Đối chứng dương và âm trong pcr
- Thread starter Chiii
- Start date
Chiii
Junior Member
Em viết câu hỏi nhưng vào mấy ngày ko có ai giải đáp nên em ko vào check nữa chứ cũng ko phải ko ngó ngàng tới. Mong anh thông cảm! Em có tìm hiểu chứng dương dùng để xác định xem mẫu có bắt cặp đặc hiệu đúng đoạn gen cần xác định ko. Còn chứng âm dùng để kiểu soát thao tác xem có tạp nhiễm mồi lạ hoặc thao tác sai sót hay ko. Mong anh có thể xác nhận lại giúp em. Em vẫn còn thắc mắc về dùng chứng âm là nước cất, vậy còn chứng âm nội chuẩn là gì và khác như thế nào ạ? Chứng dương thì thường dùng gì ạ? Em cảm ơn anh vì dành thời gian giải đáp!
uh, thật ra mình cũng muốn hỗ trợ (nếu có thể) chuyên môn, dụng cụ hoặc hóa chất. Nhưng vì cái forrum này rất ít reply lại. Mình không post chủ đề, nhưng ngày vào vài lần ngó chút.
Chứng âm : không có template DNA.
Chứng dương: kiểm tra xem các thao tác, thành phần phản ứng, máy móc có chuẩn không, nhiệt độ, chu kỳ v.v.. có ok không? Chứng dương là DNA template khác, mà chắc chắn sẽ lên băng đặc hiệu khi cùng dùng hỗn hợp phản ứng và làm cùng với sample của bạn (cùng mix, cùng chạy 1 lần) ...
Tùy theo mục đích PCR (có thể kiểm tra template, kiểm tra mồi, hoặc Tag mới v.v...) để bạn mix chứng + . Nói tóm lại chứng + là chắc chắn phải lên băng
Chiii
Junior Member
Dạ em hiểu rồi, em cảm ơn anh.
Em muốn hỏi thêm về sp PCR em đã gửi giải trình tự ạ. Sau khi em gửi giải trình tự gen thì file kết quả đọc như thế nào vậy ạ. Đoạn sp pcr của em kích thước khá nhỏ, 98bp. Kết quả giải trình tự ra 2 chuỗi theo cặp mồi xuôi và mồi ngược lần lượt có kích thước là 879 883bp. Em muốn hỏi làm cách nào biết đc đoạn sp pcr của mình nằm ở vị trí nào và dùng phần mềm gì xác định ạ. Cách làm ra sao. Vì em dùng ncbi blast khi tìm trình tự tương đồng từ 2 cặp mồi trên nó ko ra đúng trình tự của gen ban đầu em thiết kế mồi nữa ạ. Và chủ yếu là em ko b cách đọc file kết quả giải trình tự của bên giải. Mong anh giải đáp giúp em. Em cảm ơn anh rất nhiều ạ
đọc phổ giải bằng phần mềm bioedit. Chỉ lấy Nu nào có phổ rõ ràng, thường 15-30 đoạn đầu tiên sẽ bị loại không sử dụng vì bị nhiễu. Đọc 2 chiều rồi so sánh (1 chiều dịch sang bổ sung, và xếp ngược lại), nếu trùng nhau Nu 100% thì OK, nếu có cái Nu nào không trùng, thì phải soi lại phổ Nu đó.
Đọc 883 bp, mà sp pcr có 98bp, Tức là đọc sâu vào trình tự plasmid rồi. Cắt trình tự plasmid đi thì còn lại của sp PCR.
Chiii
Junior Member
Em
Em sẽ xem lại, em cảm ơn anh nhiều ạ
Chiii
Junior Member
Anh có thể nói rõ hơn cách cắt sâu vào trình tự plasmid là như nào ko ạ? Em cảm ơn anh
Hiện tại em có tạo lấy các peak phù hợp từ 2 đoạn mồi anh nói, có reverse đoạn mồi ngược sau đó ghép lại (cap contig). Sau đó em bỏ vào blast thì nó tìm ra các đoạn gen khác chứ ko phải gen em thiết kế ban đầu nữa ạ
thì trình tự nào của plasmid (nếu bạn clone vào) thì bỏ đi, lấy cái đoạn không phải plasmid, là sp PCR của mình. Trình tự plasmid search trên mạng và đoạn cloning site có trình tự đó. Bạn clone vào chỗ nào thì biết trình tự phía và sau
bạn xem cấu trúc plasmid, bạn chèn gen vào, thì đoạn trước và sau gen chèn đều có trình tự ATGC, dựa vào đó, sẽ biết trình tự gen của bạn nó ở giữa . Chuyện đơn giản cực kỳ, như trẻ con chơi cắt ghép thôi.
Similar threads
