Các hải đăng phân tử với gốc đồng nhất: tăng tính chọn lọc đích.

[Nguyễn Xuân Hưng]

Các hải đăng phân tử với gốc đồng nhất: tă

Molecular beacons with a homo-DNA stem: improving target selectivity.
Crey-Desbiolles C, Ahn DR, Leumann CJ
Nucleic Acids Res 2005 33(8):e77

F1000 Factor 3.0

Scott K. Silverman
University of Illinois at Urbana-Champaign, United States of America
STRUCTURAL BIOLOGY

Molecular beacons (single-stranded DNA oligonucleotides that adopt stem-loop structures) are commonly used for fluorescent DNA and RNA detection with single-nucleotide mismatch discrimination. In this study, the authors describe the preparation of molecular beacons with enhanced selectivities for their target DNA/RNA sequences. The key advance is to replace the 'stem' portion of the molecular beacon with the unnatural DNA analog homo-adenosine, which forms a stable reverse-Hoogsteen base pair with itself but does not pair with conventional DNA. This reduces false-positive signals arising from unwanted binding of the stem nucleotides to regions of the target DNA. The new approach was validated with a small microarray and should be useful when false-positive signals using conventional molecular beacons are problematic.

Evaluated 8 Jun 2005

Hải đăng phân tử (Molecular beacon, bác nào có từ hay hơn thì sửa dùm nhé), đoạn DNA oligonucleotide mạch đơn có cấu trúc "vòng-gốc", thường dùng đề phát hiện RNA và DNA với khả năng phân biệt sự sai khác chỉ một nucleotide nhờ tín hiệu huỳnh quang. Trong nghiên cứu này, các tác giả mô tả những hải đăng phân tử được tăng cường tính chọn lọc trình tự DNA/RNA đích. Cải tiến quan trọng là thay phần "gốc" bằng một chuỗi DNA toàn adenosine đồng nhất không có trong tự nhiên. Điều này làm giảm lỗi dương tính gây ra khi nucleotide phần gốc gắn với DNA đích. Cách tiếp cận mới đã được kiểm chứng với microarray nhỏ và có thể hữu dụng khi có vấn đề lỗi dương tính với các hải đăng phân tử truyền thống.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Hải đăng phân tử , một đoạn DNA oligonucleotide mạch đơn có cấu trúc "vòng-gốc", thường dùng đề phát hiện RNA và DNA với khả năng phân biệt sự sai khác chỉ một nucleotide nhờ tín hiệu huỳnh quang. Trong nghiên cứu này, các tác giả mô tả phương pháp tạo ra những hải đăng phân tử có độ nhạy được được tăng cường nhằm dò tìm những trình tự DNA/RNA đích hữu hiệu hơn. Cải tiến quan trọng là thay phần "gốc" bằng một chuỗi DNA toàn adenosine đồng nhất không có trong tự nhiên. Từ đó hình thành nên các cặp base dạng Hoogsteen nghịch đảo bền không bắt cặp với DNA truyền thống (DNA theo mô hình Waston - Crick). Điều này làm giảm dấu hiệu dương tính giả từ sự bắt cặp không mong muốn giữa các nucleotides vùng gốc (stem) và vùng DNA đích. Cách tiếp cận mới đã được kiểm chứng với microarray quy mô nhỏ. Và kết quả mới này có thể giúp giải quyết những vấn đề thường gặp như lỗi dấu hiệu dương tính giả ở các nghiên cứu sử dụng hải đăng phân tử truyền thống.

 

[Trần Hoàng Dũng]

ít nhất tui biết 1 số thuật ngữ kô thể hay rất khó chuyển sang Vnese, như từ chaperone, prion... chữ beacon chắc cũng cùng chung số phạn, nên để nguyên thay vì dịch. Ít ra thời điểm này chưa tìm ra từ thích hợp.

