Sơ lược quá trình hình thành kỹ thuật RNA silencing

[Nguyễn Bảo Quốc]

Sơ lược quá trình hình thành kỹ thuật RNA silenc

Hi các bạn trong diễn đàn,

Như lần trước tôi có đề cập đến một trong những ứng dụng của kỹ thuật RNA silencing nhằm tạo hoa hồng màu xanh của nhóm nghiên cứu Nhật Úc. Lần này tôi xin giới thiệu khả năng ứng dụng của kỹ thuật này đối với virus HIV. Bài này là bài viết tổng hợp theo những gì mà tôi biết để giới thiệu các bạn các khái niệm về hướng nghiên cứu này trước khi tôi sẽ đề cập sâu hơn những nghiên cứu RNA silencing trên các đối tượng về sau

RNA silencing là một thuật ngữ dùng để chỉ một hiện tượng gọi là " sự câm lặng của RNA". Thật ra tôi không biết là có nên chuyển nghĩa sang tiếng Việt hay không vì tôi sợ không chính xác. Khi Việt hóa thuật ngữ này tôi nghĩ ngay đến một bộ phim mà tôi đã từng xem là " sự câm lặng của bầy cừu". Dù gì đi chăng nữa thi cách tốt nhất là tôi sẽ vẫn giữ nguyên những thuật ngữ tiếng Anh và diễn giải ý nghĩa của nó sang tiếng Việt.

