in silico screening

[Thạch Thành Trung]

Chả là đang tham khaỏ một bài báo, đọc đến đoạn "The Sirt4 cDNA (GenBank clone XM_988059), which contained the full-length murine Sirt4 cDNA was used to identify the murine Sirt4 genomic clone from a murine BAC genomic library (RZPD,Berlin, Germany) after in silico screening. We found BAC clone RP23-189B10 to contain an approximately 120 kb insert in the vector pBACe3.6, which included the murine Sirt4 genomic sequence..." thì mù tịt vì không hiểu cái phương pháp in silico screening mà tác giải trong này làm.
Mong pakon gần xa phổ cập thêm kiến thức.
Bầng tăng tôi cảm ơn nhiểu nhiều!!!

 

[Cao Xuân Hiếu]

chú vẫn đang ở VN hả? chú ý chấm phẩy của nó. Cái in silico screening của nó chỉ là mấy cái blast + alignment để chọn được ID XM_988059 trong NCBI. nó viết kiểu báo dân trí nên mới phóng lên thành thế.

 

[Thạch Thành Trung]

Hi.Bác Hiếu có nhằm chỗ này không? đoạn trích dẫn ghi rất rõ là cDNA Sirt4(XM_988059) được dùng để xác định dòng trong thư viện bằng phương pháp in silico screening mà.
"The Sirt4 cDNA (GenBank clone XM_988059), which contained the full-length murine Sirt4 cDNA was used to identify the murine Sirt4 genomic clone from a murine BAC genomic library (RZPD,Berlin, Germany) after in silico screening. We found BAC clone RP23-189B10 to contain an approximately 120 kb insert in the vector pBACe3.6, which included the murine Sirt4 genomic sequence..."
Thao tác Blast đã được thực hiện trước đó rồi mới chọn được thằng XM_988059 chứ
Bài này em lấy trên sciencedirect đó bác

 

[Cao Xuân Hiếu]

ưh, chú xem phần method nó miêu tả như thế nào? với đoạn chú cung cấp thì anh đoán là cái ngân hàng genomic này đã được sequence toàn bộ rồi. Giờ nó chỉ lấy cái sequence của XM_988059 blast lại vào database đó để lấy ra clone ID. kết quả là được RP23-189B10.

 

[Thạch Thành Trung]

Uhm. Em attach theo bài báo, anh đọc kĩ giúp em xem nha. Đoạn trích trên chính ở phần material and methods đó. Nó mô tả chỉ có đoạn như thế thì em chịu, thử search lại với keyword "in silico screening" mà không ăn thua. Rõ khổ

 

[Thạch Thành Trung]

ưh, chú xem phần method nó miêu tả như thế nào? với đoạn chú cung cấp thì anh đoán là cái ngân hàng genomic này đã được sequence toàn bộ rồi. Giờ nó chỉ lấy cái sequence của XM_988059 blast lại vào database đó để lấy ra clone ID. kết quả là được RP23-189B10.

Bác doán đúng đó, nhưng đúng là....trật lất (*-*)

 

[Cao Xuân Hiếu]

cái thuật ngữ "in silico", giống như "in situ" hay "in vitro", với nghĩa là làm việc trên máy tính.

 

[Nguyễn Phước Hùng]

Bác doán đúng đó, nhưng đúng là....trật lất (*-*)

Tôi thấy anh Hiếu nói đúng đó chứ, theo như tôi nghĩ sau khi họ sequencing và thu được trình tự của target cDNA việc đầu tiên phải làm là so sánh nó với các database (NCBI hay EMBL...) để coi xem nó đã có hay chưa, nếu chưa có thì phải dùng bioinformatic để mà tìm trình tự tương đồng nhất bằng công cụ blast dựa trên các trình tự đã biết để xác định chức năng, phylogeny.... Các bước như thế đương nhiên làm trên vi tính rồi và nó là insilico analysis.

Ngày xưa người ta giải trình tự genome tôi nhớ không nhầm thì 2 chiến lược thì phải, trong đó một cái sử dụng cách phân mảnh genenome ra và đưa nó vào BAC, Yac và từ đó sequencing. Cái trình tự của bài báo bạn đưa ra khi so sánh thì nó thuộc 1 trong các BAC đó thôi.
Bác Trung học bên sinh học ra phải không nhỉ? khóa 2003?

 

[Thạch Thành Trung]

Umh, thuật ngữ "in silico" có nghĩa là làm việc trên máy tính. có lẽ bác Hiếu đoán đúng thiệt. Mà nếu đã có trình tự để " in silico" rùi thì nhóm tác giả này giải trình tự lại chi nữa vậy các bác. Có phải là để khẳng định lại lần nữa không?
"Sequence XM_988059,which has been reported to yield a 418 aa protein [12], was the correct full-length murine Sirt4 mRNA and was therefore used for the identification of the murine Sirt4 genomic clone. The authenticity of its insert was confirmed by DNA cycle sequencing." (results)
À, " DNA cycle sequencing" có gì khác với sequencing thông thường không?

 

[Cao Xuân Hiếu]

1. DNA cycle sequencing chính là dựa vào ngtac Sanger cái mà hồi xưa hay thường dùng. Bây giờ gọi là sequencing thế hệ 1.

2. Nên lưu ý là ko fai sequencing trên NCBI từ các dự án whole genome sequencing là chính xác và wildtype. Kết quả sequencing theo thế hệ mới (với số lần coverage cao) đã phát hiện và sửa sai khá nhiều.