Khi tất cả bộ gene của các loại vi sinh vật gây bệnh cho con người và gia súc được giải mã, một ứng dụng của tin sinh học là tìm kiếm và xác định những protein nào của vsv có thể là tâm điểm cho việc điều chế thuốc kháng sinh đặc hiệu.
Galperin và Koonin tóm lược kết quả nghiên cứu của họ về vấn đề trên trong bài review trên tạp chí Curr. Opinion Biotech số 6 trang 571 vào năm 1999.
Phương pháp nghiên cứu của hai tác giả có thể được tóm tắc như sau. Đầu tiên, họ liệt kê tất cả những protein được giải mã. Tiếp theo là xác định chức năng của những protein này (enzyme, protein màng, hay có thể chức năng chưa được biết đến) và xem chức năng nào bị mất đi trong chủng vsv nào. Sau đó, xác định chức năng nào có mặt trong tất cả các chủng và chức năng nào đặc hiệu cho một chủng nhất định.
Sau khi có được những dữ kiện trên, họ phải chứng minh là những protein vsv này không có mặt trong bộ gene người (hoặc trên loài động vật cần tìm thuốc kháng sinh đặc hiệu) và chúng đóng vai trò thiết yếu cho sinh tồn của vsv. Dĩ nhiên, những bước này đều làm trên máy tính bằng cách tìm kiếm dữ liệu nghiên cứu trước đây.
Nếu một chức năng thiết yếu có mặt trong nhiều chủng vsv, đây là một điều rất có lợi vì sẽ có khả tìm ra được một kháng sinh để chống lại tất cả các chủng này. Trái lại, để tìm một kháng sinh đặc hiệu cho một vsv, thí dụ H. pylori gây bệnh loét bao tử, mà không gây hại cho những vsv sống cộng sinh trong ruột người (như E. coli), họ đi tìm những chức năng chỉ có ở H. pylori.
Tác giả đã thành công trong phương pháp của mình và đã tìm ra nhiều protein trọng điểm của vsv để làm nền tảng cho việc khám phá ra thuốc kháng sinh mới.
(Kết quả liệt kê trong bảng 2 của bài báo).
Trước nguy cơ càng nhiều vsv trở nên đề kháng lại những thuốc kháng sinh mạnh nhất hiện nay, phương pháp dùng tin sinh học trên để khai thác những thông tin quí giá đang có mặt trong các hệ thống ngân hàng gene trên thế giới đặc biệt sẽ hổ trợ việc tìm kiếm thêm nhiều thuốc kháng sinh mới trong việc phòng chống bệnh tật.
Galperin và Koonin tóm lược kết quả nghiên cứu của họ về vấn đề trên trong bài review trên tạp chí Curr. Opinion Biotech số 6 trang 571 vào năm 1999.
Phương pháp nghiên cứu của hai tác giả có thể được tóm tắc như sau. Đầu tiên, họ liệt kê tất cả những protein được giải mã. Tiếp theo là xác định chức năng của những protein này (enzyme, protein màng, hay có thể chức năng chưa được biết đến) và xem chức năng nào bị mất đi trong chủng vsv nào. Sau đó, xác định chức năng nào có mặt trong tất cả các chủng và chức năng nào đặc hiệu cho một chủng nhất định.
Sau khi có được những dữ kiện trên, họ phải chứng minh là những protein vsv này không có mặt trong bộ gene người (hoặc trên loài động vật cần tìm thuốc kháng sinh đặc hiệu) và chúng đóng vai trò thiết yếu cho sinh tồn của vsv. Dĩ nhiên, những bước này đều làm trên máy tính bằng cách tìm kiếm dữ liệu nghiên cứu trước đây.
Nếu một chức năng thiết yếu có mặt trong nhiều chủng vsv, đây là một điều rất có lợi vì sẽ có khả tìm ra được một kháng sinh để chống lại tất cả các chủng này. Trái lại, để tìm một kháng sinh đặc hiệu cho một vsv, thí dụ H. pylori gây bệnh loét bao tử, mà không gây hại cho những vsv sống cộng sinh trong ruột người (như E. coli), họ đi tìm những chức năng chỉ có ở H. pylori.
Tác giả đã thành công trong phương pháp của mình và đã tìm ra nhiều protein trọng điểm của vsv để làm nền tảng cho việc khám phá ra thuốc kháng sinh mới.
(Kết quả liệt kê trong bảng 2 của bài báo).
Trước nguy cơ càng nhiều vsv trở nên đề kháng lại những thuốc kháng sinh mạnh nhất hiện nay, phương pháp dùng tin sinh học trên để khai thác những thông tin quí giá đang có mặt trong các hệ thống ngân hàng gene trên thế giới đặc biệt sẽ hổ trợ việc tìm kiếm thêm nhiều thuốc kháng sinh mới trong việc phòng chống bệnh tật.