Nguồn gốc hình thành RNA silencing chính là từ kỹ thuật antisense-RNA (Pestka và các cộng sự, 1984) được đăng trên tạp chí PNAS số 81. Trong nghiên cứu này một cấu trúc plasmid được thiết kế để tổng hợp đoạn RNA bổ sung cho phân tử mRNA beta-galactosidase dưới sự điều khiển của một promoter PL. Khi phân tử RNA chiều ngược (antisense RNA) được hình thành thì các nhà khoa học quan sát được rằng sự tổng hợp protein beta-galactosidase bị ức chế gần như hoàn toàn (98%). Tuy nhiên trong giai đoạn này các nhà khoa học vẫn chưa hình dung được cơ chế nào gây ra sự ức chế các gen trên. Dần dần đến những đầu thập niên 1990, những báo cáo đầu tiên được công bố trên các tạp chí quốc tế (Napoli và các cộng sự, 1990; van der Krol và các cộng sự, 1990). Quan sát đầu tiên hiện tượng này là trên một nghiên cứu của hoa dạ yến thảo (petunia). Các nhà khoa học đã cố gắng tạo màu tím trên cánh hoa petunia bằng cách chuyển gen quy định màu tím Chalcone synthase (CHS) dưới sự điều khiển của một promoter mạnh (promoter 35S). Gen CHS là gen có liên quan đến chu trình hình thành chất anthocyanin trong hoa petunia. Tuy nhiên thay vì hình thành màu tím của cánh hoa như mong đợi thì chúng lại thể hiện các đốm màu khác nhau và thậm chí là màu trằng. Hiện tượng này các nhà khoa học đặt thuật ngữ là "cosuppresion" nghĩa là "đồng ức chế" bởi vì sự biểu hiện của gen chuyển vào và gen nội sinh trong hoa petunia đều bị ức chế như nhau. Một điều thú vị nữa trong nghiên cứu này là màu trắng của cánh hoa petunia có thể được quan sát qua các thế hệ sau và dần dần các hoa chuyển sang màu tím. Một sự trùng hợp ngẫu nhiên khác được quan sát trên nấm Neurospora crassa khi Cogoni và các cộng sự vào năm 1994 đã tiến hành một thí nghiệm nhằm phát trển màu cam của nấm thông qua việc chuyển một gen có chức năng tạo ra carotenoid. Tuy nhiên thay vì tạo ra màu cam như mong muốn thì nấm hầu như không thể hiện. Hiện tượng này được các nhà khoa học đặt tên là "quelling". Năm 1995, trên tạo chí Cell số 81, nhóm nghiên cứu của Guo và Kemphues đã đưa ra bằng chứng đều tiên trên tuyến trùng Caenorhabditis elegans ?rằng phân tử RNA chiều thuận vẫn có thể gây ra ức chế gen với hiệu quả tương đương với phân tử RNA chiều ngược. Trong thí nghiệm này các tác giả đã tiêm phân tử RNA chiều ngược vào trong C.elegans để ức chế gen par-1 nhằm xác định chức năng của gen này và đồng thời cũng tiến hành thí nghiệm tương tự với phân tử RNA chiều thuận. Kết quả là các phân tử RNA của cả hai chiều đều ức chế sự biểu hiện của gen par-1. Điều này gây ra một sự lúng túng bởi vì điều mong đợi nhất của các nhà khoa học ?là phân tử RNA sẽ bắt cặp với mRNA chiều thuận (sense mRNA) của gen par-1 nhằm ức chế khả năng mã hóa protein của nó. Phải đến 3 năm sau, năm 1998, nhóm nghiên cứu của Fire đã giải thích được điều nghịch lý này bằng những thí nghiệm cũng trên tuyến trùng C.elegans. Múc đích của những thí nghiệm này là kiểm tra xem sự hỗ trợ lẫn nhau giữa các phân tử RNA theo cả hai chiều trong quá trình ức chế sự biểu hiện của gen. Kết quả là phức chất dsRNA ức chế sự biểu hiện của gen gấp 10 lần so với việc dùng phân tử RNA đơn lẻ theo chiều thuận hay chiều nghịch. Hơn thế nữa khi loại bỏ dsRNA thì các phân tử đơn RNA theo chiều thuận hay chiều nghịch dần dần mất tác dụng ức chế gen. Như vậy nhóm nghiên cứu của giáo sư Fire đã xác định được nguyên ngân chủ yếu của hiện tượng RNA silencing chính là do phân tử dsRNA gây nên. Hiện tượng này được các nhà khoa học đặt cho một thuật ngữ là RNA interference (RNAi). Hiện tượng RNAi cũng được quan sát trên loài ruồi dấm Drosophila . Nhóm nghiên cứu của Richard Cathew đã chứng minh rằng tiêm phân tử dsRNA vào trong các phôi tế bào của ruối hay dùng súng bắn gen dẫn đến hiện tượng silencing hiệu quả hơn là dùng các tế bào yeast chứa các dsRNA cho ruồi dấm ăn (Nature- Vol.404- April,2000). Bằng phương pháp tiếp cận này mà nhóm nghiên cứu của Cathew đã ức chế được khoảng 20 gen của loải ruồi dấm bao gồm frizzled2 và wingless liên quan đến sự hình thành và phát triển của cánh. Cùng lúc đó nhóm nghiên cứu của giáo sư Hannon ở phòng nghiên cứu Cold Spring Habor, New York, USA cũng đã thành công trong việc ức chế sự biểu hiện của 2 gen cyclinE và myc liên quan đến chu trình phát triển và phân chia tế bào của ruồi dấm bằng phương pháp RNAi. Trên đối tượng thực vật, kể từ khi phát hiện hiện tượng "cosuppression" trên hoa petunia thì việc ức chế các gen tương đồng chuyên biệt (homology dependent gene silencing) hay được viết tắt là HDGS được xem là rất phổ biến trên cây trồng. Hiện tại có hai khái niệm về hiện tượng HDGS bao gồm TGS (transcriptional gene silencing) và PTGS (post-transcriptional gene silencing). Đối với trường hợp ức chế gen theo kiểu TGS thì các gen chuyển vào sẽ không được phiên mã bỡi vì đoạn promoter bị ức chế do cơ chế methyl hóa DNA (DNA methylation). Trong khi đó ức chế gen theo kiểu PTGS thì các mRNA của gen chuyển vào thực sự bị suy giảm trong suốt quá trình phiên mã do cơ chế ức chế gen. Gần đây các nhà khoa học đã khám phá ra rằng hiện tượng PTGS không chỉ xuất hiện trên cây trồng mà còn xuất hiện trên nấm, động vật v.v...Bằng việc khám phá vai trò của dsRNA liên quan đến việc phân hủy các mRNA trong suốt quá trình tìm hiểu cơ chế của RNAi và PTGS người ta đã nhận ra rằng cơ chế chung ảnh hưởng đến biểu thị của gen đối với quá trình quelling, cosupression, RNAi hay PTGS đều tương tự như nhau vì trong cơ chế của chúng đều có sự hiện diện của phân tử siRNA (small intefering RNA) dẫn đến việc hình thành các phức chất siRNA-RISC và cuối cùng là sự phân hủy các phân tử RNA dẫn đến việc ức chế sự biểu hiện kiểu hình của gen. Tựu chung lại người ta đặt một thuật ngữ mới là RNA silencing.

