RNA silencing, insight from nature

[Nguyễn Xuân Hưng]

Mục insights của nature mới đăng một loạt review về RNAi rất hay. Cái này chắc bác Lương thích. Bác xem có con nghiện nào không bắt đi hehe.

Link đây, free access

http://www.nature.com/nature/supplements/insights/rna_silencing/index.html

Lớp dịch các bài trên vừa mở ra ở đây
http://sinhhocvietnam.com/forum/showthread.php?p=26602#post26602

 

[Nguyễn Phước Hùng]

Nếu có thể anh đưa ra chủ đề thảo luận luôn đi! còn ai muốn dịch thì dịch!

 

[Huỳnh Như Ngọc Hiển]

Những tạp chí không để chữ free cũng free

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Nếu có thể anh đưa ra chủ đề thảo luận luôn đi! còn ai muốn dịch thì dịch!

Thật ra chỉ định đưa thông tin chứ không nhằm thảo luận. Nhưng có một cái trước kia băn khoăn đó là:

Trong trường hợp lý tưởng, khi sử dụng RNAi thì mRNA đích bị phân hủy. Vậy cần thời gian bao lâu để mRNA đích này bị phân hủy hoàn toàn? Và sau khi mRNA đích bị phân hủy thì mất bao lâu để protein do mRNA đích này mã hóa biến mất khỏi tế bào?

 

[Nguyễn Phước Hùng]

Trong trường hợp lý tưởng

Khoa học về sinh học không có lý tường anh ui!

khi sử dụng RNAi thì mRNA đích bị phân hủy. Vậy cần thời gian bao lâu để mRNA đích này bị phân hủy hoàn toàn

Anh có thể cho em ví dụ về trường hợp hoàn toàn này không? em thì chưa đọc paper nào công bố vậy cả? he he

Cái câu này của anh mang tính đánh đố sao trùi? theo em biết hiện chưa có loại RNAi nào block được 100% target gene cả vậy nên trường hơp anh đưa ra chắc chắc không có câu trả lời chính xác. Nếu anh phát hiện trường hợp đó, chắc giải nobel khó thoát anh nhỉ?

RNAi không phải lúc nào cũng phân hủy, nó có thể bị phân cắt (cleavage) hay phân hủy (degradation) phụ thuộc chính đoạn RNA vào tế bào là dsRNA hay shRNA v.v..Dạng phân hủy thường là hình thành P-body gồm RNA và 2 loại decapping enzyme ( cái này em đang nói tới ở mamalian cells nhé, thực vật em chưa đề cập).

nếu có thể anh cho cụ thể hơn đi, nói kiểu này khó hiểu chết đi được! Vì đơn giản không có bằng chứng đưa ra giải thích được.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Khoa học về sinh học không có lý tường anh ui!



Anh có thể cho em ví dụ về trường hợp hoàn toàn này không? em thì chưa đọc paper nào công bố vậy cả? he he

Cái câu này của anh mang tính đánh đố sao trùi? theo em biết hiện chưa có loại RNAi nào block được 100% target gene cả vậy nên trường hơp anh đưa ra chắc chắc không có câu trả lời chính xác. Nếu anh phát hiện trường hợp đó, chắc giải nobel khó thoát anh nhỉ?

RNAi không phải lúc nào cũng phân hủy, nó có thể bị phân cắt (cleavage) hay phân hủy (degradation) phụ thuộc chính đoạn RNA vào tế bào là dsRNA hay shRNA v.v..Dạng phân hủy thường là hình thành P-body gồm RNA và 2 loại decapping enzyme ( cái này em đang nói tới ở mamalian cells nhé, thực vật em chưa đề cập).

nếu có thể anh cho cụ thể hơn đi, nói kiểu này khó hiểu chết đi được! Vì đơn giản không có bằng chứng đưa ra giải thích được.

Cho cái chữ lý tưởng vào ý là RNAi design, transfection effeciency, time of analysis đều tối ưu để cho knockdown effeciency là cao nhất ý mà.

Ở đây đang xét trường hợp muốn dùng RNAi để knockdown gene nên nói là phân hủy chung chung, túm lại là RNA đích không còn khả năng dịch mã ra protein nữa.

Có lẽ nên đổi thành cần bao lâu để RNA đích bị phân hủy nhiều nhất nhỉ.

