NGS sequencing

[DiuPham689]

Dear các cao thủ,
Bác nào giải thích giúp em về các lựa chọn khi điền form giải trình tự NGS là - Whole genome De Novo Sequencing và Whole genome resequencing. Theo em hiểu là nếu mẫu của mình đã biết trình tự tham chiếu (có nghĩa là đã từng giải trình tự hoặc mình biết trình tự) thì chọn thằng resequencing. còn nếu mẫu của mình là mẫu mới giải trình tự (chưa có trình tự tham chiếu/chưa giải trình tự bao giờ) thì chọn de novo sequencing đúng không ?
Thanks all

 

[lovekieu]

Dear các cao thủ,
Bác nào giải thích giúp em về các lựa chọn khi điền form giải trình tự NGS là - Whole genome De Novo Sequencing và Whole genome resequencing. Theo em hiểu là nếu mẫu của mình đã biết trình tự tham chiếu (có nghĩa là đã từng giải trình tự hoặc mình biết trình tự) thì chọn thằng resequencing. còn nếu mẫu của mình là mẫu mới giải trình tự (chưa có trình tự tham chiếu/chưa giải trình tự bao giờ) thì chọn de novo sequencing đúng không ?
Thanks all

chuẩn không cần hỏi, Tuy nhiên tại sao phải chọn vì giải trình tự bằng NGS nó liên quan đến cồn suất máy chạy. mẫu chạy De novo yêu cầu lượng coverage phải lớn từ 100 - 200 thì mới phân tích được. Còn resequencing thì chỉ cần coverage khoảng 40 là đủ.