Kể từ đó cho đến nay nhiều nhà khoa học trên thế giới tiếp tục công việc nghiên cứu về RNA silencing trên nhiều đối tượng khác nhau nhằm tìm hiểu và làm sáng tỏ một cách chi tiết hơn cơ chế của RNA silencing và đồng thời cũng bắt đầu tiến hành những nghiên cứu mang tính ứng dụng cho việc khám phá chức năng của các gen trong kỹ nguyên hậu genome khi mà trình tự sequence genome của các sinh vật đang dần dần được khám phá. RNA silencing cũng có thể ứng dụng trong các nghiên cứu về chữa bệnh gen (gene therapy) trong y khoa, các ứng dụng trên cây trồng, động vật trong nông nghiệp nhằm tạo ra các sản phẩm với phẩm chất tốt hơn cũng như tìm hiểu bản chất cơ chế của các gen trên các đối tượng nghiên cứu. Chính vì thế mà hướng nghiên cứu RNA silencing được tạp chí Science bình chọn là "Breakthrough in 2002" ?dựa trên số lượng gia tăng cấp số nhân các bài báo khoa học đăng trên các tạp chí khoa học quốc tế hàng đầu. Mặc sù sự khám phá RNA silencing mới bằt đầu khoảng vài thập niên trở lại đây nhưng hy vọng rằng khoảng 50 năm nữa các nghiên cứu về nó sẽ trả lời những câu hỏi liên quan đến những vấn đề chưa giải đáp hay khám phá những điều mới mẽ hơn về cơ chế và ứng dụng của RNA silencing như Giáo sư Baulcombe từng dề cập đến trong tạp chí TRENDS in Biochemical Science. Trong tương lai gần các nhà khoa học sẽ nghiên cứu sâu kỹ thuật này nhất là trong việc ứng dụng RNA silencing trong kỹ nghệ chế tạo thuốc RNA nhằm ngăn chặn những bệnh truyền nhiễm như AIDS, cúm, dịch tả v.v... giải quyết tốt những vần đề mang tính nhân loại.

Trong lần sau tôi sẽ gửi đến các bạn những nghiên cứu mang tính ứng dụng của RNA silencing trên các đối tượng. Tôi hy vọng là trong tương lai gần các nhà khoa học trẻ Việt Nam sẽ nắm vững kỹ thuật này nhằm giải quyết tốt những vần đề mang tính ứng dụng thực tiễn trong nông nghiệp và y khoa.

Xin tạm dùng tai đây

Nguyễn Bảo Quốc
Ph.D student
Laboratory of Plant Pathology
Faculty of Agriculture
Kobe University
Japan

Ref :
1. Pestka et al.(1984) Proc.Natl.Acad. Sci. USA. 81, 7525-7528
2. Napoli et al. (1990) Plant Cell 2: 279-289
3. Guo S, and Kempheus KJ. (1995). Cell 81: 611-620.
4. Fire et al. (1998). Nature 391: 806-811
5. Kennerdell JR, and Carthew RW. (1998) Cell 95: 1017-1026
6. Hammond S, Bernstein E, Beach D, and Hannon G. (2000). Nature, 404: 293-298
7. David Baulcombe (2005) TRENDS in Biochemical Science, 30:290-293

 

[Đặng Quốc Bảo]

Clap clap clap......
? Quốc Bảo cám ơn anh Bảo Quốc ?Xưa giờ thấy nhiều siRNA mà chưa biết nhiều về chức năng của chúng. Bài review tuyệt cú mèo!

 

[Trần Hoàng Dũng]

xin phép anh Quốc là tui phải thò dao kéo vào bài của anh trước khi đưa lên index và mong anh thông cảm nếu tui can thiệp thô bạo vào bài của anh vì chúng ta cần "cẩn thận" để các anh chị em thế hệ sau tối thiểu học được từ chúng ta điều này.


================


RNA silencing là một thuật ngữ dùng để chỉ một hiện tượng gọi là " sự câm lặng của RNA". Thật ra tôi không biết là có nên chuyển nghĩa sang tiếng Việt hay không vì tôi sợ không chính xác. Khi Việt hóa thuật ngữ này tôi nghĩ ngay đến một bộ phim mà tôi đã từng xem là " sự câm lặng của bầy cừu". Dù gì đi chăng nữa thi cách tốt nhất là tôi sẽ vẫn giữ nguyên những thuật ngữ tiếng Anh và diễn giải ý nghĩa của nó sang tiếng Việt.

===) bản thân tui chủ trương nếu dịch được hay tìm được từ Vnese tương ứng thì cứ làm, miễn là để thêm từ English gốc.

Nguồn gốc hình thành RNA silencing chính là từ kỹ thuật antisense-RNA (Pestka và các cộng sự, 1984) được đăng trên tạp chí PNAS số 81.

==) anh đã mở ngoặc trích dẫn thì kô cần thêm đoạn "được đăng ..."


Trong nghiên cứu này một cấu trúc plasmid được thiết kế để tổng hợp đoạn RNA bổ sung cho phân tử mRNA beta-galactosidase dưới sự điều khiển của một promoter PL.

===) tui chưa đọc lại bài của Pestka, nhưng anh thêm vô chi tiết là tác giả nc trên đối tượng nào, thực vật, đông vật, ...???


