Cùng nhau khám phá NCBI nào???

[Đặng Trần Hoàng]

Hiện nay NCBI là một cơ sở dữ liệu về sinh học tương đối đâỳ đủ, ngoài việc search các trình tự nucleotide, protein, search các bài báo thì NCBI còn có rât nhiều phânf thú vị khác mà chắc chắn là ngay cả tôi và nhiều bạn khác chưa tìm hiểu hết. Tôi lâpj ra chủ đề này với mục đích chúng ta hãy bớt chút thời gian (mỗi ngày một chút) để cùng nhau tìm hiểu và khai thác triệt để những thế mạnh của NCBI.
Let's go!!!

 

[Cao Xuân Hiếu]

NCBI được xây dựng trên nền tảng nhiều database về journal, nucleotide, protein, structure ... liên kết với nhau chặt chẽ. Dưới đây là sơ đồ mạng.

 

[Homosapiens]

Homosapiens biết cái này xin được góp vào:

Ví dụ: "Escherichia coli"[ORGANISM]and 16S rRNA gene

Mục đích: Khi đánh câu này NCBI sẽ đưa ra các trình tự gen 16S rRNA của chỉ E. coli chứ không lung tung những loài khác.

 

[Cao Xuân Hiếu]

thực ra để search chính xác từng field thì ko nhất thiết phải học thuộc khẩu quyết. Chọn advance search. Tuy nhiên, tìm sequence trong NCBI ko tiện dụng bằng tìm trong SRS6 của EBI.

 

[Cao Xuân Hiếu]

trên NCBI cũng cung cấp các tài liệu hỗ trợ nghiên cứu và học tập tại đây.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html

 

[Hoàng Anh Hoàng]

mình cũng được cô giáo mình cho biết địa chỉ này
nhưng vốn tiếng anh của mình kém quá nên chưa khai thác được gì nhiều.Thế có chán ko chứ!

 

[vanphucqh]

cứu với bà con ơi
có ai đó giúp tui về cách đọc 1 blast trong ncbi ko

 

[trần quang trí]

Em thấy chủ đề này rất hay!Vì sách khoa học và nhất là sinh học ở Việt Nam còn ít,không chi tiết và sâu kĩ chắc là bởi vì bản thân nền nghiên cứu khoa học của nước ta còn mới và dựa trên thành tựu nghiên cứu của các nước phát triển khác.Và cũng vì thế em nghĩ những kiến thức chúng ta học chỉ là bề nổi phía trên mà không sâu sắc (em hiểu như thế có đúng kho ạ)
mọi người có thể lên pudmed để tải cấu trúc 3D các loại phân tử,có thể xoay để xem mọi phía, rất hay.Vì T.a kém nên em cũng chưa tìm được gì hơn.Mong mọi người góp ý nhiều vào!

 

[Đào Anh Phúc]

Em thấy chủ đề này rất hay!Vì sách khoa học và nhất là sinh học ở Việt Nam còn ít,không chi tiết và sâu kĩ chắc là bởi vì bản thân nền nghiên cứu khoa học của nước ta còn mới và dựa trên thành tựu nghiên cứu của các nước phát triển khác.Và cũng vì thế em nghĩ những kiến thức chúng ta học chỉ là bề nổi phía trên mà không sâu sắc (em hiểu như thế có đúng kho ạ)
mọi người có thể lên pudmed để tải cấu trúc 3D các loại phân tử,có thể xoay để xem mọi phía, rất hay.Vì T.a kém nên em cũng chưa tìm được gì hơn.Mong mọi người góp ý nhiều vào!

Chúng ta đang đứng trên vai " người khổng lồ" là tri thức nhân loại, còn em nói là kiến thức của chúng ta là bề nổi không sâu sắc là sai đấy nhé...
Khoa học hiện đại rất chuyên sâu về những vấn đề rất nhỏ. Nhưng trong nhà trường thì chương trình không thể đưa em đến chân lý cuối cùng của vấn đề, mục đích chính trong trường đại học là cung cấp cho em kiến thức chung nhất về môn khoa học mà em đang tìm hiểu nhằm hình thành nên lý luận khoa học chung (không có cái này không làm gì được đâu nhé) đồng thời cung cấp cho em kiến thức cơ bản về chuyên ngành chuyên sâu , trong quá trình đó rèn luyện cho em một số kỹ năng tối thiểu (cơ bản ) ngành đó....

Vậy giáo dục đại học có thời gian đâu mà cung cấp cho em hết cái "sâu sâu" như em yêu cầu. Do vậy, yếu tố tự học tự tìm hiểu bản thân là trên hết. Em nên nhớ là việt nam có nhiều nhà khoa học xuất sắc được học ở môi trường kém hơn em hiện tại nhiều...

Theo anh, yếu tố con người là quan trọng nhất, đừng đổ tất lỗi cho môi trường sống...

