Hướng dẫn xây dựng cây phân loài từ trình tự 18S rDNA ở thực vật

[Luyện Quốc Hải]

Hướng dẫn xây dựng cây phân loài từ trình tự

Xin chao anh Loxon!!!
Mình đã đọc qua bài viết của Anh về Phylogeny. Nói chân thành là RẤT RẤT HAY và BỔ ÍCH.
Qua đây mình cũng xin đựơc hỏi mấy câu cơ bản đển hiểu hết những gì Loxon viết và thực tế mình đang quan tâm:
1. Tài liệu gốc dùng để dịch bài viết này, có thể gửi cho mình qua địa chỉ email: lqhai03@yahoo.com (mình đang rất cần để tham khảo, mong sẽ nhận được sớm)
2. Cho mình hỏi về thuật ngữ: LOÀI HÌNH THÁI (morphospecies)? ?, Tên đồng vật ((synonyms) ) là gì??? (có lẽ câu hỏi này nên trao đổi trong mục THUẬT NGỮ, nhưng chắc là anh Loxon và mọi người ở đây đều biết nên hỏi luôn).
3. Trong bài viết anh Loxon có nhắc đến việc dùng chương trình PAUP để phân tích phát sinh chủng lòai. Vậy làm ơn có thể gửi cho mình phần mềm này được không?????
4. ANh Loxon có thể giải thích cách thức lập một cây không có gốc không (unrooted tree)?????
Mình chân thành mong muốn học hỏi ở mọi người , mong rằng sẽ nhận đựoc sự giúp đỡ.
THANKS!!

 

[Trần Hoàng Dũng]

01-Paup phải bỏ tiền mua bạn à, giá 100USD, tu kô có sẵn để gửi vì tui dùng máy tính trong lab.

02- lòai hình thái là lòai bạn đang học đó, là người ta dựa trên hình thái để phân lọai và nói năng. Synomyms dịch là đồng nghĩa tức là một lòai có thể có nhiều tên khác nhau sau khi được nhiều nhà phân lọai học nhúng tay vô.

Ví dụ Chilomonas paramaecium trước đây bị cho là động vật, rồi sau đó coi nó là tảo, rồi định danh lại là Cryptomonas paramaecium. Vậy khi bạn viết tên thì dùng cái nào cũng được và người trong nghề đều chấp nhận.

03- lập cây kô có gốc tức là bỏ outgroup đi và khi chạy Paup, ở phần xuất hình ảnh ta chọn unrooted.

 

[Trần Hoàng Dũng]

to skyvn:

tui đã nhận được message của bạn

- nếu chỉ cần kết quả sơ bộ, tui có thề dùng Vector NTI để lập cây tiến hóa giúp bạn.
- nếu cần phân tích kỹ hơn tui sẽ dùng Paup

Tui nhiên có 1 ý quan trọng thế này, thay vì viết riêng cho bạn tui viết ra đây:

- bạn đừng bao giờ đưa 1 trình tự mà bạn đã vất vả đọc được cho người nào đó để nhờ người ta lập cây tiến hóa, nên nhớ "giang hồ hiểm ác, lòng người khó lường". Nếu ai đó có tà ý, họ đem trình tự của bạn đăng ký lên GenBank, thế là bạn mất toi công sức để người khác hưởng. Đây là điều cơ bản của người làm phylogeny phải nhớ.

Tui chưa coi kỹ sequence của bạn là do bạn đọc hay do bạn lấy từ genebank. Nhưng hình như là lấy từ GenBank.

Hình như bạn vẫn chưa biết là khi lập cây tiến hóa, phải có outgroup????

 

[Trần Hoàng Dũng]

to sykvn:

Tôi đã coi sơ qua dữ liệu trình tự của bạn, chỉ mới coi qua 4 cái tui thành thật nói với bạn rằng rằng các trình tự này không thể đưa vô để phân tích cây tiến hóa vì chúng chưa. được hiệu chỉnh trình tự

l 1: CCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGGCCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTG*CACT
l 2: CCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGGCCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTG*CACT
l 3: C*GGTCCGCC*TCTGGGTGAGTATCTG*CTCG*CCTGG* CATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGGCACT
l 4: C*GGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGGCCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTG*CACT

những chỗ mơ hồ tui ký hiệu bằng dấu *

Ở vị trí thứ * thứ nhất: loài 1 và 2 là chữ C, còn loài 3 và 4 kô có, tui chưa đưa hết mấy loài khác vô nên kô biết hoặc là loài 3-4 bị mất chữ C hay loài 1-2 thừa chữ C.

