Phân tích di truyền bằng NTSYSPC

vanhieu

Senior Member
Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di.Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieáttrong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi....


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha
 

Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha

[/quote]
Thanks ban Hieu nhieu lam, minh cung rat thich phan mem nay ma su dung thi lo mo lam. Xin gui giup vao email.
hailuamientay2010@gmail.com
 
Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di.Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieáttrong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi....


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha
Email của mình là dinhtrung2308@gmail.com,nếu có thể bạn gửi sớm cho mình nha,cảm ơn bạn nhiều nhiều,hi
 
Vì nhiều bạn cần HD nên mình up HD nên đây để các bạn tham khảo nha:

Phần 1. Những modul trong phần mềm NTSYSPC



Các danh sách dưới đây là một sự tóm tắt các môdun tính toán chứa trong ntsyspc, các từ viết tắt được liệt kê ở dưới là các mã lệnh dược sử dụng trong các tập lệnh trong ntsyspc, dứơi đây trình baỳ tỉ mỷ về các chi tiết kỹ thuật của các modul (bao gồm những phương trình mô tả cho những thao tác khác nhau,những hệ số ) tất cả chúng được cung cáp trong file help. Các lệnh này trong ntsyspc không chỉ dưới hạn trong phạm vi sử dụng cho ở dưới, mà nó còn được sử dụng cho các kiểu phân tích khác,vd sự phân tích các tọa độ thiết yếu
q Canpls: thực hiện tương quan chính tắc của hai khối dữ liệu tối thiểu, nhằm tạo ra sự cân đối của phép phân tích phản ánh mẫu tương quan tập hợp hai biến
q Concencus: tính toán ra một cây hợp nhất cho hai hoặc nhiều chiều dữ liệu,các phép tính khác nhau, thống nhất các chỉ số tương đồng
q COPH: Tạo ra một ma trận giá trận cophenetic (ma trận của những giá trị ) từ một cây ma trận cũng có thể tính toán chiều dài đường dẫn những khoảng cách trong lập trìng njoin, những mạch tọa độ này có thể được sử dụng bởi chương trình mxcompe để so sánh và tìm ra mức độ tương quan gữa các ma trận. Một ma trận tính phương sai có thể xây dựng trong mulreg modul cho những nghiên cứu so sánh
q Corresp:phép phân tích tương, đây là phép phân tích thuận tiện để điều tra cấu trúc của hai bảng dữ liệu;
q CPCA: Những phân tích các nhân tố chung thiết yếu nhất,cơ sởđể đưa ra một tập hợp phù hợp của nhữnh véc tơ riêng đơn trị, tới một loạt các mạch tương quan của các giá trị phương sai mâu thuẫn
q CVA: thực hiện một phép phân tích véc tơ chính tắc nó cũng có thể được giải thích như một phép phân tích dữ liệu nhiều chiều, sắp xếp các mức độ sai khác
q Dcenter: Thực hiện một "double centering" của một mảg tương tự nhau hoặc khác nhau. Trong số các đối tượng kết quả ma trận có thể là một nhân tố để thực hiện một yếu tố quan trọng. Sự phân tích những tọa độ(một phương pháp để trình bày những mối quan hệ tronh số những đối tượng, những thuật ngữ của các vị trí dọc theo chiều tập hợp của các điểm tọa độ dựa trên cơ sở những ma trận khác nhau
q EIGEN: Tính toán các véc tơ riêng và những ma trận giá trị riêng trong hệ thống những ma trận tương tự nhau. Chương trình này có thể sử dụng để thực hiện một thành phần thiết yếu hay là một nhánh chính. Sự phân tích những tọa độ bằng việc rút trích những véc tơ riêng (những nhân tố , những hệ số) từ một sự tương quan hay từ ma trận của các giá trị phương sai, hợp sai
q FOURIER: phép tính fourier và những sự biến đổi fourie elíp cho hai chiều và ba chiều của những đường cong
q FOURPLOT: phác thảo đường bao và phác thảo ước lượg được thự hiện bởi modul fourier
