Đố nhau một chút cho vui

[Trần Hoàng Dũng]

hi hi, dang relax, uong cafe cho do buon ngu, san tien bo len nay tao lao xit bup choi.

Hoi cac anh hung thien ha dang lam ve sinh hoc phan tu nhu PCR, sequencing, cloning .... co mot cau hoi nho nho nay, anh em nao ranh thi tra loi choi, ko thi thoi nhe, ko co y danh do ai het:

Chung ta dang lam ve DNA; nen it nhieu cung biet tu so so cho den tuong tan DNA structure. Trong cai cau truc nay chung ta nho la co 2 cai vong groove, dung ko? Yes, ro nhu 1+1= 2. Cau hoi la: Nguoi ta loi dung nhung dac tinh san co cua 1 trong 2 cai vong nay (tham chi ca 2 luon) de tao ra mot so techniques dung trong sinh hoc, hay cho biet 1 so techniques nay.

 

[Cao Xuân Hiếu]

nửa đêm ko ngủ, tỉnh dậy đọc bài viết chẳng có dấu mà nào -> lônôn -> đấy muốn viết tên khó thế đấy

câu trả lời là chẳng nhớ nữa . cái minor và major groove này nếu có dùng thì chắc chỉ để câu DNA-binding domain containing proteins thôi.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

bạn muốn nói là major và minor groove. Tôi không biết rõ nhưng muốn biết chắc tìm trên google là có ngay.
Đối với các loại DNA khác nhau như A, B, Z thì groove cũng khác nhau, có lẽ đấy là ứng dụng chăng?

 

[lytc1911]

chắc là anh lonxon không thiếu câu trả lời cho phần này. Hãy cất tiếng gáy của mình đi thôi. Tôi thấy mãi hoài mà chưa ai có câu trả lời cả.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Có ai đã từng nhuộm DNA chưa? Nếu có, nó đó.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Từ 1 lòai sinh vật A, người tách được 3 bộ genome (đúng ra có thể 4)

Nhân
Ty thể
Lục lạp.

Nhưng làm rơi mất nhãn nên bây giờ chẳng biết mẫu nào tên gì. Cho biết là tỷ lệ nhiễm khỏang 5%, tức là trong 100 ng mẫu vật thì 5 ng là tạp nhiễm. Theo bạn có thể dùng pp nào để định danh 3 bộ geomes này. Nếu có thể hãy lập 1 strategy để giải quyết bài tóan trên.

 

[sv_ngheo]

Anh Lonxon ạ, nhiều khi anh có các câu hỏi hay phết, nhất là các câu hỏi cần phải động não. Hồi trước có lần anh cắc cớ hỏi phải tách bao nhiêu (máu thì phải) để thu được 1kg DNA, tui đọc qua nhưng không trả lời, phần vì tui nghĩ chỉ cần mở sách lý thuyết ra xem tách 1ml máu được bao nhiu ná nô gờ ram DNA, tính kèm hệ số hao hụt rồi nhân lên cho trung bình 4 lít một mạng người là rõ tốn mấy lít máu. Nhưng cũng chả ai thèm trả lời anh cụ thể mà chỉ loanh quanh vớ vỉn, hoặch định chính sách là nhiều...........



Bữa ni vào muộn, thấy anh hỏi mấy cái cấu trúc groove to và nhỏ của DNA, tui cũng chả biết gì nhiều ngòai những cái sách vỡ lòng di truyền đã dạy, nhưng mà có mấy cái thắc mắc nhỏ. Đó là xin anh cho biết rõ hơn về vấn đề nhuộm DNA. Từ kiến thức hạn hẹp của tôi, tạm được biết có 3 kiểu nhuộm DNA là nhuộm bạc, nhuộm xen cài và nhuộm kiểu gì mà để làm tiêu bản ấy, Theo thiển ý của tôi (ngu í thì đúng hơn), lời anh nói có ngụ ý đến thể loại intercalate dye thì phải. Có dăm cái loại dye dạng này trong đó có EtBr, SYBR... mấy cha này nhảy tót vào minor groove của cấu trúc xoắn DNA. Nhưng đó là SYBR Green I, còn thằng cha SYBR Green II thì chấp hết, kể cả cấu trúc sợi đơn nó cũng gắn vào được. Anh có rõ tại sao không, xin cho tôi biết với, tôi đang tìm hiểu mãi mà chưa ra.