 

[Cao Xuân Hiếu]

các tên cấu trúc không gian thì sao hả bác?? nhóm tay kẽm, vòng gốc, HLH

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi dịch cái từ beacon thành "hải đăng" vì một số lý do sau:

1. MB có cấu trúc "stem-loop" nhìn giống cái bóng đèn tròn nhà mình với phần bóng là loop và phần đui là stem.

2. Hơn nữa MB dựa trên nguyên lý phát huỳnh quang thì cũng lại giống bóng đèn, khi cần tìm cái gì trong bóng tối ta phải bật đèn .

3. Nhưng dịch là bóng đèn phân tử nghe nó không oách nên chọn tạm từ hải đăng vậy.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tiện đây nói về MB, cho tôi hỏi một chút. Không biết các anh đã đọc được công bố nào nghiên cứu về khả năng kích tín hiệu phát huỳnh quang của mấy chú MB chưa.

Vì nếu có một phương pháp như vậy, thì khi cần phát hiện một vsv nào đó, chỉ việc thiết kế 1 MB đặc hiệu cho thằng vsv này, sau đó tách DNA, thả MB vào, thấy môi trường phát sáng (yêu cầu phải nhìn được bằng mắt thường), ok, chắc chắn có vsv cần tìm trong đó. Chả cần PCR gì hết.

 

[sv_ngheo]

Molecular beacon không phải là điều gì đó quá mới, nhiều dạng tương đương của nó (có thể khác về cơ chế nhận biết) đã xuất hiện đầy rẫy trên thị trường, ví dụ Taqman, scorpion.. ngoài ra còn có thêm một số dạng mới rất thông minh...

Thà đừng có dịch nghe còn tử tế, chứ cứ NGÓN TAY KẼM, nghe kinh bỏ xừ

Casper đã làm thực nghiệm với molecular beacon chưa mà đã khẳng định chỉ cần thiết kế cho VSV một MB đặc trưng là đã có thể nhận biết, không cần PCR.

Làm khoa học được dễ dàng như thế, chẳng phải là phúc đức cho thiên hạ lắm chăng

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Casper đã làm thực nghiệm với molecular beacon chưa mà đã khẳng định chỉ cần thiết kế cho VSV một MB đặc trưng là đã có thể nhận biết, không cần PCR.

Dạ thưa cậu, chắc là cậu không hiểu ý của tớ. Tớ đâu có khẳng định như cậu nói. Ý tớ là nếu có thể khuếch đại tín hiệu huỳnh quang lên đến mức khả kiến thì việc này hoàn toàn có thể được.

Theo cậu nếu tôi có thể khuếch đại tín hiệu phát huỳnh quang gấp 10 mũ 20 lần thì có cần PCR nữa không cậu?

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tiện đây nói về MB, cho tôi hỏi một chút. Không biết các anh đã đọc được công bố nào nghiên cứu về khả năng kích tín hiệu phát huỳnh quang của mấy chú MB chưa.

Vì nếu có một phương pháp như vậy, thì khi cần phát hiện một vsv nào đó, chỉ việc thiết kế 1 MB đặc hiệu cho thằng vsv này, sau đó tách DNA, thả MB vào, thấy môi trường phát sáng (yêu cầu phải nhìn được bằng mắt thường), ok, chắc chắn có vsv cần tìm trong đó. Chả cần PCR gì hết.

phát hiện "Hải đăng phân tử" phải bằng hùynh quang, vậy sao "thấy bằng mắt thường" được

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Vâng, vì thế nên tôi mới hy vọng có cách nào đó kích tín hiệu lên hoặc biến đổi thế nào đó để có thể thấy bằng mắt thường mà.

 

[sv_ngheo]

Vâng, vì thế nên tôi mới hy vọng có cách nào đó kích tín hiệu lên hoặc biến đổi thế nào đó để có thể thấy bằng mắt thường mà.

Tôi thì có nhiều tham vọng hơn casper, tôi hy vọng có cách nào đó - hoặc biến đổi thế nào đó để con virus tự dưng to bằng con bò - tha hồ quan sát, khỏi mất công làm huỳnh quang chi cho mệt.