 

[trần quang trí]

:hum:Thực ra,em cũng có hiểu sâu kĩ gì về giáo dục của Việt Nam và thế giới đâu mà đổ lỗi.Nhưng theo em nghĩ học đại học thì tự học là chính,đến trường chỉ để tổng hợp kiến thức và đặt vấn đề, đào sâu kthức...gì đó cùng thầy giáo và bạn bè.Tuy nhiên nếu để tự học thì em thấy nguồn tài liệu (cụ thể em học về CN sinh) còn rất ít và đúng là chưa sâu kĩ mà mới chỉ nêu lên các thông tin, kiến thức chung2, không giải thích cặn kẽ lắm,không có số liệu trích dẫn chính xác,....em nghĩ đấy là vì những kthức ấy ta dùng kết quả nghiên cứu của các nền kh.học khác.Mà tự tìm ra thì bao giờ cũng hiểu kĩ hơn là được chỉ cho.Thêm vào đó,có thể là do những người được gửi đi học nước ngoài về,chưa có điều kiện biên soạn những giáo trình chất lượng hay gì đó....em nghĩ thế?Vì đúng thực là kiến thức trong sách thì nhiều nhưng chẳng cái gì sâu cả.Tư duy bị giới hạn như thế cũng chẳng khác cấp 3 là mấy.Chẳng hạn như RNApolymerase bám vàoÁợi khuôn tại trình tự nhận biết rồi xúc tác lắp các ribonucleotit vào các nu phù hợp....đấy là sách viết chung2 như thế nhưng nếu được biết kĩ hơn 1 tí như cấu trúc RNApol ntn để phù hợp với trình tự nhbiết,xác suất bám vào TTNB của sợi khuôn cũng như xsuất của ribonu phù hợp với nu của sợi khuôn(mà chắc lquan đến PCR),ph.ứng xảy ra trong trung tâm hđộng để nối và dịch chuyển lên phía trước của RNApol,.....đấy là em cứ tưởng tượng thế chứ em có được học đâu.Mọi người chỉ cho em phải học ntn với.
Thực ra để gợi ra những vấn đề kĩ 1 chút và giải thích ở mức độ cho phép thì cũng đâu có mất nhiều thgian hay lời lẽ gì lắm.Quan trọng là sách ít gợi ra những thắc mắc mà em nghĩ là rất trẻ con ấy,kiểu như:tại sao lại xra được như thế,....cô giáo em bảo :học khoa học thì phải đa nghi và đa chiều.Ấy là em bức xúc thì nói vậy thôi chứ em cũng chẳng có hiểu gì cả.Mọi người cứ phản bác thoải mái đi vì em rất cần hiểu phần nào thực trạng những gì giáo dục Việt Nam đang có và thế giới đang có.
Sách hay như là người thấy tốt vậy.

 

[duong]

blast

Chào các bạn!
Mình thấy đây là một chủ đề rất hay. NCBI có rất nhiều công cụ hữu ích khác nhau.
Mình muốn thảo luận về một công cụ của NCBI đó là chương trình BLAST. Hiện nay chương trình này được sử dụng rất nhiều để định danh loài, tuy nhiên kiến thức của mình về lĩnh vực này còn hạn chế, mong nhận được sự chia sẻ kiến thức từ các bạn !

 

[Nguyễn Hoà Bình1]

:hum:Thực ra,em cũng có hiểu sâu kĩ gì về giáo dục của Việt Nam và thế giới đâu mà đổ lỗi.Nhưng theo em nghĩ học đại học thì tự học là chính,đến trường chỉ để tổng hợp kiến thức và đặt vấn đề, đào sâu kthức...gì đó cùng thầy giáo và bạn bè.Tuy nhiên nếu để tự học thì em thấy nguồn tài liệu (cụ thể em học về CN sinh) còn rất ít và đúng là chưa sâu kĩ mà mới chỉ nêu lên các thông tin, kiến thức chung2, không giải thích cặn kẽ lắm,không có số liệu trích dẫn chính xác,....em nghĩ đấy là vì những kthức ấy ta dùng kết quả nghiên cứu của các nền kh.học khác.Mà tự tìm ra thì bao giờ cũng hiểu kĩ hơn là được chỉ cho.Thêm vào đó,có thể là do những người được gửi đi học nước ngoài về,chưa có điều kiện biên soạn những giáo trình chất lượng hay gì đó....em nghĩ thế?Vì đúng thực là kiến thức trong sách thì nhiều nhưng chẳng cái gì sâu cả.Tư duy bị giới hạn như thế cũng chẳng khác cấp 3 là mấy.Chẳng hạn như RNApolymerase bám vàoÁợi khuôn tại trình tự nhận biết rồi xúc tác lắp các ribonucleotit vào các nu phù hợp....đấy là sách viết chung2 như thế nhưng nếu được biết kĩ hơn 1 tí như cấu trúc RNApol ntn để phù hợp với trình tự nhbiết,xác suất bám vào TTNB của sợi khuôn cũng như xsuất của ribonu phù hợp với nu của sợi khuôn(mà chắc lquan đến PCR),ph.ứng xảy ra trong trung tâm hđộng để nối và dịch chuyển lên phía trước của RNApol,.....đấy là em cứ tưởng tượng thế chứ em có được học đâu.Mọi người chỉ cho em phải học ntn với.
Thực ra để gợi ra những vấn đề kĩ 1 chút và giải thích ở mức độ cho phép thì cũng đâu có mất nhiều thgian hay lời lẽ gì lắm.Quan trọng là sách ít gợi ra những thắc mắc mà em nghĩ là rất trẻ con ấy,kiểu như:tại sao lại xra được như thế,....cô giáo em bảo :học khoa học thì phải đa nghi và đa chiều.Ấy là em bức xúc thì nói vậy thôi chứ em cũng chẳng có hiểu gì cả.Mọi người cứ phản bác thoải mái đi vì em rất cần hiểu phần nào thực trạng những gì giáo dục Việt Nam đang có và thế giới đang có.
Sách hay như là người thấy tốt vậy.