Kính anh sức khoẻ, đặng hỏi nhiều câu hay cho anh em học hỏi !

 

[Trần Hoàng Dũng]

Cám ơn bạn, bạn là tui cảm động quá, chắc tại tui vừa làm xong chai bia) nên đầu óc thấy tưng tưng. Để trả lời câu hỏi của bạn tui dài dòng 1 chút: hồi đó tui đii học, điểm tui chỉ lè phè cứ 5-6-7, đủ điểm không phải chết chứ kô thành 1 anh hùng được. Lý do là mội khi tui học đến môn nào tui cũng điều kô ưa bài giảng của thầy cô tui, tui nghĩ, chắc chắn phải có những cuốn sách nào đó hay tài liệu nào đó mà người ta viết hay hơn. Thế là tui lao đầu vô đọc tùm lum bất kể cuốn sách nào có liên quan đến môn học. Kết quả là tựa sách và tên tác giả thì tui nhớ ghê lắm còn nội dung bài giảng trên lớn thì hổng nhớ chữ nào. Đến kỳ thi hả, tui tốn vài chục ngàn đi photo hết bài vở các môn về ngồi học, tụng cho 1 bụng chữ rồi trả nợ qủy thần. Thêm nữa 1 điều là tui hay hỏi cắc cớ. Chẳng hạn tui hỏi tại sao người ta làm cái ghế 4 chân mà kô làm ghế 3 chân. Vì theo định lý trong hình học kô gian thì 3 điểm bất kỳ đã tạo 1 mặt phẳng rồi. Làm ghế 3 chân tiết kiệm tiền. Đó, đại loại như vậy mà tui cũng có mấy câu hỏi trời ơi cho mấy môn sinh học. Tui đem hỏi thầy cô mình, hè hè, kết quả thể nào thì bạn cũng biết rồi. Khi tui ra trường, tình hình bi đát hơn cho i sinh viên. Đến nỗi 1 lần tui dự bảo vệ tốt nghiệp của SV. Đến khoảng 9 giờ tui phải ra về. Mấy dứa SV nó mừng muốn chết khi biết tui bị đau bụng (kô biết tui ăn trúng cái gì). Nhưng đến chiều tui khoẻ rồi thì tui lại vô. Mấy đứa SV bảo vệ buổi chiều buồn thấy tội nghiệp, quay quay bảo mấy đứa bảo vệ từ 9 giờ đến 11g30 là ... trúng độc đắc.


Yes, í tui muốn nói là những câu hỏi cắc cớ của tui khiến chính tui suy nghĩ và tìm câu trả lời, có vậy cái đầu óc bã đậu của mình mới không thành đậu hũ.

quay trở lại câu hỏi ứng dụng cấu trúc DNA trong các techniques nó xuất phát từ chính lần tui đọc kỹ thuật nhuộm (sorry tui quên tên rồi) trong đó người ta nói là chất nhuộm sẽ gắn lên DNA qua cái cái lõm (groove) của nó. À ha hay quá, thế là tui suy nghĩ ngược lại là người ta dựa trên cái groove này để làm kỹ thuật nhuộm thế liệu người ta có thể dựa trên cấu trúc DNA nói chung để làm mấy kỹ thuật khác không. Và câu hỏi được post lên. Tiếc là kô ai theo câu hỏi này, chứ nếu kô tui cũng theo nó rồi.

Câu hỏi của bạn rất hay, tui hứa sẽ tìm câu trả lời

 

[Trần Hoàng Dũng]

Chúng ta thường nghe, nói, đọc và tào lao xịt bụp rất nhiều về đột biến ở DNA. Thế ở RNA có đột biến không? Khi nào thì nó xảy ra, nó có bền và di truyền không?

 

[Cao Xuân Hiếu]

Chúng ta thường nghe, nói, đọc và tào lao xịt bụp rất nhiều về đột biến ở DNA. Thế ở RNA có đột biến không? Khi nào thì nó xảy ra, nó có bền và di truyền không?