q MOD3D: phác thảo ba chiều sự phân bố của biểu đồ như một cách nhìn tổng quan ba chiều của đối tượng tại những đỉnh gắn gắn liền với một cơ sở không gian, và có thể thay đổi chiều quan sát bằng cách xoay biểu đồ. Chương trình này thường được dùng để quan sát một thành phần chính hay một nhánh của phép phân tích
q MST: Tính toán chiều dài cực tiểu của cây nằm ngang từ những ma trận giống nhau hoặc khác nhau, điều này rất hữu ích để cho thấy những láng giềng gần nhau nhất của những đối tượng tiếp tục đặt vị trí cơ sơ của chúng trong không gian nhiều chiều
q MULREG: Thực hiện những sự phân tích, những kiểu hồi quy khác nhau, bao gồm đơn giản hai chiều, hồi quy bội, hồi quy nhiều chiều, dạng thức vuông phổ biến hồi quy để tính đến sự không độc lập của cách quan sát
q MXCOMP: So sánh hai mảng ma trận đối xứng, bằng việc tính toán những sự tương quan ma trận của chúng và pác họa một sơ đồ chất tán xạ, chương trình có thể dược dùng để tính toán sự phù hợp của phép phân tích khối dữ liệu( so sánh một ma trận cophenetic tới một ma trân khác), Nó cũng có thể so sánh hai mảng dữ liệu với một ma trận thứ ba được giữ một cách liên tục
q MXPLOT: phác thảo hai chiều vùng bản đồ của hàng hoặc cột của một ma trận
q NJOIN: phương pháp lắp gép các láng giềng gần nhau nhất để tạo ra cây phát sinh giống loài và đánh giá mức độ phất sinh của loài
q OUTPUT: Định dạng các ma trận vào những trang để in ấn, các phai có thể được đọc bởi bộ văn bản xử lý. Gía trị xuất ra được định hình rất hữu ích cho việc kiểm tra lại giá trị nhập vào đã đúng với dạng thức trong ntsyspc hay chưa:
q PLOT: Phác họa một hoặc nhiều cột của ma trận dựa vào một cột đã được lựa chọn. Các điểm được nối bằng những hàng9
q MXCOMP: So sánh hai mảng ma trận đối xứng, bằng việc tính toán những sự tương quan ma trận của chúng và pác họa một sơ đồ chất tán xạ, chương trình có thể dược dùng để tính toán sự phù hợp của phép phân tích khối dữ liệu( so sánh một ma trận cophenetic tới một ma trân khác), Nó cũng có thể so sánh hai mảng dữ liệu với một ma trận thứ ba được giữ một cách liên tục
q MXPLOT: Phác thảo hai chiều vùng bản đồ của hàng hoặc cột của một ma trận
q NJOIN: Phương pháp lắp gép các láng giềng gần nhau nhất để tạo ra cây phát sinh giống loài và đánh giá mức độ phất sinh của loài
q OUTPUT: Định dạng các ma trận vào những trang để in ấn, các phai có thể được đọc bởi bộ văn bản xử lý. Gía trị xuất ra được định hình rất hữu ích cho việc kiểm tra lại giá trị nhập vào đã đúng với dạng thức trong ntsyspc hay chưa:
q PLOT: phác họa một hoặc nhiều cột của ma trận dựa vào một cột đã được lựa chọn. Các điểm được nối bằng những hàng10
q POOLCVC: Tính toán gộp lại những ma trận phương sai hợp sai, trong nhóm từ hai hoặc nhiều hơn hai ma trận dữ liệu củng có thể sử dụng cho việc thực hiện một sự kiểm tra:
q PROCPLOT: Phác họa những kết quả của modul procrestes
q PRUCRUSTES: Sự thêm vào những hình vuông prucrestes bé nhất của sự phối hợp các điểm tọa độ của hai hay nhiều đối tượng, tính toán trung bình cấu hình của các diểm và sắp thẳng hàng mọi điểm có giá trị trung bình:
q PROJOI: Kế hoạch xây dựng một đối tượng lên một hoặc nhiều véc tơ hoặc lên không gian của các véc tơ. Trong phép phân tích nhân tố thiết yếu một đối tượng dữ liệu được tiến hành tiêu chuẩn hóa trên các véc tơ riêng của ma trận tương quan để đưa ra cách quan sát tốt nhất cơ bản về cơ sở dữ liệu. Phép chiếu trực giao có thể được dùng để điều chỉnh kích thức:
q SAHN: Thực hiện phép tập hợp tuần tự theo thứ bậc, và những phương pháp xếp nhóm được lồng vào nhau như định nghĩa của Sneach và sokal(1973), bao gồm các phương pháp xếp nhóm như UPRMA


