DNA sequence

[Lê Đức Dũng]

Em vừa mới có kết quả của sequence, của mạch xuôi thi dò tay đúng cới primer sequence, nhưng bà cô gửi đi sequence lần nữa với mạch ngược thi với primer 2.
nhận được kết quả dò mãi chả ra,
em cũng chẳng biết về mấy thứ này lắm các bác chỉ giùm em với , ko biết sai hay em ko hiểu chỗ nào..


theo lý thuyết đoạn ấy là thế này .

ATATTAGTAGGTTGAAAAG
TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC
CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG
CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG
AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG
AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC
TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG
GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT
CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG
CATGTGGCAGCTACTACTAC

sequence của mẫu với với Primer 3 cùng chiều với promer sequence da sử dụng trong PCR, cái này thi 100% đúng với như lý thuyết rồi
500-10 6_RVprimer3
TAAACTCTATCGATAGGTACCGAGCTCTTACGCGTGCTAGCATATTAGTAGGTTGAAAAG
TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC
CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG
CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG
AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG
AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC
TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG
GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT
CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG
CATGTGGCAGCTACTACTACCAAGCTTGGCATTCCGGTACTGTTGGTAAAGCCACCATGG


đây là sequence cua probe với Primer 2, ngược mạch với Primer đã sử dụng, cái này dò thi chưa ra.
500-10-6_GLprimer2 -- 13..1039 of sequence
CGTACCGGATGCCAGCTTGGTAGTAGTAGCTGCCACATGCTGCTGAAGCAGATAGAAAAT
GTCACCACAGATATCCGGAACCCTTAAGGGCCCTATTTGACTAGAAGAGAGGAAGTAAAT
AGCCTTACCCCCAACCCCCCAGTCCATCTCACCAGTTTCCTTTTCCAGAAACACCATCTG
ATTCCTGACTGTGGGCTCTGATGGGTGAGCCCTGTGGTAGGGCAGGGACAGGAGGGAGAG
CCCCAGGAAAACATACCAAGGGGGATAGAACCACTTGTTCTGTGTAGATCAGAGCTGAGC
ACCCGGGGACACACAGAGAGTCTATCAGAGGATACTCTTCATAGAATCAAAGCTCCCAGG
GCCAAGAATGGAACATGACTCTGTCGATGGCCTTCATAGCAAGGGCCATGTCCCAGGGGT
CCCTTGGTTCTATCTCAGAATTTATCACTGTCCTGCCTGGCCCAGACCCATCTGCATGCA
GGCAAGGGTCTGACCACATATATAAAATAGTAATTTAAACTTTTCAACCTACTAATATGC
TAGCACGCGTAAGAGCTCGGTACCTATCGATAGAGAAATGTTCTGGCACCTGCACTTGCA
CTGGGGACAGCCTATTTTGCTAGTTTGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTGATGGAGAGCGTAT
GTTAGTACTATCGATTCACACAAAAAACCAACACACAGATGTAATGAAAATAAAGATATT
TTATTGCGGCCGCTCCAAGTACCTCCCGTACCTTAATATTACTTACTTATCATGGTAGCT
TGGGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCC
TGAATGGCGAATGGCAAATTGTAAGCGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTT
GTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCGAAATCGGCAAAATCCCTTATAAATCAA
AGAATAGACCGAGATAGGGTTGAGTGTTGTTCCAGTTTGGAACAGAGTCCACTATAAAGA
ACGTGAC

 

[Cao Xuân Hiếu]

tạo 1 reverse complement sequence của mạch ngược chưa?

 

[Lê Đức Dũng]

tạo 1 reverse complement sequence của mạch ngược chưa?

chưa, vừa dò vừa nhẩm A-t, G-C thôi hè hè nhưng mà cũng chảng tìm ra...
ah không biết dò mạch kia thì dò từ trên xuống hay...dưới lên nhỉ, mà em dò cả ngày không ra..

 

[viet23ht]

copy mồi, sản phẩm rồi vào blast mà so

 

[AdaptivePlasticity]

Em vừa mới có kết quả của sequence, của mạch xuôi thi dò tay đúng cới primer sequence, nhưng bà cô gửi đi sequence lần nữa với mạch ngược thi với primer 2.
nhận được kết quả dò mãi chả ra,
em cũng chẳng biết về mấy thứ này lắm các bác chỉ giùm em với , ko biết sai hay em ko hiểu chỗ nào..


theo lý thuyết đoạn ấy là thế này .