Khi phân tử RNA chiều ngược (antisense RNA) được hình thành thì các nhà khoa học quan sát được rằng sự tổng hợp protein beta-galactosidase bị ức chế gần như hoàn toàn (98%). Tuy nhiên trong giai đoạn này các nhà khoa học vẫn chưa hình dung được cơ chế nào gây ra sự ức chế các gen trên. Dần dần đến những đầu thập niên 1990, những báo cáo đầu tiên được công bố trên các tạp chí quốc tế (Napoli và các cộng sự, 1990; van der Krol và các cộng sự, 1990).

===) van der Krol và các cộng sự, 1990 kô thấy trong TLTK của anh. Hơn nữa "báo cáo đầu tiên" của vấn đế gì, anh bổ sung thêm, nếu kô nó sẽ là câu tối nghĩa.


Quan sát đầu tiên hiện tượng này là trên một nghiên cứu của hoa dạ yến thảo (petunia). Các nhà khoa học đã cố gắng tạo màu tím trên cánh hoa petunia bằng cách chuyển gen quy định màu tím Chalcone synthase (CHS) dưới sự điều khiển của một promoter mạnh (promoter 35S).

===) pertuna là dã hay dạ yến thảo, anh kiểm tra lại giùm và nếu được nên có tên latinh trong bài.

Gen CHS là gen có liên quan đến chu trình hình thành chất anthocyanin trong hoa petunia. Tuy nhiên thay vì hình thành màu tím của cánh hoa như mong đợi thì chúng lại thể hiện các đốm màu khác nhau và thậm chí là màu trằng. Hiện tượng này các nhà khoa học đặt thuật ngữ là "cosuppresion" nghĩa là "đồng ức chế" bởi vì sự biểu hiện của gen chuyển vào và gen nội sinh trong hoa petunia đều bị ức chế như nhau. Một điều thú vị nữa trong nghiên cứu này là màu trắng của cánh hoa petunia có thể được quan sát qua các thế hệ sau và dần dần các hoa chuyển sang màu tím.

===) phần nc trên hoa pertunia, anh vui lòng cho lại TLTK, vì phía trên anh nhắc 2 nhóm tác giả, nhưng kô chắc có phải hai nhóm này làm trên pertunia hay kô, người đọc sẽ thắc mắc.



Một sự trùng hợp ngẫu nhiên khác được quan sát trên nấm Neurospora crassa khi Cogoni và các cộng sự vào năm 1994 đã tiến hành một thí nghiệm nhằm phát trển màu cam của nấm thông qua việc chuyển một gen có chức năng tạo ra carotenoid.

===) Cogoni và công sự, 1994 cũng kô có trong TLTK, còn nếu kô anh cũng phải chỉ rõ là anh đọc nguồn tài liệu nào có nhắc đến Cogoni.

Tuy nhiên thay vì tạo ra màu cam như mong muốn thì nấm hầu như không thể hiện. Hiện tượng này được các nhà khoa học đặt tên là "quelling".

===) chữ quell có nghĩa VN là nén, chế ngự, dập tắt, vậy anh có thể bổ sung nghĩa tiếng Việt của quelling được kô?

Năm 1995, trên tạo chí Cell số 81, nhóm nghiên cứu của Guo và Kemphues đã đưa ra bằng chứng đều tiên trên tuyến trùng Caenorhabditis elegans ?rằng phân tử RNA chiều thuận vẫn có thể gây ra ức chế gen với hiệu quả tương đương với phân tử RNA chiều ngược. ?Trong thí nghiệm này các tác giả đã tiêm phân tử RNA chiều ngược vào trong C.elegans để ức chế gen par-1 nhằm xác định chức năng của gen này và đồng thời cũng tiến hành thí nghiệm tương tự với phân tử RNA chiều thuận. Kết quả là các phân tử RNA của cả hai chiều đều ức chế sự biểu hiện của gen par-1.

===) anh vui lòng coi lại tài liệu gốc là các tác giả khi viết tên gene có in nghiêng nó hay kô, đó là quy định quốc tế, thường tui vẫn ?kiểm tra trước khi post bài lên index ?SHVN. và nếu được anh cho biết nó viết tắt của chữ gì, vai trò.


Điều này gây ra một sự lúng túng bởi vì điều mong đợi nhất của các nhà khoa học ?là phân tử RNA sẽ bắt cặp với mRNA chiều thuận (sense mRNA) của gen par-1 nhằm ức chế khả năng mã hóa protein của nó. Phải đến 3 năm sau, năm 1998, nhóm nghiên cứu của Fire đã giải thích được điều nghịch lý này bằng những thí nghiệm cũng trên tuyến trùng C.elegans.

===) tui sẽ bổ sung "đăng trên Nature" cho tương thích phần trên anh viết "đăng trên Cell".