Mà đơn giản hơn, tôi muốn có cách nào đó - hoặc biến đổi thế nào đó để mỗi lần soi gel trên UVvist tôi không cần đeo kính bảo hộ, cứ xài mắt thường cho nhanh...

Khó quá ta ơi !

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi thì có nhiều tham vọng hơn casper, tôi hy vọng có cách nào đó - hoặc biến đổi thế nào đó để con virus tự dưng to bằng con bò - tha hồ quan sát, khỏi mất công làm huỳnh quang chi cho mệt.

Cái này thì có gì. thả con virus vào con bò, xem triệu chứng con bò khi nhiễm con virus. Rồi lần sau muốn trông thấy con virus này thì cứ ra chỗ đàn bò mà xem coi có con nào bị thế không .

Mà đơn giản hơn, tôi muốn có cách nào đó - hoặc biến đổi thế nào đó để mỗi lần soi gel trên UVvist tôi không cần đeo kính bảo hộ, cứ xài mắt thường cho nhanh...

Cái này thì lại càng đơn giản à. Bạn đã làm thực nghiệm về UVvist bao giờ chưa vậy. Bây giờ cái thiết bị nó có cái kính chắn, mà cái kính chắn này nó lại trong suốt, mà cái kính chắn trong suốt này lại có tác dụng chắn tia UV, cần chi đeo kính cho mệt, tui toàn xài mắt thường không à.

 

[sv_ngheo]

Giời ơi, phúc đức quá, cứ con virus nào cũng xác định bằng cách này thì đuổi hết cả bọn nghiên cứu đi chăn bò. Nói đùa vậy mà cũng không thể làm được đâu, vì nhiều loại virus không để lại triệu chứng để có thể trông thấy bằng mắt thường. Đơn giản như HIV thôi, nhìn bề ngoài đâu có thấy gì, chỉ đến giai đoạn cuối, chả cần xác định virus cũng tự chết toi.


Tôi là tôi không tin cái miếng mirca trên nắp cái UVvis tẹo nào, vì khả năng chặn tia UV của nó chỉ có giới hạn, tuy tốt hơn kính, nhưng không phải là tuyệt đối. Ai dại thì cứ xài mắt thường, riêng em, em chã ......

 

[Trần Hoàng Dũng]

bạn SV-Nghèo chuyên ngành gì đó, tham gia vào chuyên mục "Mỗi tuần một chủ đê thảo luận" nhé, hay thích "Mội tuần một ... độ nhậu"

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Giời ơi, phúc đức quá, cứ con virus nào cũng xác định bằng cách này thì đuổi hết cả bọn nghiên cứu đi chăn bò. Nói đùa vậy mà cũng không thể làm được đâu, vì nhiều loại virus không để lại triệu chứng để có thể trông thấy bằng mắt thường. Đơn giản như HIV thôi, nhìn bề ngoài đâu có thấy gì, chỉ đến giai đoạn cuối, chả cần xác định virus cũng tự chết toi.

Vâng em xin tiếp thu. Thú thật thỉnh thoảng hỏi vô lý rồi cãi ngang với các bác để giảm stress ý mà . Chứ em cũng mới ra trường, có gì mong các bác chỉ bảo thêm.

Tôi là tôi không tin cái miếng mirca trên nắp cái UVvis tẹo nào, vì khả năng chặn tia UV của nó chỉ có giới hạn, tuy tốt hơn kính, nhưng không phải là tuyệt đối. Ai dại thì cứ xài mắt thường, riêng em, em chã ......

Úi chết, thế em ra chợ mua ngay cái kính đây ạ.

bạn SV-Nghèo chuyên ngành gì đó, tham gia vào chuyên mục "Mỗi tuần một chủ đê thảo luận" nhé, hay thích "Mội tuần một ... độ nhậu"

Chiến cả hai cái đi bác.