Protein domains (modules) thường nằm kế tiếp nhau và không chồng lên nhau. Nhưng có một số trường hợp thì chồng lên nhau (inserted into each other, theo wikipedia). Điều này có đúng không nhỉ?
Cám ơn trước!
Cám ơn trước!
Câu hỏi về Protein domains
- Thread starter Nguyễn Ngọc Lương
- Start date
Có thể xảy ra việc các domain chồng lên nhau bởi vì domain thường là các vùng được gán chức năng trên protein. vd. Các domain tương tác với chất điều hòa (hormone) có thể nằm bên trong 1 domain/modules có chức năng sinh học nhất định. Nhiều domains\modules được gán (annotated) bằng giải thuật nên chỉ quan tâm đến sự tương đồng về trình tự mà không nhất định phải có biên giới giữa các domains.
Vấn đề là nó thế này:
Trong 100% bài báo liên quan, người ta thường minh họa protein có nhiều domain này theo kiểu domain này nằm kế tiếp domain kia theo đầu N terminus đến C terminus. Nhưng annotation của protein đó thì lại có trật tự sắp xếp khác so với hình minh họa. Ngoài ra có 2 domain chồng lên nhau đến trên 95%. Blast cái trình tự này cũng ra 2 cái conserved domain families khác nhau. Như vậy thì chắc là annotation đúng. Nhưng chả hiểu sao đến giờ người ta vẫn minh họa protein này theo kiểu từng domain riêng biệt, và theo trật tự khác với annotation (không phải là ngoại lệ, mà là quy luật luôn).
Protein quan tâm là Polyketide synthase, enyzme phổ biến nhất trong quá trình sinh tổng hợp hợp chất thứ cấp ở nấm và vi khuẩn.
Trong 100% bài báo liên quan, người ta thường minh họa protein có nhiều domain này theo kiểu domain này nằm kế tiếp domain kia theo đầu N terminus đến C terminus. Nhưng annotation của protein đó thì lại có trật tự sắp xếp khác so với hình minh họa. Ngoài ra có 2 domain chồng lên nhau đến trên 95%. Blast cái trình tự này cũng ra 2 cái conserved domain families khác nhau. Như vậy thì chắc là annotation đúng. Nhưng chả hiểu sao đến giờ người ta vẫn minh họa protein này theo kiểu từng domain riêng biệt, và theo trật tự khác với annotation (không phải là ngoại lệ, mà là quy luật luôn).
Protein quan tâm là Polyketide synthase, enyzme phổ biến nhất trong quá trình sinh tổng hợp hợp chất thứ cấp ở nấm và vi khuẩn.
À, hóa ra là nhầm lẫn tên. Mấy cái domain tên nó giống nhau quá, lại nhiều tên gọi nên cứ nhập nhằng. Phải kiếm vài tờ báo đọc mới thống nhất được cái domain đó là cái được minh họa trong hình vẽ. Hic hic!
Để ý bọn Pfam với CDD mỗi thằng nó sẽ có ID riêng. Chú ý ID number hơn là text.
Bạn Lương:
Tôi cũng nghĩ như vậy, bởi vì theo Tôi biết thì mặc dù các enzymes PKS type I có cấu trúc modular nhưng Tôi chưa thấy có "articles" nào "report" là các "conserved domains" bị "overlapped".
Ban dang nghien cuu ve PKS o vi khuan nao vay?
Chuc thanh cong,
David-
Chào anh David. Em đang làm PKS của một loại nấm bệnh. Hóa ra cái PKS này khá dễ ra báo, bởi gần như nó liên quan đến mọi mặt của nấm: chất thứ cấp, virulence, growth...v.v.
Cái hay của chất thứ cấp ở Nấm là tất cả các gene tổng hợp và điều hòa 1 chất thứ cấp nào đó thường cluster, nên tìm ra PKS gene rồi chromosomal walking là tìm luôn được mấy cái gene liên quan khác.
Cái hay của chất thứ cấp ở Nấm là tất cả các gene tổng hợp và điều hòa 1 chất thứ cấp nào đó thường cluster, nên tìm ra PKS gene rồi chromosomal walking là tìm luôn được mấy cái gene liên quan khác.
Similar threads
