Hỏi về cách đổ gel cũng như đọc kết quả điện di gel biến tính (DGGE)

[bathangmap]

Có anh chị nào rành về điện di gel biến tính không? chỉ em với:
em cần tìm hiểu về máy móc chạy điện di cũng như cách đổ gel biến tính như thế nào cho đúng?
Em đọc nhiều protocol rồi nhưng vẫn không hiểu lắm!
với lại mồi dùng trong điện di biến tính sao lại phải gắn thêm đuôi GC-clamp làm gì ạ? Đọc kết quả ra sao?
Xin chỉ giáo! hixhixhix

 

[cfareast]

Mình chưa bao giờ làm về điện di DGGE biến tính. Nhưng có 1 lần tò mò xem qua và vẫn nhớ là có ít nhất là 2 gradient là nhiệt độ và ure hay SDS (chỉ nhớ 1 chất biến tính).

Cái này hay dùng để phân tách các band DNA có kích thước bằng nhau (16S rDNA, ITS...)... Nếu gel thường, thì 1,6kb hay 1,65, hay 1,55 thì ko thấy tách biệt. Nhưng biến tính thì các DNA cùng kích thước, nhưng trình tự khác nhau chút là phân tách rõ ràng...
Mình có 1 số tài liệu nhập môn hay technique, protocol... bạn có cần thì cho email mình âttach vào cho. Nhung mình thấy cái GC - clamp thì có liên quan gì đâu nhỉ??

 

[bathangmap]

email của e nè: bathangmap@gmail.com
e đọc tài liệu thấy nó nói luôn dùng tới GC-clamp, cũng không hiểu nhiều lắm về phần này.hixhix.
Còn về máy móc thì sao? mình sử dụng máy điện di thông thường làm được không vậy "cfareast"?

 

[cfareast]

Ôi, trôi đi 10 năm rồi không vào topic. Sau chừng ấy năm, mình cũng đã làm về điện di DGGE ở Việt Nam. Đọc thì khó hiểu tí tẹo, vì lích kích, nhưng làm thấy dễ. Chẳng ai hướng dẫn, mình đã làm 1 phát ăn luôn, ảnh đẹp. Làm cả 16S và ITS của nấm. Quay lại trả lời bạn Bathangmap, cái GC- clamp (40-50GC) ở 1 đầu của 1 primer là để cho DNA chạy gặp nồng độ cao urea thì DNA bị duỗi tách 2, nhưng GC clamp (kẹp GC) không tách 2 vì nó GC gắn chặt quá không tách được. Vì vậy, tạo thành đoạn DNA kiểu chữ Y, kích thước cồng kềnh không chạy được trong gel polyacrylamid. Đoạn DNA đó đứng yên 1 vị trí trong Gel. Bạn có chạy mãi chạy mãi không bao giờ đoạn DNA chạy tuột ra gel được, vì nó bị tắc luôn trong gel.
Máy điện di chuyên dụng nhé, thẳng đứng (vertical) như protein, có đun nóng buffer tới 60oC, và khuấy đều.
Thôi thì sau 10 năm trả lời muộn, còn hơn không. Bạn nào quan tâm hơn thì liên hệ 2010lehuucuong@gmail.com
Ở Việt Nam, Hà Nội, mình vẫn còn hệ thống,primer, hóa chất v.v...