig Venter “muốn thay Thượng đế” khi đặt nền tảng phát triển các sinh vật nhân tạo. Một số nhà bảo vệ môi trường lo ngại công nghệ này sẽ bị lợi dụng để sản xuất vũ khí sinh học.
Phản ứng lại, Venter khẳng định đây chỉ là một “bước nhỏ” trong nỗ lực tìm hiểu cách sự sống vận hành và kiểm soát các hệ thống vi khuẩn nhằm đem lại lợi ích cho con người.
HIẾU TRUNG (Theo AFP, Reuters)

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Lần đầu bao giờ cũng có giá mà hehe...

 

[Biologist]

Em cũng tò mò về first author Daniel Gibson, chắc phải là người rất giỏi.

Daniel Gibson_Click on image to enlarge (Source: The Wall Street Journal)

 

[Biologist]

Toi xin gui cac ban trong dien dan tin tuc ve thanh tuu moi nhat trong linh vuc Sinh Hoc Nhan Tao, vua moi duoc cong bo ngay hom nay va duoc ban luan soi noi khap noi: US, Canada, Europe, etc...

Xin gui cho moi nguoi them mot vai bai bao tranh luan ve thanh tuu khoa hoc nay:

First Synthetic Cell Holds Promise for Biodiesel and Green Heating Oil
http://www.heatingoil.com/blog/firs...mise-for-biodiesel-and-green-heating-oil0523/
Venter Institute's Synthetic Cell Genome Contains Hidden Messages
http://www.popsci.com/science/artic...ll-genome-contains-hidden-messages-watermarks
A Step for Synthetic Biology
http://blog.pharmtech.com/2010/05/25/a-step-for-synthetic-biology/
What we can learn from the simple bacterium
http://nbbusinessjournal.canadaeast.com/front/article/1065864
U.N. Body Urges Caution on Synthetic Bacteria, Geoengineering
http://www.ipsnews.net/africa/nota.asp?idnews=51559
Cautious welcome to synthetic cell from Vatican
http://www.christiantoday.com/article/cautious.welcome.to.synthetic.cell.from.vatican/25946.htm

Hy vong moi nguoi deu tim duoc thong tin bo ich cho rieng minh.

David-

 

[Biologist]

Vi tam quan trong cua thanh tuu khoa hoc nay, mot so nha khoa hoc hang dau cua My da duoc moi den tru so “Ha Nghi Vien” cua My de dong gop y kien cho chinh phu My ve tuong lai cua linh vuc Sinh hoc nhan tao (from both technological and bioethical standpoints).

Su kien nay dien ra vao ngay hom nay (Thursday, May 25), o thu do Washington DC.

==================
You can watch the full hearing online at http://energycommerce.house.gov/ind...and-energy&catid=128:full-committee&Itemid=84

You can also read Craig Venter’s testimony, as well as statements and testimony from other top scientists who participated in today’s hearing.

It is exciting to see a democratic system at work, especially as it applies to innovation and science.

 

[Biologist]

Kỹ thuật "DNA Assembly" của Dan Gibson

Em chào mọi người em là thành viên mới của diễn đàn.

Thanks bác Dang. Thành quả này đúng là một landmark của Craig Venter và khoa học . Theo em nhớ thì hình như nhóm ông ý bị chậm so với kế hoạch một vài năm thì phải? và bị một số trục trặc như bị methyl hóa DNA...? Thật là thú vị khi bác Dang là một người trong cuộc. Nếu có thể bác có thể một số câu chuyện không ạ? Em cũng tò mò về first author Daniel Gibson, chắc phải là người rất giỏi.

Kỹ thuật mới của nhóm nghiên cứu Dan Gibson (Craig Venter Institute) đang được phát triển để sử dụng rộng rãi trong các phòng thí nghiệm Sinh học phân tử và Sinh học tế bào!

The Gibson Assembly song
There are no words to describe how awesome this is. You just have to watch it!
http://labrat.fieldofscience.com/2010/10/gibson-assembly-song.html