Tầm quan trọng của Bioinformatics

[Nguyễn Xuân Hưng]

Bioinformatics (BI) là một lĩnh vực khoa học mới và đang trên đà phát triển mạnh mẽ, sử dụng cách tiếp cận máy tính để đưa ra các giải đáp sinh học. Lời giải đáp này dựa trên một tập hợp dữ liệu vô cùng lớn và phức tạp trong một mô hình chặt chẽ để đưa ra các kết luận sinh học chính xác. BI là một lĩnh vực độc nhất vô nhị trong khoa học, là sự giao thoa của sinh học, di truyền học, hoá sinh, khoa học máy tính, toán học, thống kê học và nhiều lĩnh vực liên quan khác.
Nếu không có các kỹ thuật dựa trên BI, cộng đồng khoa học không thể lấy, xem xét hay phân tích dữ liệu được tạo ra bởi bất cứ nghiên cứ trên quy mô lớn nào bao gồm các nghiên cứu ở mức độ proteomic, genomic hay transcriptomic.
Ví dụ, cho tới nay đã có trên 100 bộ gen của sinh vật khác nhau được giải trình tự và hàng loạt dự án giải trình tự đang tiếp diễn đã cung cấp một cơ sở dữ liệu trình tự khổng lồ với tính phức tạp của cấu trúc gen. Điều này khiến việc tìm kiếm gen lại trở thành một nhiệm vụ cực kỳ khó khăn. May mắn là các chương trình máy tính với thuật toán tìm kiếm đã phát triển, giúp tìm trình tự DNA đặc hiệu gắn kết với một gen nào đó trở nên dễ dàng hơn.
Và còn biết bao ứng dụng khác như xây dựng cây phát sinh chủng loại, phân tích dữ liệu trình tự, mô phỏng cấu trúc các phân tử sinh học, quá trình sinh học, phân tích các tương tác phân tử… đã nói lên vai trò to lớn của BI trong nghiên cứu và ứng dụng sinh học ngày nay.

 

[Dương Văn Cường]

casper có thể post lên đây đinh nghĩa về Bioinformatics được không ? Bài viết vừa rồi đã nói lên tương đối toàn diện, nhưng tôi muốn biết một cái định nghĩa về môn học này bởi vì bao giờ một cái định nghĩa cũng rất hay.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi thấy định nghĩa về BI rất khó, vẫn chưa tìm thấy cái định nghĩa nào được sử dụng thống nhất cả. Qua nhiều nguồn tài liệu, tôi xây dựng cái định nghĩa thế này, mong các bác cho ý kiến:
BI là một lĩnh vực độc nhất vô nhị trong khoa học, là sự giao thoa của sinh học, di truyền học, hoá sinh, khoa học máy tính, toán học, thống kê học và nhiều lĩnh vực liên quan khác nhằm tìm kiếm thuật toán, triển khai các phần mềm chuyên dụng, phát triển dữ liệu, và các công cụ phân tích khác trên máy tính nhằm tạo ra tính đa chiều của dữ liệu trình tự RNA, DNA và protein.

 

[Dương Văn Cường]

Tôi chưa biết về BI nhưng vẫn xin được có đôi lời về định nghĩa của casper

- "Là một lĩnh vực độc nhất vô nhị": Câu này thừa. Lý do: Di truyền học có phải là một môn khoa học độc nhất vô nhị hay không? Hay nói cách khác thì tất cả các môn khoa học đều là độc nhất vô nhị cả.
Còn nếu như casper muốn dùng cụm từ này để nói lên cái tính chất giao thoa của nhiều lĩnh vực khác trong BI, thì cũng sai. Vì sao? Vì trong thế giới khoa học đâu thiếu gì các bộ môn là tổng hợp, giao thoa của các bộ môn khác.

- " của sinh học, di truyền học, hoá sinh, khoa học máy tính, toán học, thống kê học và nhiều lĩnh vực liên quan khác": Chỗ này có một cái sai bởi vì nếu đã nói Sinh học có nghĩa là đã bao gồm tất cả các bộ môn trong đó. Sinh học đâu có ngang hàng với di truyền học, hóa sinh ...