Vị trí * thứ 2: loài 3 bị thiếu 1 vị trí, vị trí này là chữ gì? nếu các loài khác cũng là chữ C thì khả năng loài 3 cũng sẽ là chữ C.

Vị trứ * thứ 3 - 4 cũng tương tư vị trí sao thứ *, chỉ có điều là chữ G

Vị trí * thứ 4, loài 1-2-4 kô có chỉ có mỗi loài 3 có chữ G, khả năng chữ G này là thừa

Theo kinh nghiệm của tôi, những sai sót này là do trình tự chưa được hiểu chỉnh, theo đó bạn phải coi lại kết quả đọc trình tự, phải coi lại thật kỹ để biết những dấu * này là cái gì.

ngoài ra, bạn có thể cho tui biết tên gene mà bạn đang sử dụng, bằng cách đó tui vào gene bank lấy ra vài cái làm đối chứng.

 

[Luyện Quốc Hải]

Chao anh LOXON
Trước tiên là xin chân thành cảm ơn anh đã trả lời những vướng mắc của Em. Qua đây Em cũng có một số vấn đề cần khẳng định lại:
- Nếu thật sự có thể thì anh giúp Em lập cây phân loại cụ thể càng tốt, sẽ chính xác hơn.
- Em vẫn chưa nhận được câu trả lời về tài liệu tham khảo GỐC anh dùng để dịch bài về phylogeny.
- Em cũng xin cảm ơn về ý kiến chân thành của anh về "BÍ MẬT TRÌNH TỰ", nói chung là Em còn "NGÂY THƠ" lắm.
- Vấn đề xử lý trình tự, Em đã xử lý trình tự 2/tổng số các trình tự đó, anh có thể yên tâm. Vấn đề các dấu "*" anh đặt ra, khi align nó sẽ đựoc thay thế bằng GAP, Em nghĩ vấn đề trình tự của các lòai khác nhau thì sẽ khác nhau, nhiều hay ít thì tùy chứ???? Cụ thể là anh có thể hòan toàn yên tâm về trình tự đúng. (Các trình tự còn lại là ở Geneband). Chắc anh cũng biết cách kiểm tra làm sao để biết trình tự này là của gen nào chư????
- Vấn đề cây không gốc: Bây giờ thì Em đã hiểu, nhưng nếu mình không có PAUP thì cũng không sao chứ??????
Em hay dùng ClustalX hoặc DNAstar để alignment và truy xuất ra Tree. Không biết độ tin cậy của CÂY PHÂN LOẠI của 2 phần mềm này thế nào??? NGoài ra Em còn sử dụng một chương trình online có tên là Genebee (của NHẬT) không biết anh đã dùng chưa?? Độ tin cậy của nó thế nào?? (Tại vì kiến thức của Em còn hạn chế nên chưa biết bình luận các kết quả đó.... chỉ biết dùng thôi..hic)
THANKS

 

[Luyện Quốc Hải]

À, trong các trình tự đó có một trình tự là OUTGROUP.

 

[Trần Hoàng Dũng]

Chao anh LOXON
- Vấn đề xử lý trình tự, Em đã xử lý trình tự 2/tổng số các trình tự đó, anh có thể yên tâm. Vấn đề các dấu "*" anh đặt ra, khi align nó sẽ đựoc thay thế bằng GAP, Em nghĩ vấn đề trình tự của các lòai khác nhau thì sẽ khác nhau, nhiều hay ít thì tùy chứ???? Cụ thể là anh có thể hòan toàn yên tâm về trình tự đúng. (Các trình tự còn lại là ở Geneband). Chắc anh cũng biết cách kiểm tra làm sao để biết trình tự này là của gen nào chư????
- Vấn đề cây không gốc: Bây giờ thì Em đã hiểu, nhưng nếu mình không có PAUP thì cũng không sao chứ??????
Em hay dùng ClustalX hoặc DNAstar để alignment và truy xuất ra Tree. Không biết độ tin cậy của CÂY PHÂN LOẠI của 2 phần mềm này thế nào??? NGoài ra Em còn sử dụng một chương trình online có tên là Genebee (của NHẬT) không biết anh đã dùng chưa?? Độ tin cậy của nó thế nào?? (Tại vì kiến thức của Em còn hạn chế nên chưa biết bình luận các kết quả đó.... chỉ biết dùng thôi..hic)
THANKS

đúng là bạn ngây thơ thật

01. bạn có biết khi 1 trình tự bị chèn (thừa) hay mất (thiếu) một nu thì nó có thể mất chức năng kô?