một nhân viên đánh máy chữ chuyên nghiệp đến mấy cũng sai vài lỗi. Mà nhân viên này lại đánh máy xong thì cho xuất bản luôn không qua bộ phận kiểm duyệt thì sai sót là cực lớn. May mắn thay, báo này là nhật báo, đọc xong thì dùng để gói xôi luôn.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

nhuộm làm tiêu bản là nhuộm H&E ấy à? (Haemotoxilin and eosin)
thế câu hỏi của anh lộn xộn anh trả lời cho anh em xem đi nào? Tôi không biết là DNA ti thể và lạp thể nó có khác DNA nhân về bản chất không? Nếu nó là B DNA hết thì chắc mấy cái lõm cũng không khác nhau đâu.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Câu hỏi về định danh 1 bộ gene nào đó liên quan đến cái Marker và probe mà ta vừa nói chuyện trước kia. Cả 3 bộ gene này đều là DNA, có 2 thằng ở dạng vòng. Maker cần biết chính là gene hay những gene độc quyền (unique) trên bộ gene đó. Biết hay xác định được những makers này, ta thiết kế probes tương ứng rồi dùng Southern Blot mà đi tìm.

Ví dụ gene độc quyền trên mitochonrial là NAD hay cytochromes hay bất kỳ 1 gene nào đó liên quan đến quá trình tạo năng lượng. Cần thiết là phải kiểm tra kỹ lưỡng coi thiên hạ có trùng ý mình kô.

Gene độc quyền trên lục lạp thường có thể liên quan đến quang hợp như rbcL (rubisco lagre subunit )
Cò n trên nhân à, thử suy nghĩ xem.

Làm sao thiết kế probe. Probe cho SB thì biết rồi, kô phải nói nhiều. Trong trường hợp này probe là đoạn sản phẩm PCR khoảng 100-1000 nu là ok. Làm sao kiếm được primers tương ứng để ra được các sản phẩm PCR này? Bí quyết nằm ở đây nè. Chìa khóa vấn đề nằm ở đây. Ai thích động não thì nhào vô tiếp nhé. Tui stop kô nói cái bí quyết này. Mặc dù nó dễ ợt à.

Lưu ý là bài toán của tui có dữ liệu là độ tạp nhiễm 5%, dữ liệu này quan trọng lắm đó.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Bữa ni vào muộn, thấy anh hỏi mấy cái cấu trúc groove to và nhỏ của DNA, tui cũng chả biết gì nhiều ngòai những cái sách vỡ lòng di truyền đã dạy, nhưng mà có mấy cái thắc mắc nhỏ. Đó là xin anh cho biết rõ hơn về vấn đề nhuộm DNA. Từ kiến thức hạn hẹp của tôi, tạm được biết có 3 kiểu nhuộm DNA là nhuộm bạc, nhuộm xen cài và nhuộm kiểu gì mà để làm tiêu bản ấy, Theo thiển ý của tôi (ngu í thì đúng hơn), lời anh nói có ngụ ý đến thể loại intercalate dye thì phải. Có dăm cái loại dye dạng này trong đó có EtBr, SYBR... mấy cha này nhảy tót vào minor groove của cấu trúc xoắn DNA. Nhưng đó là SYBR Green I, còn thằng cha SYBR Green II thì chấp hết, kể cả cấu trúc sợi đơn nó cũng gắn vào được. Anh có rõ tại sao không, xin cho tôi biết với, tôi đang tìm hiểu mãi mà chưa ra.

Kính anh sức khoẻ, đặng hỏi nhiều câu hay cho anh em học hỏi !

http://probes.invitrogen.com/handbook/sections/0804.html

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Chuyện lợi dụng mấy cái rãnh to rãnh nhỏ này rất hay. DNA sensor hiện cũng lợi dụng mấy cái rãnh này. Dùng một chất điện hóa cài vào mạch kép để phát hiện tín hiệu lai.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Câu hỏi về định danh 1 bộ gene nào đó liên quan đến cái Marker và probe mà ta vừa nói chuyện trước kia. Cả 3 bộ gene này đều là DNA, có 2 thằng ở dạng vòng. Maker cần biết chính là gene hay những gene độc quyền (unique) trên bộ gene đó. Biết hay xác định được những makers này, ta thiết kế probes tương ứng rồi dùng Southern Blot mà đi tìm.

Ví dụ gene độc quyền trên mitochonrial là NAD hay cytochromes hay bất kỳ 1 gene nào đó liên quan đến quá trình tạo năng lượng. Cần thiết là phải kiểm tra kỹ lưỡng coi thiên hạ có trùng ý mình kô.

Gene độc quyền trên lục lạp thường có thể liên quan đến quang hợp như rbcL (rubisco lagre subunit )
Cò n trên nhân à, thử suy nghĩ xem.

