Gặp vấn đề khi thiết kế mồi, ai có kinh nghiệm vào giúp em với

[Miss Le]

Em đang thiết kế mồi để phân lập một gen gần 3,5 kb từ cDNA của thực vật ( Genomic sequence của gen gần 9 kb quá dài nên em phải dùng Transcript sequence)

Sau khi tìm kiếm thông tin về gen, em có trình tự Transcript sequence như trong file đính kèm. Do ko có vùng 5'UTR nên em bắt buộc phải dùng 18-22 Nu đầu tiên của trình tự để thiết kế mồi Forward, tuy nhiên mồi này có xu hướng tự bắt cặp hình thành dimer-primer rất cao. Và thực tế kết quả PcR chỉ cho băng dimer-primer này.

Em chưa biết phải giải quyết vấn đề ntn. Ai có kinh nghiệm trong việc này làm ơn giúp em với ạ

Em xin chân thành cảm ơn.

 

[Ho Huu Tho]

Bạn có thể xem xét giải pháp sau: Thiết kế mồi forward ngắn lại và thêm một đoạn 5'-tail vào cho nó đủ dài như mồi bình thường. Ngoài ra bạn nên tiến hành tổng hợp cDNA bằng gene-specific primer để tăng độ đặc hiệu của phản ứng. Chúc bạn thành công!

 

[Miss Le]

Bạn có thể xem xét giải pháp sau: Thiết kế mồi forward ngắn lại và thêm một đoạn 5'-tail vào cho nó đủ dài như mồi bình thường. Ngoài ra bạn nên tiến hành tổng hợp cDNA bằng gene-specific primer để tăng độ đặc hiệu của phản ứng. Chúc bạn thành công!

em cảm ơn anh nhiều. Dựa trên một số gợi ý của anh em đã giải quyết đc vấn đề rồi.