ATATTAGTAGGTTGAAAAG
TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC
CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG
CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG
AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG
AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC
TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG
GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT
CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG
CATGTGGCAGCTACTACTAC

sequence của mẫu với với Primer 3 cùng chiều với promer sequence da sử dụng trong PCR, cái này thi 100% đúng với như lý thuyết rồi
500-10 6_RVprimer3
TAAACTCTATCGATAGGTACCGAGCTCTTACGCGTGCTAGCATATTAGTAGGTTGAAAAG
TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC
CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG
CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG
AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG
AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC
TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG
GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT
CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG
CATGTGGCAGCTACTACTACCAAGCTTGGCATTCCGGTACTGTTGGTAAAGCCACCATGG


đây là sequence cua probe với Primer 2, ngược mạch với Primer đã sử dụng, cái này dò thi chưa ra.
500-10-6_GLprimer2 -- 13..1039 of sequence
CGTACCGGATGCCAGCTTGGTAGTAGTAGCTGCCACATGCTGCTGAAGCAGATAGAAAAT
GTCACCACAGATATCCGGAACCCTTAAGGGCCCTATTTGACTAGAAGAGAGGAAGTAAAT
AGCCTTACCCCCAACCCCCCAGTCCATCTCACCAGTTTCCTTTTCCAGAAACACCATCTG
ATTCCTGACTGTGGGCTCTGATGGGTGAGCCCTGTGGTAGGGCAGGGACAGGAGGGAGAG
CCCCAGGAAAACATACCAAGGGGGATAGAACCACTTGTTCTGTGTAGATCAGAGCTGAGC
ACCCGGGGACACACAGAGAGTCTATCAGAGGATACTCTTCATAGAATCAAAGCTCCCAGG
GCCAAGAATGGAACATGACTCTGTCGATGGCCTTCATAGCAAGGGCCATGTCCCAGGGGT
CCCTTGGTTCTATCTCAGAATTTATCACTGTCCTGCCTGGCCCAGACCCATCTGCATGCA
GGCAAGGGTCTGACCACATATATAAAATAGTAATTTAAACTTTTCAACCTACTAATATGC
TAGCACGCGTAAGAGCTCGGTACCTATCGATAGAGAAATGTTCTGGCACCTGCACTTGCA
CTGGGGACAGCCTATTTTGCTAGTTTGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTGATGGAGAGCGTAT
GTTAGTACTATCGATTCACACAAAAAACCAACACACAGATGTAATGAAAATAAAGATATT
TTATTGCGGCCGCTCCAAGTACCTCCCGTACCTTAATATTACTTACTTATCATGGTAGCT
TGGGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCC
TGAATGGCGAATGGCAAATTGTAAGCGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTT
GTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCGAAATCGGCAAAATCCCTTATAAATCAA
AGAATAGACCGAGATAGGGTTGAGTGTTGTTCCAGTTTGGAACAGAGTCCACTATAAAGA
ACGTGAC

1, Reverse compl sequence đoạn cần xác minh, tức primer ngược
2, Copy trinh tự đoạn vừa reverse ở trên cùng với đoạn cần so sánh, tức đoạn thao lý thuyết vào Clustal
3, Align 2 đoạn trên
4, View kết quả.
Tôi thấy trình tự reverse chính xác là trình tự lý thuyết rồi đó. Kết quả tôi paste dưới đây. CHú thích hình' Sequence kí hiệu là R tức là sequence tôi đã reverse compl của primer đọc ngươc còn sequence kí hiệulà C là sequence tôi copy cái chuẩn của bạn định so sánh. Các con số 60, 120, 180,... là số thứ tự nucleotide cho mỗi sequence.. Dấu hoa thị hàm ý rằng 2 nucleotide ở vị trí tương đồng trên 2 sequence đem so sánh là identical, chú ý là trong này do tôi copy từ bản kết quả phần mềm clustal sang word để paste vào đây nên dấu hoa thị hơi lung tung nhưng rõ ràng là 2 sequence đó là identical.

