Electrophoresis

[Đỗ Lê Duy]

Chào các anh chị ,cho em hỏi cái này:
Sau khi cắt DNA bằng các restriction enzymes, em làm 1 cái electrophoresis + maker Mw trên gel agarose 0.7%.Nhưng khi cấm điện thì lại bị lộn cực.Sau 5min em phát hiện và đổi lại.Em ko biết kết quả thu đựoc còn đúng ko?Tức là migration distances có tỉ lệ thuận với Mw nữa ko?
cảm ơn mọi người .

 

[Đỗ Lê Duy]

ah quên: migration distances có tỉ lệ thuận với log(Mw) ko?Sorry

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Chào các anh chị ,cho em hỏi cái này:
Sau khi cắt DNA bằng các restriction enzymes, em làm 1 cái electrophoresis + maker Mw trên gel agarose 0.7%.Nhưng khi cấm điện thì lại bị lộn cực.Sau 5min em phát hiện và đổi lại.Em ko biết kết quả thu đựoc còn đúng ko?Tức là migration distances có tỉ lệ thuận với Mw nữa ko?
cảm ơn mọi người .

Theo thiển ý của tôi thì có. Mà bạn cũng có thể làm thực nghiệm để chứng minh ngay lập tức nhỉ.

 

[Nguyễn Đôn]

Các giếng để nạp mẫu điện di nằm trên một đường thẳng, khi bạn kết nối với nguồn điện, các mẫu acid nucleic sẽ có cùng một điểm "xuất phát".

Nếu bạn cắm nhầm nguồn điện, mẫu DNA chạy ngược chiều mất 5 phút, bây giờ bạn đổi nguồn điện lại cho đúng thì chúng vẫn chạy theo khối lượng phân tử. Nhưng bây giờ xuất phát điểm không còn như nhau nữa, kết quả thu được coi như không xài được vì bạn không thể so sánh chính xác với thang chuẩn.

Chưa kể một số mẫu có nhiều phân đoạn DNA với kích thước khác nhau, các phân đoạn nhỏ luôn chạy nhanh nhất. Một khi bạn đảo chiều nguồn điện (bắt nó chạy ngược lại), thì nó sẽ "lanh chanh" chạy ngược lại và qua mặt các phân đoạn to xác hơn, cuối cùng kết quả sẽ lộn xộn, không phân tích được.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Các giếng để nạp mẫu điện di nằm trên một đường thẳng, khi bạn kết nối với nguồn điện, các mẫu acid nucleic sẽ có cùng một điểm "xuất phát".

Nếu bạn cắm nhầm nguồn điện, mẫu DNA chạy ngược chiều mất 5 phút, bây giờ bạn đổi nguồn điện lại cho đúng thì chúng vẫn chạy theo khối lượng phân tử. Nhưng bây giờ xuất phát điểm không còn như nhau nữa, kết quả thu được coi như không xài được vì bạn không thể so sánh chính xác với thang chuẩn.

Chưa kể một số mẫu có nhiều phân đoạn DNA với kích thước khác nhau, các phân đoạn nhỏ luôn chạy nhanh nhất. Một khi bạn đảo chiều nguồn điện (bắt nó chạy ngược lại), thì nó sẽ "lanh chanh" chạy ngược lại và qua mặt các phân đoạn to xác hơn, cuối cùng kết quả sẽ lộn xộn, không phân tích được.

1. Trước hết cần xem bạn chạy bao nhiêu V và bản gel, thành phần đệm, đệm có tái sử dụng không để biết sau 5 phút loading dye của bạn có thể chạy bao xa. Từ đó sẽ biết mẫu của bạn có chạy tuột ra đệm hay không. Thường thì 5 phút không đủ để loading dye chạy ra khỏi bản gel.

2. Theo lý thuyết thì bạn có chạy xuôi hay ngược thì tốc độ "chạy" ứng với mỗi đoạn DNA có kích thước nhất định là như nhau. Do vậy khi chạy ngược bọn DNA nó sẽ nằm lộn xộn lung tung nhưng sau 5 phút chạy xuôi lại thì sẽ trở về xuất phát điểm ban đầu như Hoàng nói. Và tính từ mốc đó thì chúng có cùng xuất phát điểm như khi chạy đúng (chỉ chạy xuôi).

3. Nói gọn lại thì chạy ngược 5 phút rồi chạy xuôi 30 phút nó cũng giống như chạy xuôi 35 phút.

Chú ý là tôi nói trên lý thuyết. Thực nghiệm thì có lần chạy ngược rồi chạy xuôi lại và dùng kết quả đó. Chứ chưa làm thí nghiệm kiểm chứng kết quả như vậy có đúng hay không .

 

[Cao Xuân Hiếu]

3. Nói gọn lại thì chạy ngược 5 phút rồi chạy xuôi 30 phút nó cũng giống như chạy xuôi 35 phút.

Chú ý là tôi nói trên lý thuyết. Thực nghiệm thì có lần chạy ngược rồi chạy xuôi lại và dùng kết quả đó. Chứ chưa làm thí nghiệm kiểm chứng kết quả như vậy có đúng hay không .

Tôi tưởng theo logic phải là 30 - 5 = 25 phút chứ nhỉ.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi tưởng theo logic phải là 30 - 5 = 25 phút chứ nhỉ.

Ý em là tổng quãng đường DNA phải chạy với 5 phút ngược và 30 phút xuôi bằng với quãng đường phải chạy xuôi 35 phút.

Còn nếu so từ giếng thì đúng như anh Hiếu nói là bằng với quãng đường chạy 25 phút.

Chú ý là vẫn chỉ theo lý thuyết.

 

[Đỗ Lê Duy]

Ok,thanks mọi người.Để em kiểm chứng lại xem thế nào.

 

[Nguyễn Đôn]

Đúng là trên lý thuyết thì như các anh nói, nhưng khi làm thì nó chạy tèm lem hết cả (vì em cũng bị vài vố rồi, mỗi một buồng điện di người ta làm một kiểu, không chú ý thì chết thảm). Nó sẽ vẫn trở về vị trí xuất phát như nhau, nhưng không còn "đẹp như mơ" như lúc mình mới nạp mẫu vào.

Thường thì sau 5 phút, nó sẽ chạy tuột ra ngoài đệm, vì giếng nằm rất gần bìa gel. Hơn nữa khi nhuộm bằng ethidium bromide sẵn trong gel thì độ chính xác sẽ không còn cao khi thời gian chạy điện di quá lâu (sau khi cắm sai, phải đảo chiều nguồn điện).

 

[Lê Đức Dũng]

nếu để trên 100v thì sau 5 phút chắc cũng bị ra kha khá..rồi...

 

[mnhung]

Mấy anh(chị) cho em hỏi: cơ chế phát quang của ethidium bromide và của sybr green khi gắn vào DNA

 

[biopass]

Thực nghiệm đây! Em đã làm rồi và kết quả vẫn tốt và chính xác. Cái tính hay tò mò nên hôm em làm nhầm em thử luôn, kết quả là hai bản gen có kết quả hoàn toàn giống nhau, rất tiếc là tớ không giữ ảnh để post lên.