Hỏi về phương pháp dùng trong microbiology

Đinh Văn Khương

Senior Member
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Cám ơn mọi người,
 
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?


Cách đơn giản và nhanh nhất là đo OD600.

Có một số trường hợp xảy ra:

1. Nếu n mẫu vật của bạn là cùng một loại vi sinh vật thì có thể thu được số lượng vsv bằng nhau khá chính xác bằng cách đưa về cùng một giá trị rồi lấy lượng thể tích bằng nhau.

2. Tuy nhiên nếu mỗi mẫu là một loại vsv thì cần có nghiên cứu trước xem mật độ vsv với mỗi loại vsv này là bao nhiêu ứng với 1 giá trị OD600 nhất định.

3. Trường hợp mỗi mẫu của bạn lại chứa nhiều loại vsv khác nhau thì cách này chỉ tương đối.

Chú ý dùng mẫu blank là dịch môi trường của bạn nhé.


Một số cách khác là đếm tế bào dưới kính hiển vi, xác định hàm lượng protein tổng số... Mỗi cách đều có ưu, nhược điểm riêng và bạn cần đưa thông tin chi tiết về trường hợp của bạn (chủng đơn hay mẫu môi trường, mục đích...) thì mới tư vấn được :oops: .
 
Nguyễn Xuân Hưng said:
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?


Cách đơn giản và nhanh nhất là đo OD600.

Có một số trường hợp xảy ra:

1. Nếu n mẫu vật của bạn là cùng một loại vi sinh vật thì có thể thu được số lượng vsv bằng nhau khá chính xác bằng cách đưa về cùng một giá trị rồi lấy lượng thể tích bằng nhau.

2. Tuy nhiên nếu mỗi mẫu là một loại vsv thì cần có nghiên cứu trước xem mật độ vsv với mỗi loại vsv này là bao nhiêu ứng với 1 giá trị OD600 nhất định.

3. Trường hợp mỗi mẫu của bạn lại chứa nhiều loại vsv khác nhau thì cách này chỉ tương đối.

Chú ý dùng mẫu blank là dịch môi trường của bạn nhé.


Một số cách khác là đếm tế bào dưới kính hiển vi, xác định hàm lượng protein tổng số... Mỗi cách đều có ưu, nhược điểm riêng và bạn cần đưa thông tin chi tiết về trường hợp của bạn (chủng đơn hay mẫu môi trường, mục đích...) thì mới tư vấn được :oops: .

Chắc do mình viết ko được đầy đủ lắm:

- Có n mẫu vật khác nhau; mỗi mẫu vật chứa hàng trăm loại bacteria khác nhau.

- Việc đo OD600 liệu có đuợc ko nếu trong mẫu vật còn chứa nhiều những chất bẩn khác chẳng hạn.

- Mình nghe nói đến cách dùng flow cytometry hoặc là cân trọng luợng uớt (wet weight) của mãu vật ban đầu, rồi sau đó lấy ra giả sử 100 microliter, đem nuôi cấy trên đĩa thạch; tiếp nữa tiến hành phương pháp để đếm CFU, lại cân wet weight của mẫu vật thu được; và so sánh với trọng lượng mấu vật lúc ban đầu, thì suy ra số luợng tế bào có.

Không biết ý kiến của mọi người thế nào? Có chác nào đơn giản và hiệu quả chính xác cao không ah?

Cám ơn nhiều,
 
Đinh Văn Khương said:
- Có n mẫu vật khác nhau; mỗi mẫu vật chứa hàng trăm loại bacteria khác nhau.

- Việc đo OD600 liệu có đuợc ko nếu trong mẫu vật còn chứa nhiều những chất bẩn khác chẳng hạn.

