cần giúp - Phân tích Protein từ đất

[voh5]

Em đang cần anh chị em SHVN mình giúp về phần protein, do cái mảng proteomics này em không hiểu lắm.
Bài toán của em đưa ra là em đem tiêu hủy gia súc bị bệnh (ví dụ như lợn bị bệnh "Lờ mà lờ mờ" - Lở mồm long móng) chẳng hạn), sau một thời gian muốn phân tích xem cái protein của gia súc đó bị phân hủy như thế nào (bằng cách lấy mẫu đất tại vị trí chôn) thì sẽ phân tích ra sao?
Anh chị em nào có ý tưởng, hay đã từng làm hoạc hiểu cách làm như thế nào thì chỉ cho em với! Cũng đang cần nên rất cảm ơn các ACE nhé.
Nếu bác nào có tài liệu, vui lòng attach/cho link, hay gửi cho em qua email (voconghuan@gmail.com) với nhé, tiếng Anh hay tiếng Việt đều được.
Cảm ơn cả nhà nhiều nhiều!

 

[Cao Xuân Hiếu]

khó thiết lập control cho bài toán trên nếu muốn quantitative proteomics. Bước quan trọng là phải làm rõ exploratory analysis and hypothesis-driven analysis của bài toán là gì? Một điều nữa là đây sẽ là 1 kiểu meta-proteomics study nghĩa là proteins/peptides thu được sẽ có thể từ gia súc/mầm bệnh/ unknown species trong quần thể vi sinh vật ăn xác thối.

 

[voh5]

khó thiết lập control cho bài toán trên nếu muốn quantitative proteomics. Bước quan trọng là phải làm rõ exploratory analysis and hypothesis-driven analysis của bài toán là gì? Một điều nữa là đây sẽ là 1 kiểu meta-proteomics study nghĩa là proteins/peptides thu được sẽ có thể từ gia súc/mầm bệnh/ unknown species trong quần thể vi sinh vật ăn xác thối.

Bác Hiếu trả lời khó quá, mà toàn từ tiếng Anh lạ quá ^_^, thành thử em không hiểu vấn đề lắm! Nếu nói về genomics thì em còn biết biết đôi chút, còn món này thì .. đang chuẩn bị cờ trắng mà vẫy.
Dù sao, thì cái em cần biết có lẽ đơn giản hơn một tí, là sự phân hủy của protein gia súc sau thời gian tiêu hủy. Nhưng, nói thật là em cũng không biết diễn giải cách nào cho hợp lý và thoát ý ra đây. Bác nào giúp thêm với!!!

 

[Nguyễn Duy Hưng]

Ý của anh Hiếu là, nếu bạn làm nghiên cứu này thì lấy mẫu nào để làm đối chứng hay tiêu chuẩn về thành phần protein để so sánh là gì. Nếu ko có cái chuẩn này thì bạn sẽ rất khó xây dựng được giả thuyết nghiên cứu.

 

[voh5]

Ý của anh Hiếu là, nếu bạn làm nghiên cứu này thì lấy mẫu nào để làm đối chứng hay tiêu chuẩn về thành phần protein để so sánh là gì. Nếu ko có cái chuẩn này thì bạn sẽ rất khó xây dựng được giả thuyết nghiên cứu.

Món này, vì chưa làm bao giờ nên mình không hình dung ra được là nên lấy gì làm đói chứng hay tiêu chuẩn. Trong trường hợp bạn Hưng và anh Hiếu, thì sẽ làm như nào? có thể cho thêm ý kiến không?

 

[Nguyễn Duy Hưng]

Đề tài dạng này thì mình ko rõ nhưng ở trường của mình, có 1 đề tài tương tự như vậy về mô hình. Đó là xây dựng hệ thống proteomic marker cho wound fluid (để đánh giá mức độ của vết thương). Ở đây là chronic wound của công nhân lao động nặng (tình trạng nó sẽ thay đổi từ từ). Lưu ý là nghiên cứu ko chỉ đánh giá thành phần và nồng độ của các protein khác nhau ở mức độ độc lập, mà còn phải tìm ra quan hệ giữa chúng (vì protein này có thể là sản phẩm của quá trình phân hủy protein khác). Cho nên nghiên cứu này có tiến hành phân tích thống kê đa biến (rất phức tạp)

Quy trình mà ổng làm như sau
- Chọn và giả thuyết 1 số protein có thể làm indicator. Nếu ở đề tài này nếu bạn ko có hướng gì hết thì phải chọn đại (đó chính là giả thuyết của bạn). Bạn có thể lấy mẫu, chạy SDS-PAGE và pick vài cái mà bạn thấy là phù hợp. Như nghiên cứu trên thì ổng lấy khoảng 40 protein khác nhau.
- Phân tích định tính và định lượng 1 số lượng lớn mẫu để làm thống kê. Cái này sẽ rất đuối, thường phải dùng Mass Spec để phân tích.
- Chạy phần mềm thống kê để xác định deviation và tương quan giữa các biến.

 

[Cao Xuân Hiếu]

anh vẫn k hiểu ý nghĩa của việc nghiên cứu "sự phân hủy của protein gia súc sau thời gian tiêu hủy" là để làm gì. Anh có thể hình dung là sau khi mình chôn xác gia súc xuống đất. Bọn vi sinh vật, côn trùng, động vật ăn xác thối sẽ kéo đến và cùng nhau tiêu hóa cái đống xác đấy. Nó có thể hấp thụ hoặc ăn thịt động vật chết hoặc tiết vào đó các enzyme phân hủy và hấp thụ chất dinh dưỡng trở lại. Tương ứng với tiến trình phân hủy xác thì có các nhóm sinh vật ăn xác thối đặc hữu. Nhìn một cách tổng quát thì đó là một quá trình phức tạp, nhiều thông số biến thiên. Thế nên phải làm rõ câu hỏi/ giả thuyết nghiên cứu chính là gì thì mới hy vọng đơn giản hóa mô hình thí nghiệm để xây dựng các thí nghiệm có tính lặp lại được.

1. Muốn xem sau khi tiêu hủy thì mầm bệnh còn lại ở môi trường bao lâu?
2. Muốn xem tính đa dạng của nhóm sinh vật ăn xác thối tương ứng trong môi trường

Hay là còn vấn đề khác?

 

[voh5]

1. Muốn xem sau khi tiêu hủy thì mầm bệnh còn lại ở môi trường bao lâu?

>>>> chính là cái này đây anh.

Cái này em sẽ kết hợp với một đơn vị bên mảng phòng dịch tiến hành, với lại toàn bộ mấy anh em dự định tham gia đều mù mờ cả, nên rất mong các anh chị em chỉ giúp về mặt phương pháp, cách thức tiến hành.

 

[Cao Xuân Hiếu]

như vậy mình chỉ tracking theo protein của pathogen thôi.

1. Tìm ra protein signature/markers của pathogen. Chọn cách nào quantification tốt nhất. Develop specific antibody rồi verify trên WB

2. Nên làm mẫu tự nhiên và cả mẫu ở điều kiện vô trùng (control). Sampling theo time series tùy loại pathogen.

Anh nghĩ như vậy còn về detail thì phải mất thời gian và tập trung vào từng pathogen riêng. Ko có "one stratergy for all things". Good luck!