Hướng dẫn xây dựng cây phân loài từ trình tự 18S rDNA ở thực vật

[Trần Hoàng Dũng]

01- chọn outgroup chỉ là để lập cái root cho chính xác chứ còn kô ảnh hưởng đến kết quả phân tích.

02- Tui sẽ làm lại theo cái outgroup này cho bạn.

03- Tui kô biết ở Vn có xài paup kô, nên kô trả lời được.

 

[Cao Xuân Hiếu]

1. sau khi dựng được 4 cái cây đấy. Bác có nhận xét gì?? cây nào có tính đại diện cao nhất
2. làm ML trên PAUP (chắc là PAUP 4) thường chỉ ra 1 cây thôi àh?
3. theo tôi biết thì việc chọn outgroup sẽ ảnh hưởng đến quy trình align ở cả thuật toán MP và ML. Vậy anh thử làm lại mấy cái cây với outgroup mới xem có khác nhau gì ko?
4. theo anh cái chốt yếu của việc dựng cây là gì? tại nếu làm như thế này chắc cũng ko mất quá 2h (ko biết trên PAUP 4 thì ML chắc cũng ko đến nỗi phải chạy qua đêm) và vài step defaut.
5. Làm thế nào để xác định khoảng cách / thời gian tiến hóa giữa các loài ? Sau đơn vị tính của các cây của anh lại là substitutions / changes chứ ko phải là khoảng cách di truyền hay thời gian (bao nhiêu năm?)

 

[Trần Hoàng Dũng]

01- Tính 3 cây, cây Maximum Likilihood là cây có tính đại diện cao nhất và dùng nó biện luận, NJ và Par chỉ dùng để lấy giá trị bootstrap.

02- giữa 3 cây này ít khi cho cùng kết quả, nhưng do ML có thuật tóan hơn hẳn hai pp kia nên nó được dùng.

Việc nhận xét cây kô dám nói vì phải người hiểu về lòai đang là mới dám phát biểu.

03- Trước khi rooted cái cây thì quá trình phân tích đã diễn ra rồi, nó cho ra cây unrooted trước tiên. Ví dụ như bản đồ thành phố nhìn từ trên cao xuống là cái cây unrooted đấy. Ta rooting tức là chấm 1 điểm làm trung tâm, ví dụ ở SG có người thích chọn Nhà thờ Đức Bà có người chọn UBND thành phố hay Nhà hát Lớn làm trung tâm, nhưng thế kết quả kô hề sai. Cái sai khi chọn outgroup có thể có là long branch artifact.

04- Do tui tính có 100 lần lặp lại nên thời gian chỉ mất chừng vài phút, tăng số lần lặp lại lên 1000 lần có thể tăng thời gian, ngòai ra nếu chạy thêm những advanced test khác thì qua đêm là chuyện thường ngày.

05- thời gian tiến hóa các lòai kô tính theo năm mà khỏang cách tiến hóa giữa các lòai tính theo đơn vị subsitution/changes. Vì ví dụ thế này, người mất 15 năm để trưởng thành, chó mất 2 năm, tảo mất vài tiếng ... thời gian sinh trưởng thế hệ khác biệt dẫn đến thời gian tiến hóa khác biệt (đồng hồ sinh học). Ta biết đồng hồ sinh học của chó và người nên có thể chuyển đổi qua lại, thế còn vi khuẩn, tảo , thực vật khác ... kô ai rãnh mà chuyển đổi kiểu đó.

06- Việc dựng cây tiến hóa, chu dù mất 3 phút hay 3 ngày chỉ là kết quả sơ lược. Sau đó cái phải làm là phân tích sâu hơn ví dụ tốc độ tiến hóa riêng rẽ từng nu, codon sử dụng, thrid codon và hằm bà lằng khác. Cũng như ta nuôi tách DNA, chạy PCR thấy có kết quả, chỉ là kết quả thô, còn sau đó ta làm thêm những việc khác nữa với DNA của mình hay của PCR products nữa chứ.

Chứ nếu chỉ chạy ra cây tiến hóa rồi công bố thì lab lab làm phylogeny người người là phylogenist mất rồi. Tui chỉ học 1,5 năm để biết đại cương về nó, sau đó ngưng vì sếp bảo đào tạo 1 đứa vững vàng Phylogeny mất 5-10 năm, ổng kô đủ sức nuôi tui. lab tui có 2 postdocts, 7 năm rồi đấy, bây giờ mới tự do tung hòanh.

