Thiết kế mồi DNA asperillgus niger

[Nchicken]

Thiết kế mồi DNA aspergillus niger

Em chào cả nhà. Em là sinh viên năm cuối, và mới ti toe đi làm sinh học phân tử (đề tài tốt nghiệp luôn). Đề tài của em là tách dòng và biểu hiện gen Aspergillus niger. Em toàn thấy mọi người làm RNA để biến nạp vào E.coli nhưng bây giờ em phải làm với DNA. Nhiệm vụ của em là thiết kế mồi chỉ để nhân exon ( ở gen mã hóa xylanase có một intron) để biến nạp vào E.coli BL21. Em không hiểu phải làm như thế nào nữa? Mong mọi người giúp đỡ em. Em giờ vẫn trong giai đoạn đọc tài liệu. À, nếu mọi người thấy em hỏi ngu thì cứ chỉ giáo nhé, có ngu có hỏi thì mới giỏi được ạ.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Hình như Aspergilligus niger đã được sequence genome (vì con bé lab anh ở trong nhóm làm annotation mà). Em cứ lên NCBI search gene nó sẽ chỉ dẫn đâu là exon đâu là intron. Em thiết kết overlap PCR là câu được trình tự đầy đủ của gene ra thôi.

 

[Nchicken]

Hì, em cảm ơn anh. Em cũng nghĩ đến cách lên NCBI để tìm exon với intron. Nhưng mà chưa biết từ đó để thiết kế mồi ntn cho 2 cái nửa gene kia dính lại với nhau. Hì hì, em thấy anh nói về overlap PCR, em cũng chưa biết là cái gì, nhưng em sé cố gắng đọc và tìm hiểu. Nếu vẫn chưa ra, mong anh giúp đỡ em tiếp ạ.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Hì, em cảm ơn anh. Em cũng nghĩ đến cách lên NCBI để tìm exon với intron. Nhưng mà chưa biết từ đó để thiết kế mồi ntn cho 2 cái nửa gene kia dính lại với nhau. Hì hì, em thấy anh nói về overlap PCR, em cũng chưa biết là cái gì, nhưng em sé cố gắng đọc và tìm hiểu. Nếu vẫn chưa ra, mong anh giúp đỡ em tiếp ạ.

1. Trước hết nên hỏi trực tiếp người hướng dẫn.

2. Design primer thì không cần quan tâm intron, exon gì cả, search NCBI cái gene đó và tìm trình tự mRNA hoặc cDNA rồi dựa vào đó thiết kế.

 

[Nchicken]

1. Trước hết nên hỏi trực tiếp người hướng dẫn.

2. Design primer thì không cần quan tâm intron, exon gì cả, search NCBI cái gene đó và tìm trình tự mRNA hoặc cDNA rồi dựa vào đó thiết kế.

Em làm tiếp đề tài của một anh khóa trước, anh ý đã thiết kế mồi và tách được DNA. Em thì phải làm tiếp từ DNA đó. Em phải làm thế nào để cắt được cái intron kia đi, để gắn nó vào vector pET 22b, rùi biến nạp vào E.coli BL21. Vì nó là gen của eukaryote nên em nghĩ là phải cắt được intron đi chứ ạ.
Em thì nghĩ là sử dụng enzym giới hạn, nhưng cô giáo em nói là thiết kế mồi để cắt intron, nên bây giờ em đang tìm hiểu về nó.

 

[Lê Ngọc Hưng]

1. Trước hết nên hỏi trực tiếp người hướng dẫn.

2. Design primer thì không cần quan tâm intron, exon gì cả, search NCBI cái gene đó và tìm trình tự mRNA hoặc cDNA rồi dựa vào đó thiết kế.

Anh Hưng ơi. Bạn Nờ Gà cần tách riêng đoạn exon ra cơ mà. Mồi để câu cả đoạn gen(intron và extron) thì bạn ý đã thiết kế được rồi.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Em làm tiếp đề tài của một anh khóa trước, anh ý đã thiết kế mồi và tách được DNA. Em thì phải làm tiếp từ DNA đó. Em phải làm thế nào để cắt được cái intron kia đi, để gắn nó vào vector pET 22b, rùi biến nạp vào E.coli BL21. Vì nó là gen của eukaryote nên em nghĩ là phải cắt được intron đi chứ ạ.
Em thì nghĩ là sử dụng enzym giới hạn, nhưng cô giáo em nói là thiết kế mồi để cắt intron, nên bây giờ em đang tìm hiểu về nó.

Úi trời, sao hay thế.

1. Cách dùng enzyme giới hạn thường không khả thi vì vị trí tiếp giáp giữa intron và exon thường không phải vị trí giới hạn.

2. Dùng PCR là đúng rồi tưởng tượng giờ có 1 đoạn gene ABC (A là exon 1, B là intron và C là exon 2). Cần thiết kế 2 cặp primers (tức 4 primer gọi là 1, 2, 3, 4). Trong đó có 2 primer gối giữa A và C, ý tưởng theo hình vẽ attached ở đây. Chú ý trong hình vẽ là trường hợp hơi khác nhưng về ý tưởng chủ đạo thì như nhau.

 

[Nchicken]

Hì, sau khi mò mẫm cái overlap PCR thì em cũng hiểu là em phải làm gì rồi. Hì, nhưng từ hiểu ra đến cái yếu tố công nghệ với cái sản phẩm đúng là dài thật.