Múc đích của những thí nghiệm này là kiểm tra xem sự hỗ trợ lẫn nhau giữa các phân tử RNA theo cả hai chiều trong quá trình ức chế sự biểu hiện của gen. Kết quả là phức chất dsRNA ức chế sự biểu hiện của gen gấp 10 lần so với việc dùng phân tử RNA đơn lẻ theo chiều thuận hay chiều nghịch. Hơn thế nữa khi loại bỏ dsRNA thì các phân tử đơn RNA theo chiều thuận hay chiều nghịch dần dần mất tác dụng ức chế gen. Như vậy nhóm nghiên cứu của giáo sư Fire đã xác định được nguyên nhân chủ yếu của hiện tượng RNA silencing chính là do phân tử dsRNA gây nên. Hiện tượng này được các nhà khoa học đặt cho một thuật ngữ là RNA interference (RNAi).



Hiện tượng RNAi cũng được quan sát trên loài ruồi dấm Drosophila .Nhóm nghiên cứu của Richard Cathew đã chứng minh rằng tiêm phân tử dsRNA vào trong các phôi tế bào của ruối hay dùng súng bắn gen dẫn đến hiện tượng silencing hiệu quả hơn là dùng các tế bào yeast chứa các dsRNA cho ruồi dấm ăn (Nature- Vol.404- April,2000).

===) ngay câu đầu tiên của đoạn này anh nên cho trích dẫn tài liệu hiện tượng RNA silencing trên Drosophila, ?mà tui đoán là của nhóm Cathew (??) Với lại cách trích dẫn (Nature- Vol.404- April,2000) là kô đúng quy phạm. Anh chỉn lại tí nhé.


Bằng phương pháp tiếp cận này mà nhóm nghiên cứu của Cathew đã ức chế được khoảng 20 gen của loải ruồi dấm bao gồm frizzled2 và wingless liên quan đến sự hình thành và phát triển của cánh. Cùng lúc đó nhóm nghiên cứu của giáo sư Hannon ở phòng nghiên cứu Cold Spring Habor, New York, USA cũng đã thành công trong việc ức chế sự biểu hiện của 2 gen cyclinE và myc liên quan đến chu trình phát triển và phân chia tế bào của ruồi dấm bằng phương pháp RNAi. Trên đối tượng thực vật, kể từ khi phát hiện hiện tượng "cosuppression" trên hoa petunia thì việc ức chế các gen tương đồng chuyên biệt (homology dependent gene silencing) hay được viết tắt là HDGS được xem là rất phổ biến trên cây trồng.

homology dependent gene silencing = việc ức chế các gen tương đồng chuyên biệt e là chưa ổn, đề xuất của tui: sự ?im lặng gene phụ thuộc/dựa trên tính tương đồng. Nếu cần anh giải thích sơ lược thuật ngữ này.

Hiện tại có hai khái niệm về hiện tượng HDGS bao gồm TGS (transcriptional gene silencing) và PTGS (post-transcriptional gene silencing). Đối với trường hợp ức chế gen theo kiểu TGS thì các gen chuyển vào sẽ không được phiên mã bỡi vì đoạn promoter bị ức chế do cơ chế methyl hóa DNA (DNA methylation).

===) chỗ này ngoài lề 1 chút, có lần tui đọc vnexpress, một người nào đó dịch bài và đăng trên trong mục khoa học đã dịch DNA methylation là sự tẩm methyl vào DNA. Tui đoán người dịch bài chắc kô phải dân sinh, nhưng nghẽ chữ tẩm methyl có lý



Trong khi đó ức chế gen theo kiểu PTGS thì các mRNA của gen chuyển vào thực sự bị suy giảm trong suốt quá trình phiên mã do cơ chế ức chế gen. Gần đây các nhà khoa học đã khám phá ra rằng hiện tượng PTGS không chỉ xuất hiện trên cây trồng mà còn xuất hiện trên nấm, động vật v.v...Bằng việc khám phá vai trò của dsRNA liên quan đến việc phân hủy các mRNA trong suốt quá trình tìm hiểu cơ chế của RNAi và PTGS người ta đã nhận ra rằng cơ chế chung ảnh hưởng đến biểu thị của gen đối với quá trình quelling, cosupression, RNAi hay PTGS đều tương tự như nhau vì trong cơ chế của chúng đều có sự hiện diện của phân tử siRNA (small intefering RNA) dẫn đến việc hình thành các phức chất siRNA-RISC và cuối cùng là sự phân hủy các phân tử RNA dẫn đến việc ức chế sự biểu hiện kiểu hình của gen. Tựu chung lại người ta đặt một thuật ngữ mới là RNA silencing.


===) RISC???


Kể từ đó cho đến nay nhiều nhà khoa học trên thế giới tiếp tục công việc nghiên cứu về RNA silencing trên nhiều đối tượng khác nhau nhằm tìm hiểu và làm sáng tỏ một cách chi tiết hơn cơ chế của RNA silencing và đồng thời cũng bắt đầu tiến hành những nghiên cứu mang tính ứng dụng cho việc khám phá chức năng của các gen trong kỹ nguyên hậu genome khi mà trình tự sequence genome của các sinh vật đang dần dần được khám phá.

