Thiết kế mồi cho phản ứng PCR

Chiii

Junior Member
Em muốn hỏi thiết kế mồi cho phản ứng PCR trên ncbi blast thì nên chỉnh các thông số ntn?
Em thường chỉnh nhiệt độ min 50, homo sapiens
Và khi ra các cặp mồi khác nhau thì dựa vào yếu tố nào để lựa chọn cặp mồi phù hợp nhất
 
Mình chưa bao giờ thiết kế theo NCBI, nhưng nếu chịu khó đọc, tìm hiểu thì chắc cũng làm được. Theo mình hiểu thì cứ đưa trình tự lên, và nhập input thông số là phần mềm tự chọn cho.

Mình toàn thiết kế thủ công thông thôi. Cần nhân đoạn gen nào, kích thước bao nhiêu??? quan trọng là nhiệt độ Ta, sao cho 2 mồi có Tm gần nhau chút. Gen kích thước bao nhiêu để đặt thời gian kéo dài 30' hay 60'...
Chọn cái đầu primer 3' phải chuẩn, ít GC thôi, để primer không cặp chặt vào gen khác.
Mình hay thiết kế thủ công, nhưng nói chung là nhân gen lên hết. Trừ khi bạn cần hiệu quả, đặc hiệu.
enzyme Tag cũng quan trọng. Có tiền thì mua loại xịn.
 
Mình chưa bao giờ thiết kế theo NCBI, nhưng nếu chịu khó đọc, tìm hiểu thì chắc cũng làm được. Theo mình hiểu thì cứ đưa trình tự lên, và nhập input thông số là phần mềm tự chọn cho.

Mình toàn thiết kế thủ công thông thôi. Cần nhân đoạn gen nào, kích thước bao nhiêu??? quan trọng là nhiệt độ Ta, sao cho 2 mồi có Tm gần nhau chút. Gen kích thước bao nhiêu để đặt thời gian kéo dài 30' hay 60'...
Chọn cái đầu primer 3' phải chuẩn, ít GC thôi, để primer không cặp chặt vào gen khác.
Mình hay thiết kế thủ công, nhưng nói chung là nhân gen lên hết. Trừ khi bạn cần hiệu quả, đặc hiệu.
enzyme Tag cũng quan trọng. Có tiền thì mua loại xịn.
Vì em cần tìm mồi đặc hiệu để sau khi PCR ra cDNA sau đó có thể chuyển sang được miRNA mong muốn để định lượng nồng độ. Em có nhập các thông số trên ncbi blast thì được đề xuất các cặp mồi khác nhau (khoảng 7-10 cặp). Em sẽ dựa vào gợi ý của anh để tìm ạ. Anh cho em hỏi có cách nào kiểm tra trước xem đoạn mồi đó có sử dụng đc ko ạ? Em cảm ơn anh nhiều
 
Vì em cần tìm mồi đặc hiệu để sau khi PCR ra cDNA sau đó có thể chuyển sang được miRNA mong muốn để định lượng nồng độ. Em có nhập các thông số trên ncbi blast thì được đề xuất các cặp mồi khác nhau (khoảng 7-10 cặp). Em sẽ dựa vào gợi ý của anh để tìm ạ. Anh cho em hỏi có cách nào kiểm tra trước xem đoạn mồi đó có sử dụng đc ko ạ? Em cảm ơn anh nhiều
Mình cũng không rõ mục đích thí nghiệm của bạn. Nhưng mồi cũng rẻ thôi mà, khoảng 200K /mồi. Cứ order thử mấy cặp về dùng thử xem có đặc hiệu, hiệu quả không thôi.
 
Mình cũng không rõ mục đích thí nghiệm của bạn. Nhưng mồi cũng rẻ thôi mà, khoảng 200K /mồi. Cứ order thử mấy cặp về dùng thử xem có đặc hiệu, hiệu quả không thôi.
Anh có biết về phương pháp delta Ct có thể giải thích cho em dc ko ạ, hoặc có tài liệu có thể cho em xin với ạ. Em đã search các bài báo nhưng ko có nhắc đến cách tính cụ thể, ngta chỉ đưa luôn ra đồ thị thôi nên em chưa hiểu lắm. Em cảm ơn anh nhiều ạ
 
Anh có biết về phương pháp delta Ct có thể giải thích cho em dc ko ạ, hoặc có tài liệu có thể cho em xin với ạ. Em đã search các bài báo nhưng ko có nhắc đến cách tính cụ thể, ngta chỉ đưa luôn ra đồ thị thôi nên em chưa hiểu lắm. Em cảm ơn anh nhiều ạ
Không biết phương pháp.
 

Facebook

Thống kê diễn đàn

Threads
11,653
Messages
71,558
Members
56,298
Latest member
elainewynn
Back
Top