Theo mình tờ lờ mờ hiểu thì cái đích mà Quang đang theo đuổi thì việc đầu tiên là cần phải tìm ra sự khác biệt về DNA banding pattern giữa các cá thể sau khi RAPD. Tiếp theo là phải tìm ra được Tn trong các band khác biệt đó (giải quyết bằng sequencing?). Nếu cái reproducibility là ổn rồi thì cái quan trọng nhất quyết định số phận cho thí nghiệm (work or not) phải là cái arbitrary primer. Do đó, Quang phải chạy mẫu trên nhiều loại arbitrary primer trong quá trình screening? (screening cho Tn chứ không phải screening cho arbitrary primer để develop RAPD method for typing)
Subcloning là phương pháp đơn giản, không tốn nhiều thời gian lắm nếu làm đồng loạt trên một lượng lớn mẫu (tất nhiên không thể so sánh được với các phương pháp mang tính high-throughput được). Có gì đâu phải ngần ngại cái bước này?
P/S: Trong các phương pháp typing giữa cá cá thể cùng loài thì RAPD được coi là phương pháp tiết kiệm kinh tế nhất nhưng kết quả lại phập phù nhất (vs ribotype, RFLP, AFLP, PFGE or MLST). Nếu cậu có bí quyết gì để giải quyết cái sự phập phù đó thì hôm nào rảnh chia sẻ cho anh em xem với nhé.
Trung mến, rất cám ơn vì những chia sẻ của bạn. Thực ra cái công đoạn screening và phâ tích polymorhism và các population genetics analysis của project này xong từ trước và do người khác làm, đề tài của mình là mảng khác. Giờ xong hết PhD rồi ở lại làm thuê cho ông thầy, ông bảo làm gì mình làm đó cho qua ngày í mà.
Nhiệm vụ được giao của mình là sequencing các band của RAPD, các DNA từ các band này đã có sẵn, miễn sao có được nucleotide sequence của chúng là hết nhiệm vụ. Subcloning 1 vài mẫu thì ok nhưng hàng nghìn mẫu thì hơi ngại, đang tìm cách nào để lười được í mà. Có lẽ suncloning là cách duy nhất nhỉ?.
Trung làm bên CNSH của DHQG hả? trước mình hay qua chỗ cô Châu hóa sinh, hồi đó còn làm bên sư phạm mà, đi lâu lắm rồi chắc ở đó thay đổi nhiều lắm. À nghe nói giờ bên đó có Viện Vi sinh học to lắm đúng không? À có họ hàng với thầy
Trịnh Tam Kiệt không đấy? hhahahahaha
