Các hải đăng phân tử với gốc đồng nhất: tă
Molecular beacons with a homo-DNA stem: improving target selectivity.
Crey-Desbiolles C, Ahn DR, Leumann CJ
Nucleic Acids Res 2005 33(8):e77
F1000 Factor 3.0
Scott K. Silverman
University of Illinois at Urbana-Champaign, United States of America
STRUCTURAL BIOLOGY
Molecular beacons (single-stranded DNA oligonucleotides that adopt stem-loop structures) are commonly used for fluorescent DNA and RNA detection with single-nucleotide mismatch discrimination. In this study, the authors describe the preparation of molecular beacons with enhanced selectivities for their target DNA/RNA sequences. The key advance is to replace the 'stem' portion of the molecular beacon with the unnatural DNA analog homo-adenosine, which forms a stable reverse-Hoogsteen base pair with itself but does not pair with conventional DNA. This reduces false-positive signals arising from unwanted binding of the stem nucleotides to regions of the target DNA. The new approach was validated with a small microarray and should be useful when false-positive signals using conventional molecular beacons are problematic.
Evaluated 8 Jun 2005
Hải đăng phân tử (Molecular beacon, bác nào có từ hay hơn thì sửa dùm nhé), đoạn DNA oligonucleotide mạch đơn có cấu trúc "vòng-gốc", thường dùng đề phát hiện RNA và DNA với khả năng phân biệt sự sai khác chỉ một nucleotide nhờ tín hiệu huỳnh quang. Trong nghiên cứu này, các tác giả mô tả những hải đăng phân tử được tăng cường tính chọn lọc trình tự DNA/RNA đích. Cải tiến quan trọng là thay phần "gốc" bằng một chuỗi DNA toàn adenosine đồng nhất không có trong tự nhiên. Điều này làm giảm lỗi dương tính gây ra khi nucleotide phần gốc gắn với DNA đích. Cách tiếp cận mới đã được kiểm chứng với microarray nhỏ và có thể hữu dụng khi có vấn đề lỗi dương tính với các hải đăng phân tử truyền thống.
Molecular beacons with a homo-DNA stem: improving target selectivity.
Crey-Desbiolles C, Ahn DR, Leumann CJ
Nucleic Acids Res 2005 33(8):e77
F1000 Factor 3.0
Scott K. Silverman
University of Illinois at Urbana-Champaign, United States of America
STRUCTURAL BIOLOGY
Molecular beacons (single-stranded DNA oligonucleotides that adopt stem-loop structures) are commonly used for fluorescent DNA and RNA detection with single-nucleotide mismatch discrimination. In this study, the authors describe the preparation of molecular beacons with enhanced selectivities for their target DNA/RNA sequences. The key advance is to replace the 'stem' portion of the molecular beacon with the unnatural DNA analog homo-adenosine, which forms a stable reverse-Hoogsteen base pair with itself but does not pair with conventional DNA. This reduces false-positive signals arising from unwanted binding of the stem nucleotides to regions of the target DNA. The new approach was validated with a small microarray and should be useful when false-positive signals using conventional molecular beacons are problematic.
Evaluated 8 Jun 2005
Hải đăng phân tử (Molecular beacon, bác nào có từ hay hơn thì sửa dùm nhé), đoạn DNA oligonucleotide mạch đơn có cấu trúc "vòng-gốc", thường dùng đề phát hiện RNA và DNA với khả năng phân biệt sự sai khác chỉ một nucleotide nhờ tín hiệu huỳnh quang. Trong nghiên cứu này, các tác giả mô tả những hải đăng phân tử được tăng cường tính chọn lọc trình tự DNA/RNA đích. Cải tiến quan trọng là thay phần "gốc" bằng một chuỗi DNA toàn adenosine đồng nhất không có trong tự nhiên. Điều này làm giảm lỗi dương tính gây ra khi nucleotide phần gốc gắn với DNA đích. Cách tiếp cận mới đã được kiểm chứng với microarray nhỏ và có thể hữu dụng khi có vấn đề lỗi dương tính với các hải đăng phân tử truyền thống.