Cần phản biện từ các đại gia Sinh học

[BioVN]

Chào anh em, lâu lâu mới có dịp vào diễn đàn vì mấy quả vô thấy virus nhiều quá chạy mất dép luôn. Hôm nay trời quang mây tạnh rảnh đôi chân ngứa đôi bàn tay nên BioVN xin được các đại gia sinh học cho ý kiến phản biện, phản biện càng thẳng thắn càng tốt ạ.
Có em sinh viên năm cuối muốn là luận văn với BioVN, khi được hỏi em có idea gì thì đề xuất, em đề xuất như sau, tại chuyên ngành của BioVN không gần cái này lắm nên đang đau đầu óc suy nghĩ về nó quá, anh em cho xin 5 hào ý kiến í cò nhé. Idea của em sinh viên như sau. Dùng các genetic marker khả biến như microsatellite hoặc các vùng introns để xác tìm kiếm các kiểu gen của gà bố và gà mẹ, sao cho chúng càng cách xa nhau về mặt di truyền càng tốt để thiết kế các cặp lai nhằm tạo thế hệ con lai F1 ưu thế lai. Bổ sung là đây là giống gà bản địa VN quí hiếm, số lượng cá thể đang suy giảm mạnh và giá trị kinh tế, thẩm mỹ của giống gà này hiện rất cao. BioVN mù mờ lắm về vấn đề này nhưng có vài câu hỏi đang phân vân.
i, Có bằng chứng nào cho thấy rằng cặp lai bố mẹ gà càng khác xa nhau về mặt di truyền thì càng có cơ hội thu được ưu thế lai ở F1 hay chưa?
ii, Số lượng loci có thê rkhaor sát được từ bộ data mang lại trên cơ sở phân tích các genetic marker như microsatellite hay introns là rất có hạn, thông thường chỉ dùng khoảng 8-10 loci thôi, liệu các thông số tính toán được từ số lượng hạn định marker này có đủ đại diện cho khoảng cách di truyền của 2 cá thể đem lai không?
iii, Các vùng khả biến trong genome đa phần là không chức năng, ko mã hóa thôgn tin di truyền. Nếu đánh giá khoảng cách di truyền để đem lai hy vọngtaoj ưu thế lai ở các tính trạng năng suất như thế có phải là nghịc li không?
Mong ý kiến của anh em và chúc mọi người đón Tết hạnh phúc.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Tìm sách mà đọc thôi bạn ạ. (http://ifile.it/73en8ab/0851996604.zip)
Không rõ bạn đinh lai giữa các giống hay trong một giống. Giữa các giống với nhau thì có thể dùng marker đơn giản hơn đại loại như RAPD.
Theo ý cò của tôi thì cách đặt vấn đề của bạn hơi chung chung quá. Quality của con gà VN cần bảo tồn là quality nào chứ không phải cứ chung chung là mã đẹp, thịt ngon. Vì genetic markers thì cũng chỉ có thể cover cho những phenotype nhất định chứ không phải cái nào cũng có. Riêng kiếm cho được marker về một phenotype nào đó bạn đã có thể làm thành 1 công trình rồi.
Nếu mà đo khoảng cách di truyền thì có thể chỉ cần kiếm vài gene người ta làm nhiều rồi, giải trình tự và lập cây tiến hoá cũng được chứ nhỉ. (cái này tôi không rành lắm).
Nhìn chung idea rất ambitious nhưng thiếu một cơ sở khoa học vững chắc (ít nhất là phải có tham khảo các bài báo đã từng làm cái này)

 

[TranDucTrung]

Theo ý em thế này:
1. Khoảng cách di truyền xác định bằng chỉ thị phân tử (RAPD, SSR, SNP..) có được nhờ phân tích đa hình (đa dạng di truyền) kết quả xác định kiểu gen của các cá thể bằng các chỉ thị đó (nhờ thuật toán UPGMA hay Nei...). Do đó nó không đại điện cho tính trạng nào cả.
Các chỉ thị liên kết tính trạng (linhkage marker) là bước tiếp theo của ứng dụng chỉ thị phân tử trong chọn giống. Nhưng cần phải có các nghiên cứu xác định chỉ thị nào trong hàng đống chỉ thị bạn có trong tay liên kết với tính trạng bạn muốn (phân tích QTLs mapping). Hướng này rất phổ biến ở nghiên cứu CNSH nông nghiệp nước ta.
2. Khoảng cách di truyền xác định bằng marker cho ưu thế lai cao nhất (ở thực vật em hay làm) là từ 0,3/1 đên 0,5/1 (tuơng đồng từ 50 -70%). khoảng cách quá xa sẽ gây bất thụ, quá gần thì không còn ưu thế lai. DO ĐÓ XA QUÁ CŨNG KHÔNG ĐƯỢC ĐÂU
3. Số locus ít hay nhiều phụ thuộc vào loại marker (RAPD tất nhiên là rất nhiều rồi) và đối tượng nghiên cứu (chỉ thị SSR có số lượng khác nhau tùy loài, do yêu cầu biết trước trình tự để thiết kế mồi). Cần phải xác định xem yêu cầu nghiên cứu cần chính xác đến đâu, khả năng làm chính xác đến đâu đề chọn lựa chỉ thị phù hợp.

Mong nhận được phản hồi của mọi người