Công cụ thiết kế primer

[Longhv]

Khi so sánh 2 công cụ thiết kế primer trên NCBI và yeastgenome tôi nhận thấy : khi thiết kế trên NCBI mồi sẽ được tính theo các yêu cầu của bạn về Tm nhưng bạn nhìn kĩ vào dòng chữ lengthproduc sẽ thấy không được đọ dài như bạn mong muốn. ví dụ như gen của bạn là khoảng 2000 thì sản phẩm của bạn ở NCBI sẽ cho ra khoảng 200. còn trên http://www.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer bạn sẽ được chọn vị trí thiết kế prime với khoảng bạn chọn sẽ được sản phẩm mong muốn, nhưng cần chú ý về Tm

 

[Mitita]

Trên NCBI, trang primer-BLAST dựa vào phần mềm Primer3 và cơ sở dữ liệu trên NCBI. Trong phần PCR product site, cho phép ta giới hạn kích thước sản phẩm PCR tùy theo gene mình đang cần. Phần Range của Forward và reverse primer cũng phần nào làm được điều này. Lúc đầu Mitita cũng không biết, nó ra 1 loạt sản phẩm kích thước từa lưa hạt dưa. Sau điều chỉnh lại thì nó chỉ gom cái gene mà mình cần, mồi cũng nằm trong đoạn tối ưu. Nó cho ra 1 primer pool tha hồ lựa chọn, Tm xê xích nhau ko đáng kể, có gắn thêm restriction enzyme site vô cũng ko làm thay đổi Tm nhiều.
Thích nhất là nó có chức năng blast primer của mình với mọi trình tự đã biết trên đời này, nên có thể lường trước các vạch khi PCR

 

[Mitita]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Quên đưa cho bạn cái link ^^