===) đạ dùng trình tự thì kô cần sequene; sequence genome = trình tự bộ gene.



RNA silencing cũng có thể ứng dụng trong các nghiên cứu về chữa bệnh gen (gene therapy) trong y khoa, các ứng dụng trên cây trồng, động vật trong nông nghiệp nhằm tạo ra các sản phẩm với phẩm chất tốt hơn cũng như tìm hiểu bản chất cơ chế của các gen trên các đối tượng nghiên cứu. Chính vì thế mà hướng nghiên cứu RNA silencing được tạp chí Science bình chọn là "Breakthrough in 2002" ?dựa trên số lượng gia tăng cấp số nhân các bài báo khoa học đăng trên các tạp chí khoa học quốc tế hàng đầu. Mặc sù sự khám phá RNA silencing mới bằt đầu khoảng vài thập niên trở lại đây nhưng hy vọng rằng khoảng 50 năm nữa các nghiên cứu về nó sẽ trả lời những câu hỏi liên quan đến những vấn đề chưa giải đáp hay khám phá những điều mới mẽ hơn về cơ chế và ứng dụng của RNA silencing như Giáo sư Baulcombe từng dề cập đến trong tạp chí TRENDS in Biochemical Science.

===) số nào, trang nào của TIBS?



Trong tương lai gần các nhà khoa học sẽ nghiên cứu sâu kỹ thuật này nhất là trong việc ứng dụng RNA silencing trong kỹ nghệ chế tạo thuốc RNA nhằm ngăn chặn những bệnh truyền nhiễm như AIDS, cúm, dịch tả v.v... giải quyết tốt những vần đề mang tính nhân loại.

Trong lần sau tôi sẽ gửi đến các bạn những nghiên cứu mang tính ứng dụng của RNA silencing trên các đối tượng. Tôi hy vọng là trong tương lai gần các nhà khoa học trẻ Việt Nam sẽ nắm vững kỹ thuật này nhằm giải quyết tốt những vần đề mang tính ứng dụng thực tiễn trong nông nghiệp và y khoa.

Xin tạm dùng tai đây

Nguyễn Bảo Quốc
Ph.D student
Laboratory of Plant Pathology
Faculty of Agriculture
Kobe University
Japan

Ref :
1. Pestka et al.(1984) Proc.Natl.Acad. Sci. USA. 81, 7525-7528
2. Napoli et al. (1990) Plant Cell 2: 279-289
3. Guo S, and Kempheus KJ. (1995). Cell 81: 611-620.
4. Fire et al. (1998). Nature 391: 806-811
5. Kennerdell JR, and Carthew RW. (1998) Cell 95: 1017-1026
6. Hammond S, Bernstein E, Beach D, and Hannon G. (2000). Nature, 404: 293-298
7. David Baulcombe (2005) TRENDS in Biochemical Science, 30:290-293

 

[Nguyễn Bảo Quốc]

hi Dung

Rat cam on Dung da chi dan ra nhung diem sai va thieu sot trong bai viet cua minh. That ra thi khi minh ngoi viet bai nay (khoang 1 tieng dong ho) minh chi nghi trong dau la day chi la dien dan va minh viet thong tin le de cho cac ban trong dien dan, cac dan em biet va hoc hoi them neu co quan tam va cung so thich. Minh cung khong nghi la de dang len bao hay dua len index nhu Dung da de cap boi vay ma minh khong kiem tra lai v.v..Minh nghi khi doc neu co ai thac mac thi minh se tra loi hac trich dan nhung tai lieu de moi nguoi cung thsm khao

Tuy nhien khi viet de dang bao hay tren cac tap chi quoc te, hay la nhung bai giang danh cho sinh vien ...nhung buoi bao cao, thuyet trinh ?thi nhung chi tiet nho nhat trong bai viet cua minh deu duoc quan tam va chu y ky luong. Minh cung co tham gia nhieu forum tren cac dien dan khac cua tui nuoc ngoai chang han nhu protocol online thi cach viet minh cung vay neu ai co thac mac thi se dua nguon tai lieu de tham khao ma thoi. Cai chinh la hoc hoi lan nhau cac ky that ve sinh hoc phan tu nhung kien thuc moi v.v.... Hon nua nguoi tham gia dien dan thuong khi nao thich thu van de gi do ho se post len de moi nguoi cung biet va cung han hep ve vande thoi gian do con phai lam nhung chuyen khac quan trong hon

Anyway cung cam on Dung rat nhieu. Minh se co gang tra loi nhung thac mac cua Dung dua ra .... chac co le la tuan sau. Minh nghi y cua Dung rat tot vi no se ren nguoi viet lam viec mot cach khoa hoc hon va cung de cho cac the he dan em hoc hoi them nua nhe

