snoopy_ichi
Junior Member
Xin giúp mình thiết kế primer và probe
Chào các bạn. Mình mới tham gia diễn đàn. Nay mình có 1 thắc mắc xin các bạn giúp đỡ:
Mình đang làm đề tài về Realtime PCR phát hiện vi khuẩn Streptococcus pneumoniae. Nội dung có phần thiết kế primer & probe. Tại nơi mình làm khi pha Realtime PCR mix, thành phần primer và probe đã có sẵn, nhưng ko cho biết trình tự.
Mình mày mò cách thiết kế primer và probe như sau:
1. Lên NCBI tìm Streptococcus pneumoniae, tìm về Nucleotide.
2. Sau đó chọn 1 dòng Streptococcus pneumoniae bất kì, chọn dòng nào có trình tự 16S rRNA.
3. Dán trình tự đó ra. Sau đó dùng phần mềm primer3 www.frodo.wi.mit.edu hoặc www.eu.idtdna.com/PrimerQuest/Home/Index rồi dán trình tự 16S rRNA ra. Phần mềm sẽ thiết kế cho mình primer (với Primer3) hoặc cả Primer lẫn Probe www.eu.idtdna.com/PrimerQuest/Home/Index
4. Nhưng khi trình bày cho GVHD (cũng là sếp nơi mình làm đề tài) GVHD nói là trình tự 16S rRNA khi đưa vào ra sẽ bị Hội đồng bắt bẻ vì trình tự 16S rRNA chưa chắc đặc hiệu cho vi khuẩn mình làm (Streptococcus pneumoniae), khi trình bày sẽ bị hội đồng bắt bẻ. Giờ mình chẳng biết đường nào luôn. Ý là GVHD ko muốn cho trình tự primer và probe (bí mật kinh doanh) nhưng cũng ko chỉ mình cách thiết kế.
Giờ mình muốn thiết kế 1 cách đơn giản primer và probe cho Realtime PCR mix (vì kết quả mình làm tốt hết rồi) để đưa vào bài. Nhờ các bạn hướng dẫn giùm mình hoac email cho mình: sonthanhdinh@gmail.com
PS: vì mình rất dở về SHPT, nên nhờ các bạn hướng dẫn kĩ giúp mình. Cảm ơn các bạn. Chúc mọi người Noel vui vẻ.
Mình chèn các ảnh trình tự các bước mình làm: ảnh từ 1 - 8
Chào các bạn. Mình mới tham gia diễn đàn. Nay mình có 1 thắc mắc xin các bạn giúp đỡ:
Mình đang làm đề tài về Realtime PCR phát hiện vi khuẩn Streptococcus pneumoniae. Nội dung có phần thiết kế primer & probe. Tại nơi mình làm khi pha Realtime PCR mix, thành phần primer và probe đã có sẵn, nhưng ko cho biết trình tự.
Mình mày mò cách thiết kế primer và probe như sau:
1. Lên NCBI tìm Streptococcus pneumoniae, tìm về Nucleotide.
2. Sau đó chọn 1 dòng Streptococcus pneumoniae bất kì, chọn dòng nào có trình tự 16S rRNA.
3. Dán trình tự đó ra. Sau đó dùng phần mềm primer3 www.frodo.wi.mit.edu hoặc www.eu.idtdna.com/PrimerQuest/Home/Index rồi dán trình tự 16S rRNA ra. Phần mềm sẽ thiết kế cho mình primer (với Primer3) hoặc cả Primer lẫn Probe www.eu.idtdna.com/PrimerQuest/Home/Index
4. Nhưng khi trình bày cho GVHD (cũng là sếp nơi mình làm đề tài) GVHD nói là trình tự 16S rRNA khi đưa vào ra sẽ bị Hội đồng bắt bẻ vì trình tự 16S rRNA chưa chắc đặc hiệu cho vi khuẩn mình làm (Streptococcus pneumoniae), khi trình bày sẽ bị hội đồng bắt bẻ. Giờ mình chẳng biết đường nào luôn. Ý là GVHD ko muốn cho trình tự primer và probe (bí mật kinh doanh) nhưng cũng ko chỉ mình cách thiết kế.
Giờ mình muốn thiết kế 1 cách đơn giản primer và probe cho Realtime PCR mix (vì kết quả mình làm tốt hết rồi) để đưa vào bài. Nhờ các bạn hướng dẫn giùm mình hoac email cho mình: sonthanhdinh@gmail.com
PS: vì mình rất dở về SHPT, nên nhờ các bạn hướng dẫn kĩ giúp mình. Cảm ơn các bạn. Chúc mọi người Noel vui vẻ.
Mình chèn các ảnh trình tự các bước mình làm: ảnh từ 1 - 8
Last edited:
