Tầm quan trọng của Bioinformatics

[Thành viên cũ]

Thôi, em xin các bác, sao các bác cứ thích cãi nhau vì những chuyện nhỏ nhặt thế nhỉ. Dành thời giờ mà làm việc khác không tốt hơn à?. Tiện đây cho hỏi có bác nào ở đây học lập trình không?, nếu có thì em xin giới thiệu một ngôn ngữ lập trình rất dễ học, đặc biệt phù hợp cho Sinh học, đó là Python. Nếu bác nào quan tâm thì cứ nhắn cho em nhé.

 

[Trần Ngô Định Công]

1/ Đây là vấn đề cũ "sì" rùi aptecheti ạ! . Từ tháng ....Tám lận!

2/ Tới bữa nay em mới đọc thấy bài này. Vấn đề trích dẫn hay không trích dẫn nguyên xi, tôn trọng bản quyền với nội dung nào và có thể sử dụng tự do nội dung nào chỉ mang tính tương đối. Tuy nhiên, em thấy có thể đưa ra tiêu chí như sau có lẽ hợp lí: có quyền sử dụng những nội dung (bao gồm định nghĩa, chứng minhva2 tất tật những vấn đề khác) khi nó đã được đưa vào một quyển sách giáo khoa hay một quyển sách bất kì được bán ra công chúng; còn những nội dung chưa được đưa vào thương mại hay đưa vào một quyển sách, một công cụ giảng dạy mang tính giáo khoa thì ta cần chú ý về vấn đề bản quyền

Nói vậy có gì sai không ạ?

 

[Trần Hoàng Dũng]

không hề, tui viết 1 đoạn miêu tả tính chất hoạt động của 1 gene, và thiên hạ biết rất rõ về gene này, thầy tui vẫn hỏi (text book??). Thế là dù trước đó tui đọc cái thông tin này trên nét, tui cũng phải ráng đi kiếm cuốn sách có viết kỹ lưỡng cái gene này để làm tài liệu tham khảo.

cái gì đã đưa vào sách thì cũng phải cited cuốn sách đó ra; kô có bỏ qua được

 

[Cao Xuân Hiếu]

không hề, tui viết 1 đoạn miêu tả tính chất hoạt động của 1 gene, và thiên hạ biết rất rõ về gene này, thầy tui vẫn hỏi (text book??). Thế là dù trước đó tui đọc cái thông tin này trên nét, tui cũng phải ráng đi kiếm cuốn sách có viết kỹ lưỡng cái gene này để làm tài liệu tham khảo.

cái gì đã đưa vào sách thì cũng phải cited cuốn sách đó ra; kô có bỏ qua được

Tôi đồng ý với những ý kiến của lonxon về IP và citation. Tuy nhiên, các bạn có vấn đề về ý thức tôn trọng đồng nghiệp và bản thân. Tôi thấy các Prof của DE họ bao giờ cũng tôn trọng ý kiến của bất kỳ cá nhân nào cho dù đấy là một SV hay KTV. Mình cần phải học họ ko chỉ kiến thức mà cả văn hóa ứng xử.

Nếu bạn nào thấy tôi nói có vẻ xúc phạm hoặc gì đó gay gắt thì cũng nên hiểu rằng mọi ng mất thời gian ở 4rum cũng chỉ vì muốn 4rum phát triển.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Tôi có đi tham dự mấy cái hội nghị, cứ mỗi lần đưa ra định nghĩa là họ lại cãi nhau. Tại sao thế nhi? Có lẽ đa số họ nghĩ mình đã có một vị trí rất quan trọng trong việc khai hóa cho tầng lớp ngu si như chúng tôi chăng? Do đó cứ bắt bẻ nhau từng lời từng chữ, rất vô bổ và tạo ấn tượng không tốt.
Một điều nữa là forum cũng như email có tính chất hoàn toàn khác với nói chuyện, do đó một lời nói trong này không bị gió thổi bay. Vì vậy xin lưu ý đừng dùng lời nặng châm chích nhau nữa.
cheer!

 

[Lê Sỹ Vinh]

Hi mọi nguời.
Tin sinh học (BI) là một lĩnh vực mới không những ở nước ta mà còn ở cả trên thế giới. Về bản chất tự nhiên của BI còn chưa được xác định một cách rõ ràng cho nên việc đưa ra một định nghĩa chính xác là rất khó. Tức là, định nghĩa một cách cụ thể về BI phụ thuộc vào quan điểm của từng người khác nhau. Ngày xưa, những bác làm toán học thì nói "Bioinformatics = Biology + Mathematics". Quả thật cái cách định nghĩa vừa rồi đọc thấy vênh váo, nhưng trên thực tế nhiều người vẫn nói thế .

