Làm thế nào giải quyết được self-ligation trong quá trình ligate

[Nguyễn Hòa Bình]

Self-ligation hạn chế rất nhiều hiệu quả của quá trình ligate adapter với gDNA, mình đã cho vào đá khi mix rồi mà vẫn không được. Bác nào có KN gì chia sẻ giúp mình với. Cảm ơn nhiều nhiều.

 

[thachcuong2105]

Self-ligation hạn chế rất nhiều hiệu quả của quá trình ligate adapter với gDNA, mình đã cho vào đá khi mix rồi mà vẫn không được. Bác nào có KN gì chia sẻ giúp mình với. Cảm ơn nhiều nhiều.

Theo mình được biết thì bạn có thể dùng alkalinphosphatase để xử lý adaptor trước khi nối nhằm loại bỏ nhóm phosphate 5' để ngăn sự tự nối của adaptor. Sau phản ứng nối thì tiếp tục xử lý bằng kinase phosphate để hoàn lại nhóm phosphate ở đầu 5'.

 

[Nguyễn Hòa Bình]

Theo mình được biết thì bạn có thể dùng alkalinphosphatase để xử lý adaptor trước khi nối nhằm loại bỏ nhóm phosphate 5' để ngăn sự tự nối của adaptor. Sau phản ứng nối thì tiếp tục xử lý bằng kinase phosphate để hoàn lại nhóm phosphate ở đầu 5'.

Thank bạn nhiều, nhưng mình đã xử lí CIAP ở DNA fragment trước khi ligate rồi, nếu xử lí tiếp cả của adapter thì liệu có gắn dc nữa ko? Bạn có thể nói rõ hơn giúp mình dc ko? Tks nhiều nhiều