Li trích DNA

[rongxanh89]

Mình có một câu hỏi cần các bạn giải đáp giúp:
- Trong quá trình trích DNA, công đoạn nào giúp DNA hòa tan tốt?
- Sự khác biệt khi hòa tan DNA bằng nước cất tiệt trùng & TE.

 

[Ho Huu Tho]

Mình có một câu hỏi cần các bạn giải đáp giúp:
- Trong quá trình trích DNA, công đoạn nào giúp DNA hòa tan tốt?
- Sự khác biệt khi hòa tan DNA bằng nước cất tiệt trùng & TE.

Không hiểu ý bạn hỏi của câu 1.
Câu 2: Trong TE thì DNA không bị cắt bởi các enzym giới hạn, nên có thể bảo quản được lâu hơn chẳng hạn.

 

[voh5]

Không hiểu ý bạn hỏi của câu 1.
Câu 2: Trong TE thì DNA không bị cắt bởi các enzym giới hạn, nên có thể bảo quản được lâu hơn chẳng hạn.

Mình thích kiểu trả lời này! Chẳng hạn mình nói sai thì cũng chẳng ai bắt bẻ! Gọi là trả lời mà cũng như chẳng trả lời gì cả!
Cái H2O thì em không biết, nhưng cái TE buffer thì thấy có thêm tí thông tin ngay trên Wikipedia, có lẽ nói rõ hơn ý của bác CHẲNG HẠN.

 

[biopass]

Hòa DNA vào TE (trong TE có EDTA) sẽ ức chế enzym DNAse hoạt động và như vậy đương nhiên DNA sẽ bảo quản được lâu hơn.
Còn đối với nước cất hấp trùng tớ không rõ lắm tác dụng chỉ hiểu nhiệm vụ của nó là hòa tan DNA để dễ sử dụng.

 

[biopass]

Thêm nhé EDTE hấp thu các ion cần cho enzym DNAse or RNAse hoạt động nên DNA có thể bảo quản lâu hơn.
DNA or RNA hòa vào nước cất không có các ion và hạn chế tối đa các yếu tố ngoại cảnh: enzym cắt giới hạn, các ion... nên bảo quản tốt.
Ngoài ra ta có thể bảo quản khô DNA or RNA đến lúc nào dùng thì đưa hòa tan.
Tránh để sót cồn trong quá trình làm khô, do cồn ức chế hoạt động của tất cả các enzym trong quá trình mình sử dụng DNA or RNA làm thí nghiệm: taq...

 

[Nguyễn Xuân Trường]

RNase hoạt động không cần cofactor như DNase.

 

[Triệu Loan]

Chào các anh chị ! Em đã được học về kỹ thuật ly trích DNA. Trong thời gian này e đang bắt đầu làm quen với các thiết bi dùng trong ly trích, nói chung còn bỡ ngỡ, nên rất muốn hiểu rõ hơn. Ở học phần lý thuyết và một số tài liệu khác em được biết quá trình gồm ( phá vỡ màng tế bào. sau đó tách protein ( bằng phenol / chloroform) . sau đó thu hồi protein.
Nhưng khi học thực hành các bước thực hiện lại khác. mặc dù cũng có 3 bước cơ bản.

1. nghiền mẫu với dung dịch ly trích ,ly tâm dịch nghiền
2. hút dịch nổi vào eppendoft thêm amonium acetate, sau khi trộn đều thì thêm alcool 90%
3. đặt trong ngăn đá 30', ly tâm , bỏ dịch nổi, thêm alcool 70%, ly tâm, bổ dich nổi lấy cặn, hòa cặn vào nước cất sau đó ly tâm làn cuối và thu dịch nổi chứa DNA

1/ vậy cách làm biến tính protein theo phương pháp đó có j khác so với dùng phenol và chlorofrom ?
2/ trong quá trình thực hiện nhóm e có đảo ngược thự tự bước 2 và 3 ( tức là cho alcool vào trước khi cho amonium ) vậy kết quả sẽ ra sao ? chúng em chưa thu được kết quả do đang thực hành bi cúp điện . ( diều kiền lab của trg cũng ko tốt như nơi khác ( ) anh chị có thể coi như trò chơi dụ đoán ( không biết câu này có hơi " ngốc nghếch" quá không nhỉ e cũng đang chờ kết quả hi`hi`)
p/s nếu anh chị có thời gian có thể giải thích tại sao dùng những hóa chất trên và cơ chế tác dụng của nó khi dùng ly trích DNA

 

[Ho Huu Tho]

Chào các anh chị ! Em đã được học về kỹ thuật ly trích DNA. Trong thời gian này e đang bắt đầu làm quen với các thiết bi dùng trong ly trích, nói chung còn bỡ ngỡ, nên rất muốn hiểu rõ hơn. Ở học phần lý thuyết và một số tài liệu khác em được biết quá trình gồm ( phá vỡ màng tế bào. sau đó tách protein ( bằng phenol / chloroform) . sau đó thu hồi protein.
Nhưng khi học thực hành các bước thực hiện lại khác. mặc dù cũng có 3 bước cơ bản.