Than

NBQ

 

[Trần Hoàng Dũng]

cám ơn anh Quốc đã phản hồi; thực ra những bài nằm trong forum mà xét thấy có chất lượng thì SHVN đều mang ra index vừa làm tài sản chung, mọi người đọc nhiều hơn và sau này dễ tra cứu hơn là để trong 4rum, còn phần ?thải luận thì vẫn bình thường tức là bài anh cứ đăng index nhưng thảo luận vẫn cứ thảo luận. Mong anh dành chút thời gianbo63 xung phần TLTK cho bài Hoa hồng xanh và chỉnh sửa bài này 1 cút. Chúc ... sắo hết cuối tuần vui vẻ.

 

[Vũ Phi Yên]

Chào anh Bảo Quốc,
Em có gửi câu hỏi này trên Nhà sinh học trẻ, nhưng cũng xin hỏi lại bên diễn đàn này, không biết anh hay ghé thăm bên nào hơn.
Số là em đang tìm 1 gene gây ra một hội chứng trên 1 bệnh nhân có chuyển đoạn NST ở trạng thái đồng hợp. Cụ thể là 2 chiếc NST 16 và 2 chiếc NST 20 đều chuyển đoạn (cha mẹ em bé này đồng huyết). Giả thiết tự nhiên là đây là bệnh gene lặn, và (nhiều khả năng) gene gây bệnh bị đứt gãy, hay chí ít cũng nằm gần một trong 2 điểm gãy.
Vậy mà tìm tới tìm lui, không ra một gene đã được annotated, mà ra một gene chưa được miêu tả gì, phân tích ORF thì thấy cũng không mã hóa cho protein. Thành ra em đành giả thiết là đây là gene mã hoá cho ncRNA. Những gì có thể làm em đã làm (RT-PCR, qRT-PCR, RACE-PCR, sequencing). Và bước sắp tới cần đi chứng minh chuyện này thì em rất chi là lúng túng.
Anh có thể cho một chút kinh nghiệm không, ví dụ như:
- Bước đầu em có thể đi tìm cấu trúc bậc 2, bậc 3 của cái RNA này?
- Sau đó em có thể so sánh với các ncRNA đã biết (về sequence, về cấu trúc)? (nhưng các ngân hàng về ncRNA của người hiện nay chưa phong phú lắm, mà gene này có vẻ không được conserved)
- Em có thể scan xem RNA này có antisense với một số gene liên quan đến phenotype người bệnh?
Đó là một ít hướng em đang định theo mà cũng chỉ đang tìm cách để làm thôi, em chưa biết chính xác phải thực hiện thế nào, dùng phần mềm nào...
Rất mong được anh cho chút ý kiến.

 

[Vũ Phi Yên]

Tóm tắt nhỏ về Điều hòa bởi ARN

Mình đọc tài liệu và viết cái tóm tắt này, muốn chia sẻ và nhận ý kiến các bạn

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Mình đọc tài liệu và viết cái tóm tắt này, muốn chia sẻ và nhận ý kiến các bạn

Cảm ơn Yên nhiều. Mọi người có thể học được nhiều điều từ tóm tắt này.

1. Cách thức hệ thống và trình bày kiến thức.

2. Nếu không nhầm thì Yên dùng phần mềm Mindmapper, các bạn nên cài phần mềm rất hữu dụng này.

3. Yên có thể bổ sung thêm về chức năng cụ thể ứng với mỗi loại RNAi trên không? Ví dụ hiện miRNA có vai trò rất lớn trong sự phát triển và chức năng của các tế bào trong hệ miễn dịch.

4. Biết là sơ đồ tổng hợp nên có thể lấy từ nhiều nguồn tài liệu, nhưng cũng mong Yên bổ sung một số tài liệu tham khảo chính để người có hứng thú biết và tìm đọc.

5. Mạn phép dịch một số thuật ngữ trong sơ đồ:

- Piwi-associated RNAs: RNA tích hợp Piwi
- pre-miRNA: tiền miRNA
- hetero-silencing: tạm dịch là "bất hoạt dị gene"
- sense-antisense: mang mã-đối mã
- nocoding repressor of NFAT: RNA không mang mã, kìm hãm NFAT
- vùng control: vùng điều khiển
- messenger-like RNA/long non-coding RNA: RNA dạng thông tin/RNA không mã hóa dài

Nói thêm chút về messenger-like RNA: thuật ngữ này được dùng từ những năm 70. Thường thì ở prokaryote quá trình phiễn mã song hành với dịch mã tức ngay khi DNA đang phiên mã "dở dang" thì ribosome đã gắn vào mRNA mới sinh và dịch mã. Tuy nhiên người ta cũng quan sát thấy quá trình tương tự ở trong nhân của tế bào động vật mặc dù không phải với mọi mRNA. Do vậy những mRNA của tế bào động vật có quá trình dịch mã trong nhân được gọi là messenger-like RNA. Sau đó thuật ngữ này được mở rộng ra dùng với các mRNA khi chúng còn nằm trong nhân.