 

[Nguyễn Phước Hùng]

Cho cái chữ lý tưởng vào ý là RNAi design, transfection effeciency, time of analysis đều tối ưu để cho knockdown effeciency là cao nhất ý mà.

Vậy theo anh, ngoài yếu tố INF ra thì khi design RNAi, ở đây cụ thể luôn là siRNA thì những yếu tố nào theo anh cần xét đến? Ví dụ ta có một đoạn trình tự mRNA của một gene mới chẳng hạn, chỗ em thì sài toàn siRNA và shRNA mua sẵn không vì gene mục tiêu đã được biết là nó cũng thành thương mại rồi. Em cũng chưa từng thiết kế cái này bao giờ, anh có kinh nghiệm gì không?

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Vậy theo anh, ngoài yếu tố INF ra thì khi design RNAi, ở đây cụ thể luôn là siRNA thì những yếu tố nào theo anh cần xét đến? Ví dụ ta có một đoạn trình tự mRNA của một gene mới chẳng hạn, chỗ em thì sài toàn siRNA và shRNA mua sẵn không vì gene mục tiêu đã được biết là nó cũng thành thương mại rồi. Em cũng chưa từng thiết kế cái này bao giờ, anh có kinh nghiệm gì không?

Quen mua của hãng nào thì mò vào hãng đó thể nào cũng có phần mềm giúp design, sau đó với 1 gene design độ 4 cái RNAi khác nhau, targeting đến 4 vùng khác nhau của gene, sau đó transfect vào cells và xác định knockdown efficiency, thấy cái nào tốt nhất dùng cái đó. Sinh học là khoa học thực nghiệm mà.

 

[Trương Hiền Hạnh]

Vậy theo anh, ngoài yếu tố INF ra thì khi design RNAi, ở đây cụ thể luôn là siRNA thì những yếu tố nào theo anh cần xét đến? Ví dụ ta có một đoạn trình tự mRNA của một gene mới chẳng hạn, chỗ em thì sài toàn siRNA và shRNA mua sẵn không vì gene mục tiêu đã được biết là nó cũng thành thương mại rồi. Em cũng chưa từng thiết kế cái này bao giờ, anh có kinh nghiệm gì không?

Em không hiểu ý của anh Hùng lắm khi nói là: chỗ em thì sài toàn siRNA và shRNA mua sẵn không vì gene mục tiêu đã được biết là nó cũng thành thương mại rồi. Em tưởng thường phải thiết kế siRNA hoặc shRNA cho một đoạn mRNA chứ nhỉ. Nếu ko thì còn đâu tính specific của nó nữa?

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Em không hiểu ý của anh Hùng lắm khi nói là: chỗ em thì sài toàn siRNA và shRNA mua sẵn không vì gene mục tiêu đã được biết là nó cũng thành thương mại rồi. Em tưởng thường phải thiết kế siRNA hoặc shRNA cho một đoạn mRNA chứ nhỉ. Nếu ko thì còn đâu tính specific của nó nữa?

Hiện tại với một số gene quan trọng và đã được nghiên cứu kỹ thì siRNA hoặc shRNA dùng để knockdown gene đó đã được thương mại hóa.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Hình như các công ty nó làm cái screening các siRNA cho phần lớn các gene và lập được thư viện luôn rồi. Hồi năm 2004 nghe cái streaming audio về RNAi đã thấy mấy thằng công ty nhảy vào cái này ngay sau khi khám phá ra RNAi ở động vật có vú.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

So với RNAi thì dominant negative knockin thế nào nhỉ?

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Hình như các công ty nó làm cái screening các siRNA cho phần lớn các gene và lập được thư viện luôn rồi. Hồi năm 2004 nghe cái streaming audio về RNAi đã thấy mấy thằng công ty nhảy vào cái này ngay sau khi khám phá ra RNAi ở động vật có vú.

Đúng rồi, giờ RNAi library đã được thương mại hóa. Boss đang xin project 2 triệu Euro để dùng cái library này chơi.

 

[Nguyễn Phước Hùng]

So với RNAi thì dominant negative knockin thế nào nhỉ?

Không hiểu ý bác?

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

À, ý tôi là không biết dominant negative có áp dụng được cho tất cả các gene, có dễ transform như RNAi và mức độ silence có ngang ngửa với RNAi không ấy. Vì ngoại trừ knockout thường phổ biến ở cả con chuột thì knockdown bằng dominant negative & RNAi thường xài ở tế bào.