- Mình nghe nói đến cách dùng flow cytometry hoặc là cân trọng luợng uớt (wet weight) của mãu vật ban đầu, rồi sau đó lấy ra giả sử 100 microliter, đem nuôi cấy trên đĩa thạch; tiếp nữa tiến hành phương pháp để đếm CFU, lại cân wet weight của mẫu vật thu được; và so sánh với trọng lượng mấu vật lúc ban đầu, thì suy ra số luợng tế bào có.

Không biết ý kiến của mọi người thế nào? Có chác nào đơn giản và hiệu quả chính xác cao không ah?

Cám ơn nhiều,


1. Hơn 80% eubacteria là ko có khả năng nuôi cấy nên nếu nuôi trên đĩa thạch thì đã chọn lọc mất rồi.

2. Nếu chỉ quan tâm đến eubacteria mà ko muốn lẫn tạp các loài khác => sao ko thử realtime PCR với primer đặc hiệu cho 16S rDNA?
 
Đinh Văn Khương said:
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Cám ơn mọi người,
Chào tất cả các thành viên trong diễn đàn sinhhocvietnam
Lần đầu tiên tham gia gửi bài trên diễn đàn. Trước tiên, xin chúc sức khỏe đến mọi thành viên. Sau, xin trả lời bài viết của bạn Đinh Văn Khương.
1. Bạn phải cho biết mẫu vật của bạn là gi??? (mẫu vật vi khuẩn thuần khiết, chế phẩm vi sinh, đất, nước...)
2. Mục đích nghiên cứu của bạn là gì???
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? - Lấy số lượng bằng nhau loại tế bào đích (E. coli, B. subtilis...)
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? - Hay lấy số lượng bằng nhau của quần thể vi sinh vật (Nên nhớ rằng, chỉ có 1% tổng số quần thể vi khuẩn trong đất mọc được trên môi trường chọn lọc)
Lí do: có rất nhiều phương pháp để xác định số lượng tế bào vi sinh trong mẫu vật, từ phương pháp đơn giản nhất là nhuộm huỳnh quang tế bào đến phương pháp real time PCR như anh Hiếu nói. Vì vậy, trước khi setup một thí nghiệm, ta cần phải biết được mục đích của thí nghiệm đó rồi từ đó giải quyết vấn đề dựa trên tính hiệu quả của thí nghiệm và lợi ích kinh tế. Chẳng hạn, nếu bạn chỉ cần xác định số lượng một loại vi khuẩn trong mẫu vật dễ dàng nuôi cấy trên môi trường chọn lọc mà bạn chọn phương pháp real time PCR thì có phải là ' thừa tiền không???'
 
Trịnh Thành Trung said:
Đinh Văn Khương said:
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Cám ơn mọi người,
Chào tất cả các thành viên trong diễn đàn sinhhocvietnam
Lần đầu tiên tham gia gửi bài trên diễn đàn. Trước tiên, xin chúc sức khỏe đến mọi thành viên. Sau, xin trả lời bài viết của bạn Đinh Văn Khương.
1. Bạn phải cho biết mẫu vật của bạn là gi??? (mẫu vật vi khuẩn thuần khiết, chế phẩm vi sinh, đất, nước...)
2. Mục đích nghiên cứu của bạn là gì???
                          - Lấy số lượng bằng nhau loại tế bào đích (E. coli, B. subtilis...)
                          - Hay lấy số lượng bằng nhau của quần thể vi sinh vật (Nên nhớ rằng, chỉ có 1% tổng số quần thể vi khuẩn trong đất mọc được trên môi trường chọn lọc)
Lí do: có rất nhiều phương pháp để xác định số lượng tế bào vi sinh trong mẫu vật, từ phương pháp đơn giản nhất là nhuộm huỳnh quang tế bào đến phương pháp real time PCR như anh Hiếu nói. Vì vậy, trước khi setup một thí nghiệm, ta cần phải biết được mục đích của thí nghiệm đó rồi từ đó giải quyết vấn đề dựa trên tính hiệu quả của thí nghiệm và lợi ích kinh tế. Chẳng hạn, nếu bạn chỉ cần xác định số lượng một loại vi khuẩn trong mẫu vật dễ dàng nuôi cấy trên môi trường chọn lọc mà bạn chọn phương pháp real time PCR thì có phải là ' thừa tiền không???'

