Làm sao đọc được kết quả giả trình tự?

[lebinh1675]

Chào các bạn! Mình có một vấn đề muốn hỏi các bạn và rất mong được các bạn chỉ giúp:
- Mình chạy PCR, sản phẩm kiểm tra trên gel điện di thì ra đúng kích thước như mong muốn. Tuy nhiên, để kiểm tra độ đặc hiệu của sản phẩm và trình tự chính xác của sản phẩm, mình có đem gửi sản phẩm PCR để giải trình tự. Tuy nhiên khi có kết quả lại đọc theo từng mạch đơn (chuỗi giải trình tự theo từng mồi), mình không biết dùng phần mềm nào để lai hai chuỗi đó lại mà định được đúng đoạn mình cần?

Mình ví dụ: đoạn kích thước sản phẩm mong muốn của mình : 567bp. Kết quả giải trình tự ra hai chuỗi theo cặp mồi xuôi và ngược lần lượt có kích thước là : 818 base và 825 base. Vậy làm sao mình biết được chính đoạn sản phẩm PCR mình cần nằm ở vị trí nào? Mình phải dùng phần mềm nào để xác định? Cách làm ra sao?

Mình thật sự rất mong sự chỉ giúp của các bạn.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Bạn đem blastn trên ncbi để kiểm tra trình tự của mình (chuẩn bị sẵn file trình tự dạng FASTA, tức là file dạng doc có trình tự của bạn có thể copy và paste được đó). Đó là cách nhanh nhất. Bất kỳ trình tự nào trong hai trình tự nhận được đều OK. Trong kết quả blast sẽ chỉ ra cho bạn bắt đầu từ Nu nào trong trình tự của bạn là Nu đầu tiên và Nu cuối cùng của sp PCR.
Còn có cách khác là tìm trình tự cloning vector rồi sau đó bỏ đi để suy ra trình tự của bạn, nhưng cách đó lâu hơn.

 

[lebinh1675]

Bạn đem blastn trên ncbi để kiểm tra trình tự của mình (chuẩn bị sẵn file trình tự dạng FASTA, tức là file dạng doc có trình tự của bạn có thể copy và paste được đó). Đó là cách nhanh nhất. Bất kỳ trình tự nào trong hai trình tự nhận được đều OK. Trong kết quả blast sẽ chỉ ra cho bạn bắt đầu từ Nu nào trong trình tự của bạn là Nu đầu tiên và Nu cuối cùng của sp PCR.
Còn có cách khác là tìm trình tự cloning vector rồi sau đó bỏ đi để suy ra trình tự của bạn, nhưng cách đó lâu hơn.

Cảm ơn bạn rất nhiều