R GTCACGTTCTTTATAGTGGACTCTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATCTCGGT 60
C ------------------------------------------------------------


R CTATTCTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGCTG 120
C ------------------------------------------------------------


R ATTTAACAAAAATTTAACGCGAATTTTAACAAAATATTAACGCTTACAATTTGCCATTCG 180
C ------------------------------------------------------------


R CCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCTCTTCGCTATTACGC 240
C ------------------------------------------------------------


R CAGCCCAAGCTACCATGATAAGTAAGTAATATTAAGGTACGGGAGGTACTTGGAGCGGCC 300
C ------------------------------------------------------------


R GCAATAAAATATCTTTATTTTCATTACATCTGTGTGTTGGTTTTTTGTGTGAATCGATAG 360
C ------------------------------------------------------------


R TACTAACATACGCTCTCCATCAAAACAAAACGAAACAAAACAAACTAGCAAAATAGGCTG 420
C ------------------------------------------------------------


R TCCCCAGTGCAAGTGCAGGTGCCAGAACATTTCTCTATCGATAGGTACCGAGCTCTTACG 480
C ------------------------------------------------------------


<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-comfficeffice" /><o></o>
<o></o>
R CGTGCTAGCATATTAGTAGGTTGAAAAGTTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGAC 540
C ---------ATATTAGTAGGTTGAAAAGTTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGAC 51
***************************************************

R CCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGCCAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAA 600
C CCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGCCAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAA 111
************************************************************

R CCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTGCTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCAT 660
C CCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTGCTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCAT 171
************************************************************

R TCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATGAAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTC 720
C TCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATGAAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTC 231
************************************************************

R CCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAGAACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTT 780
C CCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAGAACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTT 291
************************************************************

R CCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCCTACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGT 840
C CCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCCTACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGT 351
************************************************************

R CAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAGGAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGG 900
C CAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAGGAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGG 411
************************************************************

R TAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGTCAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTG 960
C TAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGTCAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTG 471
************************************************************

R TGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAGCATGTGGCAGCTACTACTACCAAGCTGGCATC 1020
C TGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAGCATGTGGCAGCTACTACTAC------------ 519
************************************************

R CGGTACG 1027
C -------

<o></o>

 

[Lê Đức Dũng]

cảm ơn bác AP nhiều
em đay tìm clustal online nhưng mà...không biết dùng nên phiền bác check cho em quả này nữa, cái này hôm kia sequence xuoi thì bị sai 3-4 base gì đấy, còn ngược thì không biết thế nào,
có cái web nào check online hay hay bác chỉ cho em trang với , many thanks, vielen Dank !!

sequence chuan theo ly thuyet ( THEO PRIMER)
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 10"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 10"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CDOKUME%7E1%5CDungTo%5CLOKALE%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><!--[if gte mso 9]><xml> <w:WordDocument> <w:View>Normal</w:View> <w:Zoom>0</w:Zoom> <w:HyphenationZone>21</w:HyphenationZone> <w:Compatibility> <w:BreakWrappedTables/> <w:SnapToGridInCell/> <w:WrapTextWithPunct/> <w:UseAsianBreakRules/> </w:Compatibility> <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel> </w:WordDocument> </xml><![endif]--><style> <!-- /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";} @page Section1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt; mso-header-margin:36.0pt; mso-footer-margin:36.0pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> </style><!--[if gte mso 10]> <style> /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Normale Tabelle"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin:0cm; mso-para-margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:10.0pt; font-family:"Times New Roman";} </style> <![endif]-->[FONT=&quot] ATA[/FONT][FONT=&quot]TTAGTAGGTTGAAAAG
TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC
CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG
CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG
AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG
AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC
TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG
GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT
CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG
CATG[/FONT]


