thuật ngữ "Marker" va "probe"

[Trần Hoàng Dũng]

http://www.biology.hcmuns.edu.vn/forum/viewtopic.php?p=475#475

Đăng ký thành viên, vào mục Thắc mắc sinh học. Có câu hỏi là

cháu muốn hỏi thuật ngữ "Marker" va "probe" ý nghĩa là gì trong sinh học phân tử?


và câu trả lời

Marker hay còn gọi là Ladder: tạm dịch là thang chuẩn, đây là tập hợp những đoạn DNA có kích thước xác định và biết trước và dùng làm thang chuẩn để ước lượng kích thước 1 đoạn nucleic acid nào đó trong kỹ thuật điện di.
ví dụ:

Lambda DNA/EcoRI Marker

Marker còn được dùng để chỉ những mồi (primer) trong kỹ thuật PCR, những mồi này cho phép xác định những tính trạng khác nhau của 1 sinh vật xác định

Probe: dùng để chỉ những đọan oligonucleotide dùng trong kỹ thuật lai phân tử, hay như trong kỹ thuật Realtime PCR chẳng hạn

Nói chung còn tùy ngữ cảnh cụ thể và chúng có ý nghĩa khác nhau bạn ạ.

Bần tăng còn thiếu sót gì thì các bác bổ sung nhé.

Có ai giúp hiệu chỉnh câu trả lời trên kô? Cùng tham gia cho vui, ở đây cũng được mà qua đó cũng được. Sorry tui kô muốn và kô thể tham gia trả lời bên đó.

 

[Cao Xuân Hiếu]

tui mới thấy ng ta phân biệt "primer" và "probe" thôi? chúng đều là các oligo nhưng khác nhau về chiều dài. Tuy nhiên ranh giới này ko rõ ràng lắm vì còn có megaprimer , và "probe" chủ yếu ưa dùng trong blot.
Marker thì mang nhiều nghĩa khác nhau tuỳ ngữ cảnh. Những giải thích trên chủ yếu là molecular marker, ladder.

Bổ sung thì nhất thời ko đầy đủ nhưng thấy nhận xét của ông sư cọ này cũng khá đúng. Không biết anh HN có nhận định nào hơn mà chưa thấy đưa ra .

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

tui mới thấy ng ta phân biệt "primer" và "probe" thôi? chúng đều là các oligo nhưng khác nhau về chiều dài. Tuy nhiên ranh giới này ko rõ ràng lắm vì còn có megaprimer , và "probe" chủ yếu ưa dùng trong blot.

Probe không phải lúc nào cũng là oligo. Probe trong microarray là cDNA dài đến 200,300 Nucleotide. Probe trước đây thường được dùng trong trong blot nhưng hiện nay được dùng nhiểu hơn trong FISH, microarray, real-time PCR...
Theo tôi biêt, ý nghĩa của probe (mẫu dò) khác với primer (mồi) ở chỗ primer thường dùng để nhân (khuếch đại) còn probe dùng để xác định (dò) một đoạn nucleotide.

 

[Cao Xuân Hiếu]

thía thì phải định nghĩa cả oligo rồi? bao nhiêu nucleotide? có bao hàm cả deoxiribo- và ribonucleotide ko?

:arrow: đợi google nhé:
muốn nói về microarrray thì phải hỏi Affymetrix .

oligonucleotide (or oligo) :
A short length of single-stranded nucleotides; used as probes on GeneChip® arrays.

nói vậy thôi, probe chắc chắn là oligo. không tin cứ search glossary.

Nhưng cách phân biệt về ý nghĩa của casper thì có vẻ hợp lý đấy. Thực ra đây chỉ là khái niệm nhưng ko có sự phân biệt rõ ràng. Và đa số giới hạn luôn khái niệm primer với phạm vi PCR.
Có ai có ý kiến khác ko nhỉ?

 

[Trần Hoàng Dũng]

Hiểu 1 cách tổng quát nhất:

Để tìm 1 cái lớn lớn người ta dựa vào cái nhỏ nhỏ; để tìm cái nhỏ nhỏ người ta cần dụng cụ chuyên dụng.

cái nhỏ nhỏ chính là marker; còn cái công cụ chuyên dụng chính là probe.

nếu chưa hiểu kỹ, lúc nào có thêm thời gian tôi sẽ giải thích kỹ hơn.

 

[Nguyễn Xuân Hưng]

muốn nói về microarrray thì phải hỏi Affymetrix

Affymetrix đứng đầu về microarray dùng oligo probe còn microarray dùng cDNA probe (dài 500-5000 base, dài vậy chắc không phải là oligo rồi) do Stanford University phát minh đầu tiên và đứng hàng đầu trong việc phát triển nó đến giờ.

Mới đây trong kỹ thuật microarray, người ta còn dùng các phân tử hữu cơ, carbohydrate, poly-, mono- hay oligo- saccharide… để làm mẫu dò. Chúng đều gọi là probe. Vào google search "cDNA probe" (cho vào ngoặc kép hẳn hoi) thấy ra 124.000 kết quả.

Để tìm 1 cái lớn lớn người ta dựa vào cái nhỏ nhỏ; để tìm cái nhỏ nhỏ người ta cần dụng cụ chuyên dụng.

cái nhỏ nhỏ chính là marker; còn cái công cụ chuyên dụng chính là probe.

Định nghĩa hay quá.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Đây là thuật ngữ Primer và Probe và cả DNA microarray.
mới mọi ng tham khảo, bổ sung và hiệu chỉnh giúp


Phần marker thì quá rộng nên chưa viết kịp, mọi ng tham khảo định nghĩa của anh lonxon nhé. Không hiểu thì của IM cho ảnh .

 

[Võ Trang]

Mọi người ơi giúp mình thắc mắc này với: vì sao DNA polymerase phage T4 không cần mồi cũng tổng hợp được DNA, còn DNA polymerase I khi tổng hợp DNA thì phải cần mồi?
cảm ơn mọi người!