Nếu bạn đã xác định làm nghiên cứu khoa học thì tiếng anh là điều kiện tối cần thiết, bạn chỉ có thể thu thập được các thông tin mình cần từ tài liệu tiếng Anh (thông tin cập nhật nhất). Đừng bao giờ chờ đợi sách dịch sang tiếng Việt. Tất cả bài báo đăng bằng tiếng Anh là tài sản chung của nhân loại chúng ta có quyền khai thác từ đó mà.

 

[Mitita]

Đồng ý hoàn toàn với bạn Nguyễn Hòa Bình. Từ ngày cần phải đào sâu tìm hiểu khi làm seminar trên lớp, Mitita thực sự thấy được tầm quan trọng của tiếng Anh và kỹ năng tin học, lướt web. Bạn Trí có biết rằng trên you tube hiện nay vô số video mô phỏng các quá trình sinh học rất đẹp và dễ hiểu không, cũng như rất nhiều trang web như dnatube, dnalc cung cấp nhiều clip về thí nghiệm sinh học. Nếu bạn chưa biết nhiều thì có thể bắt đầu bằng google và các từ khóa thích hợp. Còn sách thì như bạn Bình đã nói, sách dịch không hay được như sách gốc, không có tiền mua thì lên đây xin e-book các thầy cô anh chị nè. Nếu họ có chắc họ sẽ sẵn sàng chia sẻ thôi.

Bonus 1 clip khá hay về transcription và translation nè ^_^
http://www.youtube.com/watch?v=41_Ne5mS2ls&feature=related

Mitita cũng xin đóng góp thêm 1 chức năng của NCBI mà Mit mới khám phá ra gần đây
Primer designing tool:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHomeAd
Nó có thể tự thiết kế cho ta 1 cặp mồi thích hợp, hoặc test cặp mồi của mình xem có chuyên biệt với gene mục tiêu không, còn có thể bắt cặp với những gene nào khác của loài đó nữa. Kool! ^_^
Chắc còn nhiều chức năng nữa, mọi người cùng Mit khám phá nhé

 

[Biologist]

Hiện nay NCBI là một cơ sở dữ liệu về sinh học tương đối đâỳ đủ, ngoài việc search các trình tự nucleotide, protein, search các bài báo thì NCBI còn có rât nhiều phânf thú vị khác mà chắc chắn là ngay cả tôi và nhiều bạn khác chưa tìm hiểu hết. Tôi lâpj ra chủ đề này với mục đích chúng ta hãy bớt chút thời gian (mỗi ngày một chút) để cùng nhau tìm hiểu và khai thác triệt để những thế mạnh của NCBI.

Toi gui cho moi nguoi mot bai huong dan su dung NCBI Patent database (Source: PIPRA)

 

[Nguyễn Hồng Long]

Cũng liên quan đến Tin sinh trong việc khai thác NCBI này em muốn hỏi:
Em cần search trình tự đoạn 16s của một loại VSV để ứng dụng trong việc thiết kế mồi mà không biết cách tìm thế nao. Các bác chỉ em với

 

[nthanh]

Cũng liên quan đến Tin sinh trong việc khai thác NCBI này em muốn hỏi:
Em cần search trình tự đoạn 16s của một loại VSV để ứng dụng trong việc thiết kế mồi mà không biết cách tìm thế nao. Các bác chỉ em với

Bạn vào ncbi, chọn nucleotide, đánh từ khóa chính xác : 16s, tên loài chính xác thì sẽ thu được trình tự thôi. xem hướng dẫn của anh David Dang ở trên, nhưng thay vào đó là thiết kế mồi (thay cho blast). còn không thì nếu muốn lấy trình tự thôi thì click vào sequence, hoặc muốn lấy trình tự liền mạch thì click vào FASTA. cứ thử đi, phải mầy mò chứ

 

[Nguyễn Hồng Long]

Em muốn hỏi thêm. khái niệm về mồi universal ? Phạm vi ứng dụng của nó trong phát hiện đa dạng VSV ? Em cảm ơn ạ

 

[alexhaond]

Để tìm hiều về website CNSH khổng lồ của thế giới - NCBI, các bạn nên tìm mua và đọc quyển "Tin sinh học" bìa xanh da trời - blue của GS. ...., trong tp. Hồ Chí Minh, ~ 30.000 một quyển. it's good!