Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

[Alexanderio]

Xin cho em hỏi DGGE nên dịch như thế nào?
- Điện di trên gel gradient
- Gel biến tính

Có vài tài liệu để là "The DGGE profiles of 16S rDNA gene fragments", "The DGGE profiles of TBR samples", chữ "profile" ở đây nên dịch theo nghĩa nào?
- Mặt cắt
- Biến dạng

Xin chỉ giáo

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

DGGE: điện di DNA biến tính trên gel gradient (tùy gradient gì).
profile: hồ sơ/hình ảnh/kết quả điện di tùy bạn dịch.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Xin cho em hỏi DGGE nên dịch như thế nào?
- Điện di trên gel gradient
- Gel biến tính

Có vài tài liệu để là "The DGGE profiles of 16S rDNA gene fragments", "The DGGE profiles of TBR samples", chữ "profile" ở đây nên dịch theo nghĩa nào?
- Mặt cắt
- Biến dạng

Xin chỉ giáo

Hehe đồng chí này làm về microbial diversity hay sao ý nhỉ. Đọc thêm về metagenomic đi hay lắm.

Còn DGGE thường dịch là điện di gel gradient biến tính. Biến tính ở đây là chỉ gel có chứa chất biến tính (denaturing agent).

 

[Alexanderio]

Em có bài báo khoa học có tựa như vầy, chưa biết nên dịch thế nào
"Biofilm microbial community of a thermophilic trickling biofilter used for continuous biohydrogen production"

chữ "Biofilm" có thể gọi là "màng sinh học" (cái này dịch đại vì từ điển không thấy), nhưng "microbial community" gọi là "quần thể vi khuẩn" ----> vậy "biofilm microbial community" dịch là "màng sinh học quần thể vi khuẩn".

Vậy dịch cả câu tựa là "màng sinh học quần thể vi khuẩn của bể lắng sinh học ưa nhiệt dạng nhỏ giọt dùng cho duy trì sản phẩm hydro sinh học".

Văn phong hơi kì, các anh dịch giùm em.

Em có attach bài báo đó rồi, mấy anh xem thử, em đọc thì chưa hiểu được bao nhiêu.

Trong bài báo, phần 3.2. DGGE profiles of microbial community có cái hình hao hao như vầy:

Vậy thì cái hình này có ý nghĩ gì? Nó là 1 mặt cắt của cái gì đó hay là đây là kết quả trên 1 tấm kim loại (hay nhựa gì đó) khi dùng kỹ thuật DGGE.

Và vẫn câu hỏi cũ: chữ profile trong phần 3.2 thì phải dịch theo nghĩa nào? _ Mặt cắt
_ Kết quả



Xin các tiền bối chỉ giáo vì em phải thuyết trình Tiếng Việt trước lớp.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Oạch, bạn còn chưa biết DGGE ra cái gì làm sao thuyết trình.
Mường tượng bạn nhân gene 16S của tất cả vi khuẩn lên và điện di DGGE, bạn sẽ được một cái profile (hồ sơ/hình ảnh/kết quả DGGE) vì các loài khác nhau sẽ cho các 16S khác nhau (một hoặc vài Nu chẳng hạn). Nếu bạn chạy cái gene chuẩn 16S của các loài đã biết trước thì bạn sẽ suy ra được những loài có trong quần thể của bạn. Hoặc bạn có thể so sánh thành phần các loài trong hai mẫu khác nhau (như trong bài báo).

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Về phần dịch: Biofilm microbial community of a thermophilic trickling biofilter used for continuous biohydrogen production
Hãy để câu này ở dạng: X of Y used for Z
Biofilm microbial community: Thành phần/cộng đồng màng vi sinh (bỏ chữ sinh học đi vì màng này là do vi sinh vật tạo nên rồi)
thermophilic trickling biofilter: bạn dịch bể lắng sinh học ưa nhiệt nhỏ giọt (kiểm tra lại)
continuous biohydrogen production: tạo khí hydro liên tục

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Về phần dịch: Biofilm microbial community of a thermophilic trickling biofilter used for continuous biohydrogen production
Hãy để câu này ở dạng: X of Y used for Z
Biofilm microbial community: Thành phần/cộng đồng màng vi sinh (bỏ chữ sinh học đi vì màng này là do vi sinh vật tạo nên rồi)
thermophilic trickling biofilter: bạn dịch bể lắng sinh học ưa nhiệt nhỏ giọt (kiểm tra lại)
continuous biohydrogen production: tạo khí hydro liên tục

Bác Lương ơi tưởng microbial community = quần xã vi sinh chứ

 

[Cao Xuân Hiếu]

Profiles là dữ liệu ở dạng định lượng được.