Nhưng nhìn chung mọi người thường nói gắn gọn "Bioinformatics = Biology + Informatics". ?
Hiển nhiên đây là một ngành khoa học kết hợp giữa sinh học (chủ yếu là sinh học phân tử (molecular biology) và tin học (chủ yểu là computer science). Rất nhiều người hiểu một cách khái quát đó là việc ứng dụng các thuật toán, các phương pháp phân tích trong xác suất thống kê để phân tích và quản lý những dữ liệu sinh học (chủ yếu là nucleotides/proteins). Tuy nhiên, nghiên cứu của sinh học lại tác động ngược trở lại để giải quyết các bài toán trong tin học, ví dụ như các thuật toán "neural network", "ant system", "immune system" là dự a vào cách mô tả và cơ chế hoạt động ?của một số hệ thống trong sinh học.

Bên cạnh khái niệm Bioinformatics còn có một khái niệm khác là "Computational biology", khái niệm này theo quan điểm ?của mình thì có vẻ hẹp hơn khái niệm Bioinformatics. Tức là không có sự tác động ngược trở lại của sinh học đến tin học.

Kết luận: Mọi người vui vẻ chấp nhận nhiều định nghĩa khác nhau về BI (tất nhiên nếu có ai định nghĩa kiểu "Bioinformatics = Biology + philosophy" thì nên hỏi tại sao người ta định nghĩa thế . Ví dụ thầy Dũng là tiến sỹ về sinh học, mà có khi mọi người vẫn gọi là Ph.D (Doctor of philosophy) .


Thân mến,
Vinh

 

[Lê Sỹ Tùng]

Em tìm thấy trên net một số định nghĩa bằng tiếng anh của Bioinformatics : Các anh chị và các bạn tham khảo xem sao

• [SIZE=-1]
• The analysis of biological information using computers and statistical techniques; the science of developing and utilizing computer databases and ...
  www.ehsc.orst.edu/outreach/glossary.html[/SIZE][SIZE=-1]
• The collection, organization and analysis of large amounts of biological data, using networks of computers and databases.
  www.abc.net.au/science/slab/genome2001/glossary.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The process of developing tools and processes to quantify and collect data to study biological systems logically.
  www.als.net/als101/glossary.asp[/SIZE][SIZE=-1]
• The use of computing tools to manage and analyze genomic and molecular biological data.
  ocg.cancer.gov/resources/glossary.asp[/SIZE][SIZE=-1]
• The study of the inherent structure of biological information and biological systems. It brings together biological data from genome research with the theory and tools of mathematics and computer science.
  science.education.nih.gov/supplements/nih4/technology/other/glossary.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The science of informatics as applied to biological research. Informatics is the management and analysis of data using advanced computing techniques.
  www.genencor.com/wt/gcor/glossary[/SIZE][SIZE=-1]
• the use of computers in solving information problems in the life sciences. It mainly involves the creation of extensive electronic databases on genomes, protein sequences etc. Also involves techniques such as three-dimensional modelling of biomolecules and biological systems.
  www.universityscience.ie/pages/glossary.php[/SIZE][SIZE=-1]
• A broad term to describe applications of computer technology and information science to organize, interpret, and predict biological structure and function. Bioinformatics is ususally applied in the context of analyzing DNA sequence data. ...
  www.plpa.agri.umn.edu/scag1500/definitions.html[/SIZE][SIZE=-1]
• the assembly of data from genomic analysis into accessible forms. It involves the application of information technology to analyze and manage large data sets resulting from gene sequencing or related techniques.
  www.doylefoundation.org/icsu/glossary.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The use of advanced computer technology for biological research.
  www.theworkforcepartnership.com/index.asp[/SIZE][SIZE=-1]
• The field of informatics that deals with protein and nucleic acid sequence data. Bioinformatics includes the development of methods to organize and search databases; to analyze DNA and protein sequence data, and to predict protein structure.
  xray.bmc.uu.se/~kenth/bioinfo/glossary.html[/SIZE][SIZE=-1]
• (bio·in·for·mat·ics) (bi”o-in”for-mat´iks) the organization and use of biological information, particularly computer-driven processing and analysis of data and databases in the fields of molecular biology and genetics.
  www.mercksource.com/pp/us/cns/cns_hl_dorlands.jspzQzpgzEzzSzppdocszSzuszSzcommonzSzdorlandszSzdorlandzSzdmd_b_11zPzhtm[/SIZE][SIZE=-1]
• The science of developing computer software and algorithms to record and analyze biology related data, eg gene, protein, metabolic pathways and active drug ingredients data.
  www.hupo.org/overview/glossary/[/SIZE][SIZE=-1]
• The use of computers to collect, analyze and store genomics information.
  pbi-ibp.nrc-cnrc.gc.ca/en/media/glossary.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The use of computers and electronic databases to collate, organise and analyse large amounts of biological information.
  www.acpfg.com.au/about/glossary.aspx[/SIZE][SIZE=-1]
• bioinformatics describes any use of computers to handle biological information. In practice the definition used by most people is narrower; “bioinformatics” can be a synonym for "computational molecular biology" - the use of computers to characterize the molecular components of living things ...
  www.uark.edu/ua/ricecap/ricecapgloss.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The field of science in which biology, computer science, and information technology merge into a single discipline. ...
  www.epa.gov/comptox/glossary.html[/SIZE][SIZE=-1]
• The science of using computers, databases and math to organize and analyze large amounts of biological, medical and health information. Information may come from many sources, including patient statistics, tissue specimens, genetics research and clinical trials.
  www.mdanderson.org/patients_public/about_cancer/display.cfm[/SIZE][SIZE=-1]
• Description: A scientific discipline that comprises all aspects of the gathering, storing, handling, analysing, interpreting and spreading of biological information. ...
  ec.europa.eu/research/biosociety/library/glossarylist_en.cfm[/SIZE][SIZE=-1]
• The collection and storage of information about genomics in databases.
  www.pub.ac.za/resources/glossary.html[/SIZE][SIZE=-1]
• An interdisciplinary area at the intersection of biological, computer, and information sciences necessary to manage, process, and understand large amounts of data, for instance from the sequencing of the human genome, or from large databases containing information about plants and animals for ...
  www2.isye.gatech.edu/~tg/publications/ecology/eolss/node2.html[/SIZE][SIZE=-1]
• The study of collecting, sorting, and analyzing DNA and protein sequence information using computers and statistical techniques.
  www.bscs.org/onco/glossary.htm[/SIZE][SIZE=-1]
• The use of computers, laboratory robots and software to create, manage and interpret massive sets of complex biological data.
  www.med.umich.edu/genetics/glossary/[/SIZE][SIZE=-1]
• Discipline encompassing the development and utilization of computational facilities to store, analyse and interpret biological data.
  sis.nlm.nih.gov/enviro/iupacglossary/toxicologyglossaryb.html[/SIZE][SIZE=-1]
• the application of information technology to manage and analyze the vast amounts of data generated from biological research.
  www.buildingbiotechnology.com/glossary2.php[/SIZE][SIZE=-1]
• Bioinformatics and computational biology involve the use of techniques including applied mathematics, informatics, statistics, computer science, artificial intelligence, chemistry and biochemistry to solve biological problems usually on the molecular level. ...
  en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics[/SIZE]
  