sequence probe 10-3
CGTACCGGATGCCAGCTTGGTAGTAGTAGCTGCCACATGCTGCTGAAGCAGATAGAAAAT
GTCACCACAGATATCCGGAACCCTTAAGGGCCCTATTTGACTAGAAGAGAGGAAGTAAAT
AGCCTTACCCCCAACCCCCCAGTCCATCTCACCAGTCTCCTTTTCCAGAAACACCATCTG
ATTCCTGACTGTGGGCTCTGATGGGTGAGCCCTGTGGTAGGGCAGGGACAGGAGGGGGAG
CCCCAGGAAAACATACCAAGGGGGATAGAACCACTTGTTCTGTGTAGATCAGAGCTGAGC
ACCCGGGGACACACAGAGAGTCTATCAGAGGATACTCTTCATAGAATCAAAGCTCCCAGG
GCCAAGAATGGAACATGACTCTGTCGATGGCCTTCATAGCAAGGGCCATGTCCCAGGGGT
CCCTTGGTTCTATCTCAGAATTTATCACTGTCCTGCCTGGCCCAGACCCATCTGCATGCA
GGCAAGGGTCTGACCACATATATAAAATAGTAATTTAAACTTTTCAACCTACTAATATGC
TAGCACGCGTAAGAGCTCGGTACCTATCGATAGAGAAATGTTCTGGCACCTGCACTTGCA
CTGGGGACAGCCTATTTTGCTAGTTTGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTGATGGAGAGCGTAT
GTTAGTACTATCGATTCACACAAAAAACCAACACACAGATGTAATGAAAATAAAGATATT
TTATTGCGGCCGCTCCAAGTACCTCCCGTACCTTAATATTACTTACTTATCATGGTAGCT
TGGGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCC
TGAATGGCGAATGGCAAATTGTAAGCGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTT
GTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCG

 

[AdaptivePlasticity]

cảm ơn bác AP nhiều
em đay tìm clustal online nhưng mà...không biết dùng nên phiền bác check cho em quả này nữa, cái này hôm kia sequence xuoi thì bị sai 3-4 base gì đấy, còn ngược thì không biết thế nào,
có cái web nào check online hay hay bác chỉ cho em trang với , many thanks, vielen Dank !!

sequence chuan theo ly thuyet ( THEO PRIMER)
<META content=Word.Document name=ProgId><META content="Microsoft Word 10" name=Generator><META content="Microsoft Word 10" name=Originator><LINK href="file:///C:%5CDOKUME%7E1%5CDungTo%5CLOKALE%7E1%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml" rel=File-List><STYLE> <!-- /* Style Definitions */ p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-parent:""; margin:0cm; margin-bottom:.0001pt; mso-pagination:widow-orphan; font-size:12.0pt; font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-font-family:"Times New Roman";} @page Section1 {size:612.0pt 792.0pt; margin:70.85pt 70.85pt 2.0cm 70.85pt; mso-header-margin:36.0pt; mso-footer-margin:36.0pt; mso-paper-source:0;} div.Section1 {page:Section1;} --> </STYLE>[FONT=&quot]ATA[/FONT][FONT=&quot]TTAGTAGGTTGAAAAG[/FONT]
[FONT=&quot]TTTAAATTACTATTTTATATATGTGGTCAGACCCTTGCCTGCATGCAGATGGGTCTGGGC[/FONT]
[FONT=&quot]CAGGCAGGACAGTGATAAATTCTGAGATAGAACCAAGGGACCCCTGGGACATGGCCCTTG[/FONT]
[FONT=&quot]CTATGAAGGCCATCGACAGAGTCATGTTCCATTCTTGGCCCTGGGAGCTTTGATTCTATG[/FONT]
[FONT=&quot]AAGAGTATCCTCTGATAGACTCTCTGTGTGTCCCCGGGTGCTCAGCTCTGATCTACACAG[/FONT]
[FONT=&quot]AACAAGTGGTTCTATCCCCCTTGGTATGTTTTCCTGGGGCTCTCCCTCCTGTCCCTGCCC[/FONT]
[FONT=&quot]TACCACAGGGCTCACCCATCAGAGCCCACAGTCAGGAATCAGATGGTGTTTCTGGAAAAG[/FONT]
[FONT=&quot]GAAACTGGTGAGATGGACTGGGGGGTTGGGGGTAAGGCTATTTACTTCCTCTCTTCTAGT[/FONT]
[FONT=&quot]CAAATAGGGCCCTTAAGGGTTCCGGATATCTGTGGTGACATTTTCTATCTGCTTCAGCAG[/FONT]
[FONT=&quot]CATG[/FONT]