Việc xây dựng một cái định nghĩa là cực kỳ khó khăn. Đưa ra được đinh nghĩa như casper đã là rất tốt rồi. Một số điểm nho nhỏ tôi vừa nói cũng chỉ về mặt ngữ nghĩa, cách dùng từ ...

Biết đâu có ngày người ta lại dùng cái định nghĩa này của bạn thì sao nhỉ

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi chưa biết về BI nhưng vẫn xin được có đôi lời về định nghĩa của casper

- "Là một lĩnh vực độc nhất vô nhị": Câu này thừa. Lý do: Di truyền học có phải là một môn khoa học độc nhất vô nhị hay không? Hay nói cách khác thì tất cả các môn khoa học đều là độc nhất vô nhị cả.
Còn nếu như casper muốn dùng cụm từ này để nói lên cái tính chất giao thoa của nhiều lĩnh vực khác trong BI, thì cũng sai. Vì sao? Vì trong thế giới khoa học đâu thiếu gì các bộ môn là tổng hợp, giao thoa của các bộ môn khác.

- " của sinh học, di truyền học, hoá sinh, khoa học máy tính, toán học, thống kê học và nhiều lĩnh vực liên quan khác": Chỗ này có một cái sai bởi vì nếu đã nói Sinh học có nghĩa là đã bao gồm tất cả các bộ môn trong đó. Sinh học đâu có ngang hàng với di truyền học, hóa sinh ...


Việc xây dựng một cái định nghĩa là cực kỳ khó khăn. Đưa ra được đinh nghĩa như casper đã là rất tốt rồi. Một số điểm nho nhỏ tôi vừa nói cũng chỉ về mặt ngữ nghĩa, cách dùng từ ...

Biết đâu có ngày người ta lại dùng cái định nghĩa này của bạn thì sao nhỉ

dontcry phân tích đúng quá. Tuy nhiên cái từ độc nhất vô nhị có thể nói là thừa chứ không phải sai. Nhưng tôi dùng từ này để nhấn mạnh tầm quan trọng của BI.
Còn cái từ sinh học đúng là có vấn đề thật, phải xem lại thôi. Cảm ơn dontcry nhiều nhiều.

 

[linhtinh]

Bioinformatics theo định nghĩa là 1 ngành khoa học kết hợp từ ngành sinh học và ngành khoa học máy tính. Thế thôi. Còn những gì mà cậu Capser kể lể dài dòng là tính chất của BI, nó không nằm trong định nghĩa. Tớ thấy nếu cậu Casper có chút kiến thức về BI thì tốt nhất là viết nguyên văn những định nghĩa về BI cho bọn tớ đọc, thế là bọn tớ biết cậu có học về BI. Chứ nếu cậu mới đặt chân vào BI, chưa biết gì về nó thấu đáo mà đã vội chế biến 1 định nghĩa cho riêng mình rồi tung hô cho mọi người cùng thưởng thức thì e là cậu Casper coi thường khoa học rồi đấy. Hiểu một ngành khoa học thì ai cũng có thể hiểu và diễn đạt được nhưng đưa một định nghĩa nghiêm túc thì phải là các vị chuyên gia đầy uy tín, đủ trình độ, cậu Capser à.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Bioinformatics theo định nghĩa là 1 ngành khoa học kết hợp từ ngành sinh học và ngành khoa học máy tính. Thế thôi. Còn những gì mà cậu Capser kể lể dài dòng là tính chất của BI, nó không nằm trong định nghĩa. Tớ thấy nếu cậu Casper có chút kiến thức về BI thì tốt nhất là viết nguyên văn những định nghĩa về BI cho bọn tớ đọc, thế là bọn tớ biết cậu có học về BI. Chứ nếu cậu mới đặt chân vào BI, chưa biết gì về nó thấu đáo mà đã vội chế biến 1 định nghĩa cho riêng mình rồi tung hô cho mọi người cùng thưởng thức thì e là cậu Casper coi thường khoa học rồi đấy. Hiểu một ngành khoa học thì ai cũng có thể hiểu và diễn đạt được nhưng đưa một định nghĩa nghiêm túc thì phải là các vị chuyên gia đầy uy tín, đủ trình độ, cậu Capser à.