02. khi hiệu chỉnh trình tự phải nhớ 1 nguyên tắc là:

ai có, mà tui kô có, có thể tui thiếu
kô ai có chỉ mình tui có, vậy là tui thừa


Trong cả hai trường hợp thiếu hay thừa, việc hiệu chỉnh trình tự kô phải là đưa 1 cái gap vô mà công việc phải làm là coi lại kết quả đọc trình tự. Coi lại đọc trình tự tức là mở kết quả đọc trình tự ra, coi cái điểm ta nghi ngờ là cái gì.

ví dụ thừa 1 nu, rất có thể là do trên vạch trình tự chỉ có 3 nu mà nó đánh dấu đến 4 nu, vậy ta phải xóa đi 1 nu

thiếu 1 nu, tức là trên vạch trình tự rõ ràng có 5 trình tự mà nó đánh dấu chỉ có 4, vậy ta phải tự động thêm 1 nu vô đúng vị trí.

03- Bạn cho rằng những lòai khác nhau sẽ có trình tự kô giống nhau và nó cho ra kết quả tiến hóa kô giống nhau. Đúng mà sai:

- sai nếu bạn chỉ dựa vô số lượng để nói chuyện, nghĩa là trên 1 trình tự này bạn có chiều dài 1088 nu trình tự khác là 1090, trình tự nữa là 1086 nu and so on. sự thừa hay thiếu nu mà gán cho nó cái gap là sai lầm kô tha thứ được. Gap chỉ có ý nghĩa nếu: - 1 aa bị mất hay chèn vô, tức là trên trình tự ta thấy thiếu hẳn 3 nu hay thừa ra 3 nu. - những trường hợp gap là 1 nu, thì điều đầu tiên cần làm là đi kiểm tra lại việc đọc trình tự.

- đúng, khi bạn dựa trên tính chất mà nói chuyện. Nghĩa là tất cả trình tự (ví dụ 10 trình tư) đều có độ dài như nhau (ví dụ 1088 nu), nhưng ở vị trí 24 tất cả 9 trình tự là chữ C, chỉ có một trình tự là chữ G; ở vị trí 250 ta thấy 4 trình tự là chữ G, 3 trình tự chữ T và 3 trình tự còn lại là chữ A. Trong bất kỳ trường hợp nào thấy sự khác lạ về nu, điều đầu tiên phải làm là mở kết quả đọc trình tự ra mà coi lại, chỉ khi nào coi thật kỹ, thấy quả thật nó là chữ G (ví dụ đầu tiên) thì ta mới mạnh dạn đóng dấu, đúng đây là chữ G còn mấy trình tự khác là chữ C.

04- Trình tự mà bạn định phân tích là lấy từ đâu, nếu là từ gene bank, bạn cho tui số accession number; nếu là bạn tự đọc, tui có thể khẳng định bạn chưa biết cách hiệu chỉnh trình tự. Còn nguyên tắc hiệu chỉnh tui mới chỉ ở trên rồi đó.

05- Để khỏi lôi thôi rắc rối bạn vui lòng cho biết những quy trình mà bạn định thực hiện để lập cây tiến hóa tức là đầu tiên bạn làm gì kế đến ra sau và cuối cùng thế nào. Vì tui e là bạn chưa nắm được quy trình quy tắc lập cây tiến hóa, tui cứ nghĩ bạn biết rồi nhưng có khi bạn chưa biết gì cả. Hay ngược lại tui làm theo quy trình của tui còn bạn lại làm theo quy trình của bạn, ông nói gà bà nói vịt chẳng ai hiểu ai.