Chương trình tìm ra giải pháp những cái cây khi có những dữ liệu liên kết trong ma trận đầu vào
q SIMGEND: Tính toán những ma trận dữ liệu chứa các hệ số khoảng cách di truyền từ tần số gen và dữ liệu chuỗi DNA
q SIMINT: Tính toán chỉ số giống nhau hay khác nhau cho các hệ số khoảng cách
q SIMQUAL: Tính toán những hệ số tronh những nhóm khác nhau cho những dữ liệu định tính, dữ liệu cho những trạng thái unnodered:
q STAND: Thực hiện phép biến đổi tuyến tính để loại trừ nhữnh hiệu ứng của những quy mô khác nhau của phép đo:
q SVD: Phép tính loại bỏ giá trị sai lệch nhỏ trong ma trận dữ liệu hình chữ nhật.Nó cho phép bạn tính toán những điểm tọa độ thiết yếu và những sự trình chiếu trong một bước đơn:
q TPSWTS: Thực hiện phép chiếu các điểm tọa độ trong không gian hai chiều ba chiều của những đối tượng, trên trạng thái những tấm mỏnh uốn lượn trong không gian. điều này cho phép tính toán một phép phân tích thống kê của những quan hệ không họ hàng và những thành phần đồng dạng của phếp biến đổi hình dạng
q TRANSF: Thực hiện phép biến đổi cùng dòng và không cùng dòng của một ma trận. Củng có thể dùng để xóa dòng hoặc cột, đọc dữ liệu sắp xếp thay đổi mẫu của ma trận dữ liệu
q TREE: Trình diễn ra màn hình một phenetich cây phát sinh giống loài được xây dựng từ một hoặc nhiều modul trung tâm đã được lựa chọn biểu thị cho tính tương tác giữa các thành phần cây di truyền .
 
Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di.Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieáttrong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi....


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha
Chào bạn Hiếu, bạn cho tôi xin hướng dẫn sử dụng với nhé. tieuphongnl@yahoo.com.vn
Thành thật cảm ơn bạn.
 
co ban nao biet cach huong dan su dung phan mem nay khi phan tich kieu hinh thong qua danh gia hinh thai ben ngoai ko vay?
 
Ntsys 2.1

Thế thì tốt quá, mình cũng đang rất cần bản hướng dẫn sử dụng phần mềm này. Mình phân tích đa dạng di truyên của 15 giống chè bằng 6 ibps primer, nhưng không biết làm thế nào để tính hệ số dice và phân tích cụm cả.
Nếu có file hướng dẫn bạn có thể vui lòng cho mình xin được không, nếu được vui lòng gửi cho mình theo đc này nhé: nhp0702@yahoo.com.vn. Rất mong bạn giúp mình.
Cám ơn nhiều
[/QUOTE]
 

Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha

Thanks ban Hieu nhieu lam, minh cung rat thich phan mem nay ma su dung thi lo mo lam. Xin gui giup vao email.
hailuamientay2010@gmail.com[/QUOTE]

nho ban gui cho minh voi
email: maivantan@gmail.com
Thanks ban nhieu
 
hoi dap


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha

Thanks ban Hieu nhieu lam, minh cung rat thich phan mem nay ma su dung thi lo mo lam. Xin gui giup vao email.
hailuamientay2010@gmail.com[/QUOTE]

cho mình cách hướng dẫn được không. mình k thể lưu file đầu ra là tại sao vậy ad ơi. giúp m với
 
tài liệu

Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di.Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieáttrong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi....


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha

Mình nhờ bạn gởi cho tài liệu
cảm ơn bạn nhiều
 
Phaàn meàm thoáng keâ NTSYSPC laø phaàn meàm duøng ñeå thoáng keâ ñaëc ñieåm di truyeàn trong kyõ thuaät DNA. Döïa vaøo kyõ thuaät PCR maãu DNA vaø sau ñoù ñieän di.Thoâng thöôøng trong töï nhieân veà maët hình thaùi thì coù nhöõng caây hay nhöõng con nhìn hình daùng beà thì raát gioáng nhau nhöng veà baûn chaát di truyeàn thì laïi laø khaùc nhau. Do ñoù vieäc thoáng keâ tính gioáng vaø khaùc nhau cuûa quaàn theå hay caù theå laø vieäc raát caàn thieáttrong vieäc choïn taïo gioáng cho saûn xuaát cuõng nhö vieäc phoøng tröø dòch haïi....


Mình thấy phần mềm này rất hữu dụng nên nếu bạn nào chưa biết sử dụng có thể để lại mail ở đây, mình sẽ gửi hướng dẫn cụ thể bằng hình ảnh cho nha
Anh có thể cho e xin file hướng dẫn không ạ. Mail của e là thanhngale0701@gmail.com.
Em cảm ơn rất nhiều
 

Facebook

Thống kê diễn đàn

Threads
11,649
Messages
71,548
Members
56,922
Latest member
188bettone
Back
Top