Tìm hiểu về các công nghệ giải trình tự thế hệ mới (Next-generation sequencing)

[Cao Xuân Hiếu]

Bạn Hiếu có thể giải thích giúp hoặc cho đường link trình bày đơn giản về khái niệm của paired-end, mate-pair library được không. Hai cái này khác nhau hay chính là một?

PE và MP khác nhau ở insert size. PE chỉ tầm vài trăm: thường là 250, 300, 600bp. MP tầm vài kb như 3, 5, 8kb .v.v.

PE thì đưa vào cell đọc luôn từ 2 đầu được. MP thì phải một bước thí nghiệm, cắt phần đầu MP, gắn nối lại với nhau rồi làm kiểu PE rồi mới đọc được.

Những cái nói trên là đối với Illumina HiSeq2000.

 

[Lê Duy]

trong bài có nói đến emulsion PCR. Dịch sang tiếng Việt như thế nào vậy mấy anh?

 

[Ho Huu Tho]

trong bài có nói đến emulsion PCR. Dịch sang tiếng Việt như thế nào vậy mấy anh?

Không biết đã ai chuyển ngữ từ này chưa, nếu chưa thì bạn chắc là bạn Duy phải sáng tạo ra thuật ngữ mới mà dùng thôi. Không biết những thuật ngữ sau có chấp nhận được không?
1. PCR nhũ tương.
2. PCR đa ổ/ngăn/tổ...

 

[alexhaond]

Anh Hiếu, em đang quan tâm đến kỹ thuật giải trình tự DNA, anh có thể gửi cho em file bài Molecular Biology: Power Sequencing để em tìm hiểu rõ hơn về kỹ thuật mới này ạ. Cảm ơn anh nhìu.

 

[nguyenvanhoan]

xin chào các anh chị.
cho em hỏi hiện nay có một công nghệ mới của hãng ABI giải trình tự bộ gen người chỉ trong vòng 1 ngày điều đó có đúng không ạ ? bằn dòng máy Dòng máy iontorrent.
Sử dụng công ngệ bán dẫn. có anh chị nào giúp em giải thích nguyên lí cũng như cơ chế của nó không ạ ? thanks mọi người rất nhiều.

 

[lovekieu]

Chào các bạn

Để hiểu thế nào là NGS (Next generation sequencing) tạm dich là giải trình tự thế hệ mới. Vậy thế hệ cũ là gì?

Máy giải trình tự thế hệ cũ hoạt động theo nguyên lý hóa học Sanger và điện di trên mao quản nên được gọi là CE (Capillary electrophoresis). Với thế hệ CE thì dòng máy mới nhất bây giờ là 3500 thì cũng chỉ giải được 1000bp ~ 1kb trong một lần chạy.

Còn thế hẹ NGS thì sao:

- Với thế hệ máy Hiseq2000 của Illumina mà phát triển trên hệ máy Solaxa thì dung lượng một lần chạy sẽ là 600TB base tức là có thể giải mã cho 6 bộ gene người cho một lần chạy với khả năng lặp lại cho môi gene là 100 lần. Bộ gene người bây giờ có kích thước khoảng 2GB base. Hiện nay máy này chưa có mặt taik Việt Nam vì giá thành lên tới 1 triệu USD.

1024bp ~ 1KB; 1024KB ~ 1MB; 1024 MB ~ 1GB, 1024GB ~ 1TB.

- Một thế thệ nhỏ hơn được Illumina phát triển là Miseq có giá thành hợp lý và công suất chạy cũng vừa phải (7 GB). Hiện nay máy này đã có mặt tại Việt Nam để phục vụ cho mục đích:

-Chạy Resequencing
- Denovo Sequencing
- Metagenomic 16S
- Small ARN
- Cancer panel
Trong đó ứng dụng Metagenomic và Cancer panel là đươc ứng dụng mạnh nhất trong Y tế.

Bạn nào muốn tìm hiểu hơn thì cứ hỏi.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Miseq dang o dau o VN?

 

[lovekieu]

Miseq dang o dau o VN?

Viện vệ sinh y tế công cộng TP HCM thuộc bộ y tế.

 

[vienlua]

moi mot lan chay thi het bao nhieu tien, va alignment luon hay ve minh tu lam nhi

 

[vienlua]

Mỗi lần chạy thì hết bao nhiêu tiền, và công việc alignment thì tự làm hay họ làm luôn ạ

 

[cooldcs]

Smrt

Chào mọi người,

M cũng có tìm hiểu về NGS, đặc biệt là về Single Molecule Real Time (SMRT) DNA sequencing technology của Pacific Biosciences. Đây là bài viết diễn tả cách hiểu của mình về công nghệ này. Mọi người có thể đọc tham khảo:

vnbiology.blogspot.com/2014/01/single-molecule-real-time-smrt-dna.html

 

[Dinh Trung Tin]

các anh chị cho em hỏi ngoài lề một chút, em muốn dò xem trong DNA của 1 tế bào có trình tự của 1 đoạn gene đã biết hay ko? em có thể dùng pp nào để làm được.

 

[lovekieu]

các anh chị cho em hỏi ngoài lề một chút, em muốn dò xem trong DNA của 1 tế bào có trình tự của 1 đoạn gene đã biết hay ko? em có thể dùng pp nào để làm được.

Đớn giản thôi, bạn tách ADN của tế bào rồi đưa toàn bộ DNA của tế bào vào NGS để chạy giải trình tự, Bạn lấy đoạn gen đã biết đó là reference để chạy resequencing xem nó có hay không là biết ngày thôi.