Sequence analysis

[Nguyễn Ngọc Lương]

Mình gặp một vấn đề nhờ chuyên gia cho lời khuyên.
Mình vừa có được full sequence của 2 genes nhờ degenerate primer PCR và primer walking. Phân tích trình tự bằng blastx tìm thấy gene tương đồng trên genebank. Một trong 2 gene mã hóa cho multidomain protein. Những domain đầu không có vấn đề gì về ORF. Riêng 1 domain nằm giữa tự dưng có 2 stop codon hiện diện.
Liệu có thể có sequencing error hay gì không? Hay phải dùng cách dịch khác để có được domain này.

Có phần mềm nào phân tích tự động exon/intron không nhỉ? Cái genemark mình đã xài nhưng có vẻ không phù hợp với mục đích.

Cám ơn!

 

[Cao Xuân Hiếu]

1. Để biết có phải là sequence error không thì phải nhìn peak. Nếu peak ko rõ thì phải đặt primer vào gần vị trí đó rồi đọc lại từ 2 đầu để confirm.

2. Việc xuất hiện stop codon rất bình thường thôi nếu có lỗi đọc trình tự. Anh cho dịch mã bằng 6 khung đọc khác nhau xem có hiện tượng nhảy khung đọc không? Nếu có thì nhiều khả năng là lỗi đọc trình tự. Tất nhiên là phụ thuộc tiêu chí 1 phía trên.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Nếu dịch khung đọc thì không được vì đây là domain tương đồng với một domain của các protein tương đồng trên genebank.
Tốt nhất là paste cái kết quả cái nhẩy:
Query 2116 SSDYMDMQMRDPEDRAEGITVGAGRAILSNRISHFLNIKGARYDHSLAVHA*PF*LMNSM 2295
+SDY DMQ RDPEDR ITVG GRAI++NR+SHFLNIKG SM
Sbjct 131 ASDYGDMQNRDPEDRPASITVGVGRAIMANRLSHFLNIKGP-----------------SM 173

Query 2296 TIDTACSGSLVSVDVACRYIQTGQIEGAIVAGANLYMSPDQNMDMGPMRTTASASGRCHT 2475
TIDTACSGSLV +DVACRY+Q+ +I+ AI+A +NLY++P+ MD+G + S +G CHT
Sbjct 174 TIDTACSGSLVGLDVACRYLQSREIDSAIIATSNLYLNPEHVMDLGAVGNAHSPTGLCHT 233

Query 2476 FDAKADGYCKSEAINCVILKHLDAALRDGDPIRAVIRGTATNSDGWTPG 2622
FD ADGY K+EA++ +I+K L A+RD DPIRAVIRG+ATNSDG TPG
Sbjct 234 FDIDADGYVKAEAVSSIIVKRLSDAIRDRDPIRAVIRGSATNSDGRTPG 282

 

[Cao Xuân Hiếu]

thực ra dịch nhiều khung đọc là cách (mẹo) nhanh để xác định xem liệu có phải là lỗi đọc trình tự dẫn đến kết quả như vậy. Nếu đúng thì sẽ thấy khung đọc chạy sang 1 khung khác và thậm chí có thể lại sau 1 đoạn lại quay về khung cũ.