Gap

[mnhung]

cho mình hỏi gap penalty là gì và gap extention là gì. Có phải khi penalty càng lớn thì càng chính xác không

 

[doanthanhcns53]

Gap penalties (hình phạt khoảng trống) được sử dụng trong căn trình tự (so sánh trình tự). Gap penalties đóng góp vào điểm tổng số của các trình tự căn và do đó kích cỡ (điểm phạt) của nó là tương đối trong các ma trận tương đồng ảnh hưởng đến việc căn trình tự.Có một số ma trận thì cho gap penalty nhẹ nên sẽ cho nhiều gap hơn, do đó sự tương đồng các trình tự cao hơn.Cũng có một số ma trận cho điểm phạt khoảng trống nặng để tránh có nhiều gap.Còn về độ chính xác thì không phải là penalty càng cao thi càng chính xác đâu, vì trường hợp các đột biến điểm có thể xảy ra nên phải có nhiều gap chứ.

gap extention là khoảng trống kéo dài. Ví dụ: A A T G C C
A _ _ G C C
khoảng trống đầu tiên được gọi là open gap, còn khoảng trống phía sau gọi là gap extention