Cám ơn Trung nhé. *ko biết có phải bạn Trung lớp trưởng lớp CNKHTN, k3 hay K4 ko ý nhỉ; học cùng bạn Hoài ý*

- mẫu vật là saliva có trong miệng; có nghĩa là ngoài bacteria ra còn có rất nhiều những tạp chất khác.
- Mình lấy số luợng bằng nhau của cả quần thể SV... và không care đến số luợng tế bào đích.

Vậy Trung cho mình biêt phương pháp nào nên dùng. Vì mình cũng đang nghĩ rằng đếm CFU là không ổn trong trừong hộp này; vì đã chọn lọc VSV mất rồi. Có lẽ nào là cách nhuộm huỳnh quang, và sài đến máy flow cytometry???

Cám ơn nhiều.
 
Cám ơn Trung nhé. *ko biết có phải bạn Trung lớp trưởng lớp CNKHTN, k3 hay K4 ko ý nhỉ; học cùng bạn Hoài ý*

- mẫu vật là saliva có trong miệng; có nghĩa là ngoài bacteria ra còn có rất nhiều những tạp chất khác.
- Mình lấy số luợng bằng nhau của cả quần thể SV... và không care đến số luợng tế bào đích.

Vậy Trung cho mình biêt phương pháp nào nên dùng. Vì mình cũng đang nghĩ rằng đếm CFU là không ổn trong trừong hộp này; vì đã chọn lọc VSV mất rồi. Có lẽ nào là cách nhuộm huỳnh quang, và sài đến máy flow cytometry???

Cám ơn nhiều.[/quote]


Trả lời:
1. Không phải
2. Mình cũng chưa hiểu nhiều về đề tài nghiên cứu của bạn (Liệu bạn có thể nói sơ qua hơn nữa về đề tài này, mục đích của nó. Trên cơ sở đó để mình biết đuợc tầm quan trọng của bước thí nghiệm này, Từ đây, chúng ta mới tìm cách giải quyết vấn đề dựa trên tính hiệu quả và kinh tế)
Câu hỏi:
1. Nếu dùng phương pháp nhuộm huỳnh quang tế bào thì cơ quan nghiên cứu của bạn đã có kính hiển vi huỳnh quang???
2. Nếu bạn nói là sử dụng flow cytometer thì cơ quan nghiên cứu của bạn đã có máy đó chưa??? Bạn hiểu gì về thành phần hệ sinh vật mà bạn đang nghiên cứu để từ đó lựa chọn phương pháp nhuộm hiệu quả nhất cho flow cytometer???(nên nhớ: thành phần vi sinh vật trong miệng luôn khác nhau giữa loài này và loài khác.Thậm chí, ngay trong một cá thể, thành phần vi sinh vật trong miệng cũng thay đổi theo từng thời kỳ khác nhau và trạng thái sức khỏe khác nhau)
Mình gửi cho bạn bài báo trong đó có phương pháp nhuộm huỳnh quang tế bào và sử dụng High Throughput Culturing Technique. Bạn đọc để xem ý tưởng nghiên cứu của người ta và từ đó tìm ra ý tưởng nghiên cứu cho mình.
Have fun!
 
Trần Hoàng Dũng said:
Thiệt khổ cho anh Khương, anh bị tẩu hỏa nhập ma khi đọc hết các hướng dẫn này chưa? Ráng ráng để kô bị chết đuối nghen a Khương.

