Các gói công cụ trên NCBI

[Trương Minh Dũng]

Hiện nay, mình được giao nhiệm vụ tìm hiểu về các ứng dụng phần mềm kèm theo của NCBI, và khởi điểm là phần mềm ePCR (electronic PCR)
Tìm hiểu và sử dụng thử thì thấy phần mềm này có khả năng sử dụng trực tiếp CSDL khổng lồ của NCBI để:
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?-Tìm kiếm các trình tự ngắn tương đồng theo cặp mồi ta nhập vào
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?- Hoặc tìm kiếm các trình tự ngắn có vị trí gần với trình tự mà ta nhập vào phục vụ cho việc thiết ? ? kế mồi hay probe)
Chương trình sử dụng CSDL STSs của NCBI (mình cũng chưa tìm hiểu nhiều về CSDL này)
Thắc mắc hiện tại là chức năng của chương trình rất giống với BLAST - vốn đã rất thông dụng, tuy nhiên người ta vẫn sử dụng ePCR cho mục đích trên thay cho BLAST

 

[Trương Minh Dũng]

Tiện thể có bác nào có hiểu biết sâu về CSDL STSs của NCBI thì chỉ bảo giúp, xin cảm ơn.

 

[Trương Minh Dũng]

A, Bác nào có tài liệu tổng quát, đầy đủ, đặc biệt là hướng dẫn về các phần mềm trên NCBI thì cho xin luôn nha, đọc online tốn tiền và nhức mắt quá.

 

[Trương Minh Dũng]

Sắp báo cáo nên mong các bác nhanh nhanh giúp đỡ cho. cám ơn nhiều nhiều.
?

 

[Phan Minh Duy]

Hiện nay, mình được giao nhiệm vụ tìm hiểu về các ứng dụng phần mềm kèm theo của NCBI, và khởi điểm là phần mềm ePCR (electronic PCR)
Tìm hiểu và sử dụng thử thì thấy phần mềm này có khả năng sử dụng trực tiếp CSDL khổng lồ của NCBI để:
                     -Tìm kiếm các trình tự ngắn tương đồng theo cặp mồi ta nhập vào
                     - Hoặc tìm kiếm các trình tự ngắn có vị trí gần với trình tự mà ta nhập vào phục vụ cho việc thiết     kế mồi hay probe)
Chương trình sử dụng CSDL STSs của NCBI (mình cũng chưa tìm hiểu nhiều về CSDL này)
Thắc mắc hiện tại là chức năng của chương trình rất giống với BLAST - vốn đã rất thông dụng, tuy nhiên người ta vẫn sử dụng ePCR cho mục đích trên thay cho BLAST

Một là bạn trình bày chưa rõ, hai là bạn hiểu sai mục đích của ePCR.

Thứ nhất là khái niệm của sequence-tagged site (STS), nó là một đoạn trình tự ngắn (150-300bp) duy nhất trong một genome, với trình tự và vị trí của nó được biết chính xác trong genome đó. Do đó UniSTS là CSDL chứa thông tin về các STS gồm trình tự, vị trí trên bộ gene và trình tự PCR được dùng để xác định STS đó.

Khi bạn dùng forward ePCR, cái bạn nhập vào là trình tự DNA (dài) của bạn với  mong muốn rằng sẽ tìm được một STS nằm trong vùng trình tự mà bạn nhập vào (khi đó có nghĩa là trình tự của bạn có thể được nhận biết chỉ bằng cách nhận biết STS đó), và đi kèm với STS tìm được là trình tự cặp mồi đã được sử dụng để PCR đoạn STS đó. Cái này rõ ràng là bạn lấy cặp mồi có sẵn chứ chả có thiết kế gì ở đây hết, trên nguyên tắc nếu bạn lấy cặp mồi này thì phải ghi rõ nó là cặp mồi trên UniSTS và ghi luôn tên của STS đó.

Khi bạn dùng reverse ePCR, đúng là bạn có thể đưa cặp mồi của mình vào để check, nhưng bạn bị giới hạn trong 1 genome mà bạn chọn thôi. BLAST thì khác, tùy theo tùy chọn của bạn mà nó so tuốt luốt toàn bộ database hay nhóm sinh vật cho bạn. Và với BLAST thì nhiệm vụ của nó chỉ là tìm trình tự tương đồng, nó sẽ không càm ràm gì với bạn khi primer của bạn bắt tùm lum vị trí trên cùng một genome, vì nhiệm vụ của BLAST là lôi ra tất tần tật những gì nó kiếm được theo đơn vị là entry (một trình tự trên genebank) chứ không phải genome.

Tài liệu về NCBI thì nó nằm hết trên NCBI đấy thôi. Tôi chưa biết có một tài liệu nào chỉ dẫn về NCBI kĩ hơn của NCBI, có chăng là dựa trên đó mà viết lại cho dễ hiểu hơn thôi (như cuốn Bioinformatics for Dummies chẳng hạn).

 

[Dương Văn Cường]

Thứ nhất là khái niệm của sequence-tagged site (STS), nó là một đoạn trình tự ngắn (150-300bp)

Tôi tìm được 2 links sau:

http://www.medterms.com/script/main/art.asp?articlekey=5464
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence-tagged_site

Theo 2 định nghĩa ở đó thì STS có độ dài 200-500bp, khác với con số Duy đưa ra.

 

[Phan Minh Duy]

Theo reverse ePCR của NCBI thì giá trị mặc định để tìm STS là 150-300bp (+- 50bp) và hình như họ chưa cho phép sửa giá trị này (tuy nhiên bạn có thể chỉnh mức gia giảm kích thước ở mục "Allowed STS size deviation").

Đó là lý do tôi đưa con số của NCBI vào thay vì dùng con số của wikipedia vì tôi đang muốn nói về ePCR. Một điều nữa là định nghĩa được NCBI đưa ra (xem link) không xác định con số chính xác về độ dài của STS. Theo suy nghĩ cá nhân thì STS có ý nghĩa về mặt khái niệm, còn độ dài cụ thể bao nhiêu thì không quan trọng lắm, miễn sao một PCR thông thường có thể khuếch đại thành công là được, và cũng tùy vào mục đích dùng nữa, như tôi muốn dùng STS cho realtime PCR thì tôi khoái đoạn nào nhỏ hơn 150bp cơ.

http://www.genome.gov/glossary.cfm?key=sequence-tagged site (STS)

 

[haile.bio2009]

Em có dùng qua NCBI, nhưng chỉ là tìm các trình tự thôi, còn các tiện ích khác thì em chịu. Anh chị nói cụ thể hơn được không ạ

 

[nga_bumbum]

anh chị cho em hỏi cách tra trình tự một gen trên NCBI như thế nào ạ