Bạn linhtinh nhận xét đúng lắm. Lúc đầu tôi cũng định đưa ra định nghĩa như bạn nói cho ngắn gọn và chả ai bắt bẻ được. Nhưng nghĩ đi nghĩ lại, thì vẫn muốn định nghĩa dài dài một chút, cho thêm cả mấy cái tính chất của BI vào thì người đọc sẽ có cái nhìn rõ hơn về BI, mặc dù như thế là tự "đưa đầu ra chịu tội" . Tôi sẵn sàng nghe các bác góp ý để lần sau sẽ khá hơn (hehe các bác cứ góp ý thật thẳng thắn vào để sau này may ra em trở thành.... chuyên gia) chứ không con thường khoa học. Bạn linhtinh nghĩ oan cho tớ quá. Rất vui nếu bạn tiếp tục góp ý cho các bài viết của tôi cũng như các bạn khác.
Và tôi vẫn sẵn sàng đưa ra một định nghĩa hay tự chế tác cái gì đó cho các bác mổ xẻ hìhì.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Tôi thấy định nghĩa về BI rất khó, vẫn chưa tìm thấy cái định nghĩa nào được sử dụng thống nhất cả. Qua nhiều nguồn tài liệu, tôi xây dựng cái định nghĩa thế này, mong các bác cho ý kiến:
BI là một lĩnh vực độc nhất vô nhị trong khoa học, là sự giao thoa của sinh học, di truyền học, hoá sinh, khoa học máy tính, toán học, thống kê học và nhiều lĩnh vực liên quan khác nhằm tìm kiếm thuật toán, triển khai các phần mềm chuyên dụng, phát triển dữ liệu, và các công cụ phân tích khác trên máy tính nhằm tạo ra tính đa chiều của dữ liệu trình tự RNA, DNA và protein.

Nguyên văn cái định nghĩa đó nó nằm ở đây nè

Vào thời điểm này (11/2003) đã có hơn 100 bộ gene của sinh vật khác nhau được
giải trình, và hàng loạt dự án giải trình gene đang diễn tiến. Các dự án này đều đã và
đang cung cấp một khối lượng dữ liệu trình tự khổng lồ có liên quan. GeneBank, một
trong những nơi tích trữ cơ sở dữ liệu chính hiện đang chứa 19 tỷ bp trình tự và con số này tăng liên tục hàng tháng. Việc phân loại, sắp xếp, lưu trữ, trích lục lượng khổng lồ các dữ liệu này thực sự là một thách thức lớn với các nhà di truyền. Bioinformatics là một lĩnh vực mới nổi lên từ sự kết hợp của sinh học và khoa học máy tính có nhiệm vụ phát triển dữ liệu, phát triển mới các thuật toán tìm kiếm dựa trên máy tính, triển khai các phần mềm chuyên dụng và các công cụ phân tích khác nhằm tạo ra tính đa chiều của dữ liệu trình tự DNA, RNA và protein. Bioinformatics đã và đang phát triển cũng như ứng dụng các công cụ này để ”thu nhỏ” dữ liệu giúp cho việc khai thác chiết xuất thông tin từ các dự án giải trình tự ngày càng tối ưu hơn.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Không hiểu lonxon nói cái "nằm ở đây nè" là thế nào?

 

[Trần Hoàng Dũng]

anh Casper thật sự không hiểu à? Có ai đó nói cho anh ấy hiểu không? hay là để em nói???

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Bạn vào đây dọc những gì tôi viết http://sinhhocvietnam.com/modules.php?name=Forums&file=viewtopic&p=585#585
Mong bạn cẩn trọng hơn khi phát ngôn.