@a Dũng: hihi', anh nên kêu em : ráng lên không chìm..:D

@Hoàng, Trung: Cám ơn sự chỉ dẫn của Hoàng và Trung. Có một điều thế này, mình nhận thấy một điều là ai cũng muốn biết bước tiếp theo của thí nghiệm hày của project la gì? :) That's good indeed! Nhưng liệu có thể nào cùng quay lại câu hỏi của mình đuợc không?..:)

@ Cách của Hoàng đưa ra,anh thấy phức tạp quá. Có lẽ không cần phải làm đến mức đó đâu.

@ Các câu hỏi của Trung:

- Những cái máy móc đó: bon mình đều có cơ sở để làm,.. nên mình không care đến "hiệu quả kinh tế" ở đây..:)

- Đây là câu hỏi cần thiết để bắt đầu một project,--> vậy nên nó chiếm tầm quan trọng,,:)

- Mình có thể hiểu được những cái điều bạn đề cập. Nó đều là những cái rất sơ đẳng..;) Mình khôgn nói la mình hiểu 100% thành phần hệ sinh vật mà mình đang quan tâm, nhưng ít nhiều là hiểu đủ để biết rằng, cần phải làm cái bứoc đầu tiên là xác định đuợc bao nhiêu tế bào trong mẫu đem làm thí nghiệm..:)

- Mình đã in cái paper mà bạn mention. Mình sẽ đọc nó, hy vọng nó cũng có ích với mình.

Cám ơn,
 
Đinh Văn Khương said:
- Mình đã in cái paper mà bạn mention. Mình sẽ đọc nó, hy vọng nó cũng có ích với mình.

Cám ơn,
Vậy thì bạn thử sử dụng DAPI staining xem sao??? Nếu có problems gì thì nêu ra cho mọi người biết nhé. Mình đang rất active trong câu hỏi của bạn.
Have fun!
 
Í bữa nay mới đọc kỹ topic này, sao giống bài tập của thằng nhóc lớp 3 ở nhà tui quá. I chang hà!


Có 6 bao  đựng riêng rẽ gạo, cát, đường, đậu phộng, đậu xanh, muối, hỏi làm thế nào lấy ?số lượng hạt ở mỗi bao   bằng hoặc tương đương nhau?

Nhờ các anh chị giúp cháu nó. Tui già rồi kô còn khả năng giải mấy bài này.
 
Trần Hoàng Dũng said:
Í bữa nay mới đọc kỹ topic này, sao giống bài tập của thằng nhóc lớp 3 ở nhà tui quá. I chang hà!


Có 6 bao  đựng riêng rẽ gạo, cát, đường, đậu phộng, đậu xanh, muối, hỏi làm thế nào lấy  số lượng hạt ở mỗi bao   bằng hoặc tương đương nhau?

Nhờ các anh chị giúp cháu nó. Tui già rồi kô còn khả năng giải mấy bài này.

Không biết anh Dũng đọc kỹ thế nào chứ em thấy đâu có i chang ah?

Phải là:
Có ?6 bao chứa "hổ lốn" gạo, cát, đuờng, dậu phộng, dậu xanh, muối. Nghĩa là: có bao có thể chứa một vài thứ trong số 6 thứ kể trên, hoặc chứa cả 6 thứ đó. Chứ KHÔNG đựng riêng rẽ từng thứ một...

làm thế nào để bốc đựoc hạt ở mỗi bao bằng nhau... nghĩa là không quan tâm anh bốc phải hạt gì, mà là số luợng anh bốc đó phải bằng hoặc tuơng đương nhau..

Vậy anh Dũng có ý kiến gì để giả bài này không ah?..

@Trung: Thanks for your concern. Probably I gonna follow some of your suggestion.
 
Ủa, dzậy hen, tại tui đọc thấy đầu bài của Kh như rứa, tui đọc đầu bài thằng cháu của tui như rứa, tui tưởng nó giống nhau, dè đâu của Kh còn thêm phần giải thích nữa, nên mới ra nông nổi.

