nguoiditimtuonglai
Junior Member
Có ai có phần mền xác định trình tự của sợi DNA bổ sung cũng như vị trí gắn mồi không ạ!
cho em xin với!
Em cảm ơn các anh chị trong dd nhiều lắm!!
cho em xin với!
Em cảm ơn các anh chị trong dd nhiều lắm!!
Chương trình xác định trình tự sợi DNA bổ sung
- Thread starter nguoiditimtuonglai
- Start date
Ho Huu Tho
Senior Member
Bạn nêu rõ hơn bạn muốn làm gì với các trình tự để xem mọi người có thể giúp được không.
nguoiditimtuonglai
Junior Member
Em cảm ơn a Ho Huu Tho nhiều!
>> E có một trình tự RNA của IL8 như thế này
1 gagggtgcat aagttctcta gtagggtgat gatataaaaa gccaccggag cactccataa
61 ggcacaaact ttcagagaca gcagagcaca caagcttcta ggacaagagc caggaagaaa
121 ccaccggaag gaaccatctc actgtgtgta aacatgactt ccaagctggc cgtggctctc
181 ttggcagcct tcctgatttc tgcagctctg tgtgaaggtg cagttttgcc aaggagtgct
241 aaagaactta gatgtcagtg cataaagaca tactccaaac ctttccaccc caaatttatc
301 aaagaactga gagtgattga gagtggacca cactgcgcca acacagaaat tattgtaaag
361 ctttctgatg gaagagagct ctgtctggac cccaaggaaa actgggtgca gagggttgtg
421 gagaagtttt tgaagagggc tgagaattca taaaaaaatt cattctctgt ggtatccaag
481 aatcagtgaa gatgccagtg aaacttcaag caaatctact tcaacacttc atgtattgtg
541 tgggtctgtt gtagggttgc cagatgcaat acaagattcc tggttaaatt tgaatttcag
601 taaacaatga atagtttttc attgtaccat gaaatatcca gaacatactt atatgtaaag
661 tattatttat ttgaatctac aaaaaacaac aaataatttt taaatataag gattttccta
721 gatattgcac gggagaatat acaaatagca aaattgaggc caagggccaa gagaatatcc
781 gaactttaat ttcaggaatt gaatgggttt gctagaatgt gatatttgaa gcatcacata
841 aaaatgatgg gacaataaat tttgccataa agtcaaattt agctggaaat cctggatttt
901 tttctgttaa atctggcaac cctagtctgc tagccaggat ccacaagtcc ttgttccact
961 gtgccttggt ttctccttta tttctaagtg gaaaaagtat tagccaccat cttacctcac
1021 agtgatgttg tgaggacatg tggaagcact ttaagttttt tcatcataac ataaattatt
1081 ttcaagtgta acttattaac ctatttatta tttatgtatt tatttaagca tcaaatattt
1141 gtgcaagaat ttggaaaaat agaagatgaa tcattgattg aatagttata aagatgttat
1201 agtaaattta ttttatttta gatattaaat gatgttttat tagataaatt tcaatcaggg
1261 tttttagatt aaacaaacaa acaattgggt acccagttaa attttcattt cagataaaca
1321 acaaataatt ttttagtata agtacattat tgtttatctg aaattttaat tgaactaaca
1381 atcctagttt gatactccca gtcttgtcat tgccagctgt gttggtagtg ctgtgttgaa
1441 ttacggaata atgagttaga actattaaaa cagccaaaac tccacagtca atattagtaa
1501 tttcttgctg gttgaaactt gtttattatg tacaaataga ttcttataat attatttaaa
1561 tgactgcatt tttaaataca aggctttata tttttaactt taagatgttt ttatgtgctc
1621 tccaaatttt ttttactgtt tctgattgta tggaaatata aaagtaaata tgaaacattt
1681 aaaatataat ttgttgtcaa agtaaaaaaa aaaaaaaa
Với các cặp mồi sau:
Sense primer (outer) TTTCTGATGGAAGAGAGCTCTGTCT
Antisense primer (outer) ATCTTCACTGATTCTTGGATACCACA
Sense primer (iner) CCAAGGAAAACTGGGTGCAG
Antisense primer (iner) CTTGGATACCACAGAGAATGAATTTTT
>> E muốn xác định độ dài amplicon với cặp outer và iner, vị trí bắt mồi, cũng như xác định xem sản phẩm của đoạn iner có nằm trong đoạn outer trong nested PCR hay không?
Do e ko chuyên về sinh học nên gặp nhiêu rắc rối với những điều đơn giản thế này mong a Tho cũng như các a chị trong diễn đàn giúp e với!