 

[Ngô Vũ]

Tôi thấy trong vấn đề này, anh lonxon đã đưa ra dẩn chứng là tại sao trong bài viết của Casper có những đọan thật giống y chang những gì mà lonxon có trong tay. Nếu so sánh kỹ 2 bài viết này, ta sẽ tìm thấy có cùng một nhóm từ mà nó cùng xuất hiện ở 2 bài nhưng được chằp nối theo một thứ tự khác nhau. Casper đã biện minh bằng cách đưa ra bài tiếng Anh gốc đã dùng. Nhưng bản dịch tiếng Việt là cái có vấn đề ở đây. Hai anh đã có một cách dịch rất là "sinh đôi".

Khi chuyện này xảy ra, xin đừng vội nghĩ đến xúc phạm bản thân mà hãy nghĩ đến uy tính cá nhân lâu dài sau này. Anh lonxon đã có ý xây dựng nên mới chỉ trích ra như vậy và xin mọi người nghĩ đến nó như một bài học vỡ lòng trong bước đường xây dựng một nền khoa học có uy tính cho đất nước VN.

 

[Dương Văn Cường]

Tôi xin có ý kiến, hoàn toàn khách quan chứ không phải vì tôi với casper là những người thuộc nhóm phát triển site.

Casper đã biện minh bằng cách đưa ra bài tiếng Anh gốc đã dùng

casper có đưa ra những bài tiếng Anh mà bạn ấy tham khảo, nhưng là những bài về SNP chứ không phải là những bài về bioinformatics. Do đó nói casper biện minh là không đúng.

Vào thời điểm này (11/2003) đã có hơn 100 bộ gene của sinh vật khác nhau được
giải trình, và hàng loạt dự án giải trình gene đang diễn tiến. Các dự án này đều đã và
đang cung cấp một khối lượng dữ liệu trình tự khổng lồ có liên quan. GeneBank, một
trong những nơi tích trữ cơ sở dữ liệu chính hiện đang chứa 19 tỷ bp trình tự và con số này tăng liên tục hàng tháng. Việc phân loại, sắp xếp, lưu trữ, trích lục lượng khổng lồ các dữ liệu này thực sự là một thách thức lớn với các nhà di truyền. Bioinformatics là một lĩnh vực mới nổi lên từ sự kết hợp của sinh học và khoa học máy tính có nhiệm vụ phát triển dữ liệu, phát triển mới các thuật toán tìm kiếm dựa trên máy tính, triển khai các phần mềm chuyên dụng và các công cụ phân tích khác nhằm tạo ra tính đa chiều của dữ liệu trình tự DNA, RNA và protein. Bioinformatics đã và đang phát triển cũng như ứng dụng các công cụ này để ”thu nhỏ” dữ liệu giúp cho việc khai thác chiết xuất thông tin từ các dự án giải trình tự ngày càng tối ưu hơn.

Trong đoạn văn này không có cái nào là định nghĩa BI hết. Nếu là một định nghĩa thì nó phải được đặt riêng ra chứ không phải là một đoạn nằm lẫn lộn trong một đoạn khác như thế này.

casper có nói bạn ấy "tổng hợp từ nhiều nguồn tài liệu" chứ không có nói là chỉ dùng những tài liệu tiếng Anh mà không sử dụng các tài liệu tiếng Việt. Theo tôi hiểu thì casper có đọc bài này và bạn ấy có tham khảo. casper nghĩ rằng trong BI chưa có đinh nghĩa thống nhất nên cái đoạn mô tả về BI mà lonxon in đậm không phải là một định nghĩa, và có sử dụng một vài câu trong đoạn đó. Đơn giản vậy thôi.

Xin cảm ơn những trao đổi tâm huyết của casper, lonxon, và tuchau. sinhhocvietnam thật sự cần những cuộc trao đổi như thế này. Rất mong là mọi chuyện sẽ được đặt trên tinh thần thiện chí.

 

[Ngô Vũ]

casper có đưa ra những bài tiếng Anh mà bạn ấy tham khảo, nhưng là những bài về SNP chứ không phải là những bài về bioinformatics. Do đó nói casper biện minh là không đúng.

