doanthanhcns53
Senior Member
Có ai giúp mình câu hỏi này với!
1cM tương đương với bao nhiêu bp?
- Thread starter doanthanhcns53
- Start date
lananh_vy_vp
Senior Member
1cM được tính tương đương khoảng cách 2 chỉ thị có thể bị tách rời nhau do trao đổi chéo nhiễm sắc thể với khả năng 1% xảy ra sau một thế hệ.
Các chỉ thị phân tử được sử dụng để lập bản đồ di truyền
– RFLP
– AFLP
– SSR
Bản đồ vật lý
Khoảng cách vật lý thực thụ
Đơn vị cặp base (base-pairs)
Các chỉ thị phân tử được sử dụng để lập bản đồ di truyền
– RFLP
– AFLP
– SSR
Bản đồ vật lý
Khoảng cách vật lý thực thụ
Đơn vị cặp base (base-pairs)
không có con số đúng cho mọi trường hợp. Nó tùy thuộc vào 1) kích thước genome của loài nghiên cứu, 2) độ lớn của quần thể tạo map và 3) khả năng access của vùng NST quan tâm (vùng gần tâm động thì khó hơn so với vùng xa).
doanthanhcns53
Senior Member
Bạn có thể giải thích cho mình chi tiết hơn không? Mình không hiểu lắm. Đơn vị bản đồ di truyền (cM) phải tương đương với 1 khoảng nào đó (bp) của bản đồ vật lý chứ.
Đúng là có tương đương 1 khoảng bp nhất định nhưng khoảng cách này khác nhau ở các locus khác nhau, vùng nhiễm sắc thể khác nhau, loài nghiên cứu khác nhau. Thế nên chỉ có thể nói tương đối nếu chỉ ra loài gì? và vùng NST nào?
doanthanhcns53
Senior Member
Cám ơn bạn, mình có nghe thầy mình bảo 1cM tương đương với 10^6bp nhưng không biết ở loài nào? Bạn có biết ở lúa là bao nhiêu không? Mình đang rất cần tìm hiểu cái này
Lúa được giải mã genome lâu rồi. Vào đây có thể tra được bất kỳ đoạn nào quan tâm
http://www.gramene.org/Oryza_indica/Info/Index
http://www.gramene.org/Oryza_indica/Info/Index
nguyentusgd
Senior Member
1% tái tổ hợp = 1 đơn vị bản đồ, đơn vị này được gọi là centiMorgan (cM).
Mỗi cM bằng khoảng 1000 kb. Như vậy biết được tần số tái tổ hợp giữa các gen có thể xác định vị trí của chúng trên nhiễm sắc thể.
Mỗi cM bằng khoảng 1000 kb. Như vậy biết được tần số tái tổ hợp giữa các gen có thể xác định vị trí của chúng trên nhiễm sắc thể.
doanthanhcns53
Senior Member
Có thể xác định được trình tự của gen nằm giữa 2 marker khi biết khoảng cách di truyền của chúng và trình tự NST không ạ?
Bác có biết từ khi xác định được 2 flanking marker chắn 2 phía của locus quan tâm cách nhau 0.5cM thì còn phải mất thêm trung bình 10 năm nữa, nhẹ nhất là 4 năm thì mới xác định đc GOI.
Từ genetic map còn phải dựng physical map, tạo BAC contigs, chromosome walking vỡ mặt. Đấy là còn phải nhờ vào hiện nay số lượng loài đc whole genome sequence ngày một nhiều nên có thể làm comparative map hỗ trợ nên các nhà di truyền mới dễ thở hơn đấy.
Thêm 1 ví dụ khác là ở Arabidopsis, loài thực vật tiêu chuẩn (model) để làm di truyền, đã được giải trình tự hoàn toàn. Người ta ước tính là 1cM tương đương khoảng 250kb. Nhắc lại đây là tính toán trung bình. Ai cũng cần hiểu rằng locus ở telomere thì có nhiều trao đổi chéo hơn cái mà ở gần centromere (tâm động).
Tài liệu tham khảo
http://www.nature.com/ng/journal/v30/n2/full/ng813.html
Nature Genetics 30, 190 - 193 (2002)
Tài liệu tham khảo
http://www.nature.com/ng/journal/v30/n2/full/ng813.html
Nature Genetics 30, 190 - 193 (2002)
còn thông tin về rice
"However, there is no direct linear relationship between units of genetic distances in centimorgan (cM) and physical distances in kilobase pairs (kb). [Note that 1
megabase pair (Mb) = 103 kilobase pair (kb) = 106 bp]. For chromosome 4 of Arabidopsis, for example, the kilobase pair to centimorgan ratio varied from 30 to 550 kb per cM (Schmidt et al., 1995). In rice 1 cM on average equals to 258.5 kb (The Rice Genome Sequencing Project, 2005) but this figure actually varies from 120 to 1000 kb gene-rich regions to 22,000 kb for gene-poor regions (Gill et al., 1996a). Physical distribution of recombination events is non random in other plant species as well (Rick, 1971). Division of higher organism genomes into gene-rich and gene-poor compartments seems a common feature (Sumner et al., 1993). Regions corresponding to centromeres (Figure 9), and even some telomeres in tomato and potato, show a 10-fold decrease in recombination
compared to other regions in the genome (Tanksley et al., 1992).
Nguồn
http://ajol.info/index.php/ajb/article/viewFile/56082/44537
Review
Principles, requirements and prospects of genetic mapping in plants
African Journal of Biotechnology Vol. 5 (25), pp. 2569-2587, 29 December 2006
"However, there is no direct linear relationship between units of genetic distances in centimorgan (cM) and physical distances in kilobase pairs (kb). [Note that 1
megabase pair (Mb) = 103 kilobase pair (kb) = 106 bp]. For chromosome 4 of Arabidopsis, for example, the kilobase pair to centimorgan ratio varied from 30 to 550 kb per cM (Schmidt et al., 1995). In rice 1 cM on average equals to 258.5 kb (The Rice Genome Sequencing Project, 2005) but this figure actually varies from 120 to 1000 kb gene-rich regions to 22,000 kb for gene-poor regions (Gill et al., 1996a). Physical distribution of recombination events is non random in other plant species as well (Rick, 1971). Division of higher organism genomes into gene-rich and gene-poor compartments seems a common feature (Sumner et al., 1993). Regions corresponding to centromeres (Figure 9), and even some telomeres in tomato and potato, show a 10-fold decrease in recombination
compared to other regions in the genome (Tanksley et al., 1992).
Nguồn
http://ajol.info/index.php/ajb/article/viewFile/56082/44537
Review
Principles, requirements and prospects of genetic mapping in plants
African Journal of Biotechnology Vol. 5 (25), pp. 2569-2587, 29 December 2006
Similar threads
