Kỹ thuật cơ bản trong SHPT

[anhtran89]

Chào tất cả anh chị em!
Mình có chút thắc mắc mong mọi người giúp đỡ...
Trong cái kỹ thuật Southern hybridization ........
Phần thiết kế mẫu dò mình đọc mà không hiểu cách thiết kế mẫu dò suy biến ??? sao cho giảm số oligo có thể mà vẫn đảm bảo tính đặc hiệu cao ???
Rất mong mọi người giúp đỡ ...Cảm ơn!

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Bạn đọc ở paper nào? Vấn đề của bạn là gì?
Câu hỏi của bạn chung chung và thiếu thông tin cần thiết để mọi người có thể giúp.

 

[anhtran89]

e đang học về phần này...tài liệu phát tay - xơ xài lắm
Tức là trong phương pháp Souther hybridization ... e muốn lai để phát hiện xem trong mẫu có DNA quan tâm không mà lại không biết trình tự của DNA đó mà chỉ biết trình tự axit amin của protein dịch ra từ DNA mà e cần phát hiện.......
Vấn đề là e cần phải thiết kế một mẫu dò suy biến....
VD: Trình tự 7 axit amin : WVLDEAD
W: TGG
V: GTA, GTC, GTG, GTT
L: CTA, CTC, CTG, CTT, TTA, TTG
E: GAA, GAG
A: GCA, GCC, GCG, GCT


Thiết kế mồi suy biến để phát hiện đoạn ADN trên...
Mồi suy biến phải đảm bảo giảm số lượng tối thiểu có thể nhưng phải đảm bảo tính đặc hiệu cao?????

 

[anhtran89]

Ah a chị e cho mình hỏi luôn về phương pháp đánh dấu (phóng xạ, huỳnh quang) trong việc phát hiện ADN đích - cái này mình chưa rõ lắm!
VD như: phương pháp dịch chuyển điểm cắt, pp kéo dài đoạn mồi, pp gắn phóng xạ vào đầu 5'.......

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

http://hcgs.unh.edu/protocol/basic/pcrdegenpri.html
Lab mình chỉ xài phương pháp random primer extension. Về cơ bản random primer giống như RAPD, tức là hexamer. Mình đưa template đã biến tính vào trong đk có Klenow fragment thì ở 37o C nó sẽ khuyếch đại đoạn gene của mình lên cho ra các sản phẩm với chiều dài khác nhau. Các nu có gắn alpha Phospho phóng xạ (alpha chỉ vị trí liên kết chứ không phải loại phóng xạ) sẽ được tích hợp ngẫu nhiên vào sản phẩm. Trường hợp bạn dùng DIG-dNTP thì cũng thế.

 

[anhtran89]

[SIZE=+1]Nếu thế thì pp Random primer extension có khác RAPD đâu, nó chỉ khác là các đoạn DNA nhân lên có gắn phóng xạ cho dễ quan sát. Nó chỉ sử dụng để nhận dạng sv và phát hiện những tính trạng khác nhau...
Còn muốn phát hiện DNA mà chưa biết trình tự nhưng lại biết trình tự axit amin của protein quan tâm thì có phương pháp nào ko a c?
[/SIZE]

 

[Khách zz]

Mình nghĩ có trình tự amino acid thì mình có thể suy ngược lại trình tự DNA==>tạo mẫu dò, dĩ nhiên là có vài codon mã hoá cho cùng 1 amino acid thì bạn sẽ thiết kế nhiều mẫu dò.

e đang học về phần này...tài liệu phát tay - xơ xài lắm
Tức là trong phương pháp Souther hybridization ... e muốn lai để phát hiện xem trong mẫu có DNA quan tâm không mà lại không biết trình tự của DNA đó mà chỉ biết trình tự axit amin của protein dịch ra từ DNA mà e cần phát hiện.......
Vấn đề là e cần phải thiết kế một mẫu dò suy biến....
VD: Trình tự 7 axit amin : WVLDEAD
W: TGG
V: GTA, GTC, GTG, GTT
L: CTA, CTC, CTG, CTT, TTA, TTG
E: GAA, GAG
A: GCA, GCC, GCG, GCT


Thiết kế mồi suy biến để phát hiện đoạn ADN trên...
Mồi suy biến phải đảm bảo giảm số lượng tối thiểu có thể nhưng phải đảm bảo tính đặc hiệu cao?????

sao phía trên bạn ghi là mẫu dò xuống dưới lại ghi là mồi vậy