 

[Luyện Quốc Hải]

Chao các Bác.
Mấy hôm nay bận quá, không vào thăm SHVN được, cứ thấy thiếu thiếu điều gì đó. híc
Nói như Bác Loxon thì Em thấy ở việt Nam chán quá, nước ngòai họ hoc 5-10 năm về phylogeny. Như tụi Em chỉ biết giải trình tự và alignment, lập một cây tiến hóa sơ sài rùi kết luận. Quả là các Bác được học ở nước ngòai có khác.
Bác vietbio thì Em biết đang ở ĐỨC đi theo DE, còn bác Lonxon thì đang ở nước nào vậy???? Kiến thức bác rộng qua, Em theo ko kịp.
Bác lập lại với outgroup là Perinidium đi nhé, Em xem là nó sẽ phân bố trên cây thế nào.
Thân chào các Bác

 

[Trần Hoàng Dũng]

ok, tui sẽ cố gắng vì mấy hôm nay anh bạn lab tui đang xài máy để chạy phân tích, cả tuần rồi chưa xong. Nghe đâu sẽ đăng Nature kỳ này

- ở SHVN ít nhất có một chục vị đang ở nước ngòai nên họ thấy điều tôi nói kô sai. Họ phải tập lật, tập bò rồi đứng, xong đi và chạy. Ở VN ta thích "đi tắt đón đầu" mà? Xin miễn bình luận nữa, chán lắm rồi.

- Kiến thức tui chỉ lõm bõm thôi kô bằng các cao nhân ở SHVN đâu. Tui biết gì thì nói đó, kô dám nói thêm.

 

[Luyện Quốc Hải]

Hic, Em "đói kiến thức" của bác Loxon quá đi.
?Xin lỗi anh Loxon, hình như anh cũng có một số phần mềm xây dựng cây phát sinh chủng loại mà anh Post bên tinsinhhoc.org thì phải, bác có thể share cho Em được ko? Em chỉ dùng Win thôi. Địa chỉ của EM: lqhai03@yahoo.com
?Mà sao ?bên ấy Em đã liên hệ với anh Lê Sỹ Vinh rồi mà vẫn chưa được phép đăng ký làm thành viên tinsinhhoc.org vậy ta????
?BYE

 

[Trần Hoàng Dũng]

Lê Sỹ Vinh đang ngồi viết đề tài, nên chắc hắn bế quan luyện công rồi, để tui phone hay YH cho hắn xem sao. Đừng có hối tui (mặc dù kô hối nhiều khi tui kô làm ) tui ăn nhậu xong sẽ load tài liệu cho bạn.  Mấy cái phần mềm đó là của LSV, tui sẽ nói hắn chuyển cho bạn.

 

[Luyện Quốc Hải]

Hi, vậy thì phải cảm ơn bác nhiều. Chúc bác công tác tốt.

 

[Luyện Quốc Hải]

Hi, sao bác Loxon không trả lời tiếp topic này???? Bác quên rồi a???
?Em gửi vao mail cho bác một nội dung Em muốn nhờ bác RA TAY hộ, ở VN chẳng có chổ nào làm được ca
HIC
THANKS. LET'S open your mail

 

[Trần Hoàng Dũng]

hộp mail nào vậy???

 

[Luyện Quốc Hải]

Em gửi tin nhắn bằng việc gửi tin trong diễn đàn này nè

 

[Luyện Quốc Hải]

chào anh!
Em muốn nhờ anh lập hộ cây chủng loại phát sinh, Em đã dùng thằng MEGA3 để lập được cây NJ, cây MP với các giá trị Bootstrap (tiện đây anh giải thích khi nào thì dùng các thuộc tính: ?Max-mini Branch and bound ?Kimura 2-parameter,p-distance
; Gaps/Missing Data : Use all sites ;Gaps/Missing Data : Complete Deletion _)))))
?Còn ML như anh hướng dẫn thì em ko có phần mềm nào làm được. Phần cuối Em sẽ đưa cho anh tất cả các trình tự mà Em cần anh thiết lập cây phân loại
?Sau đây Em muốn hỏi anh về một số vấn đề Em thắc mắc khi làm NJ va MP
- Hai trình tự P.sp1 va P.mexicanum giống nhau 100% sao Em làm bằng MP thì nó bị Tách ra và chèn vào giữa là thằng P.micans????? và giá trị Bootstrap lại rất thấp (19), không hiểu được nữa????
- Khi mà giá trị Bootstrap thấp thì sự phân nhánh không được tin cậy lắm a/????????
- Giá trị bootstrap là bao nhiêu để độ tin cậy là 95% (hình như là 70????), là bao nhiêu để gọi là có thể chấp nhận đựoc???
- Hình như ở Mega3, nếu số trình tự của mình cần lập cây bằng MP lớn hơn 20 trình tự thì Nó sẽ làm không chính xác, phải ko??????? Vì Em làm đến gần 30 trình tự