 

[Cao Xuân Hiếu]

02. khi hiệu chỉnh trình tự phải nhớ 1 nguyên tắc là:
ai có, mà tui kô có, có thể tui thiếu
kô ai có chỉ mình tui có, vậy là tui thừa

Trong cả hai trường hợp thiếu hay thừa, việc hiệu chỉnh trình tự kô phải là đưa 1 cái gap vô mà công việc phải làm là coi lại kết quả đọc trình tự. Coi lại đọc trình tự tức là mở kết quả đọc trình tự ra, coi cái điểm ta nghi ngờ là cái gì.

ví dụ thừa 1 nu, rất có thể là do trên vạch trình tự chỉ có 3 nu mà nó đánh dấu đến 4 nu, vậy ta phải xóa đi 1 nu

thiếu 1 nu, tức là trên vạch trình tự rõ ràng có 5 trình tự mà nó đánh dấu chỉ có 4, vậy ta phải tự động thêm 1 nu vô đúng vị trí.

cách sửa kiểu này dễ bỏ sót đột biến mới. Vùng lặp đơn Nu khoảng từ 3,4 hoặc 5 nu dễ làm máy sequencer nhận thừa hoặc thiếu 1 peak. Để hiệu chỉnh thì phải mở peaks bằng phần mềm chuyên dụng của sequencer chưa hề tiến hành align. Sau đó thì chỉ align các trình tự của được đọc từ 1 mẫu (từ 2 đầu hoặc từ các lần lặp lại khác nhau) để phán xét. Ưu tiên kết quả trình tự gần primer hơn. Nếu vùng nghi ngờ nằm ở giữa 2 primer phải subclone hoặc đọc từ 2 primer gần hơn.

Sau khi tất cả cái này rồi thì mới tiến hành align với các trình tự thuộc mẫu khác trong nghiên cứu và sau đó mới là mẫu trên NCBI. Khi đó bạn có thể loại bỏ được cả khả năng những kết quả submit trên NCBI ko đáng tin cậy. Xin đừng sửa vào trình tự trên NCBI.

- bạn đừng bao giờ đưa 1 trình tự mà bạn đã vất vả đọc được cho người nào đó để nhờ người ta lập cây tiến hóa, nên nhớ "giang hồ hiểm ác, lòng người khó lường". Nếu ai đó có tà ý, họ đem trình tự của bạn đăng ký lên GenBank, thế là bạn mất toi công sức để người khác hưởng. Đây là điều cơ bản của người làm phylogeny phải nhớ.

bác đã gặp trường hợp nào như thế hoặc được "nghe kể" về chuyện như thế này chưa? xảy ra ở VN hay trên TG?

 

[Trần Hoàng Dũng]

- cách chỉnh sửa nu thi tôi đã chỉ rồi, mở trình tự gốc ra, tức là kết quả đọc trình tự mà coi lại, peak hay hình ảnh gì gì đó tùy theo cách đọc. Tui kô biết người khác thế nào, nhưng những trình tự gần primer (từ 200 đổ lại) rất dễ cho kết quả sai lạc) chính vì thế các trình tự đưa vào phân tích thường ngằn hơn trình tự full-leght của gene ví dụ gene dài 1400 thì lấy chừng 1100, bỏ 300 nu tức 150 nu đầu.

Đột biến điểm làm mất hay thừa nu chỉ dùng cho ribosomal, còn với những gene khác việc thừa hay mất nu là điều cực kỳ thận trọng. Đột biến làm biến đổi nu dễ chấp nhận và đôi khi bỏ qua, chứ độtt biến làm mất hay thừa nu dưa lên aligment là thấy liền.


- tui chẳng cần nghe hay thấy trường hợp nào ở Vn hay trên TG nhưng boss tui khuyến cáo như thế và tui ngẫm nghĩ chuyện mình dại dột đưa trình tự cho người ta phân tích đúng là ... NGU.

 

[Luyện Quốc Hải]