Xin lỗi, tại vì bạn Casper chỉ bài tiếng Anh này ở bên phần thảo luận về SNP, cái mà bản dịch tiếng Việt cũng có vấn đề giống nhau với cái lonxon đưa ra. Đây là HAI ví dụ điển hình về sự trùng lặp về cách viết văn trong HAI bài khác nhau, chứng tỏ đây là một THÓI QUEN của người viết?

casper nghĩ rằng trong BI chưa có đinh nghĩa thống nhất nên cái đoạn mô tả về BI mà lonxon in đậm không phải là một định nghĩa, và có sử dụng một vài câu trong đoạn đó. Đơn giản vậy thôi.

Ở đây, không ai nói gì về định nghĩa này nọ, chỉ nhấn mạnh là tại sao nhiều nhóm từ dùng trong 2 bài sao giống như đúc! Việc dontcry hiểu là casper "có sử dụng một vài câu trong đọan đó" và kết luận là "Đơn giản vậy thôi." Tôi thật là shocked 8O cho dontcry, người có nhiều uy tín trên trang này. Nếu vậy, vấn đề này sẽ chuyển hướng về dontcry về việc nhận thức của mình:

Cài này không đơn giản tí nào dontcry ạ. Không ai cấm chúng ta đọc mọi thứ từ mọi tác giả rồi sau đó rút ra kết luận làm kiến thức cho riêng mình. Tuy nhiên việc viết lại một cách chính xác những gì mà người khác đã từng viết là một điều TUYỆT ĐỐI không nên. Và bạn đã biết cái tội đó tên gì rồi. Không ai đem cái chuyện cỏn con trong đây ra làm ầm ỉ gì cho mệt nhưng bạn thử nghĩ sau này các bài báo khoa học gửi ra đăng trên quốc tế hay là giáo sư VN viết thư recommend gửi sinh viên ra ngòai học và bị người ta "lờ" thì bạn đổ lổi cho ai?

Tôi đóan là bạn nói đơn giản có nghĩa là chuyện này nhỏ và có thể sửa chửa được ở trong trang web học hỏi này và nếu như vậy thì rất hoan hô tinh thần của bạn.

 

[Dương Văn Cường]

Tuy nhiên việc viết lại một cách chính xác những gì mà người khác đã từng viết là một điều TUYỆT ĐỐI không nên. Và bạn đã biết cái tội đó tên gì rồi.

Đúng vậy. Tôi đã sai khi nói rằng việc lấy chính xác một vài cụm từ của người khác để làm cái của mình là một chuyện đơn giản.
Tuy nhiên, đây chỉ là tôi đoán chứ không biết casper có tham khảo tài liệu đó hay không. Đây là sai lầm trong nhận thức của tôi chứ không liên quan đến ai khác.
Tôi xin nhận khuyết điểm và sẽ lưu ý hơn trong những vấn đề như thế này.

tuchau, rất cảm ơn bạn!

 

[Trần Hoàng Dũng]

Cám ơn Tú Châu rất nhiều, ít ra cần có người như bạn như vậy thì mới mong trong sạch hóa lành mạnh hóa các sinh viên người Việt Nam chúng ta. Để đi đến kết luận cuối cùng, cho phép tôi hỏi anh Casper, nếu anh ấy thật sự trong sạch

- anh Casper tham khảo cái định nghĩa do anh "xây dựng" từ đâu ra, từ tiếng Việt hay tiếng Anh, nếu là E, anh có thể đưa references cụ thể không.

Đúng ra tôi nên hỏi câu này trước, nhưng vì nghe anh Casper tuyên bố hùng hồn là anh í đọc nhiều nguồn tài liệu và sao đó tự xây dựng nên; nên tôi "dại dột" đưa cái dọan trích dẫn ra.

Còn cái SNP à, có lẽ khoan đã, xong vụ bioinformatics này ta làm tới vụ đó, mà thật ra cũng không cần, chỉ cần vụ này là đủ rồi hen.