 

[Võ Ngọc Trí]

Làm ơn nói rõ hơn giùm em về tin sinh học được ko các anh?
EM là sv năm 2 ngành cnsh. Nói thật, em vẫn chưa định hướng được sẽ theo chuyên ngành gì. Em cũng thích tin học, dọc phá thì em biết, chứ không biết lập trình. Các anh có thể cho em biết cụ thể tin sinh học là làm gì? Nó có hay hơn các chuyên ngành sinh học khác ko? Có thể chế tạo được máy phân tích như nước ngoài ko?

 

[viet23ht]

Tin sinh học

Đây là một lĩnh vực khoa học mới, em cần có kiến thức rất sâu về toán xác suất, thống kê, toán cao cấp nói chung, kiến thức về lập trình cũng như kiến thức cơ bản về sinh học, mọi quy luật di truyền của sinh học.
Sau đó viết phần mềm để xử lý các thông tin nhằm rút ngắn thời gian nghiên cứu, tính toán trong sinh học. Thậm chí mô phỏng các quá trình sinh học ...
Ví dụ phần mềm thiết kế mồi, phần mềm so sánh trình tự, giải trình tự, so sánh đoạn lặp, đọc băng vạch điện di ...
Hiện tại bọn anh cần phần mềm tin sinh nhưng đa số phải mua của nước ngoài rất đắt. Một số phần mềm thì có thể tự viết nhưng chỉ là những phần mềm tính toán đơn giản như tính tần suất ,,,
Hy vọng đam mê của em đáp ứng được nhu cầu trong tương lai của nền sinh học nước nhà.

 

[Cao Xuân Hiếu]

Hiện tại bọn anh cần phần mềm tin sinh nhưng đa số phải mua của nước ngoài rất đắt. Một số phần mềm thì có thể tự viết nhưng chỉ là những phần mềm tính toán đơn giản như tính tần suất ,,,
Hy vọng đam mê của em đáp ứng được nhu cầu trong tương lai của nền sinh học nước nhà.

Bạn đã mua phần mềm nào? giá bao nhiêu?

 

[viet23ht]

Phần mềm LIM

Mình sao có đủ tiền mua, PTN của mình trang bị một số phần mềm chuyên dụng của ABI, ngoài ra còn có GelPro nữa, nhưng mà thằng này thì gần như không xài đến.
Ai có thông tin về LIMS hay đã sử dụng thì chia sẻ nhé. Cảm ơn nhiều.

 

[Trịnh Thành Trung]

Mình sao có đủ tiền mua, PTN của mình trang bị một số phần mềm chuyên dụng của ABI, ngoài ra còn có GelPro nữa, nhưng mà thằng này thì gần như không xài đến.
Ai có thông tin về LIM hay đã sử dụng thì chia sẻ nhé. Cảm ơn nhiều.

Đắt gì, cậu chỉ cần 1 cái sequence 400 nu là mua được phần mềm xịn, bản quyền ngay. Bên này, để mua một cái phần mềm xịn đấy thì phải kiếm được 1 cái hợp đồng sequnce cho khoảng 100 mẫu. Tính theo như thế thì mua phần mềm xịn ở chỗ cậu rẻ gấp 100 lần cơ mà.