sequence probe 10-3
CGTACCGGATGCCAGCTTGGTAGTAGTAGCTGCCACATGCTGCTGAAGCAGATAGAAAAT
GTCACCACAGATATCCGGAACCCTTAAGGGCCCTATTTGACTAGAAGAGAGGAAGTAAAT
AGCCTTACCCCCAACCCCCCAGTCCATCTCACCAGTCTCCTTTTCCAGAAACACCATCTG
ATTCCTGACTGTGGGCTCTGATGGGTGAGCCCTGTGGTAGGGCAGGGACAGGAGGGGGAG
CCCCAGGAAAACATACCAAGGGGGATAGAACCACTTGTTCTGTGTAGATCAGAGCTGAGC
ACCCGGGGACACACAGAGAGTCTATCAGAGGATACTCTTCATAGAATCAAAGCTCCCAGG
GCCAAGAATGGAACATGACTCTGTCGATGGCCTTCATAGCAAGGGCCATGTCCCAGGGGT
CCCTTGGTTCTATCTCAGAATTTATCACTGTCCTGCCTGGCCCAGACCCATCTGCATGCA
GGCAAGGGTCTGACCACATATATAAAATAGTAATTTAAACTTTTCAACCTACTAATATGC
TAGCACGCGTAAGAGCTCGGTACCTATCGATAGAGAAATGTTCTGGCACCTGCACTTGCA
CTGGGGACAGCCTATTTTGCTAGTTTGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTGATGGAGAGCGTAT
GTTAGTACTATCGATTCACACAAAAAACCAACACACAGATGTAATGAAAATAAAGATATT
TTATTGCGGCCGCTCCAAGTACCTCCCGTACCTTAATATTACTTACTTATCATGGTAGCT
TGGGCTGGCGTAATAGCGAAGAGGCCCGCACCGATCGCCCTTCCCAACAGTTGCGCAGCC
TGAATGGCGAATGGCAAATTGTAAGCGTTAATATTTTGTTAAAATTCGCGTTAAATTTTT
GTTAAATCAGCTCATTTTTTAACCAATAGGCCG

Bác cứ thử dùng 1 lần là quen tay, máy móc ý mà. Theo 4 bước tôi kể dưới:
1, Reverse compl sequence đoạn cần xác minh, tức primer ngược
2, Copy trinh tự đoạn vừa reverse ở trên cùng với đoạn cần so sánh, tức đoạn thao lý thuyết vào Clustal
3, Align 2 đoạn trên
4, View kết quả.
Reverse thì dùng cái này:
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/revcomp.html
Align thì dùng cái này:
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/
Cái này align đơn giản nhất, bọn sinh viên năm 3 chỗ tôi hay dùng trong lớp thực hành bioinformatics, đảm bảo nhìn cái biết dùng liền:
http://align.genome.jp/

Vụ sequence của bác có mấy nucleotide khác với cái trong GenBank thì bác có thể:
1, Check lại cái peak của bác xem đúng với nucleotide phần mềm đọc không? Dựa vào màu sắc của peak và độ đẹp (chều cao và đơn peak hay overlapping) mà chỉnh sửa khi cần thiết (Tôi hay dùng Navigator chạy trên máy Machintosh để hiệu chỉnh).
2, Nếu chính xác có khác biệt thì cũng bình thường, đây là polymorphism giữa mẫu của bác với mẫu trên GenBank.
3, Đừng vội kết luận sequence đọc được bị sai hay không giống GenBank mà cố chỉnh cho giống. Check 2 bước trên nếu chính xác là polymorphism rồi thì bác có thể translate nucleotide sequence của bác ra amino acid sequence tương ứng để kiểm tra xem amino acid nào đã bị biến đổi (nếu có). Thường đa số là các nucleotide substitution dạng đồng nghĩa, synonymous không ảnh hưởng đến amino acid nhưng cũng có thể là nonsynonymous và thay đổi amino acid tương ứng. Nếu substitution biến 1 codon trong reading frame của bác thành codon kết thúc thì coi chừng gene bác làm là gene giả, pseudogene ở loài bác nghiên cứu.

Cheers

 

[Nguyễn Phước Hùng]

Thao tác chỉ cần reverse and complement rồi align, bác có thể dùng chromas pro, DNA star hay vector NTI của invitrogen mà align.

Điều này giống như tìm trình tự ở up hay downstream trên gene bank mà thôi! Bác thử vài lần là ok ngay ấy mà.