Chào các bác!!
Em xin phép có một số ý kiến sau:
- Về xử lý trình tự từ Peak trên máy đọc trình tự là đúng rồi. Cách thức tiến hành đúng như các Bác nói. Em đã làm rồi và khẳng định trình tự Em đưa ra là đúng. Do đó Bác LOXON cứ làm trên các trình tự đó mà không phải lăn tăn gì về TRÌNH TỰ ĐÚNG HAY SAI. Em chỉ muốn học hỏi cách bác tiến hành xây dựng cây phân loại dựa trên trình tự gene mà thôi.
- Về quy trình lập cây tiến hóa. Em xin trình bày (theo những kiến thức Em biết):
+ Xử lý trình tự cần phân loại cho thật chính xác (chromas, BioEdit, CluxtalX, DNAClub...)
+ Search trên Blast or Fasta để xem trình tự mình đọc có đúng như mình mong muốn hay kô.
+ Tìm kiếm các trình tự có độ tương đồng cao với trình tự của mình nghiên cứu.
+ So sánh các trình tự đó với trình tự NGHIÊN CỨU và kiểm tra lại các vị trí có sự sai khác (xem lai các PEAK đó)
+ Dùng DNAstar aglin để xây dựng cây phân loại, so sánh với các cây phân loại được lập từ các chương trình khác như: CluxtalX, GeneBee....
(Nhưng có điều các chương trình này không cho giá trị BootStrap (hay có thể Em ko biết cách truy xuất ra?????
Vậy đó, nhờ các bác chỉ bảo thêm.
THANKS

 

[Trần Hoàng Dũng]

Chào các bác!!
Em xin phép có một số ý kiến sau:
- Về xử lý trình tự từ Peak trên máy đọc trình tự là đúng rồi. Cách thức tiến hành đúng như các Bác nói. Em đã làm rồi và khẳng định trình tự Em đưa ra là đúng. Do đó Bác LOXON cứ làm trên các trình tự đó mà không phải lăn tăn gì về TRÌNH TỰ ĐÚNG HAY SAI. Em chỉ muốn học hỏi cách bác tiến hành xây dựng cây phân loại dựa trên trình tự gene mà thôi.
- Về quy trình lập cây tiến hóa. Em xin trình bày (theo những kiến thức Em biết):
+ Xử lý trình tự cần phân loại cho thật chính xác (chromas, BioEdit, CluxtalX, DNAClub...)
+ Search trên Blast or Fasta để xem trình tự mình đọc có đúng như mình mong muốn hay kô.
+ Tìm kiếm các trình tự có độ tương đồng cao với trình tự của mình nghiên cứu.
+ So sánh các trình tự đó với trình tự NGHIÊN CỨU và kiểm tra lại các vị trí có sự sai khác (xem lai các PEAK đó)
+ Dùng DNAstar aglin để xây dựng cây phân loại, so sánh với các cây phân loại được lập từ các chương trình khác như: CluxtalX, GeneBee....
(Nhưng có điều các chương trình này không cho giá trị BootStrap (hay có thể Em ko biết cách truy xuất ra?????
Vậy đó, nhờ các bác chỉ bảo thêm.
THANKS

01- Trước tiên tui thành thật xin lỗi bạn, đúng là tui dùng BLAST thì thấy những trình tự của bạn đưa cho tui đã có sẵn trên đó. Điều này chứng tỏ trình tự bạn đưa không sai. Chỉ có tui là hồ đồ. Quả thật nó là ribosomal mới xảy ra cái trường hợp này.Thành thật xin lỗi.

02- Tui kô có thời gian kiểm tra hết, nhưng qua chạy trình tự thứ 2-3-4 mà bạn đưa kết quả cho thấy đã có sẵn trình tự trên gene bank giống 100% với trình tự 2-3-4 của bạn, điều này cho tui 2 thắc mắc


- bạn có dùng BLAST như tôi để kiểm tra kết quả của bạn chưa và bạn nghĩ gì khi trình tự kết quả của bạn làm giống 100% với trình tự có sẵn, Khi hai trình tự giống nhau 100%, khả năng đây là cùng 1 trình tự tức là bạn lặp lại công việc của người khác. Như vậy trình tự của bạn khi submit lên GenBank sẽ kô được chấp nhập.

- kết quả cây tiến hóa có khả năng sẽ giống với 1 kết quả đã công bố, tui đính kèm bài báo cho bạn đọc. Giả sử kết quả của bạn và kết quả đã công bố cũng i chang nhau thì chuyện gì sẽ xảy ra cho project của bạn???

