What's new

Bioinformatics - Một chuyên ngành không mấy hấp dẫn SV ở VN

Joined
Jul 29, 2004
Messages
45
#21
Lại nói tiếp về Bioinformatics!!!

VanKiemsau said:
To anh Soledad
Phòng thí nghiệm về bioinformatics cần những gì hả anh, theo em nó chỉ đơn thuần là một phòng máy tính với các máy tính kết nối với internet. Còn cac phần mềm thì rất nhiều trên internet và hầu hết là phần mềm miễn phí các anh có thể download về dùng. Còn cơ sở dữ liêu thì có sẵn ở NCBI rồi. Hiện nay chúng ta thiếu là thiều đề tài, thiếu ý đầu tư vào nghiên cứu có liên quan đến việc sử dụng công cụ Bioinformatics thôi ạ.
To VanKiemsau:

Nếu nói một cách "đơn thuần" thì một phòng thí nghiệm về Bioinformatics chỉ là một phòng máy tính với các máy tính kết nối với Internet. Hiểu như vậy là đúng nhưng không trúng, bởi vì như tôi đã nói, trong lĩnh vực Bioinformatics chúng ta sẽ xử dụng các thế mạnh của Tin học để giải quyết các vấn đề của Sinh học. Có rất nhiều phần mềm miễn phí đã được viết ra cho nhiều mục đích khác nhau nhưng những phần mềm đó mới chỉ giải quyết được những vấn đề đơn giản chẳng hạn như so sánh trình tự (BLAST), dịch mã ADN to protein và ngược lại, thiết kế mồi, tìm vị trí cắt của các enzyme giới hạn.... Tuy nhiên, khi phải xử lý các vấn đề khá phức tạp khác như mô phỏng sinh học chẳng hạn thì phải cần đến những phần mềm chuyên dụng (tất nhiên là không thể miễn phí được) và những hệ máy tính có tốc độ xử lý tương đối mạnh để giải quyết.

Ngoài ra, một mảng cũng không kém phần quan trọng trong Bioinformatics đó là xây dựng các database. CSDL của NCBI cũng là một dạng database nhưng đó là một ngân hàng dữ liệu tương đối lớn mà đôi khi chúng ta như "bơi" trong đó. Khi chúng ta nghiên cứu một đối tượng sinh học nào đó, chúng ta cần biết các thông tin về bản thân đối tượng đó chẳng hạn: tên loài xuất xứ, các thông số về hóa-lý, các đặc điểm nhận dạng....tất cả những cái đó là thành phần của một database. Giả sử như bạn đang nghiên cứu về một gen nào đó thì việc tập hợp các nguồn thông tin về nguồn gốc của gen từ các loài khác nhau, đặc điểm của gen đó..vào trong một database sẽ giúp chúng ta dễ dàng lưu trữ cũng như tìm kiếm khi cần thiết. Và chính mục đích này mới thực sự cần thiết khi thiết lập các CSDL trong sinh học.
 
Joined
Sep 16, 2004
Messages
51
#22
Nhân tiện đang cãi nhau mình cho thêm tý dầu cho nó "máu", mình cũng đồng ý với bạn gì đó là bioinformatics chỉ là một cái tool trong nghiên cứu sinh học. Và có 2 nhóm người:
1- Application developers
2- Application users

Hiện mình đang có một số tài liệu về thuật toán liên quan đến việc phát triển tool để làm structure modeling, bạn nào có nhã ý học thì mình guởi cho, mình dl về vì cứ tưởng là dùng đến, nhưng hóa ra là nhầm! ko định chuyển sang nhóm developers!
 
Joined
Oct 28, 2004
Messages
19
#23
Cảm ơn bác aigu đã có lòng hảo tâm cho sánh:
Bác có bao nhiêu electronic material cứ gửi vào đây cho em hê hê( vankiemsau_science@yahoo.com). không cứ gì phai la algorithm, có cái nào bác thấy hay (mà bác cho em được) bac cứ gửi cho em. hê hê.
One again cám ơn bác nhiều.

To bac soledad.
tranh luan voi bac soledad mot chut cho xôm tụ nhỉ:
vậy thì cuối cùng bioinformatics lab bao gồm những thiêt bị, máy móc...gì ạ.

quote: soledad wrote: "khi phải xử lý các vấn đề khá phức tạp khác như mô phỏng sinh học chẳng hạn thì phải cần đến những phần mềm chuyên dụng (tất nhiên là không thể miễn phí được) và những hệ máy tính có tốc độ xử lý tương đối mạnh để giải quyết".

theo thiển nghĩ của em thì các common bioinfor. tools dành cho primer design, DNA hay protein sequence alignments thậm chí cả protein modelling cũng đều có free đấy chứ ạ. (tất nhiên có vô sô các phần mềm dành cho các ứng dụng này, có một vài cái vẫn phải mua nhưng khong co nghĩa là cái phải mua cho kết quả tốt hơn cái free)

Còn việc bác bảo là chạy các phần mềm chuyên dụng này cần computer cấu hình cao thi cái nay chắc phải hỏi ý kiến bác aigu mới co câu tra loi ổn thỏa nhỉ:( Bac aigu oi, neu em chay PDB viewer for protein modelling dung computer (pen II, 200) có được không hả bác?.
em đố bác soledad biết cấu trúc của NCBI như the nao? (hom nay đố bác câu này thôi he he.
 