Còn đáp án hả, tui còn đang ngồi nghe các cao nhân chỉ dạy mà, làm sao có đáp án, hổng thấy tui mang bài đứa cháu lớp 3 lên hỏi sao :( mà hỏi ngược lại tui.
 
Mình cũng đang gặp vấn đề tương tự như Khuơng đây tuy ko phức tạp bằng.Vấn đề của mình là làm thế nào để định lượng được con khuẩn nào còn sống sót sau phép thử qua thời gian(phương pháp test mẫu phải nhanh).Mình định hướng là dùng Bioluminesence(nói chung là kiểu đo ánh sáng đom đóm đó) nhưng chưa có máy đo.Vì của mình là thuần chủng nên chắc ko phức tạp như của Khương.Có bạn nào có cao kiến gì ko?Mình đang thử kiếm cái methods nào mà dùng HPLC(chromatography) dùng thử,ai biết thì chỉ dùm cái nhé.
Còn vấn đề của Khuơng nói là khó nhưng cũng ko phải la ko làm được.Vì bạn ko yêu cầu quá chính xác mà cũng chỉ cần xác suất trung bình nên có thể xác định 1 lượng nào đó(theo protein,theo axit amin,...)là tương đối rồi.Có lẽ cũng ko cần phải đao to búa lớn quá cho mệt.
 
Cao Thế Anh said:
Mình cũng đang gặp vấn đề tương tự như Khuơng đây tuy ko phức tạp bằng.Vấn đề của mình là làm thế nào để định lượng được con khuẩn nào còn sống sót sau phép thử qua thời gian(phương pháp test mẫu phải nhanh).Mình định hướng là dùng Bioluminesence(nói chung là kiểu đo ánh sáng đom đóm đó) nhưng chưa có máy đo.Vì của mình là thuần chủng nên chắc ko phức tạp như của Khương.Có bạn nào có cao kiến gì ko?Mình đang thử kiếm cái methods nào mà dùng HPLC(chromatography) dùng thử,ai biết thì chỉ dùm cái nhé.
Còn vấn đề của Khuơng nói là khó nhưng cũng ko phải la ko làm được.Vì bạn ko yêu cầu quá chính xác mà cũng chỉ cần xác suất trung bình nên có thể xác định 1 lượng nào đó(theo protein,theo axit amin,...)là tương đối rồi.Có lẽ cũng ko cần phải đao to búa lớn quá cho mệt.
1. Con vi khuẩn của bạn là con gì thế, nội bào tử hay không có nội bào tử, có sống được trên môi trường chọn lọc với qui trình làm không khắt khe không??? Nếu không, sao bạn không sử dụng phướng pháp đếm CFU nhỉ??? nó rất chính xác sau khi bạn stop thí nghiệm theo thời gian, phân lập nó trên môi trường chọn lọc và đọc kết quả sau bao nhiêu ngày tùy vào nó ấy chứ.

2. Có phương pháp nhuộm để xác định giữa tế bào chết và tế bào sống dực trên nguyên lý bán thấm của tế bào rồi sau đó đếm và quan sát trên buồng đếm hồng cầu, dùng thuốc nhuộm Trypan Blue.

3. Chắc là thí nghiệm của bạn cần mức độ chính xác cao nên bạn đang nghĩ đến dùng HPLC. Bạn có thể sơ qua chút ít về thí nghiệm của bạn để anh em cùng chia sẻ không???

Have nice weekend!


Edited by Leo Nguyen.
 
Tui kô chắc là tui có giúp gì cho Kh được hay kô, nhưng phiền Kh cho tui biết:

- Vi khuẩn mà Kh định tách ra khỏi quần thể thì yêu cầu là còn sống hay chết sống gì cũng được?

Câu trả lời của Kh giúp tui theo dõi các phần trả lời được rõ ràng hơn.