AUTHORS Grzebyk,D., Sako,Y. and Berland,B.
TITLE Phylogenetic analysis of nine species of Prorocentrum (Dinophyceae)
inferred from 18S ribosomal DNA sequences, morphological
comparisons and description of Prorocentrum panamensis sp. nov
JOURNAL J. Phycol. 34, 1055-1068 (1998)

03- Thứ 2 tui sẽ lập cây tiến hóa cho bạn

 

[Luyện Quốc Hải]

Xin chào bác LOXON!
- Bác yên tâm đi, Em đã dùng Blast rùi.
- Về vấn đề trình tự giống 100%: OK, đúng rùi, điều này có thể lắm chứ (mà thực tế như bác thấy). Vì đây là phân loại phân tử, có những lòai ở VN phân loại bằng hình thái, nhưng muốn kiểm tra lại bằng SHPT, do đó khi phân tích bằng 18S thì có thể trình tự mình sẽ giống 100% với 1 trình tự nào đó trên Genebank (và cũng nhờ đó mà mình xác định, trình tự thu đựoc có chính xác không, và giúp ích cho việc phân loại mẫu mình đang phân tích, Em muốn xem mẫu Em phân tích là LOAI GÌ mà). Vấn đề sẽ "Đụng hàng" không quan trọng trong trường hợp này.
- Em cũng chân thành cảm ơn bác về bài báo bác gửi kèm. Bài này Em chỉ có ở dạng PHOTO, hơi mờ, khó đọc, Vì Em ko thể download từ mạng xuống bài này được. May quá Bác lại cho Em.
(Tiện đây cho Em hỏi nhỏ: thỉnh thoảng bác có thể load cho Em 1 số tài liệu không free được ko???
- Vậy thứ 2 bác giúp Em nhé. Bác chú ý giúp Em là Càng Chi tiết càng tốt, bác có thể upload lên đây cách làm và cách phân tích cho mọi người học hỏi luôn (nhưng có điều phải dấu cho Em các trình tự Em đưa cho Bác).
THANKS

 

[Luyện Quốc Hải]

Sao chẳng thấy Loxon trả lời vậy ta????

 

[Trần Hoàng Dũng]

sorry bạn vì lab tui có 3 cái máy MAC dùng để chạy PAUP, mà tuần này có 2 đứa SV nó thực tập cái Phylogeny này nên tui được rãh rỗi ... đi tới đi lui kô sờ vô máy tính được. thư 7 và Cn chúng nghỉ, tui sẽ vô làm cho bạn nhé, thành thật sorry.

tài lệu Phylogeny tui sẽ thu thập cho bạn và gửi luôn

 

[Luyện Quốc Hải]

Hi, Vậy phải cảm ơn Bác rùi. Bác tìm giúp Em các tài liệu mà bác dịch ra bài của Bác đó. Bác có biết trên Net có Website nào cho dung PAUP online ko??
Bác nhớ khi làm cho Em thì chỉ bảo Em cẩn thận nhé, để Em học hỏi, vi dụ Giá trị Bootstrap, cây unroot....
THANKS

 

[Trần Hoàng Dũng]

Những  bước cơ bản tui làm cây tiến hóa cho bạn

01- Dùng SeaView, một phần mềm đơn giản để quan sát và aligment trình tự. Đưa hết 10 trình tự của bạn vô, tên tuổi kiểm tra đầy đủ, sắp xếp chúng cho đẹp đẽ.

02- chọn tòan bộ khối dữ liệu (khỏang 1000 nu) để phân tích vì có nhiều trường hợp người ta chỉ chọn khối dữ liệu ít hơn.

03- Save khối lự liệu dưới địng dạng NEXUS, nếu kô PAUP sẽ kô thèm nhận diện.

04- Mở Paup ra, nó sẽ tự động hiện cửa sổ, khi đó chọn File tương ứng mà SeaView đã xuất dữ liệu. Xong nhất Execute. Khối lữ liệu tự động chạy vô, nó còn tính tóan lung tung này nọ về số lượng, tỷ lệ A T G C

05- Cây tiến hóa theo pp Neighbot-Joining (NJ)

- chọn ANALYSIS rồi  DISTANCE, xong lại
-Chọn ANALYSIS - rồi Neighbor-Joining/UPGMR

Một cửa sổ hiện lên, thường các thông số đã chọn sẵn rồi, ta chỉ việc nhấn OK

Chờ chùng vài giây, kết quả hiện ra.