Joined
Jul 29, 2004
Messages
45
#24
VanKiemsau said:
Cảm ơn bác aigu đã có lòng hảo tâm cho sánh:
To bac soledad.
tranh luan voi bac soledad mot chut cho xôm tụ nhỉ:
vậy thì cuối cùng bioinformatics lab bao gồm những thiêt bị, máy móc...gì ạ.

quote: soledad wrote: "khi phải xử lý các vấn đề khá phức tạp khác như mô phỏng sinh học chẳng hạn thì phải cần đến những phần mềm chuyên dụng (tất nhiên là không thể miễn phí được) và những hệ máy tính có tốc độ xử lý tương đối mạnh để giải quyết".

theo thiển nghĩ của em thì các common bioinfor. tools dành cho primer design, DNA hay protein sequence alignments thậm chí cả protein modelling cũng đều có free đấy chứ ạ. (tất nhiên có vô sô các phần mềm dành cho các ứng dụng này, có một vài cái vẫn phải mua nhưng khong co nghĩa là cái phải mua cho kết quả tốt hơn cái free)

Còn việc bác bảo là chạy các phần mềm chuyên dụng này cần computer cấu hình cao thi cái nay chắc phải hỏi ý kiến bác aigu mới co câu tra loi ổn thỏa nhỉ:( Bac aigu oi, neu em chay PDB viewer for protein modelling dung computer (pen II, 200) có được không hả bác?.
To VanKiemsau:

Rat hoan nghenh ban da co nhung thac mac kha hay ve van de nay va biet dau qua nhung lan trao doi nhu the nay chung ta se hieu them ve nhung khia canh cua Bioinformatics.

Ve cau hoi cua ban, toi se tra loi lan luot tung phan mot:

- neu ban muon biet ro hon ve mot phong thi nghiem Bioinformatics bao gom nhung thiet bi, may moc gi thi ban co the ghe qua Bioinformatics Lab cua Khoa Sinh hoc truong DHKHTN-DHQG tp HCM, cac can bo o day se gioi thieu cho ban ve khia canh nay.
- ve chuyen free software cho linh vuc nay, toi khong dam khang dinh chac chan 100% rang cac phan mem free or fee, cai nao cho ket qua chinh xac hon boi vi moi phan mem do tac gia viet ra deu co nhung diem manh va diem yeu cua no. Tuy nhien co mot diem ban can luu y la doi voi nhung phan mem fee thi bao gio chung ta cung khai thac duoc toi da nhung the manh cua no. Neu nhu ban chi don thuan la primer design, aligment hay view protein structure thi toi co the cung cap cho ban mot loat nhung phan mem free tuong tu nhu vay cua nhieu cac tac gia khac nhau de ban dung thu --> tat nhien ban se hai long voi nhung gi chuong trinh dua ra cho ban. Nhung khi ban thu dung phan mem DNASIS_MAX cua Invitrogen hay DNAStar thi ban se thay su khac nhau nhu the nao.

phan mem PDB viewer ma ban de cap den la mot trong nhung phan mem free dung cho protein modelling kha hay hien nay. Diem manh cua no la no co the ket noi voi SwissModel de du doan cau truc cua mot trinh tu protein dua tren cac template co san. Toi moi chi chay thu voi penIII, 800 nhung co le PC cua ban cung co the chay duoc thang nay vi no khong yeu cau cau hinh cao lam. Tuy nhien, khi chay voi toc do thap thi khi thao tac voi cau truc protein se rat cham, ban cu thu dung roi se thay.

- Toi khong lam ve database nen cung khong hieu sau lam ve cau truc cua NCBI, neu nhu ban biet gi ve dieu nay thi hay post len day de moi nguoi cung tham khao trao doi.
 
Joined
Jul 29, 2004
Messages
45
#25
aigu said:
Nhân tiện đang cãi nhau mình cho thêm tý dầu cho nó "máu", mình cũng đồng ý với bạn gì đó là bioinformatics chỉ là một cái tool trong nghiên cứu sinh học. Và có 2 nhóm người:
1- Application developers
2- Application users

Hiện mình đang có một số tài liệu về thuật toán liên quan đến việc phát triển tool để làm structure modeling, bạn nào có nhã ý học thì mình guởi cho, mình dl về vì cứ tưởng là dùng đến, nhưng hóa ra là nhầm! ko định chuyển sang nhóm developers!
To aigu:

:lol: :D "Neu share la mot niem hanh phuc thi minh xin duoc chia se niem hanh phuc do voi aigu"

cau co the gui cho minh theo dia chi: trannguyen_hn@yahoo.co.uk

Thanks in advance!!!!
 