Biofilm có thể nên giữ nguyên thuật ngữ này => màng sinh học thì sẽ bị nhầm sang biological membranes.

DGGE => chẳng qua là điện di DNA trên gel nhưng ở điều kiện "đặc biệt" để hỗ trợ phân tách DNA nhìn băng vạch cho rõ nét. Ở VN chỗ nào có cái máy này rồi nhỉ?

Các thuật ngữ khác ==> như Hưng

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

DGGE => chẳng qua là điện di DNA trên gel nhưng ở điều kiện "đặc biệt" để hỗ trợ phân tách DNA nhìn băng vạch cho rõ nét. Ở VN chỗ nào có cái máy này rồi nhỉ?

Điện di bình thường cho dù độ phân giải cao thế nào cũng chỉ có thể phân biệt DNA với số nucleotide khác nhau. Còn DGGE cho phép phân biệt các polynucleotide cùng số base nhưng thành phần nucleotide khác nhau.

DGGE hiện tại phòng CNSHMT, viện CNSH chỗ PGS. Đặng Cẩm Hà có và chạy khá hiệu quả để làm về đa dạng sinh học.

TGGE thì chỗ anh Thành bên viện Thực Phẩm có.

 

[uyên1]

anh chị ơi em là thành viên mới xin mọi người chỉ giáo, em đang muốn gửi mẫu để phân tích DGGE nhưng không biết trữ mẫu thế nào ạ ? mẫu của em là mẫu nước và mẫu bùn, mong mọi người giúp em ạ
thank mọi người nhiều

 

[cfareast]

anh chị ơi em là thành viên mới xin mọi người chỉ giáo, em đang muốn gửi mẫu để phân tích DGGE nhưng không biết trữ mẫu thế nào ạ ? mẫu của em là mẫu nước và mẫu bùn, mong mọi người giúp em ạ
thank mọi người nhiều

Ui, tuy trả lời hơi muộn nhưng biết đâu có người cần.

Bên mình (viện Hàn lâm KH và CN, Hà Nội) có chạy điện di PCR-DGGE nhé. Mục đích phân tích đa dạng quần xã vi khuẩn (16S) hoặc nấm (ITS). Bản DGGE sẽ tách các băng DNA có cùng kích thước (điện di agarose thường không tách được), về lý thuyết, mỗi băng là đại diện 1 loài vi sinh.
Chạy DGGE cũng để so sánh sự giống/khác nhau của các quần xã của các mẫu (có thể khác nhau địa lý, hoặc cùng địa lý, nhưng thu hoạch ở thời gian khác nhau).
chạy DGGE để phát hiện sự có mặt của chủng nào đó trong hệ sinh thái (nếu có chủng chuẩn, ví dụ Bacillus sp.xxx) khi bón vào môi trường (vdu phân bón hữu cơ, kiểm tra xem có sự phát triển của con bón vào không v.v..).

Khi chạy điện di xong, trên bản gel phân tách khoảng 10-50 band DNA.
+ Quan tâm band nào thì cắt ra để PCR-sequencing band đó để xác định vị trí phân loại.
+ so sánh sự giống/ khác nhau về profile của các đường chạy,
+ Hoặc xem các band đó thay đổi như thế nào theo thời gian.

Thời gian từ lúc có mẫu đến kết thúc TN: tách DNA tổng 1 ngày, PCR vòng 1 1 ngày, PCR vòng 2, 1 ngày; chạy điện di , 1 ngày... Nếu làm chuẩn thì sau 3 ngày có kết quả.