- spliced: cắt nối
- capped: gắn mũ
- transcription factor: yếu tố phiên mã
- small interfering RNA: RNA gây nhiễu kích thước nhỏ
- RISC: phức hệ gây bất hoạt gene cảm ứng bởi RNA
- auto-silencing: tự bất hoạt gene

 

[Vũ Phi Yên]

Bài đọc về RNAi

Mình tìm được mấy bài này, mà thật cũng chưa kịp đọc kỹ hết. Phần lớn có thể lấy free full texte từ Pubmed. Cảm ơn Hưng đã giúp dịch mấy thuật ngữ.
Mình dùng phần mềm Mindjet Mindmanager Pro 7. Từ lúc phát hiện ra phương tiện này thì mê tít vì nó giúp mình làm mind map nhanh đẹp. Thật ra có lúc viết tay thì nhanh hơn, nhưng lại không thể chia sẻ với bạn bè...

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Mấy cái phần mềm này để giúp ôn kiến thức hay để trình bày powerpoint?
(cha mẹ em bé đồng huyết) là giao phối cận huyết à?
Gene bạn đi tìm chắc người khác cũng đã đặt giả thuyết rồi chứ? Hay bạn tự đặt giả thuyết?

 

[Vũ Phi Yên]

Mấy cái phần mềm này để giúp ôn kiến thức hay để trình bày powerpoint?
(cha mẹ em bé đồng huyết) là giao phối cận huyết à?
Gene bạn đi tìm chắc người khác cũng đã đặt giả thuyết rồi chứ? Hay bạn tự đặt giả thuyết?

Mindmap giúp ôn kiến thức, brainstorming... cũng có chức năng giúp trình bày, nhưng mình thấy không tiện lắm.
Cha mẹ em bé là người digan, cận huyết độ 1.
Bênh này hiếm nên chưa từng có giả thiết nào cả. Cho đến nay chỉ thấy những ca riêng lẻ, nên người ta nghĩ chắc là di truyền trội, đột biến mới, mà chẳng biết ở đâu. Giả thiết mình tự đặt khi thấy :
- Cha có 1 chiếc 16 chuyển đoạn, 1 chiếc 20 chuyển đoạn, 1 chiếc 16 bình thường, 1 chiếc 20 bình thường, và không bị bệnh, mẹ cũng y chang vậy.
- Con có 2 chiếc 16 chuyển đoạn, 2 chiếc 20 chuyển đoạn, và bị bệnh.
Mình cho đây là di truyền lặn, và gene gây bệnh nằm ngay điểm gẫy hay có thể cách một đoạn (trong litterature có trường hợp cách đến 1,3 Mb vẫn bị ảnh hưởng).

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Nếu đã là kết quả của giao phối cận huyết thì e bạn sẽ có quá nhiều đối tượng để sàng lọc (tất cả gene đồng hợp lặn). Có lẽ bạn đã đặt giả thuyết sớm quá chăng?

 

[Vũ Phi Yên]

Nếu đã là kết quả của giao phối cận huyết thì e bạn sẽ có quá nhiều đối tượng để sàng lọc (tất cả gene đồng hợp lặn). Có lẽ bạn đã đặt giả thuyết sớm quá chăng?

Bạn thật nói trúng điểm yếu, đây là nguy cơ thật khi mình đặt giả thiết này (mình vẫn sợ suốt từ khi làm đề tài). Nhưng xét vì :
- các trường hợp đồng hợp chuyển đoạn NST quá hiếm đi (y văn hiện thấy được 5 ca trên thế giới), nên dù sao cũng là phương hướng rất tốt để điều tra, còn nếu nó nằm ở phần còn lại của bộ gene thì... mênh mông thiên địa biết đâu mà tìm.
- triệu chứng của bệnh nhân thật nặng bao gồm các hệ khác hẳn nhau (béo phì, chậm phát triển tâm thần vận động, mắt, xương đùi) nên : hoặc đây là contigous genes syndrome, gây ra do bất thương nhiễm sắc thể, hoặc liên quan một transcription factor (TF) điều hòa các genes có thể gây tập hợp các triệu chứng
- trong số các gene béo phì được biết cho đến nay (hơn 50 genes) khogng có TF naò có thể đưa đến tình trạng tương tự.
Vì vậy, hoặc mình đi theo hướng này, hoặc không làm gì cả (vì không có đầu mối khác). Vì vậy mình cứ tiến tới, tiến tới...