 

[Thành viên cũ]

Hihi !!! Mình cũng thích lĩnh vực này lắm nhưng chưa có điều kiện tiếp xúc lắm...Nhưng nhìn các bạn tranh luận thì cũng thấy đam mê hihi Cảm ơn nha

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Tôi đã nói ở trên là tôi không đủ thời gian để tìm lại cả các tài liệu tôi tham khảo về SNP lẫn BI nên tôi sẽ chỉ đơn cử đưa ra phần tham khảo về SNP của tôi mà thôi.
Tôi cũng hết sức không đồng tình với việc sao chép nguyên văn những cái của người khác thành cái của mình. Tuy nhiên,
- Thứ nhất, việc bảo tôi sao chép hoàn toàn một câu tại một bài khác là hoàn toàn không có căn cứ và tại sao không đặt vấn đề ngược lại?.
- Thứ hai, có những vấn đề đã thành kiến thức chung của nhân loại thì việc sử dụng cho dù là y nguyên chúng là điều hoàn toàn có thể chấp nhận được. Chẳng hạn bạn nói DNA là deoxyribonucleotide acid là không được vì nó ở trong bài viết của một tác giả nào dó ư?
Kiến thức có được là qua quá trình học tập, tích lũy của mỗi người. Thời gian để tham gia vào diễn đàn này không nhiều nên có những cái trong đầu tôi nhờ gì thì tôi viết ra, tôi không đủ thời gian để trước khi viết ra vấn đề gì đó lại phải đi tra xem cái này ở đâu, cái kia ở đâu và những cái tôi viết ra có nằm trong TÁC PHẨM của ai đó không, mong các bạn thông cảm.
Tôi xin dừng không tranh cãi về vấn đề này nữa. Và từ giờ nếu tôi viết một vấn đề gì đó mà giống y như trong tác phẩm của ai đó mà các bạn biết được thì vui lòng chỉ ra cho tôi biết, tôi sẽ không tranh cãi nữa và sẽ tôi trọng mà trích dẫn các tác giả đó vào các bài báo hay luận văn của tôi. Cảm ơn.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Ngụy biện khéo lắm nhưng vẫn chưa đủ khôn, Casper à.

 

[Thành viên cũ]

THÚ THẬT EM CHỈ LÀ MỘT SINH VIÊN , ĐỐI VỚI BI CHỈ LÀ THẤY THÚ VỊ ,MUỐN TÌM HIỂU NHƯNG KHI ĐỌC NHỮNG TRAO ĐỔI GIỮA C A S P E R VÀ L O N X ON THÌ CẢM THẤY RẤT KHÂM PHỤC TRƯỚC NHỮNG KIẾN THỨC MÀ HAI NGƯỜI ĐÃ ĐƯA RA , NHƯNG EM NGHĨ NẾU CẢ HAI TRAO ĐỔI VỚI NHAU BẰNG LỜI LẼ "BỚT KHIÊU KHÍCH HƠN "( CÁI NÀY XIN CẢ HAI THỨ LỖI NẾU NÓ KHÔNG ĐÚNG ,NHƯNG ĐÓ LÀ TÂM TRẠNG CỦA EM KHI ĐỌC TRAO ĐỔI CỦA HAI NGƯỜI) THÌ PHÙ HỢP HƠN VỚI KHÔNG KHÍ CỦA DIỄN ĐÀN. VÌ KHÔNG AM HIỂU GÌ VỀ BI NÊN EM CẢM THẤY CÁI KHÚC MẮC CỦA CÂU CHUYỆN LÀ CÂU : QUA NHIỀU NGUỒN TÀI LIỆU ,TÔI XÂY DỰNG ĐỊNH NGHĨA THẾ NÀY" CỦA C A S P E R ,NẾU MỌI CHUYỆN ĐÚNG NHƯ L O N X O N NÓI THÌ CÂU "XÂY DỰNG " CỦA C A S P E R LÀ KHÔNG HỢP LÝ , NGƯỜI TA CHỈ XÂY DỰNG CÁI MỚI VÀ TÁI BẢN CÁI CŨ THÔI.