Đinh Văn Khương said:
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Cám ơn mọi người,
 
Trần Hoàng Dũng said:
Tui kô chắc là tui có giúp gì cho Kh được hay kô, nhưng phiền Kh cho tui biết:

- Vi khuẩn mà Kh định tách ra khỏi quần thể thì yêu cầu là còn sống hay chết sống gì cũng được?

Câu trả lời của Kh giúp tui theo dõi các phần trả lời được rõ ràng hơn.


Đinh Văn Khương said:
Mình có một câu hỏi cần hỏi những anh chị và các bạn đã làm nhiều về microbiology.

- Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Cám ơn mọi người,

Cám ơn anh Dũng đã hỏi và quan tâm.

Câu trả lời: Yêu cầu còn sống. Vì vậy em mới đề cập counting CFU hoặc là fluorescent microscopy; hoặc sài flow cytometer.

Đúng là hiện nay có kiều dùng luciferase asays. Nhưng em chưa kịp đọc để hiểu xem p.p này có thể sài với nhiều loại bacteria hay chi mot loại? hay co thể dùng để đếm clump bacteria hay không? Em Hoàng đã nói đến hiện nay không cần đến máy đẽm photton?, em có thể cho anh cai tên bộ KIT đó không và không sài máy đếm phôtn thì dùng thế nào?

Anh Dũng có idea nào khác mà hay và tiết kiêm thời gian không ạ? Ví dụ sài fluorenscent microscopy thì chắc chỉ tối đa 2 tiếng so với counting CFU thì phải set up mất chừng 1 tuần vì VK trong miệng sinh trưởng chậm.

Thank you so much,
 
Vậy cho hỏi tiếp luôn là: khi nhuộm huỳnh quang hay nhuộm kháng thể để áp dụng trong  Flowcytometry và Flouresense thì con Vi sinh vật có còn sống kô?
 
Đinh Văn Khương said:
Có n mẫu vật, mỗi mẫu vật chứa hàng trăm bacteria.

- Làm thế nào để mình biết được hoặc lấy được số lượng tế bào ở mỗi mẫu vật bằng hoặc tương đương nhau?

Mức độ chính xác cần thiết cho thí nghiệm này là bao nhiêu: đến 10 mũ 2 hay 10 mũ 3 hay nhiều hơn? hay 10 mũ 1 . Nếu anh cần chính xác đến từng con thì soi lên kính hiển vi lấy pipet mà gắp đảm bảo chính xác, mà yêu cầu nó còn sống nhăn thì hơi khó vì còn tùy thuộc vào kích thước anh có thể nhìn trên kính hiển vi thường hay điện tử, nếu điện tử thì chịu ko làm được theo pp này vì bọn nó sẽ phải tèo khi thực hiện các thao tác.

Công nhận yêu cầu của anh kinh khủng thật: bắt đếm số lượng vi sinh vật bằng nhau mà ko được đếm từng con, trong khi nó khác xa nhau về hình dạng và kích thứoc cũng như đặc tính. Hay anh thử dùng sàng (lưới lọc với các kích thước khác nhau) rồi đếm tống số và trộn vào đi. (vì anh ko cho phép được dùng môi trường để phân lập nó nên rất khó làm ăn).

Em nghĩ với giải pháp của em chỉ có phương pháp nhặt và tập đếm là khả thi: 1, 2, 3, 4...

Em ko hiểu anh định làm gì? Vì ít khi người ta xác định được chính xác số lượng hỗn hợp vi sinh có trong mẫu mà thường là phải tách riêng ra từng con từng loài để làm việc xác định số lượng.

Có lẽ anh định dùng cái này làm chế phẩm gì đó cần sự hoạt động và đánh giá tổng quát mức hoạt động và thành phần của hệ vi sinh vật trong đó sau quá trình hoạt động nào đó (cái này em chỉ đoán thôi nhé).
 

Facebook

Thống kê diễn đàn

Threads
11,649
Messages
71,548
Members
56,922
Latest member
188bettone
Back
Top