>> E có một trình tự RNA của IL8 như thế này
1 gagggtgcat aagttctcta gtagggtgat gatataaaaa gccaccggag cactccataa
61 ggcacaaact ttcagagaca gcagagcaca caagcttcta ggacaagagc caggaagaaa
121 ccaccggaag gaaccatctc actgtgtgta aacatgactt ccaagctggc cgtggctctc
181 ttggcagcct tcctgatttc tgcagctctg tgtgaaggtg cagttttgcc aaggagtgct
241 aaagaactta gatgtcagtg cataaagaca tactccaaac ctttccaccc caaatttatc
301 aaagaactga gagtgattga gagtggacca cactgcgcca acacagaaat tattgtaaag
361 ctttctgatg gaagagagct ctgtctggac cccaaggaaa actgggtgca gagggttgtg
421 gagaagtttt tgaagagggc tgagaattca taaaaaaatt cattctctgt ggtatccaag
481 aatcagtgaa gatgccagtg aaacttcaag caaatctact tcaacacttc atgtattgtg
541 tgggtctgtt gtagggttgc cagatgcaat acaagattcc tggttaaatt tgaatttcag
601 taaacaatga atagtttttc attgtaccat gaaatatcca gaacatactt atatgtaaag
661 tattatttat ttgaatctac aaaaaacaac aaataatttt taaatataag gattttccta
721 gatattgcac gggagaatat acaaatagca aaattgaggc caagggccaa gagaatatcc
781 gaactttaat ttcaggaatt gaatgggttt gctagaatgt gatatttgaa gcatcacata
841 aaaatgatgg gacaataaat tttgccataa agtcaaattt agctggaaat cctggatttt
901 tttctgttaa atctggcaac cctagtctgc tagccaggat ccacaagtcc ttgttccact
961 gtgccttggt ttctccttta tttctaagtg gaaaaagtat tagccaccat cttacctcac
1021 agtgatgttg tgaggacatg tggaagcact ttaagttttt tcatcataac ataaattatt
1081 ttcaagtgta acttattaac ctatttatta tttatgtatt tatttaagca tcaaatattt
1141 gtgcaagaat ttggaaaaat agaagatgaa tcattgattg aatagttata aagatgttat
1201 agtaaattta ttttatttta gatattaaat gatgttttat tagataaatt tcaatcaggg
1261 tttttagatt aaacaaacaa acaattgggt acccagttaa attttcattt cagataaaca
1321 acaaataatt ttttagtata agtacattat tgtttatctg aaattttaat tgaactaaca
1381 atcctagttt gatactccca gtcttgtcat tgccagctgt gttggtagtg ctgtgttgaa
1441 ttacggaata atgagttaga actattaaaa cagccaaaac tccacagtca atattagtaa
1501 tttcttgctg gttgaaactt gtttattatg tacaaataga ttcttataat attatttaaa
1561 tgactgcatt tttaaataca aggctttata tttttaactt taagatgttt ttatgtgctc
1621 tccaaatttt ttttactgtt tctgattgta tggaaatata aaagtaaata tgaaacattt
1681 aaaatataat ttgttgtcaa agtaaaaaaa aaaaaaaa
Với các cặp mồi sau:
Sense primer (outer) TTTCTGATGGAAGAGAGCTCTGTCT
Antisense primer (outer) ATCTTCACTGATTCTTGGATACCACA
Sense primer (iner) CCAAGGAAAACTGGGTGCAG
Antisense primer (iner) CTTGGATACCACAGAGAATGAATTTTT
>> E muốn xác định độ dài amplicon với cặp outer và iner, vị trí bắt mồi, cũng như xác định xem sản phẩm của đoạn iner có nằm trong đoạn outer trong nested PCR hay không?
Do e ko chuyên về sinh học nên gặp nhiêu rắc rối với những điều đơn giản thế này mong a Tho cũng như các a chị trong diễn đàn giúp e với!
Last edited:
Ho Huu Tho
Senior Member
Mình dùng phần mềm thương mại OLIGO để thiết kế mồi thì yêu cầu như của bạnt thực hiện khá đơn giản, nhưng mình đoán bạn không có những phần mềm như vậy. Mình không biết các phần mềm free như primer 3 thì có chức năng bạn cần không, bạn thử tìm hiểu xem sao. Bạn cũng có thể sử dụng lệnh Search của Word để tìm vị trí bắt cặp của mồi trên template (lưu ý phải sử dụng trình tự bổ sung của mồi ngược khi tìm vị trí bắt cặp của mồi ngược trên template). Bạn có thể xác định trình tự bổ sung của mồi ở trang này:http://www.basic.northwestern.edu/biotools/OligoCalc.html
Đinh Duy Thành
Senior Member
Bạn có thể dùng BioEdit. Mình vẫn dùng nó để xác định vị trí gắn mồi và độ dài amplicon. Có điều thao tác không được thuận tiện cho lắm.
BioEdit có ưu điểm lớn nhất là miễn phí, ngoài ra nó tích hợp rất nhiều công cụ khác mà mình không biết hết (và không biết có hỗ trợ thiết kế oligo không).
BioEdit có ưu điểm lớn nhất là miễn phí, ngoài ra nó tích hợp rất nhiều công cụ khác mà mình không biết hết (và không biết có hỗ trợ thiết kế oligo không).
nguoiditimtuonglai
Junior Member
2 Anh Ho Huu Tho và Đinh Duy Thành nhiều lắm! Em còn có vấn đề này mong nhận được sự giải đáp từ các thành viên trong dd!!
- Thường thì các RNA có nguồn gốc ngoại bào rất dễ bị suy thoái, nên nếu muốn ngăn cản việc này thì RNA phải liên kết với các đại phân tử ( MUC5B,MUC7, apoptotic,..).
>> Vậy RNA bị suy thoái là do tác nhân gì? và làm sao để chúng tạo được liên kết?
phamvanhuy14
Senior Member
có ai thực hiện điện di mao quản để xác định trình tự chưa. cho mình hỏi cấu tạo của ống mao quản (càng kỹ càng tốt)
Similar threads
