Hỏi về phân tích trình tự ADN

[lecoq]

Tôi đang làm đề tài về "bất thường của gen trên người bị dị tật bẩm sinh". Tôi không biết hiện ở VN, nơi nào làm ly trích ADN, đọc trình tự chuỗi ADN, so sánh với chuỗi ADN binh thường? Chi phí khoảng bao nhiêu cho 1 ca? Mong được hồi âm sớm. Xin cám ơn.

email: drtung@ymail.com

 

[Đinh Duy Thành]

Tôi đang làm đề tài về "bất thường của gen trên người bị dị tật bẩm sinh". Tôi không biết hiện ở VN, nơi nào làm ly trích ADN, đọc trình tự chuỗi ADN, so sánh với chuỗi ADN binh thường? Chi phí khoảng bao nhiêu cho 1 ca? Mong được hồi âm sớm. Xin cám ơn.

email: drtung@ymail.com

Bác có thể cho biết cụ thể hơn được không? Những thông tin ví dụ như: loại mẫu bệnh phẩm, chiều dài đoạn quan tâm khoảng bao nhiêu bp, đặc biệt là bác có trình tự mồi trong tay chưa? và khu vực của bác đang ở (tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh đều có nhiều cơ sở nghiên cứu được trang bị hệ thống giải trình tự)

P/S: Lab em ở Hà Nội, nếu bác có nhã ý hợp tác thì

 

[lecoq]

Bác có thể cho biết cụ thể hơn được không? Những thông tin ví dụ như: loại mẫu bệnh phẩm, chiều dài đoạn quan tâm khoảng bao nhiêu bp, đặc biệt là bác có trình tự mồi trong tay chưa? và khu vực của bác đang ở (tại Hà Nội và TP. Hồ Chí Minh đều có nhiều cơ sở nghiên cứu được trang bị hệ thống giải trình tự)

P/S: Lab em ở Hà Nội, nếu bác có nhã ý hợp tác thì

Mẫu bệnh phẩm dự kiến: mẫu mô, mẫu máu, nước bọt, niêm mạc má, tóc...
Hiện chưa có trình tự mồi.
Lĩnh vực sinh học phân tử tôi không rành lắm, đang tìm hiểu, mong các bạn chỉ giúp thêm về cách ly trích cũng như phân tích, đọc trình tự chuỗi ADN, xác định những vị trí bất thường trên ADN.

Xin cám ơn bạn đã quan tâm.

Tôi đang làm việc tại TPHCM.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Gửi qua Hàn sequence sau đó thảy lên forum nhờ anh em biết chút BLAST và align phân tích hộ. Cách rẻ nhất đấy!

 

[Cao Xuân Hiếu]

Tôi đang làm đề tài về "bất thường của gen trên người bị dị tật bẩm sinh". Tôi không biết hiện ở VN, nơi nào làm ly trích ADN, đọc trình tự chuỗi ADN, so sánh với chuỗi ADN binh thường? Chi phí khoảng bao nhiêu cho 1 ca? Mong được hồi âm sớm. Xin cám ơn.

email: drtung@ymail.com

Hiện nay có rất nhiều đề tài kiểu này ở trong và ngoài nước. Điểm mấu chốt của đề tài là thiết kế thí nghiệm sao cho có thể biện luận dữ liệu một cách thuyết phục. Trong đó đặc biệt quan trọng là làm gene gì (tại sao?) và xây dựng nhóm chứng (như thế nào?). Điểm dễ dàng ở đây là kỹ thuật đơn giản nên có khả năng sản xuất lượng lớn kết quả. Số lượng ca (mẫu) thực ko quá quan trọng và sequencing ko phải là 1 chìa khóa vạn năng.

 

[lecoq]

Hiện nay có rất nhiều đề tài kiểu này ở trong và ngoài nước. Điểm mấu chốt của đề tài là thiết kế thí nghiệm sao cho có thể biện luận dữ liệu một cách thuyết phục. Trong đó đặc biệt quan trọng là làm gene gì (tại sao?) và xây dựng nhóm chứng (như thế nào?). Điểm dễ dàng ở đây là kỹ thuật đơn giản nên có khả năng sản xuất lượng lớn kết quả. Số lượng ca (mẫu) thực ko quá quan trọng và sequencing ko phải là 1 chìa khóa vạn năng.

cám ơn Cao Xuân Hiếu.
Thực ra việc xác định cụ thể làm gene gì không dễ chút nào, nhất là đối với người ngoại đạo như lecoq (không rành lắm về sinh học phân tử). Theo các nghiên cứu trên thế giới, người ta ghi nhận các gen như TGFA, MSX1, BCL3, D19S49, D19S574...có liên quan đến dị tật bẩm sinh sứt môi hở hàm ếch. Lecoq muốn làm nghiên cứu này với mục tiêu xác định bất thường về trình tự ADN trên gen (có thể là những gen trên hay những gen tương tự...) trên người bị sứt môi hở hàm ếch.
Sẳn cho lecoq hỏi: quy trình thực hiện từ khi lấy mẫu, ly trích ADN, PCR, tinh sạch và chọn marker và giải trình tự ADN có phức tạp không? Hiện ở VN có thực hiện được không? Ở đâu, chi phí như thế nào? Vì đây là lần đầu tiên làm đề tài về lĩnh vực sinh học phân tử nên có nhiều vấn đề cần tham khảo thêm.
Xin cám ơn các ACE đã chia sẻ.