Về lập cây ML: anh chú ý mấy điều sau đây:
- >Peridinium.sp. là nhóm ngoại cho các lòai Prorocentrum
- >Pyrocystis.noctiluca là nhóm ngoại cho các lòai Alexandrium
-Noctiluca.scintillans ; Sarcocystis.muris ?là nhóm ngoại của cả hai chi Prorocentrum va Alexandrium
* Quan trọng: P.sp1 giống 100% với P.mexicanum, và cũng gần với Prorocentrum sp3 nên Em muốn chúng nằm trong cùng một nhóm. Nhóm này lại gần với Prorocentrum Micans.
? ? Còn mấy thằng Alexandrium thi Em thấy MP cũng khá chính xác rồi (A. spC va A. sp16 rất gần với A. affine)
?Còn vấn đề bootstrap nữa, sao các giá trị của nó thấp quá ví dụ như ở P. sp31 va P.mexicanum giống nhau 100% mà nó chỉ có giá trị 19?????

 

[Luyện Quốc Hải]

chào anh!
Em muốn nhờ anh lập hộ cây chủng loại phát sinh, Em đã dùng thằng MEGA3 để lập được cây NJ, cây MP với các giá trị Bootstrap (tiện đây anh giải thích khi nào thì dùng các thuộc tính: ?Max-mini Branch and bound ?Kimura 2-parameter,p-distance
; Gaps/Missing Data : Use all sites ;Gaps/Missing Data : Complete Deletion _)))))
?Còn ML như anh hướng dẫn thì em ko có phần mềm nào làm được. Phần cuối Em sẽ đưa cho anh tất cả các trình tự mà Em cần anh thiết lập cây phân loại
?Sau đây Em muốn hỏi anh về một số vấn đề Em thắc mắc khi làm NJ va MP
- Hai trình tự P.sp1 va P.mexicanum giống nhau 100% sao Em làm bằng MP thì nó bị Tách ra và chèn vào giữa là thằng P.micans????? và giá trị Bootstrap lại rất thấp (19), không hiểu được nữa????
- Khi mà giá trị Bootstrap thấp thì sự phân nhánh không được tin cậy lắm a/????????
- Giá trị bootstrap là bao nhiêu để độ tin cậy là 95% (hình như là 70????), là bao nhiêu để gọi là có thể chấp nhận đựoc???
- Hình như ở Mega3, nếu số trình tự của mình cần lập cây bằng MP lớn hơn 20 trình tự thì Nó sẽ làm không chính xác, phải ko??????? Vì Em làm đến gần 30 trình tự


Về lập cây ML: anh chú ý mấy điều sau đây:
- >Peridinium.sp. là nhóm ngoại cho các lòai Prorocentrum
- >Pyrocystis.noctiluca là nhóm ngoại cho các lòai Alexandrium
-Noctiluca.scintillans ; Sarcocystis.muris ?là nhóm ngoại của cả hai chi Prorocentrum va Alexandrium
* Quan trọng: P.sp1 giống 100% với P.mexicanum, và cũng gần với Prorocentrum sp3 nên Em muốn chúng nằm trong cùng một nhóm. Nhóm này lại gần với Prorocentrum Micans.
? ? Còn mấy thằng Alexandrium thi Em thấy MP cũng khá chính xác rồi (A. spC va A. sp16 rất gần với A. affine)
?Còn vấn đề bootstrap nữa, sao các giá trị của nó thấp quá ví dụ như ở P. sp31 va P.mexicanum giống nhau 100% mà nó chỉ có giá trị 19?????

 

[Luyện Quốc Hải]

à Bác có Nick chat ko????
Có gì em sẽ nhắn tin cho bác được nhanh hơn

 

[Luyện Quốc Hải]

Cả địa chỉ yahoo hay gì gì cũng được. Anh giúp Em sớm vì Em đang rất cần để viết tiểu luận cuối ngày mai Em phải nộp rồi (Thứ 2: 8/8)Anh làm gấp cho Em nhé, Em vừa mới biết làm vấn đề này nên nhờ anh hơn muộn, mong anh thông cảm nhé
BYE

 

[Trần Hoàng Dũng]

ok, tui sẽ cố gắng vì đề tài của bạn

 

[Luyện Quốc Hải]

Xong chưa anh loxon?? Em đợi lâu quá, hic ?