- Chọn Trees, rồi Print trees
- Trong này cũng vậy nhều thông số đã chọn sẵn, ta kô cần edit làm gì, chỉ có 1 cái rất quan trọng là chọn Outgroup bằng cách chọn tiếp trong này cái buton Rooting, theo đó 1 cửa sổ nữa hiện ra, bạn sẽ chọn những lòai nào để làm outgroup, rất dễ. Xong OK. Bạn chỉ cần rooting 1 lần, còn những lần phân tích sau nó sẽ tự nhớ.
- Xong, cửa sổ Print Trees sẽ xuất hiện lại. lúc này nhấn Preview, cây tiến hóa của  bạn sẽ hiện ra. Chọn save as hay gì gì đó để lưu, nhớ ghi chí cẩn thận kẻo lộn. Ví dụ tui ghi NJ_nobootstrap tức là PP neighbour joining mà kô có bootstrap value.

06- Phân tích bootstrap

- chọn ANALYSIS, rồi BOOTSTRAP/JACKKNIFE
một cửa sổ mới hiện ra, mà thường thì mặc địng rồi, tui cũng kô táy máy tay chân làm gì. Chỉ việc gọi CONTINUE là xong.

-Phần xuất hình ảnh cây tiến hóa có bootstrap value hơi khác ở trên 1 chút.
Chọn TREES; rồi Print Bootstrap Consensus, và tiếp theo là 1 cửa sổ, cái cửa sổ này ta gặp rồi, kô cần rooting, chỉ việc nhấn Preview là ok

 

[Trần Hoàng Dũng]

sorry, nhờ admin chỉnh lại kích thước hình, bự quá

Quên nữa, tui chẳng biết bạn định chọn thằng nào làm outgroup, nên tui chọn dùm bạn thằng Ps3 và Pro1 gì đó.

Lập cây tiến hóa bằng pp Parsimony

Chọn Analyis, xong PARSIMONY
CHọn Aalysis rồi HEURISTIC SEARCH

Mọi thứ cũng default rồi, chỉ việc chọn Search

Bước xuất cây dữ liệu và tính bootstrap value tương tự như cho NJ

 

[Trần Hoàng Dũng]

xong 2 phân tích trên, đến cái cuối cùng là Maximony Likelihood

Hơi phức tạp 1 chút

- chọn mô hình tiến hóa cao nhất là GTR tức General-Time Reversible, mô hình này cho phép sự hồi biến xảy ra vì thế mà nó được chấp nhận rộng rãi nhất cũng như tính tóan lâu nhất.

- rồi cũng chọn ANALYSIS tương tự như 2 phần trên
- tính bootstrap value với 100 lần lặp lại
- xuất 2 cái cây này

 

[Trần Hoàng Dũng]

xong rồi thì in mấy cái hình này ra ngắm ngó nghía nó cho sướng mắt

01-Mở Illustrator hay bất kỳ phần mềm xử lý đồ họa nào

02- Gọi thằng ML_Noboostrap ra

03- Chỉnh sửa tên lại cho đúng format, cái nào nghiêng ngửa gì đó

04- Đưa hai giá trị bootstrap của NJ và Par vào, kô cần xài giá trị bootstrap value của ML

Như vậy thực tế ta chỉ cần 3 kết quả: ML_no bootstrap; NJ_bootstrap và Par_bootstrap

Dùng kết quả ML_nobootstrap để biện luận còn dùng 2 giá trị bootstrap kia để support.

Cơ bản là vậy còn mà sâu hơn thì ... chắc chưa cần.

 

[Luyện Quốc Hải]

Thân chào bác Loxon
Cảm ơn anh nhiều lắm, Em đang xem và sẽ thảo luận với anh sau. Có vấn đề là: Sao anh ko chọn thằng Peridinium sp làm Outgroup?? Vì khi anh search thì thấy nó sẽ hơi khác biệt với các thằng khác. Việc anh chọn sai Outgroup chắc sẽ ảnh hưởng đến KQ đúng ko?? Từ đây Em muốn hỏi là: việc chọn sai nhóm Outgroup sẽ có ảnh hưởng gì đến phân tích???
Anh và mọi người có biết ở VIỆT NAM có chỗ nào sài PAUP ko????
Em cũng sẽ thường xuyên đặt câu hỏi rất thực tế, xem như là một đóng góp nho nhỏ để mọi người trao đổi thông tin dễ dàng hơn vì Em thấy các Bác đang muốn SHVN phát triển và sôi nổi hơn.
Thân chào Bác.