Làm sao thiết kế probe. Probe cho SB thì biết rồi, kô phải nói nhiều. Trong trường hợp này probe là đoạn sản phẩm PCR khoảng 100-1000 nu là ok. Làm sao kiếm được primers tương ứng để ra được các sản phẩm PCR này? Bí quyết nằm ở đây nè. Chìa khóa vấn đề nằm ở đây. Ai thích động não thì nhào vô tiếp nhé. Tui stop kô nói cái bí quyết này. Mặc dù nó dễ ợt à.

Lưu ý là bài toán của tui có dữ liệu là độ tạp nhiễm 5%, dữ liệu này quan trọng lắm đó.

Bác lấy dao mổ trâu ra làm cái giề. Ở chỗ bác có máy ly tâm siêu tốc hay chí ít chắc cũng có máy cái RE của Fermentas và bể điện di DNA chứ.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tui biết chứ, dùng máy ultracentrifuge là bước đầu tiên để có được những genomes này.

Bạn muốn ly tâm tức là bạn phải trộn lẫn chúng lại. Bây giờ nếu lại dùng lại ultracentrifuge thì bạn sẽ xử trí thế nào nếu những trường hợp sau xảy ra


a. trong ống ly tâm của bạn xuất hiện kô phải 3 bands mà đến hàng chục bands thì sao, đây là trường hợp mà genome đặt trong 1 điều kiện "xấu xa" nào đó khiến chúng bị đứt gẫy bị nát bấy từa lưa ra.

b. chỉ 1 bands duy nhất, đây là trường hợp trước đó người ta dùng RE cắt các genome này ra, và người ta thu những đoạn bằng nhau. Mẫu genome mà bạn có trong tay là tập hợp của những mảnh genome có kích thước lớn và bằng nhau (ví dụ 100 kb).

c. Bạn thu được 3 band A B C nào đó thì theo cảm tính bạn chỉ ra cái nào nhẹ nhất nằm dưới cùng, còn thằng nằm trên cùng là thằng nặng nhất. Tôi giả dịnh bộ gene ty thể là nhẹ nhất, bạn có dám chỉ cái band nằm dưới cùng là genome ty thể kô?

Bạn có thể kọ để 3 genome này trong 1 ống ly tâm mà 3 ống ly tâm khác nhau, rồi ly tâm cùng 1 lúc. Kết quả thu được cũng sẽ rơi vào 1 trong 3 trường hợp trên. Đến đây, nếu may mắn bạn thu được kết quả c thì việc bất kỳ kết luận nào của bạn cũng là CẢM TÍNH, thiếu cơ sở khoa học.

Sinh học mà đơn giản như vậy thì chắc mấy ông Editors, reviewers đâu có ngồi còng lưng ra, vạch nát chiếc lá để moi cho ra kô chỉ con sâu mà đến con vi khuẩn trong đó.

 

[Cao Xuân Hiếu]

c. Bạn thu được 3 band A B C nào đó thì theo cảm tính bạn chỉ ra cái nào nhẹ nhất nằm dưới cùng, còn thằng nằm trên cùng là thằng nặng nhất. Tôi giả dịnh bộ gene ty thể là nhẹ nhất, bạn có dám chỉ cái band nằm dưới cùng là genome ty thể kô?

Bạn có thể kọ để 3 genome này trong 1 ống ly tâm mà 3 ống ly tâm khác nhau, rồi ly tâm cùng 1 lúc. Kết quả thu được cũng sẽ rơi vào 1 trong 3 trường hợp trên. Đến đây, nếu may mắn bạn thu được kết quả c thì việc bất kỳ kết luận nào của bạn cũng là CẢM TÍNH, thiếu cơ sở khoa học.

Thế này nhé, bác bảo KTV làm ơn tách lại 3 genome và đừng quên ghi nhãn rồi bác cho vào ly tâm 6 ống cho tui nhé.

 

[Trần Hoàng Dũng]

rồi sao nữa????

 

[Cao Xuân Hiếu]

bác ko nhìn thấy cái nào giống với cái nào àh? nhiễm chỉ 5% thôi mà

 

[Trần Hoàng Dũng]

thế giả sử là tui cũng yêu cầu KTV tách lại 3 genome này, theo bạn nguời ta sẽ tách làm sao?

- tách total genomics rồi lựa ra từng organelle genome; và làm sao lựa ra hay nhận diện những organelle genome này?

hay

- có pp đặc biệt nào đó chỉ tách đúng lọai genome ta cần?