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Lấy mẫu thì chắc là buccal swap thôi nên đơn giản. Mua kit về làm theo chắc chắn ra.
Chạy PCR xong, clone và gửi đi giải trình tự đều có thể tự tay làm được mà không cần pretraining nhiều (đi xem người ta làm độ 2-3 ngày là tự mình đọc protocol để làm được).
"biên luận dữ liệu một cách thuyết phục" là cái quan trọng đó. Nếu đăng báo trong nước thì không nhấn mạnh cái này, nhưng báo nước ngoài thì chắc chắn có. Vì vậy nên đọc tài liệu và đặt vấn đề cho tốt.

Quan trọng nhất nữa là được duyệt bao nhiêu tiền. Tsk, cái này mới là bottle neck của đề tài ở VN.

 

[lecoq]

Lấy mẫu thì chắc là buccal swap thôi nên đơn giản. Mua kit về làm theo chắc chắn ra.
Chạy PCR xong, clone và gửi đi giải trình tự đều có thể tự tay làm được mà không cần pretraining nhiều (đi xem người ta làm độ 2-3 ngày là tự mình đọc protocol để làm được).

Thấy bạn nói như vậy lecoq cũng đỡ lo. Nhưng bộ kit này lecoq liên hệ đâu để đặt hàng? và gửi đi nơi nào để giải trình tự? Xin bạn chỉ giúp.

"biên luận dữ liệu một cách thuyết phục" là cái quan trọng đó.

Cái này chắc phải hỏi ý kiến thêm các ACE có kinh nghiệm...

 

[Nguyễn Ngọc Lương]

Bạn thử cái này của Qiagen:
http://www1.qiagen.com/Products/Gen...ication/GentraPuregeneBuccalCellKit.aspx?pf=1

Nếu không tham khảo bài báo này:
http://www.sciencedirect.com/scienc...d=457521&md5=c9a15269dcbcc449f2ea822eb1814e49

 

[lecoq]

Thanks! Qiagen nghe nói là thông dụng lắm, chắc bữa nào rãnh, lecoq gọi lên nhà phân phối hỏi thêm một số thông tin. Cám ơn bạn nhiều!

 

[sv_ngheo]

Sẳn cho lecoq hỏi: quy trình thực hiện từ khi lấy mẫu, ly trích ADN, PCR, tinh sạch và chọn marker và giải trình tự ADN có phức tạp không? Hiện ở VN có thực hiện được không? Ở đâu, chi phí như thế nào? Vì đây là lần đầu tiên làm đề tài về lĩnh vực sinh học phân tử nên có nhiều vấn đề cần tham khảo thêm.
Xin cám ơn các ACE đã chia sẻ.

Mấy cái này ở VN họ làm thường quy, có gì là phức tạp đâu anh

Hiện nay có rất nhiều đề tài kiểu này ở trong và ngoài nước. Điểm mấu chốt của đề tài là thiết kế thí nghiệm sao cho có thể biện luận dữ liệu một cách thuyết phục. Trong đó đặc biệt quan trọng là làm gene gì (tại sao?) và xây dựng nhóm chứng (như thế nào?). Điểm dễ dàng ở đây là kỹ thuật đơn giản nên có khả năng sản xuất lượng lớn kết quả. Số lượng ca (mẫu) thực ko quá quan trọng và sequencing ko phải là 1 chìa khóa vạn năng.

Cái chỗ màu đỏ thực chất là phải dựa vào những nghiên cứu cơ bản có tính xác thực cao để chứng minh cho kết luận của PTN đưa ra. Mà nghiên cứu cơ bản về những vấn đề như thế này đòi hỏi kinh phí khổng lồ, chỉ ở những quốc gia lớn có nền khoa học cực kỳ phát triển họ mới có đủ khả năng làm điều đó. Tuy nhiên VN có thể tham khảo và sử dụng các kết quả đã được công nhận để làm tiền đề cho các nghiên cứu xét nghiệm nói trên.

Gửi qua Hàn sequence sau đó thảy lên forum nhờ anh em biết chút BLAST và align phân tích hộ. Cách rẻ nhất đấy!

Blast và align cũng chưa giải quyết được vấn đề gì, vì hầu hết các đột biến gây ảnh hưởng đến kiểu hình đều do sự phối hợp gây hậu quả của đa gen, mà cũng có khi chỉ là do một SNP nào đó gây ra. Giữa các trình tự đã được các tác giả đưa lên bank có rất nhiều sai khác khi làm ở các chủng tộc khác nhau, hoặc do quá trình thao tác và đọc mẫu, vì vậy so sánh một cách mông lung qua Blast và alignment rất rất khó để có thể đưa ra kết luận gì đó mang tính chuẩn xác.

Rất buồn cười, một lần chúng tôi gửi 2 mẫu sang một viện nghiên cứu CNSH hàng đầu VN (có địa chỉ ở HN) họ sequence và trả lời luôn rằng có sự sai khác giữa hai mẫu này, và thật buồn cười đó chỉ là sai khác hiển nhiên của loài người mà chúng tôi đã thống kê ở ngay bản gửi mẫu. Hình như họ không chịu đọc thì phải, thấy gì nói đấy luôn, và phân tích có vẻ rất chuyên nghiệp, như là mới khám phá ra điều gì đó kỳ lạ thì phải.

 

[sv_ngheo]

Anh lecoq có cần thì pm cho tôi nhé, sẽ giới thiệu mấy người bạn của tôi để anh trao đổi cụ thể hơn !