Máy thiết kế primer

[Thành viên cũ]

Trời ơi may quá, trước giờ tk mấy thằng này (universal primer & specific primer) toàn tự làm dựa vào KQ alignment của Clustal , gặp được người rồi, help me please !!! bác giangipk ới ời !!!

phần mềm để làm thì chẳng có đâu, bạn thiết kế universal hay specific đều phải dựa chính vào database. Bạn thử tìm kiếm xem có cái database nào rành riêng cho 16S thì biết ngay nó thường dùng primer gì? Cách khác là bạn vào viện CNSH hỏi phòng VSV đất hoặc tìm bất kỳ bài báo, luận văn nào liên quan đến 16S thì đều dựa vào 1 cặp primer, mà theo tớ biết thì chưa có con eubacteria nào thoát được.

thường các database hiện giờ đều có hỗ trợ công cụ blast hay clustal trực tuyến nên chẳng cần dl về làm gì cho mệt. Cứ để đấy qua đêm mai xem kết quả Chúc may mắn nhé.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

troi dat, may nguoi chang co kinh nghiem gi ve thiet ke moi ca, toan viet linh tinh. anyway, neu ai co bat cu van de gi cu the ve thiet ke moi co the pót len trao doi cung to, vi to da thiet ke hon 1000 cap moi va chay no trong 1 nam vua roi nen co kha nhieu bai hoc. va cuoi cung to duoc bon operon tang 1 con chuot vi da order nhieu tien nhat trong nam

Dám chắc bác này làm trong mấy công ty vật tư hóa chất, chuyên mua bán biếu tặng primer quá.

phần mềm để làm thì chẳng có đâu, bạn thiết kế universal hay specific đều phải dựa chính vào database. Bạn thử tìm kiếm xem có cái database nào rành riêng cho 16S thì biết ngay nó thường dùng primer gì? Cách khác là bạn vào viện CNSH hỏi phòng VSV đất hoặc tìm bất kỳ bài báo, luận văn nào liên quan đến 16S thì đều dựa vào 1 cặp primer, mà theo tớ biết thì chưa có con eubacteria nào thoát được.

Chắc hơn 1000 primers của bác trong năm qua không có cặp nào dành cho 16S à, có thì chỉ luôn cho mấy đồng chí link database cái.

 

[Lê Tiến Dũng]

Thiết kế primer nói đơn giản thì cũng đúng, mà nói phức tạp cũng không sai. Thiết kế mồi để làm cloning có các tiêu chí khác với thiết kế mồi để làm đột biến (cái này thiết kế thì không khó mà chạy PCR thì . . . còn tùy, có cái optimize cả tháng không ra). Thiết kế mồi trên một trình tự có sẵn thì khác với thiết kế mồi đê clone 'unknown gene'. Túm lại là tùy từng hoàn cảnh mà phải làm gì cho phù hợp.

Thiết kế mồi để chạy PCR với template là plasmid thì khác mà template là 'whole genome DNA' thì khác.

Có một cặp mồi trông thì 'đẹp', hợp lý thuyết, các 'máy' cho kết quả đẹp, nhưng chưa chắc PCR đã như mong muốn.

Các mớ lý thuyết để tạo cặp mồi chỉ có ý nghĩa chỉ dẫn là 'nên như thế thì hơn' chứ không phải là 'không như thế thì không được'.

Mình đã từng có nhiều cặp mồi hairpin có, dimer có, cross-dimer đôi khi cũng có (vì không có lựa chọn nào khác, nhất là khi bạn làm đột biến điểm) nhưng vẫn phải chạy đến khi thành công PCR. Lúc này việc optimize PCR quan trọng hơn là thiết kế mồi. (đôi khi cũng phải bỏ cuộc vài điểm).

Have funs!

 

[sv_ngheo]

Nói như anh Aigu quá đúng. Có làm thật mới thấy nó khó, chứ cứ ôm mớ lý thuyết thì tất nhiên rồi không nên thế này, không được thế kia.

Cay nhất là những lúc tưởng ngon xơi rồi, hóa ra thử kiểm tra lại khâu thiết kế thì không phải, lại phải design lại, được cái có thêm kinh nghiệm trong design

Quan trọng nhất là khâu tối ưu, dù có hairpin hay dimer mà có chiến thuật tối ưu tốt thì cũng chả sợ. Chạy multiplex mà các primer có Tm hơn kém nhau 5oC, dimer loạn lên mà chiến thuật chạy hợp lý cũng còn chả sợ nữa là .

 

[Hồ Viết Thế]

cần trình tự primer để chẩn đoán nông sản chu

mình đang cần một cặp primer để chẩn đoán bắp (ngô) có bị chuyển gien Bt hay không, ai có giúp mình trình tự với. cám ơn nhiều.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

Bạn thử đọc bài này xem. Chú ý xem phần reference có khi lại tìm được nhiều cái hay.

 

[Vũ Phi Yên]

Hơi ngạc nhiên là các bạn đều nói không có phần mềm để design primers, hay là mình hiểu sai?
Online và miễn phí thì có Primer3, Primo chẳng hạn
http://www.changbioscience.com/primo/index.html
http://fokker.wi.mit.edu/primer3/input.htm
Trả tiền mà khá xịn có Oligo7, không biết có cách nào lấy xài free không.
Mình xài Primer3 cũng thấy quá tốt rồi. Cẩn thận thì sau khi tìm được cặp Primer lại đem BLAST nó 1 cái xem có được đặc hiệu không.