Sổ tay PCR

[Cao Xuân Hiếu]

Tôi đang ghi lại những kinh nghiệm về PCR của mình cũng như tổng kết các tài liệu nhiều luồng, xin giới thiệu và mong muốn nhận được những ý kiến góp ý và xây dựng.

Sổ tay PCR thông dụng

Chúc vui vẻ,

 

[Vũ Hải Chi]

Sổ tay PCR thông dụng
...
Giải pháp tối ưu hóa
>Không có sản phẩm hoặc lượng sản phẩm quá thấp
>>
4.Tinh sạch DNA template bằng chiết phenol, tủa cồn hoặc kit tinh sạch hoặc thôi gel.
...

Với DNA tổng số, bác thôi gel kiểu gì?

 

[Cao Xuân Hiếu]

Sổ tay PCR thông dụng
...
Giải pháp tối ưu hóa
>Không có sản phẩm hoặc lượng sản phẩm quá thấp
>>
4.Tinh sạch DNA template bằng chiết phenol, tủa cồn hoặc kit tinh sạch hoặc thôi gel.
...

Với DNA tổng số, bác thôi gel kiểu gì?

Điện di trên gel agarose thì cắt cái band đậm như cục gạch rồi thôi bằng kit QiAgen. Hoặc điện di trên gel acrylamide thì cắt band ngâm trong H2O 37oC rồi tủa dung dịch bằng Isopropanol.

Thôi gel có thể loại bỏ polysaccharide khi template là DNA genome của nấm. Ngoài ra, khi thôi gel có thể tạo những đứt gãy nhỏ trên DNA genome lớn như từ thực vật, có thể làm nhân được band quan tâm nhất là khi nhân gene 1 copy hoặc nằm gần tâm động. Tương tự, template bằng plasmid thì mở vòng trước sẽ làm tăng hiệu suất PCR.

 

[Vũ Hải Chi]

...Điện di trên gel agarose thì cắt cái band đậm như cục gạch...

1. hình dung: bác cắt được "cục gạch" chứa các đoạn có kích thước 10k trở lên
2. có thể: đoạn ADN của cần nhân thuộc các đoạn < 10k
=> PCR không lên thì sao?

 

[Cao Xuân Hiếu]

...Điện di trên gel agarose thì cắt cái band đậm như cục gạch...

1. hình dung: bác cắt được "cục gạch" chứa các đoạn có kích thước 10k trở lên
2. có thể: đoạn ADN của cần nhân thuộc các đoạn < 10k
=> PCR không lên thì sao?

Có nhầm lẫn gì không hả Chi? DNA genome không digest RE thì làm gì có mấy cái khả năng đó.

 

[Nguyễn Văn Dân]

...Điện di trên gel agarose thì cắt cái band đậm như cục gạch...

1. hình dung: bác cắt được "cục gạch" chứa các đoạn có kích thước 10k trở lên
2. có thể: đoạn ADN của cần nhân thuộc các đoạn < 10k
=> PCR không lên thì sao?

Có nhầm lẫn gì không hả Chi? DNA genome không digest RE thì làm gì có mấy cái khả năng đó.

Hôm nay mới đọc được cái sổ tay này, cám ơn Hiếu nhiều về những kiến thức khá tổng quát mang tính thực nghiệm rất cao. Mình cũng có thắc mắc thế này:
Hiếu có hiểu nhầm ý Chi ?
Hiếu có thể giải thích rõ hơn được không ? Tại sao không có mấy khả năng đó ?

 

[Bùi Văn Huy]

Bác nào có sách về DNA tái tổ hợp thì gửi cho em với. em có sách nuôi cấy mô ai cần thì gửi mail cho em nha. mail : vip_cnsh@yahoo.com.vn

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Bác đọc tạm cuốn này:
Principles of gene manipulation:
http://www.megaupload.com/?d=B71XQNMA

 

[Cao Xuân Hiếu]

Hôm nay mới đọc được cái sổ tay này, cám ơn Hiếu nhiều về những kiến thức khá tổng quát mang tính thực nghiệm rất cao. Mình cũng có thắc mắc thế này:
Hiếu có hiểu nhầm ý Chi ?
Hiếu có thể giải thích rõ hơn được không ? Tại sao không có mấy khả năng đó ?

1. Trong mẫu DNA tổng số có rất nhiều phân tử DNA genome (= số tế bào dùng để tách DNA)

2. Đứt gãy DNA trong quá trình tách chiết DNA hay thôi gel là những đứt gãy ngẫu nhiên (khác hoàn toàn với việc thuỷ phân = RE có trình tự nhận biết đặc hiệu)

Giờ thì bạn hiểu tại sao ko có các trường hợp như Chi đã chia rồi chứ.

Nhân tiện thông tin là sắp tới sẽ xuất bản cuốn "PCR toàn tập" khoảng 500 trang với 10 chương do TS. Quyền Đình Thi (Viện CNSH) viết. Giá bán vào tầm 100.000 vnd.