 

[Lê Đức Dũng]

Bác cứ thử dùng 1 lần là quen tay, máy móc ý mà. Theo 4 bước tôi kể dưới:
1, Reverse compl sequence đoạn cần xác minh, tức primer ngược
2, Copy trinh tự đoạn vừa reservee ở trên cùng với đoạn cần so sánh, tức đoạn thao lý thuyết vào Clustal
3, Align 2 đoạn trên
4, View kết quả.
Reverse thì dùng cái này:
http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq-util/Options/revcomp.html
Align thì dùng cái này:
http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/
Cái này align đơn giản nhất, bọn sinh viên năm 3 chỗ tôi hay dùng trong lớp thực hành bioinformatics, đảm bảo nhìn cái biết dùng liền:
http://align.genome.jp/

Vụ sequence của bác có mấy nucleotide khác với cái trong GenBank thì bác có thể:
1, Check lại cái peak của bác xem đúng với nucleotide phần mềm đọc không? Dựa vào màu sắc của peak và độ đẹp (chều cao và đơn peak hay overlapping) mà chỉnh sửa khi cần thiết (Tôi hay dùng Navigator chạy trên máy Machintosh để hiệu chỉnh).
2, Nếu chính xác có khác biệt thì cũng bình thường, đây là polymorphism giữa mẫu của bác với mẫu trên GenBank.
3, Đừng vội kết luận sequence đọc được bị sai hay không giống GenBank mà cố chỉnh cho giống. Check 2 bước trên nếu chính xác là polymorphism rồi thì bác có thể translate nucleotide sequence của bác ra amino acid sequence tương ứng để kiểm tra xem amino acid nào đã bị biến đổi (nếu có). Thường đa số là các nucleotide substitution dạng đồng nghĩa, synonymous không ảnh hưởng đến amino acid nhưng cũng có thể là nonsynonymous và thay đổi amino acid tương ứng. Nếu substitution biến 1 codon trong reading frame của bác thành codon kết thúc thì coi chừng gene bác làm là gene giả, pseudogene ở loài bác nghiên cứu.

Cheers

´- Phiền bác AP check lại em cái Probe 10-3 cai xem có chỗ nào sai không để thứ 2 em lên báo cáo cho ông thầy cái, em làm mãi ma chả được chắc thao tác không quen
- em không biết là cai sequece probe của minh( sau khi Reverse) và cái theo lý thyết paste vào cùng một chô hay sao ấy nhỉ ?????
- em dùng trang kia để Reverse nhưng nó bảo data ko thống nhất ...dang thu nhug ko ra..

 

[Nguyễn Phước Hùng]

´- Phiền bác AP check lại em cái Probe 10-3 cai xem có chỗ nào sai không để thứ 2 em lên báo cáo cho ông thầy cái, em làm mãi ma chả được chắc thao tác không quen
- em không biết là cai sequece probe của minh( sau khi Reverse) và cái theo lý thyết paste vào cùng một chô hay sao ấy nhỉ ?????
- em dùng trang kia để Reverse nhưng nó bảo data ko thống nhất ...dang thu nhug ko ra..

Tôi check cho bạn rồi, reverse and complement and then align
Kết quả rất good đấy, nhưng có 2 chỗ polymophism ==> cái này Dũng check lại nhé
Tập dần cho quen đi ông bạn, nếu được ó thể dùng tools của EMBL mà align cũng ok!
http://www.box.net/shared/q1h4zmitii
http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/jobresults.cgi/needle/needle-20090220-03140982821004.html

 

[Lê Đức Dũng]

Tôi check cho bạn rồi, reverse and complement and then align
Kết quả rất good đấy, nhưng có 2 chỗ polymophism ==> cái này Dũng check lại nhé
Tập dần cho quen đi ông bạn, nếu được ó thể dùng tools của EMBL mà align cũng ok!
http://www.box.net/shared/q1h4zmitii
http://www.ebi.ac.uk/Tools/es/cgi-bin/jobresults.cgi/needle/needle-20090220-03140982821004.html

cam on Hùng nhé lúc này giờ lọ mọ cũng ra rồi, hè hè thử cho biết làm. may hôm qua cũng nhờ anh bạn làm cho rồi vì anh ấy có phần mềm, . nhưng dù sao minh cũng phải dùng vài lần cho quen lơc có gặp lại còn biết .
many thanks!