1. nghiền mẫu với dung dịch ly trích ,ly tâm dịch nghiền
2. hút dịch nổi vào eppendoft thêm amonium acetate, sau khi trộn đều thì thêm alcool 90%
3. đặt trong ngăn đá 30', ly tâm , bỏ dịch nổi, thêm alcool 70%, ly tâm, bổ dich nổi lấy cặn, hòa cặn vào nước cất sau đó ly tâm làn cuối và thu dịch nổi chứa DNA

...
p/s nếu anh chị có thời gian có thể giải thích tại sao dùng những hóa chất trên và cơ chế tác dụng của nó khi dùng ly trích DNA

Đây là những thông tin trả lời cho câu hỏi trong phần in đậm của bạn:
DNA is polar due to its highly charged phosphate backbone. This polarity, based on the principle of "like dissolves like", makes it soluble in water, which is also highly polar. The high polarity of water, reflected by high value of its dielectric constant 80.1 (at 20 °C), means that electrical force between any two charges in aqueous solutions is highly diminished compared to force in vacuum or air.
...
At an atomic level this diminishing of force acting on charges results from water molecules forming hydration shells around them. It makes water a very good solvent for charged compounds like salts. Electric force which normally holds salt crystals together by way of ionic bonds is weakened in the presence of water allowing ions to separate from the crystal and spread through solution.
The same mechanism operates in the case of negatively charged phosphate groups on DNA backbone, even if positive ions are present in solution, the relatively weak electric force prevents them from forming stable ionic bonds with phosphates and precipitating out of solution.
Ethanol is much less polar than water, its dielectric constant is 24.3 (at 25 °C). This means that adding ethanol to solution disrupts screening of charges by water. If enough ethanol is added electrical attraction between phosphate groups and any positive ions present in solution becomes strong enough to form stable ionic bonds and precipitate DNA. This usually happens when ethanol makes around 64% of the solution. As the mechanism suggests solution has to contain positive ions for precipitation to occur, usually Na+, NH4+ or Li+ play this role
Trích từ Wiki.

 

[ntheanpro]

duoi day la cong dung cua cac hoa chat su dugn trong ly trich ADN

Tris-HCl pH 8-8,6 duy trì pH phù hợp có tác dụng ức chế hoạt động của
những enzyme phân hủy DNA như enzyme DNase là enzyme hoạt động ở pH nhỏ
hơn hoặc bằng 7.
- EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid), thường được dùng để hòa tan
những phức chất trầm hiện, có khả năng cô lập những ion kim loại như Ca2+, Fe3+.Sau khi nối với EDTA những ions kim loại vẫn còn trong dung dịch nhưng
bị bất hoạt. EDTA có tác dụng ức chế những enzyme phân hủy DNA.
- Sodium acetat. Muối có vai trò kết hợp với ethanol 100% kết tủa và rửa
sạch DNA, bảo vệ DNA.
- CTAB (cetyltrimethylammonium bromide, hexadecyltrimethylammonium
bromide). Chất tẩy cation, sát trùng hiệu quả với vi khuẩn, nấm do làm hòa tan
màng tế bào, biến tính protein. Khi dung dịch ở nồng độ muối cao (≥ 1,4MNaCl)
thành lập phức hợp với protein, polysaccharide, polyphenol, DNA. Phức hợp
CTAB-DNA tồn tại ở trạng thái hòa tan. Khi nồng độc muối nhược trương (≤0,5M
NaCl) DNA được phóng thích. Sau đó DNA bị hòa tan và CTAB bị rửa trôi bởi
ethanol
70%; (Phức hợp CTAB-polysaccharide kết tủa. Phức hợp này sau đó được
tách ra khỏi dung dịch bằng hỗn hợp chloroform – isoamyl alcohol).
- Hổn hợp Chloroform-isoamylalcohol (24-1) tách DNA khỏi protein và
những phức chất polycaccharide.
- 2-mercaptoethanol (ß-mercaptoethanol, BME, 2BME or β-met) giảm cầu
nối disulfide và hoạt động như chất chống oxid hóa sinh học, ức chế quá trình oxi
hóa. Có tác dụng phá vỡ màng nhân, bảo vệ DNA khỏi những quinone, disulfite,
peroxi-dase, polyphenoloxydase.
- Ethanol 100% để kết tủa DNA, rửa sạch DNA. Có thể gây hại cho DNA do
vậy phải kết hợp với muối.
- Ethanol 70% để rửa sạch DNA. Không gây hại cho DNA do ở nồng độ
thấp.
- Lysozym (nếu có) là chất tiệt trùng do tính tẩy phá vở màng tế bào. Triton
X-100 có tách dụng ly giải (lysis) tế bào. Nồng độ Triton X-100 thường là 0,1%
dung dịch Triton X-100 là đủ, tuy nhiên có thể sử dụng đến 0,5% mà không ảnh
hưởng đến DNA hoặc hầu hết enzymes phân lập. Trường hợp sử dụng chung với
Proteinase K nồng độ dung dịch Triton X-100 là 1%.
- Proteinase K là một serine protease không đặc biệt, được sử dụng để chiết
xuất và tinh sạch DNA động vật hữu nhủ, proteinase K cũng được dùng để chiết
xuất RNase và làm bất hoạt nuclease (ribonuclease RNAse và Deoxyribonuclease
Dnase). Để hoạt động có hiệu quả hơn Proteinase K thường được duy trì trong sự
hiện diện của SDS, EDTA và urea. Proteinase K thường được cho vào dung dịch
ly giải trước khi sử dụng.