Joined
Oct 28, 2004
Messages
19
#26
tai sao post bai lai khong co dau gi ca nhi may bac web-masters oi.
to bac aigu: bac nay bao cho tai lieu ma chang thay dau ca hay bac khong muon cho nua ah? hi hi
To bac soledad: bac nay chan qua di mat.
Em hoi bac la, trong bioinformatics lab gom nhung thiet bi gi?(tai sao em lai hoi rieng bac vi truoc day bac co de cap den su yeu kem cua VN khong the dau tu duoc mot bioinformatics lab vi ton kem. O bai tra loi truoc (ngay 11/11/2004) bac noi vong vo tam quoc nhung khong di truc tiep vao cau tra loi. Hom nay bac bao thang voi thang em la den truong DHKHTN-tpHCM ma hoi? Cai cau tra loi nay sao em quen qua nhi? Hi hi…


Con cai phan men DNASIS_MAX ma bac noi, em tim mai khong co cai nao cua invitrogen ca. Chi thay DNASIS_MAX (trade mark)cua thang Hitachi Software Engineering Co., Ltd, Tokyo, Japan. Thang nay licence cho cac cong ty phan phoi san pham cua no o nhieu nuoc: US (MiraiBio, Inc thang nay phan phoi doc quyen o US chu khong phai la invitrogen(US) ma van dung trade mark la DNASIS_MAX), Canada (HelixxTechnologies,Inc) etc....
Con cai DNAstar ma bac gioi thieu cho em cai do hinh nhu chi dung o may Mac hay sao ay. Hon nua, nguoi ta khuyen cao em la neu da trot install thi van co the dung con neu chua install DNA star thi dung cai khac ( he he) Quote: “ Because of decreased demand for DNASTAR, we are currently evaluating its future at CCHMC. If you already have installed DNASTAR, you may continue to use it. If you are interested in installing DNASTAR, we strongly encourage you to consider using SeqWeb instead” http://info.chmcc.org/install/dnastar/
Vay la bac xui dai em roi. hi hi....
have fun voi anh soledad mot chut thoi he he.
neu anh co cai DNASIS_MAX software thi co the cho anh em chay thu xem co hay hon may cai em van dung free tren net khong?

Co gi khong phai mong bac soledad bo qua cho em tuoi nho cung dau nhe: hi hi hi
Thuc ra con nhieu dieu muon trao doi voi bac soledad nhung do thoi gian khong cho phep nen hen bac lan sau nhe.
 
Joined
Nov 2, 2005
Messages
2,143
#29
tôi đã thay đổi quan điểm của mình về bioinformatics. Theo tôi đây là một ngành Việt Nam nên đi theo. Vì nó phù hợp với điều kiện kinh tế và con người Việt Nam.
Tôi hình dung ra thế này: công việc nghiên cứu về genomics và proteomics được thực hiện ở các nước phát triển, cả microarray nữa. Còn Việt Nam sẽ tham gia vào 3 phần:
chia sẻ một phần công việc với thế giới trong nghiên cứu genomics và proteomics bằng bioinformatics
mua máy gene sequencing về và lập ngân hàng gene các loài bản địa

tham gia vào các công nghệ high throughput như molecular modeling, combinatorial chemistry
các bạn có ý kiến thế nào?
cheer!
 
Joined
Nov 8, 2004
Messages
1,552
#30
trời, bác về VN đầu tư đê. :(( Máy genomics, proteomics đã có rùi transcriptomics thì sắp có, các bác chịu khó về nước mà vạch kế hoạch nhía. Cả bioinformatics cũng đang sắp có phần mềm mang thương hiệu VN rùi (chỉ có điều chưa được OK lắm :D). hì hì bàn sang lý thuyết và thực hành đê! Sau này chẳng ai chịu vào lab làm thí nghiệm mà chỉ ngồi bàn giấy và đi họp thui àh?

Bác nào có chủ đề hay mà đơn giản thui thì post lên đủ tầm để anh em còn bàn với.
Tôi trước nhé.

Tôi có vài cái trình tự DNA về 18s làm thía nào để xác định khoảng cách di truyền tốt nhất giữa các đoạn đấy nhỉ? Tôi chậm hiểu nên giải thích từ từ thôi nhé. Ai ko muốn tiết lộ kiến thức thì đừng post gì cả (xin đừng ném cho tôi sách nhé).
 
Joined
Nov 2, 2005
Messages
2,143
#31
cái này tôi đọc lóm được một bài trên mạng: biotech to improve public health in developing countries, trong đó có đoạn về bioinformatics: các nước giàu đang cố giúp nước nghèo (nghe có vẻ mờ ám) bằng cách chuyển giao công nghệ thích hợp, mà một trong số đó là bioinformatics. Các nước đang phát triển tham gia chương trình này có Hàn Quốc (không hiểu sao cũng bị liệt vào), Trung Quốc, Cuba, Brazil, Malaysia, Thailand. Không thấy có VN. Có điều là những nước trên đều có nền biotech khá phát triển so với kinh tế.
 

Similar threads

Facebook Page

Online now

Top